Odmah po uspostavi Nezavisne države Hrvatske, ustaški je režim, potaknut od nacističke njemačke, počeo sustavni progon Židova, a kasnije i Roma (vidi članak Holokaust u NDH), kao i progon Srba. Katolička je crkva prosvjedovala protiv tih mjera, a osobito je agilan bio nadbiskup Alojzije Stepinac. Odlučno je osuđivao rasističku teoriju i na njoj zasnovanu praksu, te pokušavao pomoći u pojedinim slučajevima. U tome je imao samo ograničeni uspjeh, ali nekoliko stotina Židova je spašeno njegovim osobnim zalaganjem, kao i zalaganjem drugih svećenika i predstavnika Svete Stolice u NDH. Postoje zamjerke da ni on ni Katolička crkva u cjelini nisu učinili sve što su mogli i trebali.
Stepinac je osuđivao rasizam i prije rata, primjerice u propovijedi na Staru godinu 1938., u skladu s enciklikom Mit brenender Sorge iz 1937. u kojoj papa Pio XI. osuđuje rasizam i nacionalsocijalističko učenje uopće. (Goldstein, str. 42)
Tijekom rata se zauzeo za spašavanje mnogih Židova, te je ugledni zagrebački liječnik dr. Stjepan Steiner (koji je i sam bio Židov) iznio procjenu da je Stepinčevom zaslugom spašeno oko 400 zagrebačkih Židova.
Stepinac i protivljenje nacističkom antisemitizmu prije II. svjetskog rata Nacisti su i prije dolaska na vlast u Njemačkoj posve jasno deklarirali svoja antisemtiska stajališta, a 1935. godine su proglasili rasističke tzv. Nürnberške zakone usmjerene u prvom redu protiv Židova. Katolički teolozi su bili među prvim protivnicima nacističkog rasizma i nacizma uopće, te je u ožujku 1937. godine papa Pio XII. objavio i encikliku „Mit Brennender Sorge” s temeljitom kritikom cjelokupne nacističke ideologije – koja u tadašnjim političkim okolnostima u samoj Njemačkoj i čitavom svijetu međutim nije ozbiljno ugrozila nacistički režim, nego ozbiljnom progonu izložila Katoličku crkvu u Njemačkoj, kojoj su oduzete škole i zabranjen rad s mladima. Alojzije Stepinac u Zagrebu prihvaća časne sestre hrvatskog podrijetla koje su nacisti protjerali iz Njemačke, a pod svoju zaštitu uzima i njemačkog dominikanskog svećenika dr. Karla Stumpfa, koji se mora skrivati od nacista, te iz Zagreba nastavlja pisati protiv njemačkog režima. Stepinac i među bliskim suradnicima, i u javnim propovijedima govori tih godina protiv nacizma. Godine 1937. Alojzije Stepinac osniva Odbor za pomoć izbjeglicama iz Njemačke.
Katolička crkva u Hrvatskoj i progoni Židova Ubrzo nakon dolaska njemačke vojske u Zagreb, i prije nego što će u Zagreb 15. travnja 1941. godine pristići sam Ante Pavelić, njemački Gestapo dana 12. travnja 1941. god. vrši premetačinu prostorije Stepinčevog Odbora za pomoć izbjeglicama; njenu tajnicu Tereziju Škringer odvodi u zatvor u Graz gdje biva zatočena narednih 5 mjeseci. Knjige Odbora, koje bi nacistima pomogle otkriti izbjeglice i njihove pomagače, bile su pravovremeno spaljene. Bile su pretresene i prostorije Društva sv. Jeronima u Zagrebu, a bio je uhićen i urednik tog društva dr. Josip Andrić.Frano Glavina, op. cit.
Nakon donošenja rasnih zakona u NDH u travnju 1941. i prvih progona Židova, Alojzije Stepinac je blisko surađivao s glavnim zagrebačkim rabinom Miroslavom Šalomom Freibergerom, nastojeći osigurati pomoć i zaštitu za Židove.Esther Gitman, op. cit.
Kada je u veljači 1942. godine, u Zagreb stigao njemački časnik radi slanja više od 5.000 hrvatskih Židova (koji su se nalazili u Koncentracijskom logoru Jasenovac) u njemačke logore, te potom deportacije svih drugih Židova, predstavnik Svete Stolice opat Marcone i nadbiskup Stepinac su protestom kod vlasti NDH pokušali zaustaviti tu deportaciju. Vlasti NDH nisu htjele odbiti suradnju koju je Treći Reich tražio od njih, ali su ipak, odstupajući od njemačkih zahtjeva, naredile da se židovski konvertiti na kršćanstvo i Židovi koji su u braku s kršćanima izuzmu od deportacije. Opat Marcone je tih dana uspio od deportacije u logor spasiti manju grupu židovske djece, među njima djecu glavnog zagrebačkog rabina Miroslava Šaloma Freibergera, koje je preko Mađarske i Rumunjske uputio u Italiju. Alojzije Stepinac je, pak, dao sakriti dosta Židova u bolnici Sestara milosrdnica u Zagrebu.
Nakon toga se Alojzije Stepinac zauzima da od primjene rasnih zakona, koje je NDH donijela po uzoru na Njemačku, budu izuzete osobe židovskog podrijetla koje su prešle na kršćanstvo; tako je katolička crkva činila i drugdje u Europi. Također je i drugdje u Europi Katolička crkva potajice spašavala Židove; činio je tako i Alojzije Stepinac. Zapravo je činjenica, da je Katolička ckrva jedino u Nizozemskoj posve otvoreno stala u zaštitu Židova, ali da se nakon toga baš u Nizozemskoj bilježi najviši postotak Židova koji su deportirani u logore smrti. Ukupno je diljem Europe tajnim djelovanjem Katoličke crkve spašeno, prema nekim procjenama, oko 860.000 Židova. Inače je Eugenio Pacelli, budući papa Pio XII., tijekom svoje službe kao državni tajnik Svete Stolice (1930. – 1939.) uputio čak 55 službenih protesta protiv ideološki motiviranih postupaka njemačkog nacističkog režima, te je 1938. godine javno ponovio riječi Pija XI. da je „za kršćanina nemoguće da sudjeluje u antisemitizmu. Antisemitizam je nedopustiv, u duhovnom smo smislu svi mi Semiti”. Nakon što je postao papom, Pio XII. je u svojoj prvoj enciklici Summi Pontificatus od 20. listopada 1939. god. ponovio crkveno naučavanje protiv rasizma i totalitarizma. Esther Gitman navodi da se Alojzije Stepinac bio zauzeo da znatni broj židovskih obitelji koji se 1942. godine sklonio u dio NDH kojega su bili okupirali Talijani, kada se saznalo da su Talijani odlučili vratiti te Židove u zonu pod kontrolom njemačkih zapovjedništava, i nadalje ostanu u talijanskoj okupacijskoj zoni, surađujući u tome s Vatikanom. Zahvaljujući toj intervenciji, holokaust su preživjeli i sama Esther Gitman i članovi njene obitelji.
Stepinčevi dopisi Artukoviću i Paveliću Dopis Andriji Artukoviću 23. travnja 1941 Dana 23. travnja 1941, kada je čuo da se i u NDH pripremaju rasni zakoni, Stepinac piše pismo ministru unutrašnjih poslova Andriji Artukoviću u kom upozorava na »dobre katolike koji su židovske rase i koji su iz uvjerenja konvertirali iz židovskog vjerozakona... Smatram da bi bilo potrebno da se kod donošenja potrebnih zakona uzme u obzir na takve konvertite.« (Krišto, 2, dok. br. 30, str. 222) Stepinac isprva ne protestira protiv rasnih zakona već navodi da su „potrebni”, ali traži da se iz njih izuzmu židovski konvertiti na katoličanstvo. I unatoč tome što je znao da se spremaju rasni zakoni, te da je već uništena sinagoga u Osijeku i u NDH uvedeno više diskriminatornih odredbi protiv Židova i Srba, Stepinac pet dana kasnije pozdravlja osnivanje NDH.
Dopis Andriji Artukoviću 22. svibnja 1941 Na dan donošenja odredbe da Židovi moraju nositi žutu traku sa znakom, 22. svibnja 1941, Stepinac ponovo piše Artukoviću. Žali se na »sve strože i strože odredbe koje pogađaju jednako i krive i nedužne«. Podupire međutim načelnu potrebu za odredbama za zaštitu Države od nenarodnih i protunarodnih elemenata: »Razumije se samo po sebi da će svatko odobriti nastojanje, da u jednoj narodnoj Državi vladaju sinovi toga naroda i da se uklone svi štetni utjecaji koji rastaču narodni organizam. Svatko će sigurno odobriti nastojanje da privreda bude u narodnim rukama, da se ne dopusti gomilanje kapitala kod nenarodnog i protunarodnog elementa, te da strani elemti ne odlučuju o Državi i narodu.«
Međutim, pri donošenju takvih odredbi moraju se poštovati norme čovječnosti i morala: »Da se pripadnicima drugih narodnosti ili drugih rasa oduzme svaka mogućnost egzistencije i da se na njih udari žig sramote, to je već pitanje čovječnosti i pitanje morala. A moralni zakoni vrijede ne samo za život pojedinaca nego i za državnu upravu.«
Kako su odredbe već bile donesene i nema realnih izgleda da budu povučene, Stepinac apelira na Artukovića da se njihovo djelovanje u provedbi ublaži. »Molim Vas, Gospodine Ministre, da izdate shodne naloge da se židovski i ostali slični zakoni (mjere protiv Srba idr.) provode tako, da se u svakom čovjeku poštuje ličnost i čovječje dostojanstvo. (…) Posebice Vas molim, Gospodine ministre, da imate obzira prema pokrštenim članovima židovske rase.« (Krišto, 2, dok. br. 30, str. 50–51)
Dopis Artukoviću od 30. svibnja 1941. Malo kasnije, 30. svibnja 1941, Stepinac šalje još jedan opširan dopis Artukoviću, nastojeći zaštiti »katolike koji su na katolicizam prešli iz židovske vjeroispovijesti« i »neke druge važne interese katolicizma i katoličke Crkve«. Ne dovodeći u pitanje sam pojam "arijevstva" niti zakone uperene protiv židovske zajednice, »protiv koje se zajednice Hrvatski narod ovim zakonima želi obraniti«, kaže da bi u provedbi zakonskih odredbi o zaštiti arijevske krvi i časti hrvatskoga naroda trebalo voditi računa da se one ne primjenjuju u potpunosti, ili uopće ne, na katolike nearijevce.
Židovi koji su prihvatili katoličanstvo time su »posvjedočili, da se žele sasvim asimilirati s narodom u kome žive«. Stepinac se poziva na to da je »baš katolicizam bio onaj kohezioni i asimilatorni faktor koji je vezao pojedine dijelove našeg hrvatskog naroda u jednu cjelinu i koji je brojne strane elemente nacionalizirao«. Iako nisu arijevci, treba ih izdvojiti od židovske sredine »jer je njihov prelaz na kršćanstvo njih izvrgnuo preziru i ruglu (…) kao što je to od prvih vijekova kršćanstva do danas svagdje bilo u analognim slučajevima«. Njih treba zaštititi kao katolike, a također i zato što iskazuju »pozitivne arijske osobine«.
Dopis Anti Paveliću 21. srpnja 1941. Povodom slanja Srba i Židova u logore Stepinac je poslao dopis poglavniku Anti Paveliću 21. srpnja 1941. Načelno ne dovodi u pitanje slanje u logore, ali apelira na humani postupak pri transportu, te da se logorašima osigura dovoljno hrane, liječnička pomoć i mogućnost kontakata s obitelji. Jedino se za katolike konvertite (tj. Židove koji su prešli na katoličanstvo) te za starce, nemoćnike, bolesnike i djecu zalaže da budu pošteđeni deportacije. Kada se konvertiti ipak smještaju u logore, moli da budu odjeljeni od Židova Mojsijeve vjeroispovjesti.
Taj je dopis u historiografiji, publicistici i propagandi izazvao brojne kontroverze. Oni koji Stepinca osuđuju, navode ga kao dokaz licemjerja, s obzirom na to da samu ideju „sabirnih” logora ne dovodi u pitanje, te imajući u vidu masovne likvidacije koje su u to doba već u tijeku. No moguće ga je shvatiti i kao dokaz istinske brige i pokušaja da se u danim okolnostima, gdje Crkva nema stvarnog utjecaja, barem malo ublaže ljudske patnje, uz laskanje onome tko ima vlast: »Pripominjem odmah, da sam uvjeren, da se ove pojave dešavaju bez Vašega znanja, a da će se jedva tko naći, koji će imati smjelosti, da Vas na njih upozori.«
»Čujem s više strana da se tu i tamo nečovječno i okrutno postupa s nearijevcima prigodom deportiranja u sabirne logore, a i u samim tim logorima; štoviše, da od takva postupka nijesu izuzeta ni djeca, ni starci, ni bolesnici. Znadem da među tima, koji se deportiraju, imade u novije vrijeme i katolika konvertita, pa mi je to više dužnost da se za njih zauzmem. (…) odnosne mjere, koje se u tom smjeru provode, mogle bi se provoditi, a da postignu potpuni učinak, na humaniji i obzirniji način tako da se u čovjeku zaista gleda čovjeka i sliku Božju. (…) Slobodan sam da spomenem i neke pojedinačne stvari u smjeru ublažavanja postupka: a) da se upućivanje u logore vrši na taj način da im bude omogućeno da spreme najnužnije stvari, da mogu urediti svoje najhitnije obveze i prema obitelji i prema službi, b) da se otpremanje ne vrši u prenatrpanim plombiranim vagonima, naročito ne na udaljena mjesta, c) da se interniranima daje dovoljna hrana, d) da se bolesnima omogući liječnička njega, e) da se dozvoli otpremanje najnužnije hrane i omogući dopisivanje s obitelji.« (Krišto 2, dokument br. 64, str. 77–78)