Hrvatski kup u vaterpolu za žene se igra po kombiniranom jednokružnom turnirskom ligaškom sustavu i kup-sustavu.
Poluzavršnica Poluzavršnična natjecanja se igraju u dvije skupine.
Skupina „A” (turnir u Splitu) 3. studenog: ŽVK Bura - Jug 10:6 4. studenog: Jug - Zagreb 3:10 4. studenog: Zagreb - Bura 6:6
Pl Klub Ut Pb N Pz Po Pr Bod 1. Zagreb 3 1 1 0 16: 9 3 2. Bura 3 1 1 0 16:12 3 3. Jug 3 0 0 2 9:20 0
Skupina „B” (turnir u Šibeniku) 3. studenog: Viktoria - Gusar 7:5 4. studenog: Gusar - Primorje 5:9 4. studenog: Primorje - Viktoria 10:6
Pl Klub Ut Pb N Pz Po Pr Bod 1. Primorje 3 2 0 0 19:11 4 2. Viktoria 3 1 0 1 13:15 2 3. Gusar 3 0 0 2 10:16 0
Završnica Igralo se u Rijeci. 25. studenog: Primorje EB - Zagreb 5:2
Osvajačice hrvatskog kupa za 2006. godinu su vaterpolistice riječkog Primorja.
2006 ž kup