mini|Kolaboracionistička Litavska sigurnosna policija (1941-1944) spaljuje sinagogu.
Holokaust u Litvi označava sustavno istrebljenje Židova u dijelu Reichskommissariat-a Ostland koji je obuhvaćao prostor Litavske Sovjetske Socijalističke Republike (osnovane 1940.) pod okupacijom Trećeg Reicha. Od približno 208.000 ili 210.000 Židova procjenjuje se da ih je između 190.000 i 195.000 ubijeno prije kraja Drugog svjetskog rata, najviše u razdoblju od lipnja do prosinca 1941. godine. U Holokaustu je stradalo preko 95 % svih litavskih Židova što je najveći udio stradalih u svim zemljama u kojima je provođen zločin Holokausta. Povjesničari ovako velik udio stradalih pripisuju masovnom kolaboracionizmu od strane ne-židovskih lokalnih litavskih paramilitarnih grupa, dok su motivi te kolaboracije predmet rasprava.Daniel Brook, "Double Genocide. Lithuania wants to erase its ugly history of Nazi collaboration—by accusing Jewish partisans who fought the Germans of war crimes.", Slate, July 26, 2015 Holokaust predstavlja najveći pomor stanovništva u tako kratkom razdoblju u povijesti Litve.
Događaji u zapadnim okupiranim dijelovima Sovjetskog Saveza koji su se odvijali u prvim tjednima okupacije predstavljali su dramatično razbuktavanje politike provođenja Holokausta.
Značajnu komponentu Holokausta u Litvi čini i uspjeh u raspirivanja već postojećeg antisemitizma kroz koji su nacističke snage narativno povezale lokalnu židovsku zajednicu sa sovjetskom okupacijom Litve iz 1940. godine. Nacisti su se u ostvarenju cilja uništenja Židova u značajnoj mjeri oslanjali na organizaciju, pripreme i provedbu naredbi od strane litavskih kolaboracionista.
Još i danas, tema Holokausta i uloge koju su Litavci imali u provedbi genocida, uključujući i neke istaknute litavske nacionaliste, kontroverzna je tema u litavskom društvu.Stanislovas Stasiulis "The Holocaust in Lithuania: The Key Characteristics of Its History, and the Key Issues in Historiography and Cultural Memory." East European Politics and Societies 34#1 (2020): 261-279.
Pozadina Do Drugog svjetskog rata područje današnje Litve kulturnog i političkog života židovske zajednice u Europi. Današnji litavski glavni grad Vilnius bio je poznat i kao Jeruzalem sjevera zbog brojnih vjerskih, kulturnih i znanstveno-obrazovnih institucija kojima je bio dom.
Nakon njemačko-sovjetske invazije na Poljsku u rujnu 1939. godine, Sovjetski je Savez 10. listopada potpisao ugovor s Litvom kojim joj je predao grad Vilnius (danas glavni grad, a do tada u sastavu Poljske i s poljsko-židovskim stanovništvom) u zamjenu za vojne koncesije. SSSR je anektirao Litvu 1940. nakon provedbe izbora. Njemački napad na SSSR, 22. lipnja 1941. godine, započep je godinu dana nakon sovjetske okupacije koja je kulminirala u masovnim deportacijama baltičkog stanovništva svega tjedan dana prije njemačke invazije. Nacističke snage su od strane Litavaca dočekane kao osloboditelji te su im paramilitarne jedinice pružile podršku u borbi protiv sovjetskih snaga u povlačenju. Mnogi Litavci su vjerovali kako će im njemačke snage dozvoliti obnovu nekog oblika nezavisnosti (kao što su učiniti u Slovačkoj i naknadno NDH). Dijelom i kako bi udobrovoljili okupacijske snage, dio stanovništva počeo je iskazivati snažne antisemitističke osjećaje. Nacistička Njemačka iskoristila je ovu situaciju i u prvom tjednu ofenzive dozvolila osnivanje Litavske prelazne vlade i Litavskog aktivističkog fronta. U kratkom je razdoblju izgledalo kako je Litva funkcionirati na sličan način kao i Slovačka. Neovisnije litavske institucije ipak su ukinute nakon prvog mjeseca okupacije u srpnju i rujnu 1941. godine te su Nijemci preuzeli izravniju kontrolu.
Tijek Holokausta Procjene broja žrtava mini|Karta s procjenom broja žrtava Holokausta u zemljama baltičke regije. Procjene broja litavskih Židova prije njemačke invazije kreću se na oko 210.000 stanovnika uz tvrdnju Litavskog zavoda za statistiku da je na 1. siječnja 1941. u zemlji bilo 208.000 Židova. Te procjene, uz službene podatke o iseljavanju u prvom razdoblju sovjetske uprave (oko 8.500 osoba), osobe pobjegle iz geta u Kaunasu i Vilniusu (1.500-2.000 osoba) i osobe koje su preživjele u logorima do dana kada ih je oslobodila Crvena armija (2.000-3.000), dovode do ukupnog broja od 195.000 do 196.000 ubijenih litavskih Židova. Unatoč tome što su okvirni brojevi poznati, kao i u drugim masovnim zločinima iznimno je teško utvrditi konačan broj žrtava s apsulutnom preciznošću. Brojevi kojima povjesničari raspolažu povremeno se i značajno razlikuju uz najmanje brojeve od oko 165.000 do većih brojeva koji dosežu 254.000 koji jerojatno uključuju i Židove s drugih područja ubijene u Litvi.
U razdoblju rata postojala su organičena nastojanja za spašavanje progonjenog stanovništva. U razdoblju od 16. srpnja do 3. kolovoza 1940. počasni konzul Nizozemske u Kaunasu Jan Zwartendijk koji je za 2.200 Židva osigurao treću destinaciju na karipskom otoku Curaçao (koloniji koja nije tražila ulazne vize) i u Surinamu (koji je također bio nizozemska kolonija do 1975. godine). Službenik japanske vlade Chiune Sugihara, koji je služio kao zamjenik konzula u Kaunasu, izdao je 6.000 tranzitnih viza za putovanje japanskim teritorijem litavskim Židovima čime je ugrozio svoj i život članova vlastite obitelji. Izbjegli Židovi bili su građani okupiranih dijelova predratne Poljske i Litve.
Događaji u okviru Holokausta u Litvi mini|Ubojstva Židova od strane litavskih snaga 27. lipnja 1941. tijekom Pogroma u Kaunasu. U pozadini, njemački vojnici i litavski civili (uključujući žene i djecu) promatraju pokolj. Današnji litavski lučki grad Klaipėda (na njemčakom poznat kao Memel) kroz povijest je bio dio Hanzeatskog saveza te je do 1918. pripadao Njemačkom Carstvu kao dio Istočne Pruske. U razdoblju litavske međuratne nezavisnosti grad je uživao određenu razinu autonomije i bio pod patronatom Lige naroda. Kada su grad 15. ožujka 1939. zauzele njemačke snage u njemu je živjelo oko 8.000 Židova koji su pobjegli u tada neokupirani dio Litve gdje ih je većina stradala nakon invazije u lipnju 1941. godine.
Kronološki se genocid u Litvi unutar njezinih tadašnjih granica može podijeliti na tri faze od kojih je prva trajala od ljeta pa do kraja 1941., druga od prosinca 1941. do ožujka 1943. i treća od travnja 1943. do srpnja 1944. godine.
Većina litavskih Židova stradala je u prvoj fazi Holokausta u prvim mjesecima okupacije i prije kraja 1941. Sile osovine napale su Sovjetski Savez 22. lipnja 1941. što se poklopilo i s takozvanim Lipanjskim ustankom u Litvi. Prije dolaska samih njemačkih okupacijskih snaga Litavski je aktivistički front i sam napao sovjetske snage, preuzeo vlast u nekoliko gradova, započeo širenje antisemitističke propagande i počinio masakre nad litavskim Židovima i Poljacima. U noći s 25. na 26. lipanj Algirdas Klimaitis naredio je svojim snagama od 800 ljudi da započnu Pogrom u Kaunasu. Zapovjednik SS-a Franz Walter Stahlecker je 28. lipnja 1941. tvrdio kako je tom prilikom ubijeno 3.800 žrtava u samom gradu i 1.200 u regiji oko grada. Klimaitisove snage uništile su nekoliko sinagoga i oko 60 židovskih kuća. U revizionističkim nastojanjima od u 1990-im godinama broj žrtava koje navodi Stahlecker dovođen je u pitanje kao pretjerano velik.
Njemački odredi smrti, Einsatzgruppen, slijedile su nadiruću njemački armiju te su već u lipnju i oni započeli organizaciju ubojstava Židova. Prvi zabilježeni zločin ovih odreda dogodili su se 22. lipnja 1941. godine u pograničnom gradu Gargždaiju koji je bio jedno od najstarijih židovskih naselja u zemlji i na svega 18 kilometara od Memela koji su nijemci ponovno zauzeli. Oko 800 Židova je ubijeno u događaju koji je poznat kao Gargždajski masakr. U masakru je stradalo i oko 100 ne-Židova, mnogi jes su pokušali pomoći svojim židovskim sugrađanima. Do kraja godine u Litvi je stradalo između 80.000 i 175.000 Židova.
Zbog vrlo ranog i brzog progona mnoge litavske židovske žrtve nikada nisu živjele u getima ili bile deportirane u koncentracijske logore koji su u to rijeme tek osnivani. Većina žrtava ubijana je u jamama u blizini mjesta boravka u ozloglašenim masovnim ubojstvima kao što su Masakr u Kaunasu 29. listopada 1941. koji je izvršen u šumi pored grada ili sličan zločin u Vilniusu. Do 1942. preživjelo je jop oko 45.000 Židova, većinom oni koji su poslani u geta ili koncentracijske kampove.
U drugoj fazi Holokaust je u Litvi usporen i njemake su okupacione snage odlučile koristiti židovski prisilni rad za održavanje ratne ekonomije. U trećoj fazi Holokaust je još jednom intenziviran i u njoj su likvidirani preostali zarobljenici logora i židovskih geta.
Dva su faktora doprinijela rapidnom uništenju židovske zajednice u Litvi. Prvi je bio značajna razina potpore „de-jueizaciji” među litavskim masama dok je drugi bio rani njemački plan za kolonizaciju Litve koja je dijelila granice s Istočnom Pruskom.
Uloga litavskih kolaboracionista mini|Član Litavske sigurnosne policije provodi grupu Židova kroz Vilnius. mini|Njemački vojnici i Litavci promatraju sinagogu u plamenu, 9. srpnja 1941. mini|lijevo|Obilježje na mjestu masovnih grobnica u blizina grada Jonava. Dina Porat, vodeća povjesničarka Yad Vashem-a, piše kako su „Litavci pokazali Einsatzgruppen-u kako ubijati žene i djecu, i možda ih i prilagodili na tu praksu... Zaista, nadiruće njemačke jedinice ubijale su većinom muškarce, dok su Litavci ubijali neselektivno”.
Administracija nacističke Njemačke usmjeravala je i podupirala ubijanje litavskih Židova. Lokalni litavski kolaboracionisti okupatorskog režima izvršavali su pripremu, logistiku i provedbu ubojstava pod nacističkim vodstvom. Nacistički SS brogadir Franz Walter Stahlecker stigao je u Kaunas 25. lipnja 1941. godine gdje je održao zapaljive govore kojim se poticalo ubijanje građana Židova. U početku je održavao govore u zgradi sigurnosnih službi, nakon čega je održavao govore i u samom gradu. U izvještaju od 15. listopada Stahlecker je pisao o uspjehu u prikrivanju najranijih akcija Vorkommando-s i kako sada izgleda kako se radi o inicijativi lokalne populacije. Grupe partizanskog organizacijskog tipa, civilne desničarske nacionalističke i antisovjetske jedinice, inicirale su kontak s Nijemcima čim su one stupile na litavski teritorij. Jedinice pod zapovjedništvom Algirdas-a Klimaitis-a, podržane od strane Nijemaca u Sicherheitspolizei-ju and Sicherheitsdienst-u započeli su anti-židovske pogrome u Kaunasu u noći s 25. na 26. lipnja 1941. Preko tisuću Židova stradalo je u događaju koji je bio prvi pogrom u okupiranoj Litvi. Točan broj žrtava pogroma je nepoznat dok se brojke kreću od 1.500 do 3.800 žrtava pogroma kada se u njih ubroje i žrtve u okolini grada.
24. lipnja 1941. godine Litavska sigurnosna policija (Lietuvos saugumo policija) došla je pod upravu Njemačke policije i obavještajne službe. Litavske jedinice su uključene u brojne akcije usmjerene protiv Židova i proti neprijatelja nacističkog režima. Nacistički zapovjednici ispunjavali su svoje izvještaje svjedočanstvima o "zelotizmu" litaskih policijskih jedinica koji premašuje i motivaciju među samim njemačkim jedinicama. Najozloglašenija litavska jedinica koja je provodila Holokaust bila je Ypatingasis būrys koja je masakrirala tisuće Židova i pripadnika poljske manjine u okolici Vilniusa. Druga organizacija uključena u provedbu Holokausta bila je Litaska radnička garda. Brojni Litavci koji su podržavali nacističku politiku pridružili su se fašističkoj organizaciji Željezni vuk. Tako je u cjelini, litavska nacionalistička administracija bila usmjerena ka uništenju Židova kao doživljenih neprijatelja i potencijalnih rivala etničkim Litavcima te stoga ne samo da se nije opirala nacističkom Holokaustu već ga je efektivno prihvatila i kao vlastiti cilj.