Tijekom Drugoga svjetskog rata slobodno zidarstvo je bilo zabranjeno i progonjeno u većini europskih zemalja. Još od početka 1930-ih godina, s usponom totalitarnih režima, postaje meta intenzivne antimasonske propagande, kojom se slobodno zidarstvo povezuje s "židovskom zavjerom" i prikazuje kao neprijatelj države i nacije. U zemljama pod nacističkom okupacijom slobodni zidari su bili izloženi posebnim represivnim zakonima, zatvaranjima, mučenjima i deportacijama, što je dovelo gotovo do potpunog uništenja europskog slobodnog zidarstva. Nakon završetka rata, europsko slobodno zidarstvo, gotovo u potpunosti razoreno, trebala je mnogo godina da se ponovno organizira, obnovi rad svojih loža i popuni redove novim članstvom.

U tom razdoblju mnogi su slobodni zidari u Francuskoj i diljem Europe prešli u ilegalu te su sudjelovali u pokretima otpora protiv okupacijskih snaga i kolaboracionističkih režima. Ipak, manji broj njih, najčešće iz političkih ili antisemitskih razloga, napustio je svoje slobodnozidarske zavjete i odlučio se za suradnju s okupatorom. Sama pripadnost slobodnom zidarstvu bila je dovoljan povod za progon, zatvaranje ili smaknuće, zbog čega su brojni slobodni zidari, bilo članovi otpora ili obični građani, izgubili život tijekom toga mračnog razdoblja europske povijesti.

Povijest Za razliku od razdoblja Prvoga svjetskog rata, kada su se velike lože uglavnom stavile u službu svojih nacionalnih interesa, prva polovica 20. stoljeća donijela je slobodnom zidarstvu teško razdoblje autoritarnih i totalitarnih režima diljem Europe, što je rezultiralo njegovim gotovo potpunim nestankom s kontinenta. Ti su totalitarni sustavi postupno ukinuli ili ograničili sve građanske slobode, dok su slobodne zidare i njihove organizacije prepoznali kao prve mete političkih progona. U svim oblicima diktatura, fašističkim, nacističkim i komunističkim, provedene su sustavne represije i zabrane rada loža slobodnih zidara i velikih loža, često praćene zatvaranjima, konfiskacijom arhiva i uništavanjem simboličkih prostora slobodnog zidarstva. Posebno se isticao frankistički režim u Španjolskoj, čiji je klerikalno-autoritativni sustav slobodno zidarstvo učinio jednom od svojih glavnih meta. Tako slobodno zidarstvo postupno nestaje iz autoritarne Europe, počevši od 1919. godine u Sovjetskoj Rusiji, potom u Njemačkoj, gdje je potpuno zabranjeno 1934. godine, te u Španjolskoj, nakon Francovog preuzimanja vlasti 1939. Nacističke invazije koje su označile početak Drugoga svjetskog rata dovele su do skoro potpune destrukcije europskog slobodnog zidarstva. Čak su i rijetke zemlje koje su u početku izbjegle autoritarne devijacije, nakon nacističke okupacije ili vojnog poraza pale pod vlast kolaboracionističkih režima koji su aktivno sudjelovali u njegovu uništavanju. Nakon ovih razdoblja žestokog antimasonstva i progona, tradicija slobodnog zidarstva, koja je u mnogim europskim zemljama sežala sve do 18. stoljeća, potpuno je iščeznula, a njezina je obnova nakon 1945. godine zahtijevala dugotrajan i složen proces ponovne izgradnje.

Njemačka 170px|thumb|Carl von Ossietzky kao zatvorenik. Kada je Adolf Hitler preuzeo vlast u siječnju 1933. godine, protumasonstvo i antisemitizam već su bili duboko ukorijenjeni u njemačkom društvu, potaknuti konzervativnim krugovima i nacionalsocijalističkom propagandom koja je slobodno zidarstvo prikazivala kao "oružje u rukama Židova". Još 1931. godine, Rudolf Hess službeno je proglasio nespojivost između članstva u slobodnom zidarstvu i članstva u Nacističkoj stranci (NSDAP). Kako bi ublažili pritisak i dokazali lojalnost režimu, vođe glavnih njemačkih velikih loža tzv. "pruske struje" pokušale su se prilagoditi nacističkoj ideologiji redefinirajući svoje organizacije kao kršćanske redove i mijenjajući rituale kako bi u njih unijeli nacionalističke i rasne elemente. Tri glavne lože, Velika loža Pruske, Velika loža "Tri globusa" i Velika zemaljska loža – postupno su se preobrazile u "germansko-kršćanske templarske redove" te su telegramski izrazile Hitleru svoju lojalnost. Istodobno su prekinule odnose s inozemnim velikim ložama i izbacile iz svojih redova članove židovskog podrijetla te one koji su podupirali Weimarsku Republiku.

Unatoč tim pokušajima približavanja režimu, slobodno zidarstvo u Njemačkoj ubrzo je postalo žrtvom sustavne represije, jednako kao i u ostatku Europe nekoliko godina kasnije. Već u veljači 1933. započela su prva nasilja nad slobodnim zidarima, pljačke imovine, uhićenja i deportacije. Sve njemačke velike lože postupno su prestale s radom, a uredba Hermanna Göringa iz 1934. službeno je naredila njihovo raspuštanje. Unatoč protestima i molbama za milost upućenima Hitleru, koji su ostali bez odgovora, pruske velike lože održale su svoje posljednje zasjedanje 9. kolovoza 1935. Prema poznatoj dokumentaciji iz 2018. godine, 1.265 slobodnih zidara izgubilo je život kao posljedica nacističkih progona, većinom Židovi ili simpatizeri Weimarske Republike. Među žrtvama se nalazio i Carl von Ossietzky, pisac, pacifist i dobitnik Nobelove nagrade za mir 1935. godine. Njemačko slobodno zidarstvo tako je bilo prvo koje je nestale iz Europe, još prije početka Drugoga svjetskog rata. Ipak, dijelom je preživjela zahvaljujući nekolicini loža koje su se ponovno otvorile u Palestini i Južnoj Americi, pod okriljem "humanističke struje" bliske francuskim liberalnim velikim ložama. Taj je pokret okupljao osam velikih loža s oko 18.000 članova, koje su se samoraspustile u Njemačkoj odmah po Hitlerovu dolasku na vlast, odlučne sačuvati tradiciju i čekati povoljnije vrijeme za obnovu.

Španjolska Francisco Franco, diktator koji je vladao Španjolskom od 1939. do svoje smrti 1975., održavao je duboku i trajnu mržnju prema slobodnom zidarstvu, koju je javno izražavao sve do svojih posljednjih govora. Njegov režim frankizma, utemeljen na nacionalno-katoličkom i antirevolucionarnom duhu, od samog početka pokazivao je opsesivan i sustavan antimasonski karakter, koji je postao jednim od ideoloških stupova diktature.

Odmah nakon Francove pobjede u građanskom ratu, tijekom 1937. i 1938. godine, osnovani su posebni uredi i povjerenstva zaduženi za popisivanje i zapljenu svih slobodnozidarskih dokumenata u zemlji. U tim je akcijama prikupljeno više od pet milijuna dokumenata. Dana 21. prosinca 1938. objavljen je dekret koji je naredio uništavanje svih slobodnozidarskih simbola, osobito na grobljima. Ubrzo nakon toga Franco zahtijeva donošenje zakona koji bi retroaktivno kažnjavao slobodne zidare. Iako zakon nije odmah usvojen, represija je ozakonjena općim zakonom kojim se slobodno zidarstvo, komunizam i sve tajne organizacije koje "iznose subverzivne ideje protiv religije i državnih institucija" proglašavaju kaznenim djelima. Za provedbu zakona osnovan je poseban sud u lipnju 1940. godine, koji je započeo s radom 1941. Taj je sud izricao presude o progonstvu, oduzimanju javnih dužnosti i građanskih prava, te je u odsutnosti osuđivao političke izbjeglice, a ponekad čak i posthumno. Na temelju zaplijenjenih dokumenata, sud je sastavio više od 80.000 dosjea, iako je španjolsko slobodno zidarstvo 1930. godine brojilo tek oko 5.000 aktivnih članova. U svojoj potpuno represivnoj logici, frankistički je sud procesuirao sve slobodne zidare, žive ili mrtve, od kraja 19. stoljeća nadalje, uključujući aktivne, isključene i one koji su sami napustili redove, svi su bili evidentirani i osuđeni. Taj posebni sud ostao je na snazi sve do 1963. godine, kada ga je Franco naposljetku ukinuo, zaključivši da u Španjolskoj više nema živih ni mrtvih slobodnih zidara koje bi se moglo suditi.

Rumunjska U Rumunjskoj je slobodno zidarstvo već prije Drugoga svjetskog rata bilo predmet nepovjerenja i neprijateljstva, osobito zbog saveza između Rumunjske pravoslavne crkve i nacionalističkih krugova, koji su slobodno zidarstvo smatrali sektom stranim nacionalnom i kršćanskom duhu. Dana 11. ožujka 1937., Sinod Rumunjske pravoslavne crkve objavio je žestoku osudu slobodnog zidarstva, nazivajući ga "sektom" i "okultnom organizacijom" koja teži uspostavi "univerzalne i sekularne republike" suprotne kršćanskoj ideji i nacionalnom jedinstvu. Godine 1938., kralj Karlo II., koji je ukinuo demokratski sustav političkog predstavništva, imenovao je za predsjednika vlade pravoslavnog patrijarha Rumunjske, osobu koja je postala otvoreni protivnik slobodnog zidarstva, iako je neko vrijeme bila član Velike nacionalne lože Rumunjske. Situacija se dodatno pogoršala za Židove, slobodne zidare i Rome pod režimom Iona Antonescua, koji je Rumunjsku usmjerio prema savezništvu s nacističkom Njemačkom. Zgrada Velike nacionalne lože oduzeta je i dodijeljena civilnom sudu, čime je simbolički označen kraj institucionalnog djelovanja slobodnog zidarstva u zemlji. Istodobno, u Bukureštu je Tom Petrescu organizirao antimasonsku izložbu, popraćenu objavljivanjem knjige o "masonskoj uroti", koja je bila ponovno izdavana sve do 1944. godine. U njegovim su publikacijama imenom prozvana 1.500 slobodnih zidara, od kojih su neki osuđeni i zatvoreni, a drugi pogubljeni bez suđenja.

Norveška 170px|thumb|General Jacob Hvinden Haug (1880. – 1961.) u odori velikog majstora. U travnju 1940. godine, vojske Trećeg Reicha napale su Dansku i Norvešku. Nakon nekoliko tjedana borbi, obje su zemlje potpuno okupirane. U Norveškoj je Reichov povjerenik Josef Terboven uspostavio marionetsku vladu na čelu s konzervativcem Ingomfom Christensenom, a od 1942. godine vlast je preuzeo Vidkun Quisling, vođa krajnje desne stranke Nasjonal Samling, koji je odmah uveo politiku otvorene kolaboracije s nacistima. Tada je norveško slobodno zidarstvo bilo okupljeno uglavnom u Norveškom redu slobodnih zidara, koji je brojao oko 10.000 članova, te u manjoj Velikoj loži "Polarna zvijezda", s oko 1.000 članova, osnovanoj prema njemačkom uzoru. Od samog početka okupacije, rad svih loža bio je zabranjen, a imovina reda slobodnih zidara popisana i zaplijenjena. Veliki slobodnozidarski hram u Oslu konfisciran je i pretvoren u prostor za antimasonsku izložbu koja je održana još iste godine, 1940. Nakon oslobođenja i obnove demokracije 1945. godine, norveško slobodno zidarstvo ponovno je uspostavljeno. Na čelo Norveškog reda slobodnih zidara izabran je Jacob Hvinden Haug, general koji je od 1940. do 1945. bio ratni zarobljenik njemačke vojske, čime je simbolično obilježen povratak slobodnog zidarstva u slobodnu Norvešku.

Nizozemska U svibnju 1940. godine Nizozemsku su u svega nekoliko dana okupirale nacističke trupe. Pod okupacijom, Arthur Seyss Inquart i Anton Mussert, vođa nizozemskog nacionalističkog pokreta, surađivali su s Nijemcima u projektu potpunog nazificiranja društva. Već u lipnju 1940. započele su pretrage i zapljene slobodnozidarskih prostora, a u rujnu iste godine nacisti su pretresli hram i muzej Velikog orijenta Nizozemske u Hagu. Velikom orijentu je oduzeta sva imovina i arhivska građa, koja je djelomično uništena, a djelomično odvezena u Njemačku. U to je vrijeme Veliki orijent Nizozemske imao 4.100 članova i 67 loža. Posljednji dokument koji je Veliki orijent izdala prije zabrane bio je priručnik za preživljavanje, namijenjen članovima kako bi im pomogao da sačuvaju načela reda u uvjetima progona. Veliki majstor, bivši general Hermannus van Tongeren, odbio je napustiti zemlju i otići u izbjeglištvo u London. Uhićen je i deportiran u koncentracijski logor Sachsenhausen, gdje je umro 29. ožujka 1941. godine. Unatoč uništenju u domovini, nizozemsko slobodno zidarstvo nastavilo je djelovati u prekomorskim teritorijima, poput Antila, Gvajane, Južne Afrike i Nizozemskih Istočnih Indija (današnja Indonezija). Međutim, japanska invazija na otok Javu ubrzo je okončala slobodnozidarsku nazočnost u Aziji, dovela do internacije većine članova te do konfiskacije njihove imovine.

Belgija 170px|thumb|Jules Hiernaux (1881. – 1944.), ministar obrazovanja, bio je veliki majstor Velikog orijenta Belgije (1937. – 939.).