Raspad Svetoga Rimskog Carstva službeno se dogodio 6. kolovoza 1806. godine, kada se Franjo II., posljednji rimsko-njemački car, odrekao carske krune i titule.: »…odreče se Franjo II. naslova cara njemačkoga (6. kolovoza 1806.). Time nestade i carstva njemačkoga.« Franjo je ujedno ukinuo Sveto Rimsko Carstvo kako titula rimsko-njemačkoga cara ne bi pripala Napoleonu I. Bonaparteu i kako Habsburgovci ne bi morali postati Napoleonovi vazali. Sveto Rimsko Carstvo već se de facto raspalo kada su se 12. srpnja 1806. godine Napoleonovi njemački saveznici odvojili od Svetoga Rimskog Carstva i pridružili Rajnskoj konfederaciji.
Sveto Rimsko Carstvo počelo je slabiti već u 11. stoljeću tijekom Borbe za investituru, a u 16. stoljeću bilo je »toliko decentralizirano da je bilo nešto više od labave federacije«.
Zapadni Europljani još su od srednjega vijeka priznavali Sveto Rimsko Carstvo kao pravoga nasljednika staroga Rimskog Carstva jer je papinstvo njegove careve proglasilo rimskim carevima. Oni su uz pomoć rimskoga nasljeđa potvrdili svoju vlast nad cijelom kršćanskom Europom i šire, tvrdeći da su univerzalni monarsi. Univerzalnu prirodu Carstva ugrozila je pojava prvih suverenih teritorijalnih država u 16. i 17. stoljeću, koja je sa sobom donijela ideju da jurisdikcija odgovara stvarnome teritoriju kojim se upravlja.
Suvremenici iz 18. stoljeća, unutar i izvan Carstva, smatrali su Sveto Rimsko Carstvo »neregularnom« i »bolesnom« monarhijom koja ima »neobičan« oblik vladavine. Carstvu su nedostajale središnja stalna vojska i središnja riznica, a njegovi vladari – formalno izabrani, a ne nasljedni – nisu mogli vršiti učinkovitu središnju vlast. Čak i tada, većina suvremenika vjerovala je da bi se Carstvo moglo oživjeti.
Svoj je krajnji pad Sveto Rimsko Carstvo doživjelo tijekom i nakon sudjelovanja u Francuskim revolucionarnim i Napoleonskim ratovima. Rat s Prvim Francuskim Carstvom i Napoleonom I. Bonaparteom bio je katastrofalan iako se Carstvo u početku vrlo dobro branilo. Godine 1804. Napoleon se proglasio carem Francuza, na što je Franjo II. odgovorio proglasivši se carem Austrije (usto je već bio rimsko-njemački car). Tim je činom Franjo pokušao održati ravnopravnost između novonastalih carstava, ujedno tumačeći da titula rimsko-njemačkoga cara nadmašuje i austrijsku i francusku titulu. Sveto Rimsko Carstvo zapravo je propalo nakon austrijskoga poraza u Bitki kod Austerlitza i odcjepljenja mnogih Franjinih njemačkih vazala u srpnju 1806. godine kako bi uspostavili francusku satelitsku državu Rajnsku konfederaciju. Abdikacija Franje II. te raspuštanje cjelokupne hijerarhije i institucija Svetoga Rimskog Carstva u kolovozu 1806. godine smatrali su se nužnim za sprječavanje mogućnosti da se Napoleon proglasi rimsko-njemačkim carem, čime bi Franjo postao njegovim vazalom.
Reakcije na raspad Carstva varirale su od ravnodušnosti do očaja. Građani Beča, glavnoga grada Habsburške Monarhije, bili su užasnuti nestankom Carstva. Zakonitost Franjinih postupaka uvelike se dovodila u pitanje. Iako je njegova abdikacija bila potpuno zakonita, smatralo se da su ukinuće Carstva i oslobađanje svih njegovih vazala bili izvan careve ovlasti. Mnogi knezovi i podanici Svetoga Rimskog Carstva nisu se mogli pomiriti s njegovom propašću. Neki su pučani mislili da je vijest o ukinuću Carstva bila zavjera lokalnih vlasti. Raspad Carstva u Njemačkoj se uvelike uspoređivao s polulegendarnim padom Troje, a neki su ga uspoređivali i s posljednjim vremenima te smakom svijeta. Međutim, neki suvremenici ismijali su nestanak Svetoga Rimskog Carstva i žaljenja zbog istoga.
Pozadina Ideologija Svetoga Rimskog Carstva minijatura|Mramorno poprsje posljednjega rimsko-njemačkog cara Franje II. u stilu inspiriranome mramornim poprsjima iz doba Antičkoga Rima.
Definirajuća karakteristika Svetoga Rimskog Carstva bila je ideja da je rimsko-njemački car predstavljao vodećega monarha u Europi te da je njegovo carstvo bio jedini pravi nastavak antičkoga Rimskog Carstva prema proklamaciji papā u Rimu. Titula rimsko-njemačkoga cara nosila je »božansku auru« i »božansku potvrdu« jer je rimsko-njemački car bio »svjetovni mač papinstva«, »vođa vjernika oko kojih se stvarao europski identitet« i zaštitnik Crkve. Također je bio odgovoran za zaštitu pape od svih neprijatelja, zaštitu kršćanstva od poganskih osvajača i »promicanje misionarskoga žara« te je s papom trebao voditi kršćanstvo. Rimsko-njemački carevi bili su čvrsto uvjereni da su oni jedini pravi carevi u Europi i, iako su formalno priznali osmanske sultane za careve 1606. i vladare Rusije za careve 1721. godine, ta su priznanja bila uvjetovana činjenicom da je rimsko-njemački car uvijek bio nadmoćniji. Nadmoć cara bila je izraz ideje da se Sveto Rimsko Carstvo teoretski prostire na sve kršćane na univerzalan način. Prema riječima Petera H. Wilsona, to je »uvijek više bio ideal nego stvarnost, budući da Carstvo nikada nije obuhvaćalo cijelu kršćansku Europu niti se njime izravno upravljalo iz jedne prijestolnice«. Carska vlast nije počivala na carevoj vlastitoj krunskoj zemlji, već na carevoj ulozi najvišega svjetovnog vladara u svijetu te prvaka i branitelja Katoličke Crkve. Nedostatak definirane prijestolnice i dosljednih krunskih zemalja učvrstio je ideju da je carska titula univerzalna jer nije bila nužno povezana s bilo kojim područjem.
Kroz svoje dugo postojanje, Sveto Rimsko Carstvo bilo je središnji element međunarodnih odnosa u Europi, ne samo zato što je sâmo Carstvo često bilo jedno od najmoćnijih na kontinentu, već i zbog sâmoga cara. Budući da su rimsko-njemački carevi bili međunarodno priznati nasljednici starih rimskih careva i najistaknutijih kršćanskih vladara, tvrdili su (i često im je bilo priznato) da imaju prednost nad drugim vladarima.
Iako su se carevi formalno nazivali »izabranim rimskim carevima« od 1508. godine, kada je car Maksimilijan I. preuzeo titulu bez potrebe za papinskom krunidbom, univerzalistički karakter Carstva održavao se kroz carevu feudalnu vlast koja se protezala izvan institucija koje su bile razvijene unutar formalnih granica Svetoga Rimskog Carstva. Carski teritoriji koje su držali vladari drugih kraljevstva ostali su carski vazali. Naprimjer, kraljevi Švedske i Danske prihvatili su vazalstvo u odnosu na svoje njemačke zemlje do 1806. godine, kada su te zemlje formalno uključene u njihova kraljevstva. Reformacija u 16. stoljeću otežala je upravljanje Carstvom i dovela u pitanje njegovu ulogu »svetoga«. Unatoč tomu što su se luteranizam i kalvinizam tolerirali od 1555., odnosno od 1648. godine nadalje, katoličanstvo je ostalo jedina priznata vjera. Čak i tada, Carska Crkva smanjila se od 16. stoljeća nadalje, s nekim crkvenim teritorijima koji su sekularizirani ili uvijek pod upravom iste obitelji. »Sveta« priroda Svetoga Rimskog Carstva postala je još upitnija kada je Karlovačkim mirom iz 1699. godine prihvaćena mogućnost trajnoga mira s Osmanskim Carstvom koje se naširoko smatralo smrtnim neprijateljem kršćanske Europe.
I papinstvo i Sveto Rimsko Carstvo nastavili su u ranomu novom vijeku zahtijevati svoja tradicionalna prava univerzalne jurisdikcije – prava vršenja jurisdikcije u cijelome svijetu, čak i ako nisu imali de facto kontrolu nad određenim teritorijima. Zajedno s papinstvom, Sveto Rimsko Carstvo predstavljalo je priznato središte kršćanskoga svijeta i jedan od stupova na kojima je ono počivalo. Carstvu su njegov utjecaj i njegovo mjesto u priznatome svjetskom poretku davali njegovu pravu moć, a ne stvarni opseg njegovih teritorijalnih domena. Dvojna vladavina pape i cara zapravo je okončana Westfalskim mirom naposljetku Tridesetogodišnjega rata 1648. godine, pri čemu je Carstvo zauvijek odvojeno od papinstva. Papinstvo nije igralo nikakvu ulogu u pregovorima, a u očima pape Inocenta X. mir je uništio vezu između pape i cara, koja je držala Europu na okupu još od vremena Karla Velikoga osam stoljeća prije. U 17. stoljeću dolazi do istinske pojave modernoga sustava međunarodnih odnosa i diplomacije tamo gdje su međunarodne sporove između europskih vladara prethodno rješavali i posredovali papa i/ili car.
Jedna od najvećih prijetnji tradicionalnoj (i teoretskoj) univerzalnoj jurisdikciji dodijeljenoj rimsko-njemačkome caru i papi u cijelomu kršćanskom svijetu bila je pojava modernih suverenih teritorijalnih država u 16. i 17. stoljeću, što je značilo uspon ideje da je jurisdikcija bila jednaka izravnoj kontroli teritorija. Za vladare teritorijalnih država, i papinstvo i Sveto Rimsko Carstvo predstavljali su »univerzalne antagoniste«, tvrdeći da je jurisdikcija nad cijelim svijetom njihova po pravu kroz njihovu vezu sa starim Rimom i kroz njihovu ulogu »zemaljskih predstavnika Isusa Krista«. Kraljevi koji su tvrdili da imaju vlastiti suverenitet bez Carstva činili su to u ulozi rex in regno suo (hrv. ‘kralj u svome kraljevstvu’), vladara koji je mogao imati zakonske ovlasti cara (kao apsolutnoga monarha) unutar granica vlastitoga teritorija jer carevi nisu zaštitili svoj narod od stranih neprijatelja. Ambiciozni carevi, poput Karla V. ( 1519. – 1556.) i Ferdinanda II. ( 1619. – 1637.), koji su nastojali spojiti univerzalnu jurisdikciju sa stvarnom univerzalnom vremenskom vladavinom i univerzalnim carskim autoritetom predstavljali su prijetnju daljnjemu postojanju europskih zemalja. Karlo V. bio je posljednji rimsko-njemački car kojega je okrunio papa i kao takav posljednji koji je službeno proglašen zaštitnikom Crkve, što je uloga koju su zanemarivali mnogi njegovi nasljednici.
Faza sekularizacije (16. – 18. st.) minijatura|Kneževine-biskupije Svetoga Rimskog Carstva, svaka sa svojim odgovarajućim Hochstiftom oko 1780. godine.
Rana sekularizacija (16. – 17. st.) Registar pripremljen za Wormski sabor iz 1521. godine navodi kao crkvene staleže tri crkvena izborna kneza, četiri nadbiskupa, 46 biskupa i 83 niža prelata (carska opata i opatice) u usporedbi sa 180 svjetovnih gospodara. Do 1792. godine, ostala su samo tri izborna kneza, jedan nadbiskup, 29 biskupa i knezova-opata te 40 prelata, uz 165 svjetovnih posjeda. Pad je započeo puno prije Reformacije koja je samo ubrzala težnju svjetovnih vladara da u svoje teritorije ugrade materijalnu imovinu crkvenih feuda. Mnogi od crkvenih posjeda zabilježenih u registru iz 1521. godine već su tako nestajali, uključujući i 15 kneževina-biskupija.
Tijekom Reformacije nekoliko je biskupija na sjeveru i sjeveroistoku sekularizirano i pretvoreno u svjetovna vojvodstva, uglavnom u korist protestantskih knezova. U kasnijemu je 16. stoljeću protureformacija pokušala preokrenuti neke od tih sekularizacija, a pitanje sudbine sekulariziranih teritorija postalo je važno u Tridesetogodišnjemu ratu. Naposljetku je Westfalski mir potvrdio sekularizaciju niza kneževina-biskupija, uključujući nadbiskupije Bremen i Magdeburg te šest biskupija s punim političkim ovlastima, koje su dodijeljene Švedskoj, Brandenburgu i Mecklenburgu. S druge su strane Hildesheim i Paderborn, koji su desetljećima bili pod protestantskom upravom i smatrani izgubljenima, obnovljeni kao kneževine-biskupije. Tada je 65 crkvenih vladara kontroliralo 14 % kopnene površine i otprilike 12 % stanovništva Svetoga Rimskog Carstva (oko podanika).
Njemački su vladari – zbog traumatičnoga iskustva iz Tridesetogodišnjega rata, tijekom kojega je u Europi uništeno oko sela i nakon kojega je broj stanovnika u Njemačkoj pao sa 17 milijuna (1618.) na 8 milijuna (1648.), i kako bi izbjegli ponavljanje te katastrofe – sada bili skloni cijenjenju prava i pravne strukture više nego ikada prije u povijesti Carstva. To dobrim dijelom objašnjava zašto su srednje i male države, crkvene i svjetovne, mogle preživjeti te čak napredovati u blizini moćnih država sa stalnim vojskama (poput Brandenburga-Pruske, Bavarske i Austrije).
Pokušaji sekularizacije u 18. stoljeću