Dok mnoge kršćanske denominacije dopuštaju ili nemaju službeni stav o članstvu svojih vjernika u slobodnom zidarstvu, neke ga otvoreno obeshrabruju ili čak strogo zabranjuju.

Katolička Crkva je kroz povijest dosljedno osuđivala slobodno zidarstvo, smatrajući njezine doktrine i obrede nespojivima s kršćanskom vjerom. Pravoslavne Crkve, iako nemaju jedinstven stav, u većini slučajeva također izražavaju rezerve ili osuđuju masonske aktivnosti. Unutar protestantskih zajednica stavovi su podijeljeni – dok neke crkve, poput Anglikanske i Luteranske, ne zabranjuju članstvo, druge, poput metodista i baptista, često upozoravaju na moguće sukobe između masonskih učenja i kršćanske vjere. Evangeličke crkve često zauzimaju izrazito negativan stav prema slobodnom zidarstvu, smatrajući ga suprotnim biblijskom nauku.

Općenito, stav pojedinih kršćanskih crkava prema slobodnom zidarstvu ovisi o njihovom teološkom tumačenju, povijesnom kontekstu i odnosima s masonskim ložama u određenim zemljama i razdobljima.

Katolička Crkva mini|200px|Objava papinske bule In eminenti Apostolatus Specula Klementa XII. 1738. godine.

Katolička Crkva jedan je od najupornijih kritičara slobodnog zidarstva. Crkva je svojim vjernicima zabranila članstvo u masonskim ložama još od papinske bule In eminenti Apostolatus Specula, koju je 1738. proglasio papa Klement XII. Od tada je Vatikan izdao nekoliko papinskih bula kojima se zabranjuje katolicima da budu slobodni zidari, uz prijetnju izopćenja.

Godine 1983. promijenjen je Zakonik kanonskog prava, koji je tada glasio: "Tko pristupi udruzi koja kuje urotu protiv Crkve, neka bude kažnjen pravednom kaznom; tko pak takvu udrugu promiče ili njome upravlja, neka bude kažnjen interdiktom." Time je ukinuta eksplicitna kazna izopćenja za slobodne zidare. Kardinal Joseph Ratzinger, koji je kasnije postao papa Benedikt XVI., u jednom je pismu napisao da su oni koji se učlanjuju u masonske udruge u stanju teškog grijeha i ne smiju primiti svetu pričest. Iako trenutni Kanonski zakon ne predviđa izopćenje za članstvo u slobodnom zidarstvu, ono je i dalje zabranjeno. Navedeno pismo ne čini dio Kanonskog zakona, a tijekom svog pontifikata Benedikt XVI. nije poduzeo korake za izričito uključivanje zabrane slobodnog zidarstva u zakon.

Katolička Crkva smatra da je filozofija kontinentalnog slobodnog zidarstva u suprotnosti s kršćanskim naukom te da je često i protuklerikalna. Katolička enciklopedija iz 1913. tvrdila je da su pojedini rituali Škotskog obreda usmjereni protiv katoličanstva, no ta tvrdnja nije ponovljena u kasnijim izdanjima. – Najnovije izdanje (2002.) ne sadrži nijedan članak o slobodnom zidarstvu.

Također, prema istom izdanju Katoličke enciklopedije, masonska uporaba biblijskih motiva prikazana je na način koji negira kršćansko objavljenje, no ova primjedba nije ponovljena u kasnijim izdanjima.

Od najranijih pontifikalnih dokumenata o ovoj temi, a posebno u enciklici Humanum genus pape Lava XIII. iz 1884. godine, Crkveno učiteljstvo – koje se ne može mijenjati – osudilo je filozofske ideje i moralne koncepcije slobodnog zidarstva koje su smatrane suprotstavljenima katoličkom nauku. Za Lava XIII., one su u svojoj biti proizlazile iz racionalističkog naturalizma, koji je nadahnjivao planove i djelovanje slobodnog zidarstva protiv Crkve.

U kasnom 19. i ranom 20. stoljeću sukob između katoličanstva i slobodnog zidarstva kulminirao je sporovima oko sekularnog obrazovanja, diskriminacije pri zapošljavanju te, u pojedinim europskim zemljama, protjerivanja redovničkih zajednica.

Zabrana nakon Drugog vatikanskog sabora mini|160px|Hrvatski kardinal Franjo Šeper, pročelnik Kongregacije za nauk vjere (1968. – 1981.) Nakon Drugog vatikanskog sabora, rasprave o odnosu Katoličke Crkve i slobodnog zidarstva ponovno su se intenzivirale, posebno u kontekstu promjena u crkvenom zakonodavstvu i različitih tumačenja službenih stavova Vatikana.

Godine 1974. kardinal Franjo Šeper, tadašnji pročelnik Kongregacije za nauk vjere, poslao je pismo koje se činilo kao ublažavanje prethodne apsolutne zabrane slobodnog zidarstva. To je izazvalo konfuziju i navelo mnoge katolike da se pridruže masonskim ložama. Međutim, 1981. godine Kongregacija je razjasnila svoj stav u pismu upućenom Biskupskoj konferenciji Sjedinjenih Američkih Država pod naslovom Deklaracija o statusu katolika koji postaju slobodni zidari. U tom je dokumentu navedeno da je Šeperovo privatno pismo, koje je u međuvremenu postalo javno, dovelo do pogrešnih tumačenja katoličkog nauka. Kongregacija je istaknula da zabrana članstva katolika u masonskim ložama i dalje ostaje na snazi.

Godine 1983. Crkva je revidirala Zakonik kanonskog prava, pri čemu nije eksplicitno spomenula slobodno zidarstvo. To je dovelo do nagađanja da je zabrana možda ukinuta, što su neki slobodni zidari koristili kao argument. No, kasnije iste godine, Vatikan je ponovno potvrdio zabranu.

Godine 2000. pismo koje je napisao svećenik Thomas Anslow, sudski vikar, sugeriralo je blaži stav prema slobodnom zidarstvu. Ipak, dvije godine kasnije, ovo je stajalište povučeno, a sam Anslow je naveo da je analiza bila pogrešna.

Optužbe o deizmu Jedna od stalnih kritika Katoličke Crkve prema slobodnom zidarstvu jest da ono promiče deistički ili naturalistički pogled na stvaranje.

Iako je priznato da slobodno zidarstvo nije ateističko (kandidati koji pristupaju regularnim velikim ložama moraju potvrditi vjeru u Vrhovno Biće), njegova uporaba izraza Veliki arhitekt Svemira – pojma koji se pripisuje protestantskom teologu Jeanu Calvinu – neki kršćanski kritičari vide kao pokazatelj deizma. Deizam je uvjerenje da je Bog stvorio svemir, ali se nakon toga više ne miješa u svjetska zbivanja, što je bilo široko prihvaćeno tijekom prosvjetiteljstva, no katolici ga smatraju herezom.

Kao protuargument, slobodni zidari tvrde da je Veliki arhitekt Svemira neutralan izraz, prihvatljiv svim religijama koje vjeruju u Vrhovno Biće. Smatraju da on jednostavno odražava težnju bratstva da ujedini pripadnike različitih vjera, izbjegavajući korištenje specifičnih naziva za Boga iz pojedinih religija.

Jedna od optužbi iznesenih protiv slobodnog zidarstva u Katoličkoj enciklopediji iz 1913. godine bila je da je uvođenje spekulativnog slobodnog zidarstva početkom 18. stoljeća imalo za cilj "dekršćanizaciju" starih operativnih zidarskih loža. Međutim, ova tvrdnja je izostavljena iz kasnijih izdanja.

Dok su statuti ranijih operativnih zidarskih loža nalagali da je "prva dužnost biti vjeran Bogu i Svetoj Crkvi te ne upadati u zablude ili hereze", u Andersonovim Konstitucijama iz 1723. godine taj je uvjet promijenjen. Od tada, slobodni zidari više nisu morali slijediti vjeru zemlje u kojoj žive, već su bili obavezni pridržavati se samo moralnog zakona, neovisno o denominaciji. Katolička Crkva ovu promjenu tumači kao pomak prema deističkom pogledu na svijet.

Odvajanje crkve od države Američki slobodni zidari dosljedni su zagovornici vjerske slobode, kako je zajamčena Prvim amandmanom Ustava Sjedinjenih Američkih Država. Katolička Crkva, međutim, tumači ideju da Klauzula o uspostavi vjere zahtijeva strogo odvajanje Crkve i države kao prikriveni napad na njezinu ulogu u javnom životu.

Sve do 19. stoljeća papinstvo je nastavilo tvrditi da ima božanski određeno pravo na imenovanje i svrgavanje svjetovnih vladara. Protivljenje ovom principu nazivalo se religijskim indiferentizmom, odnosno stajalištem prema kojem nijedna religija ne može biti priznata kao istinita ili objavljena. Papinstvo je također opisivalo slobodno zidarstvo kao predvodnika u promicanju narodne suverenosti, kako je zabilježeno u Katoličkoj enciklopediji iz 1913. godine. Međutim, ovo se spominjanje slobodnih zidara ne pojavljuje u Novoj katoličkoj enciklopediji.

Katolička Crkva je optuživala slobodne zidare za nastojanja da neprikladno razdvoje Crkvu i državu, a među konkretnim primjerima navodili su: Uvođenje obveznog, državnog sekularnog obrazovanja u Italiji 1882. godine, koje je uključivalo zabranu vjerske nastave. Kršćanske zajednice žalile su se da su "vjerski redovi ukinuti, crkvena imovina zaplijenjena, a brakovi sklapani protivno zakonima i bez crkvenih obreda". Uvođenje građanskog braka u Meksiku 1857. godine.

Vjerska indiferentnost Katolički kritičari slobodnog zidarstva ističu da ono ne promiče nijednu vjeru kao nadmoćnu u odnosu na druge, dok istodobno koristi rituale koji izvana mogu djelovati religiozno. Ova kombinacija, prema njihovom tumačenju, potiče ravnodušnost prema religiji.

Američki autor Albert Mackey opisao je slobodno zidarstvo kao "znanost koja se bavi potragom za božanskom istinom". U Konstitucijama slobodnih zidara iz 1723. godine James Anderson uspoređuje moralnu istinu s vjerom u kojoj se svi ljudi slažu te navodi da su specifična vjerska uvjerenja slobodnih zidara isključivo njihovo osobno pitanje.

Slobodni zidari na ove kritike odgovaraju tvrdnjom da nepostavljanje određenog religijskog stajališta kao uvjeta za članstvo ne znači da nijedna religija nije nadmoćna nad drugima. U ložama se osobna teološka uvjerenja ne raspravljaju, čime se izbjegavaju sukobi među pripadnicima različitih vjera. Pretpostavlja se da je ova zabrana rasprava o vjeri bila osobito važna u Engleskoj 18. stoljeća, gdje je građanski rat, dijelom uzrokovan vjerskim sukobima, završio tek nekoliko desetljeća ranije.

Pravoslavna Crkva Neke Pravoslavne Crkve osudile su slobodno zidarstvo, smatrajući da su njegovi nauci nespojivi s pravoslavnim kršćanstvom.

Godine 1933. Sinod Grčke pravoslavne Crkve osudio je slobodno zidarstvo, zabranio klericima članstvo u masonskim ložama te zahtijevao od svih vjernika da prekinu bilo kakve veze sa slobodnim zidarstvom. Sličnu osudu izrekla je 1937. i Rumunjska pravoslavna Crkva, dok su 1950-ih godina isto učinile Američka pravoslavna Crkva i Ruska pravoslavna Crkva izvan Rusije.

Prema službenoj internetskoj stranici Američke pravoslavne Crkve: "Pravoslavnim kršćanima zabranjeno je biti članovima masonskog bratstva, jer su mnoga njegova učenja u izravnoj suprotnosti s pravoslavnim kršćanstvom."

Osim ovih osuda, i druge pravoslavne Crkve su se tijekom 20. stoljeća negativno izjasnile o slobodnom zidarstvu, često ga povezujući s utjecajem sekularizma i relativizma koji podrivaju kršćansku vjeru i tradiciju. Neki pravoslavni teolozi smatraju da masonska simbolika i rituali sadrže elemente sinkretizma, koji su u suprotnosti s pravoslavnim učenjem o jedinoj istinitoj vjeri u Isusa Krista.

Otac Tadej (Tomislav Štrbulović), iguman Srpske pravoslavne Crkve u Vitovnici, smatrao je masone "vinovnicima najvećeg zla na svijetu."

Protestantizam Iako mnoge protestantske denominacije ne zabranjuju niti obeshrabruju svoje članove da se pridruže masonskim ložama, niti su donijele službene dokumente kojima bi osudile slobodno zidarstvo, neke su Crkve otvoreno izrazile protivljenje slobodnom zidarstvu i upozorile na probleme koje vide u tome da kršćani budu članovi masonskih loža. Jedna od takvih denominacija je Crkva ujedinjene braće u Kristu, prva američka crkva koja nije bila prenesena iz Europe, a koja svojim članovima izričito zabranjuje pridruživanje masonskim ložama.

Protivljenje Među protestantskim denominacijama koje obeshrabruju ili zabranjuju svojim vjernicima članstvo u masonskim ložama postoji različit stupanj intenziteta protivljenja. Većina ovih crkava pripada evangeličkom protestantizmu ili drugim neo-protestantskim strujama.