Srbi u NDH su činili oko četvrtine stanovništva, po službenim podatcima iz 1941. bilo ih je 1.848.000 od ukupno 6.966.729 stanovnika (26,5%).Hrvoje Matković, Povijest NDH, Zagreb, 2002., str. 82. U odnosu na površinu i stanovništvo prijašnje Banovine Hrvatske, nova država odrekla se područja na kojem je živjelo oko 400.000 Hrvata (Dalmacija), a zadobila područje na kojem je živjelo više od milijun Srba (veći dio današnje Bosne i Hercegovine) te oko 800.000 muslimana, koji su smatrani Hrvatima.
Za četverogodišnjeg postojanja NDH, Srbi su na tom području imali velik broj žrtava. Stručnjak za pitanja ljudskih gubitaka u drugom svjetskom ratu na tlu SFRJ, Vladimir Žerjavić, procjenjuje njihove žrtve na 335.000, od čega su 217.000 žrtve fašističkog terora. Te su brojke službena jugoslavenska historiografija i velikosrbi neumjereno preuveličavali, govoreći o preko 600.000 žrtava samo u Jasenovcu - Vojna enciklopedija,Vojna enciklopedija, Beograd, 1972., svezak 2., str. 31. odnosno 1.110.929 - Bulatović.Radomir Bulatović, Koncentracioni logor Jasenovac, s posebnim osvrtom na Donju Gradinu . Istorijsko-sociološka i antropološka studija, Sarajevo, 1990.Davor Dijanović, Smišljeno uveličavanje jasenovačkih žrtava, Izmišljeni broj od 800.000 ljudi ubijenih u Jasenovcu, međutim, nije bio najmanji. Neki velikosrpski ideolozi, kao npr. Radimir Bulatović, došli su i do brojke veće od milijuna. Bulatović je tako 1990. (ne slučajno baš tada!) zapisao: «Da je u Jasenovcu stradalo preko 1.110.929 ljudi, žena i djece, teško će ko moći oboriti»., objavljeno 15. travnja 2011., pristupljeno 27. svibnja 2015.
Pitanje broja Srba postradalih u NDH do danas nije dovoljno temeljito istraženo. Demograf Stjepan Šterc ukazuje da je promidžba komunističke Jugoslavije dugotrajno mistificirala temu žrtava Drugoga svjetskog rata, uvećavajući žrtve u redovima Srba i trajno šuteći o brojnosti žrtava među drugim narodima. Ukazuje da se od popisa stanovništva Jugoslavije 1931. do onoga iz 1948. godine ukupan broj Srba ipak povećao za 735.117, dok se broj Hrvata na tom području u isto vrijeme umanjio za 12.647 (tih je godina postojao znatan prirodni rast stanovništva, pa se do broja ratnih gubitaka dolazi uz uvažavanja podataka o prirodnim kretanjima stanovništva). Doduše se pritom broj etničkih Srba u SR Hrvatskoj smanjio za 89.205 (u SR BiH je u isto vrijeme uvećan za 136.116), ali se sve do danas nije uvažio utjecaj migracija Srba iz Hrvatske prema SR Srbiji, gdje je osobito doseljavanjem u Vojvodinu supstituirano folksdojčersko stanovništvo (400.000 ljudi ili više) doseljavanjem etničkih Srba iz drugih dijelova Jugoslavije.
(Vidi o tome članak Srbi u NDH: Broj žrtava.)
Politika nacionalne isključivosti U nemirima do kojih dolazi u vrijeme Travanjskog rata 1941. javljaju se protuhrvatske akcije pojedinih jedinica jugoslavenske vojske u raspadanju te četničkih skupina (vidi članak Četnici u NDH), ali i akcije naoružanih skupina Hrvata: vojnika koji podižu pobunu (npr. Bjelovarski ustanak 8. travnja 1941.) i jedinica HSS-ove Zaštite.
Nisu svi Srbi bili apriorno neprijateljski prema novoj državi. Nova hrvatska vlast nije ni pokušala iskoristiti značajnu političku tradiciju suradnje Srba Prečana s Hrvatima koja je postojala u prvoj Jugoslaviji (Seljačko-demokratska koalicija) i ranije u Austrougarskoj (Hrvatsko-srpska koalicija). »Dio Srba u početku je želio surađivati s novim vlastima, ali je ubrzo došlo do isključenja Srba iz javnog života te do progona i masovnih likvidacija srpskog stanovništva. Ustaše su Srbe kao kolektivitet držali odgovornim za stradanja Hrvata u međuratnom razdoblju te su ih smatrali zaprekom u ostvarenju slobodne hrvatske države.« (Hrvatska enciklopedija, sv. 7, 2005.)
Ustaške vlasti proglašavaju sve Srbe na području NDH kolektivno krivima za nedaće Hrvata u Kraljevini Jugoslaviji, iako je Samostalna demokratska stranka, koju je podržavala većina prečanskih Srba 15 godina lojalno surađivala s HSS-om. Djelovanje svih stranaka ionako je bilo zabranjeno, a Vladko Maček i drugi vođe HSS-a optuživani zbog "izdajničke" politike sporazumijevanja sa Srbima. Kroz političku promidžbu i donošenjem zakonskih uredbi, istovremeno s rasnom, uvodi se i nacionalna isključivost. Također, svi se Srbi proglašavaju kolektivno krivima za oružane akcije protiv nove države i protiv civila-Hrvata, do kojih je dolazilo.
»Odmah po uspostavi NDH, u tisku je započela politička promidžba protiv Srba, a na javnim skupovima ustaški dužnosnici i članovi vlade, tumačeći politiku nove države u odnosu na Srbe, poticali su netoleranciju.« (Matković, str. 180) Mile Budak na skupu u Slavonskom Brodu: »Ako je tko Srbin ima Srbiju, i to je njegova domovina.« Ministar Milovan Žanić na skupu u Novoj Gradiški: »Ova država, ova naša domovina mora biti hrvatska i ničija više. I zato oni, koji su došli ovamo, ti treba i da odu.« (Matković, str. 180) Poznatu sintagmu da trećinu Srba treba pobiti, trećinu iseliti a trećinu pokrstiti izrekao je Mile Budak na skupu u Gospiću. Objavljena je u Narodnim novinama 7. srpnja 1941.
Srbi su odmah bili izloženi raznim mjerama konkretnih pritisaka i šikaniranja. Na njih su primijenene neke od nacista preuzete mjere protiv Židova i Roma. (Vidi članak Holokaust u NDH) Zabranjena je uporaba ćirilice, ukinut naziv srpsko-pravoslavna vjera (zamijenjen je starijim nazivom "grčko-iztočna vjera"; ova mjera je bila okrenuta protiv ekskluzivnosti Srba na veze s pravoslavljem u NDH), izdana je naredba o ograničavanju kretanja Srba u mjestima boravka te naredba o promjeni naziva pojedinih mjesta koja su u imenu imala srpsko obilježje. U Zagrebu je redarstvo početkom svibnja 1941. zabranilo kretanje Srba noću (od 18 do 8 sati), a istodobno je izdala naredbu o iseljenju Srba i Židova iz stanova u sjevernom dijelu grada (tj. iz četvrti najvišeg standarda). U nekim mjestima građani pravoslavne vjere morali su nositi plave trake s velikim slovom "P".
Svim tim mjerama pridružila su se i sve učestalija otpuštanja Srba iz službe, uhićenja i oduzimanja njihove imovine. Uhićenja su posebno zahvatila Srbe koji su se isticali u javnom i političkom životu bivše Jugoslavije, intelektualce i pravoslavne svećenike.
Masovni pokolji
Za vrijeme Travanjskog rata (koji je završen 17. travnja kapitulacijom Vojske Kraljevine Jugoslavije), kao i u danima koji su uslijedili, na području na kojem je proglašena NDH bilo je mnogo oružanih nemira. Pojedine skupine vojnika i časnika odbijaju se predati (većinom Srbi, ali bilo je i Hrvata), izbjegavaju zarobljavanje i s oružjem se skrivaju u šumama i drugim povoljnim područjima. Naoružane skupine pojedinaca iz predratnh četničkih i sličnih organizacija pružaju otpor okupacijskim vojskama i novoproglašenoj državi, te iskaljuju svoj bijes i na nemoćnim civilima.
Situacija u lipanjskom ustanku četnika pokazala je kako će ići stvari. "Već tada su se počela nazirati dva pristupa Srbima; jedan koji je imao polazište u stranačkoj politici, koji su ustaše surovo i bezobzirno provodile i drugi vojnički (domobranski), svjestan opasnosti takvog pristupa.". Ipak, bilo je izvjesnih indicija da su ustaške vlasti imale uvid u sastav četničkih pododbora i da su na osnovu toga vršile likvidacije.Davor Marijan, Lipanjski ustanak u istočnoj Hercegovini 1941. godine, ČZSP 2003., god. 35., br. 2., 545–576. (2003.), str. 550. "Kao i na drugim područjima države pripadnici ustaškog pokreta brzo su počeli bezobzirnu provedbu novih zakona i odredbi. ... Potom su (ustaše) 1. lipnja streljali 9 i uhitili 15 osoba srpske nacionalnosti. Razlog za strijeljanje bilo je navodno sudjelovanje u četničkim društvima, a neki su bili i solunski dragovoljci što je zapovjedniku oružničkog voda ... bio dovoljan razlog. Već tada su se počela nazirati dva pristupa Srbima; jedan koji je imao polazište u stranačkoj politici, koji su ustaše surovo i bezobzirno provodile i drugi vojnički (domobranski), svjestan opasnosti takvog pristupa. Prvih dana lipnja oružani sastavi NDH počeli su akciju prikupljanja oružja. Brzo je postalo jasno da to neće ići glatko i bez problema. Na prvi otpor i nesuradnju u selu Drežnju 1. lipnja 1941. reakcija ustaša bila je vrlo surova."
Vlasti NDH, proglašavajući sve koji se ne pokoravaju za četnike i odmetnike, uz druge represivne mjere, započele su akcije masovnih pokolja cijelih sela. Prvi takav slučaj, organiziran iz Zagreba, dogodio se u selu Gudovcu kraj Bjelovara, gdje su u odgovor na nekoliko oružanih incidenata, u kojima su poginula dvojica Hrvata, 27. i 28. travnja, pobijeni svi stanovnici sela, njih oko 180. Uslijedili su slični masovni pokolji na drugim područjima. Jedan od njih izveden je 13. svibnja u Glini, o čemu je vijest došla do nadbiskupa Alojzija Stepinca, koji je odmah prosvjedovao kod poglavnika Ante Pavelića (vidi: Prosvjedi katoličke crkve zbog progona i pogroma u NDH).
Uz masovne pokolje "na licu mjesta", organizirane su i akcije čišćenja, tzv. "dizanja" čitavih sela, s odvođenjem svih muškaraca u Sabirni logor Jasenovac i druge logore. (Za konkretni primjer takvih mjera i surove osvete partizana, vidi članak Španovica.) Organizatori su se nadali da će paralelna masovna prisilna iseljavanja u Srbiji prikriti pokolje.
Tijekom 1942. godine, unatoč mjerama za ublažavanje državne politike prema Srbima i dalje je bilo akcija masovnog ubijanja. Masovno čišćenje teritorija od svog stanovništva primijenjeno je sredinom 1942. u ofanzivama na području Banovine, Korduna i Kozare. Mnogi su pobijeni na terenu, drugi odvedeni u Jasenovac i velikim dijelom pobijeni; dio je preseljen na područje Slavonije, na imanja Srba ranije iseljenih u Srbiju; kasnije su mnogi ponovo seljenji, neki pobijeni. Mnogi su vrbovani za rad u Njemačkoj. Mnogi su izbjegli na teritorije koje kontrolira Narodnooslobodilački pokret i pridružili se partizanima. (Milošević, str. 165–166)
Velikosrpska propaganda je i žrtve Hrvate koje su pobili četnici pripisivala u Srbe. Kroz to tobožnje neutralno pisanje kojim je tobože priznato da su "četnici ubivali i Srbe", prikriveno su prisvajana hrvatska sela. Tako su primjerice optužujući popa Đujića zbog zločina nad Srbima krili stvarnu prirodu toga pokreta, uz istodobno pripremanje terena da »stvarne žrtve četničkoga zločina na hrvatskoj zemlji, pedeset godina kasnije postaju - srpska ubijena 'nejač'«. Tako je beogradski Danas pisao Svojom okrutnošću Đujić i njegovi četnici posebno su se isticali potkraj 1942. i početkom 1943. godine, kad su opkolili srpsko stanovništvo u selima Gata, Tugare, Cista, Gornji Dolac, Zvecanje, Dugo Polje, Stikovo, Maovice, Otavice, Vinalic, Kijevo i Gorjak, otvoreno svojatajući hrvatska sela u Poljicima (Gata, Tugare, Čista, Gornji Dolac, Zvečanje ...) tvrdeći da je u njima živjelo srpsko stanovništvo. Srbi ondje ne žive danas, niti su ikad živjeli.Josip Pečarić, Hrvati poklani od četnika postaju u beogradskoj tvornici laži - Srbi, Vjesnik, srijeda, 6. listopada 1999.
Prisilno iseljavanje u Srbiju Već u lipnju 1941. započelo je masovno prisilno iseljavanje Srba u Srbiju. To je započeto u dogovoru s Nijemcima, u "zamjenu" za Slovence koje su Nijemci iz dijela Slovenije pripojenog Reichu iseljavali u Hrvatsku. Akcija je obustavljena kada je započet ustanak u Srbiji (Užička republika), pa njemačkim okupacijskim vlastima u Srbiji nije odgovarao prihvat velikih broja novih potencijalnih pobunjenika. Po njemačkih podatcima, potkraj srpnja 1941. u Srbiji je bilo oko 137.000 preseljenih i bjegunaca. S obzirom na to da je bilo i ilegalnog useljavanja, smatra se da je taj broj oko 180.000. (Matković, str. 181.) Prisilno iseljavanje Srba u Srbiju bilo je sukladno politici vraćanja obitelji srpskih dobrovoljaca (tzv. Solunci) koji su kolonizirani u Hrvatsku. Bilo je i kretanja u suprotnom pravcu. Mađarska je obitelji koloniziranih Srba iz Hrvatske, koloniziranih za Kraljevine SHS vraćala natrag u Hrvatsku.
Prosvjedi nadbiskupa Stepinca i drugih biskupa