Pošto je 536.godine pravoslavna Crkva Aleksandrije povukla svoje priznanje Teodozija I. i izabrala Pavla za patrijarha, a u isto vrijeme je Koptska pravoslavna Crkva u Aleksandriji nastavila priznavati Teodozija I., došlo je do raskola nakon kojega su se trajno razdvojili i uspostavili odvojene crkve (patrijaršije), te su od tada održavali novouspostavljene rodove svojih Crkava. Miafiziti su postali Koptska pravoslavna Crkva (dio Orijentalne pravoslavne Crkve), a Kalcedonci su postali Grčka pravoslavna Crkva Aleksandrije (dio šire pravoslavne Crkve). Slijedi popis svih koptskih pravoslavnih papa Aleksandrije koji su vodili koptsku pravoslavnu crkvu u Aleksandriji, a nasljednici su apostolskog trona sv. Marka Evanđeliste u službi biskupa aleksandrijskog koji je osnovao Crkvu u 1. stoljeću i stoga označio početak kršćanstva u Africi. Koptska pravoslavna crkva u Aleksandriji jedna je od orijentalnih pravoslavnih crkava (ne smije se miješati s bizantskom skupinom pravoslavnih crkava), a predsjeda joj papa, patrijarh Aleksandrije, koji obnaša dužnost duhovnog vođe. Liturgijski jezik Koptske crkve je koptski jezik, a liturgija je aleksandrijskog obreda. Na tronu koptkog pape je od 2012. godine papa Teodor II., papa Aleksandrije i patrijarh cijele Afrike na Svetoj Stolici sv. Marka. Orijentalni pravoslavni vjeruju da su oni "Jedna, sveta, katolička i apostolska" crkva drevnih kršćanskih vjera.
Popis koptskih papa i patrijarha nakon 536. godine
VI. Stoljeće Redni brojPapa/PatrijarhIme prije početka pontifikatalatinski • grčki • arapski(mjesto rođenja)Vrijemepontifikata BilješkeKoptske pape i patrijarsi Aleksandrije od 536. do ožujka 2018. godine 1.Teodozije I.Theodosius • Θεοδόσιος • ثيودوسيوس(Aleksandija, Egipat)536. – 567.prvi papa koptske aleksandrijske Crkve 2.Petar IV.Petrus • Πέτρος • بيتروس(Aleksandija, Egipat)567. – 569. koptski papa Aleksandrije3.Damjan Damianus • Δαμιανό • داميانوس(Sirija)569. – 605. koptski papa Aleksandrije
VII. stoljeće Redni brojPapa/PatrijarhIme prije početka pontifikatalatinski • grčki • arapski(mjesto rođenja)Vrijemepontifikata Bilješke4. AnastazijeAnastasius • Αναστάσιος • أناستاسيوس(Aleksandija, Egipat)605. – 616. koptski papa Aleksandrije5.AndronikAndronikus • Ανδρόνικος • أندرونيقوس (Aleksandija, Egipat)617. – 623. koptski papa Aleksandrije6. Benjamin I.Binyamin • Βενιαμίν • بنيامينBarshüt, protektorat Beheira, Egipat623. – 662. koptski papa Aleksandrije. Tijekom svoga pontifikata, vojska od 4.000 Arapa, na čelu s Amr Ibn Al-Aasom, koju je poslao kalif Omer, nasljednik Muhameda i njegov punac, je 639. godine napala Egipat i porazila bizantskog cara Heraklija. Tako je završilo 200 godina bizantskog progona koptskih pravoslavnih kršćana koje je trajalo sve od vremena Koncila iz Kalcedona. U okviru koptske crkve, papa Benjamin I. se smatra najvećim papom svih vremena.7.AgatonAgathon • Αγαθόν • أغاثون(Mariout, Aleksandija, Egipat)662. – 680.koptski papa Aleksandrije8. Ivan III. AleksandrijskiHanna • Χάννα • إسحق(Samanoud, Egipat)680. – 689. koptski papa Aleksandrije9.IzakIshaac • Ισαάκ • إسحق (El-Borolos, Egipat)690. – 692. koptski papa Aleksandrije10. Simeon I.Simon • Σίμον • سيماؤن (Sirija)692. – 700. koptski papa Aleksandrije
VIII. stoljeće Redni brojPapa/PatrijarhIme prije početka pontifikatalatinski • grčki • arapski(mjesto rođenja)Vrijemepontifikata Bilješke11.Aleksandar II.Alexander • Αλέξανδρος • آلِكسندر (Banna Abu Sir, Egipat)704. – 729. koptski papa Aleksandrije. Omejidski kalif Al-Valid se ograničavao samo na oporezivanje financija Kopta; također je "oporezivao" njihovu strpljivost. Javno je vrijeđao Isusa i jednom, za vrijeme procesije, čak je pljunuo u lice slike Djevice Marije. Kad su Kopti prosvjedovali kalifu radi visine poreza, odgovorio je većim oduzimanjem imovine i još višim porezima. Takvo se ponašanje nastavilo i pod Al-Validovim nasljednikom Jazidom II., koji je, ne samo vratio sve prethodne poreze, nego je naredio da se unište svi križevi i sakralne slike u crkvama. Također je naredio svim svojim potčinjenim da nose teške značke oko njihovih vratova, i da zahtijevaju od svih Kopta koji se žele baviti poslovnom djelatnošću, da moraju biti žigosani znakom lava na rukama. Svakome koga se uhvati bez žiga, trebalo je odrezati ruku.12. Kuzma I. Kosma • Κοσμά • قسما (Banna Abu Sir, Egipat)729. – 730. koptski papa Aleksandrije13.Teodor I. Tadros • Τάδρος • ثاؤدروس (Egipat)730. – 742. koptski papa Aleksandrije14.Teodor II. Khail • Χαλίλ • خائيل (Egipat) 743. – 767. koptski papa Aleksandrije. Guverner Abd al-Malik ibn Marvan ibn Musa bin Nusair je dao papu Mihaela I. zarobiti i mučiti. Kad je kralj Kiriakos iz Makurije za to čuo, pobjesnio je i krenuo s vojskom od 100.000 vojnika da bi napali Egipat i oslobodili papu. Kralj i makurijanska vojska pobili su sve muslimane na koje su naišli a onda opkolili grad al-Fustat (Kairo). Kad je Abd al-Malik vidio toliku vojsku oko grada, prepao se i ponudio da pusti Papu iz zatočeništva u zamjenu za mir između njega i kralja. Papa je uspio nagovoriti kralja da prihvati mir s Abd al-Malikom, što je Kralj, na kraju, i prihvatio pa se vratio s vojskom u Makuriju.15.Mina I. Mena • Μένα • مينا (Samanoud, Egipat)767. – 776. koptski papa Aleksandrije16.Ivan VI. Yoannis • Γιάννης • يوأنسر (Banna Abu Sir, Egipat) 777. – 799. koptski papa Aleksandrije
IX. stoljeće Redni brojPapa/PatrijarhIme prije početka pontifikatalatinski • grčki • arapski(mjesto rođenja)Vrijemepontifikata Bilješke17.Marko II. Marcus • Μάρκος • ماركوس (Aleksandija, Egipat)799. – 819. koptski papa Aleksandrije. Tijekom njegovog pontifikata Kopte je progonio sultan Abasidskog Kalifata, Harun el-Rašid.18.Jakov Yakobus • Γιακόμπους • ياكوبوس (Aleksandija, Egipat)819. – 830. koptski papa Aleksandrije. Godine 829., Kopti iz cijelog područja delte Nila su se pobunili protiv muslimanskih vlasti zbog pretjeranog oporezivanja i vjerskih progona. Ustanak se proširio na Gornji Egipat. To je bila najveća, najrasprostranjena i najopsežnija egipatska pobuna u povijesti Egipta pod Islamom.19.Simeon II. Simon • Σιμόν • سيماؤن (Aleksandija, Egipat)830. koptski papa Aleksandrije20.Josip Youssef • Γιούσεφ • يوساب (Menouf, Egipat)831. – 849. koptski papa Aleksandrije. Godine 831. Al-Ma'mun, kalif Abasidskog Kalifata zatražio je od Pape da smiri pobunjenike. Papa je pozvao na smirenost i posluh prema tlačitelju. Svi su ga poslušali, osim naroda Bašmur na najsjevernijem dijelu delte Nila, koji su odbili poslušati savjet. Konačno je Al-Ma'mun morao dovesti veliku vojsku sa slonovima iz Turske kako bi osvojio bašmuriance. Bez pomoći Gornjeg Egipta, pobuna bašmurijanaca završila je porazom, krvoprolićem i masovnim uništenjem u šipražju Donjeg Egipta. Sva preživjela populacija tog područja silom je protjerana u Siriju.21.Mihovil II. Khail • Χαλίλ • خائيل (Egipat)849. – 851. koptski papa Aleksandrije. U 882. guverner Egipata, Ahmad ibn Tulun je natjerao papu da plati visoke doprinose, prisiljavajući ga da proda crkvu i neke prateće objekte lokalnoj židovskoj zajednici. Nekada se vjerovalo da je ti objekti kasnije postali mjesto Kairske genize (genizah od hebrejskog za skrovište).22.Kuzma II. Kosma • Κοσμά • قسما (Samanoud, Egipat)851. – 858. koptski papa Aleksandrije23.Šenuda I. Shenoudus • Σενούδου • سانوتيوس (Samanoud, Egipat) 859. – 880. koptski papa Aleksandrije
X. stoljeće Redni brojPapa/PatrijarhIme prije početka pontifikatalatinski • grčki • arapski(mjesto rođenja)Vrijemepontifikata Bilješke24.Mihovil III. Khail • Χαλίλ • خائيل (Egipat)880. – 907. koptski papa Aleksandrije25.Gabriel I. Gabriel • Γαβριήλ • غبريال (Shibin El Kom, Egipat)909. – 920. koptski papa Aleksandrije26.Kuzma III. Kosma • Κοσμά • قسما Egipat920. – 932. koptski papa Aleksandrije27.Makarije I. Macarius • Μακάριος • مكاريوس (Aleksandrija, Egipat)932. – 952. koptski papa Aleksandrije28. Teofil II. Theophilus • Θεόφιλος • ثيوفيلوس (Aleksandrija, Egipat)952. – 956. koptski papa Aleksandrije29.Mina II. Mena • Μένα • مينا Sandela, Egipat956. – 974. koptski papa Aleksandrije30.Abraham Abraam • Αβραάμ • أبرآم بن زرعة (Sirija)975. – 978. koptski papa Aleksandrije. Al-Mu'iz, kalif Fatimidskog Kalifata, izazvao je papu Abrahama riječima: "ako imate onoliko vjere koliko je zrno gorušice, reći ćete ovoj planini:" Pomakni se odavde do tamo "i pomaknut će se" (Matej 17,20, Marko 11:23). Nakon 3 dana molitve i posta, papa je sa sv. Simonom Tanerom premjestio planinu Mokatam istočno od Kaira. Priča o tom čudu može se naći u povijesti aleksandrijskih patrijarha koju je napisao povjesničar Severus Ibn al-Mugafa.31.Filotej Philotheus • Φιλόθεος • غبريال (Egipat)979. – 1003.koptski papa Aleksandrije
XI. stoljeće Redni brojPapa/PatrijarhIme prije početka pontifikatalatinski • grčki • arapski(mjesto rođenja)Vrijemepontifikata Bilješke32.Zaharije Zechariah • Ζαχαρίας • زخارياس (Aleksandrija, Egipat)1004. – 1032. koptski papa Aleksandrije. Tijekom svoga pontifikata, kalif Al-Hakim je devet godina progonio Kopte. Srušeno je više od 30.000 crkava, uključujući spaljivanje Crkve svetog Groba u Jeruzalemu. Al-Hakim je uhvatio papu, razmazao mu odjeću s krvlju zaklane ovce i bacio ga gladnim lavovima, ali se desilo čudo, nijedan lav ga nije dirnuo. Kalif nije mogao vjerovati svojim očima i naložio je da se papi dopusti da obnovi oštećene, i da ponovno izgradi one uništene crkve.33.Šenuda II. Shenoudus • Σενούδου • سانوتيوس (Minya El Qamh, Egipat)1032. – 1046. koptski papa Aleksandrije34. Kristodol Khristodoulus • Χριστοδούλου • خرستوذولس Manzala, Egipat1046. – 1077. koptski papa Aleksandrije. Godine 1047. je sjedište koptskog pravoslavnog pape premješteno iz Aleksandrije u Kairo.35.Ćiril II.Guirguis • Κύριλλος • كيرلس (Egipat)1078. – 1092. koptski papa Aleksandrije 36. Mihovil IV. Mikhail • Μιχαήλ • ميخائيل (Sakha, Egipat)1092. – 1102. koptski papa Aleksandrije
XII. stoljeće Redni brojPapa/PatrijarhIme prije početka pontifikatalatinski • grčki • arapski(mjesto rođenja)Vrijemepontifikata Bilješke37.Makarije II. Egipat1102. – 1128. koptski papa Aleksandrije 38.Gabrijel II. Gabriel • Γαβριήλ • غبريال (Egipat) 1131. – 1145. koptski papa Aleksandrije39.Mihovil V. Mikhail • Μιχαήλ • ميخائيل (Daqadus, Egipat)1145. – 1146. koptski papa Aleksandrije 40. Ivan V. Yoannis • Γιάννης • يوأنسر (Egipat)1147. – 1166. koptski papa Aleksandrije41.Marko III. Marcus • Μάρκος • ماركوس (Aleksandrija, Egipat)1166. – 1189. koptski papa Aleksandrije
XIII. stoljeće Redni brojPapa/PatrijarhIme prije početka pontifikatalatinski • grčki • arapski(mjesto rođenja)Vrijemepontifikata Bilješke42. Ivan VI. Yoannis • Γιάννης • يوأنسر (Egipat)1189. – 1216. koptski papa Aleksandrije. Nakon njegovog odlaska Apostolski tron je ostao upražnjen sljedećih 19 godina, što je najduži period u povjesti Koptske pravoslavne Crkve.43.Ćiril III. Daoud • Νταούντ • كيرلس (Falijum, Egipat)1235. – 1243. koptski papa Aleksandrije. Nakon njegovog odlaska, Apostolski prijestol je ostao upražnjen sedam godina i sedam mjeseci zbog intenzivnog progona koji nije dopustio Koptima da izaberu nasljednika.44. Atanazije III. Anastasius • Αναστάσιος • أناستاسيوس (Egipat) 1250. – 1261. koptski papa Aleksandrije45.Gabrijel III. Gabriel • Γαβριήλ • غبريال (Egipat)1268. – 1271. koptski papa Aleksandrije46.Ivan VII. Youhanna • Ηγάννα • يوحنا (Kairo, Egipat)1262. – 1269.1271. – 1293. koptski papa Aleksandrije. Uz potporu nekih biskupa, papa Ivan VII. je tri godine mijenjao papu Gabriel III. koji je izvorno bio jedan od kandidata za Papu. Papa Ivan VII. Je obnovio svoj pontifikat nakon smrti pape Gabrijela III. Ovo je jedina prigoda u povijesti da Koptska pravoslavna Crkva istodobno ima dvojicu papa.47.Teodozije II. Abdelmasih • Αμπντελμασί • عبد المسيح (Bani-Khosaim,, Egipat)1294. – 1300. koptski papa Aleksandrije
XIV. stoljeće