Drugi svjetski rat na području Hrvatske i Bosne i Hercegovine, koje su bile podijeljene na njemačku i talijansku interesnu sferu, trajao je od 1941. do 1945. godine. Rat se na području čitave Jugoslavije uglavnom može podijeliti u 3 faze: u 1. fazi, komunisti podižu masovni ustanak protiv fašističkog okupatora u Srbiji i Crnoj Gori. Ustanak je slomljen do konca 1941. godine. u 2. fazi, koja traje do približavanja sovjetske vojske granicama Jugoslavije sredinom 1944. godine, partizanska vojska vodi uglavnom iscrpljujući gerilski rat na području Hrvatske i Bosne i Hercegovine. Glavni neprijatelji su, osim njemačkih i talijanskih jedinica, vojne postrojbe NDH i četnici Draže Mihailovića. u 3. fazi, potpomognuta sovjetskom armijom, Titova jugoslavenska vojska vodi završne operacije uništenja protivničkih snaga, te potpuno ovladava teritorijem Jugoslavije. Po završetku rata, koji je i sam bio krvav, Titova komunistička vojska je počinila masovni ratni zločin masakra protivničkih snaga i njihovih obitelji, te civila koji su se povlačili s poraženim snagama.
Podatci o tako ubijenim vojnicima i civilima variraju, i kreću se od 80.000 do 250.000. Među njima je najviše stradalih Hrvata, i to preko dvije trećine. Nakon kravavog obračuna slijedi uspostava komunističke totalitarne dikature, s KPJ kao jedinim političkim subjektom i Josipom Brozom Titom kao nedodirljivim diktatorom
Suprotstavljene snage
Tijekom rata glavne suprotstavljene sile su bile:HercegBosna.org, Srce tame (1941. - 1945.)
okupacijske fašističke postrojbe, ojačane domaćim domobranskim i ustaškim snagama na području same marionetske NDH, koja je obuhvaćala Hrvatsku i Bosnu i Hercegovinu, s praksom i programom pogroma i genocida nad Srbima, Romima i Židovima. srpske četničke postrojbe, s uporištem u Srbiji, te dijelovima NDH s većinskim srpskim stanovništvom, s nominalnim ciljem ponovne uspostave Kraljevine Jugoslavije, kao i praksom i programom pogroma i genocida nad Hrvatima i bosanskohercegovačkim Muslimanima. snage Komunističke partije Jugoslavije, s programom uspostave Jugoslavije kao federalne države sastavljene od nacionalnih republika (osim BiH, koja je zamišljena kao tronacionalna država), te društvenom revolucijom zasnovanom na sovjetskom staljinističkom modelu. Partizani (kako su komunisti uskoro postali poznati) su postali najdjelotvornijim borcima protiv njemačkih i talijanskih postrojbi, te njihovih saveznika.
Nezavisna Država Hrvatska
mini|lijevo|Hrvatski narod, 10. travnja 1941.
mini|Nezavisna Država Hrvatska, podjela na velike župe i kotare od 1941. do 1943.
Zbog unutarnjih slabosti u Travanjskom ratu 1941. godine, porazile su sile Osovine (Njemačka, Italija, Mađarska i Bugarska) u samo 12 dana rata prvu Jugoslaviju i razbile tu prikrivenu velikosrpsku tvorevinu na njene povijesne i etničke sastavnice. Uz pomoć Njemačke i Italije, proglašena je 10. travnja 1941. godine, Nezavisna Država Hrvatska, sa sjedistem u Zagrebu, a u njen sastav ušla je i Bosna i Hercegovina, na temelju povijesnih, etničkih i kulturoloških razloga. Naime, Bosna i Hercegovina i Hrvatska čine jednu geopolitičku cjelinu, one su bile u sastavu Hrvatskog, zatim Hrvatsko-Ugarskog Kraljevstva u srednjem vijeku, a od 1878., odnosno 1908. godine, bile su u istoj državi, Austro-Ugarskoj. Osim toga, prometno i kulturološki gravitirala je BiH prema zapadu i Hrvatskoj. Velik dio muslimana smatrao se jos tada Hrvatima islamske vjeroispovijesti jer u to doba proces njihovog nacionalnog sazrijevanja i političke integracije još nije bio završen.
NDH, nova država hrvatskog naroda, kako su je nazivali njeni utemeljitelji, obuhvaćala je područje, koje je bilo nekoć u sastavu Kraljevine Hrvatske, u doba Tomislava i Petra Krešimira IV., ili, točnije rečeno, djelomice i ono koje je bilo u sastavu Kraljevine Bosne u doba Tvrtka. U NDH, bila je unutarnja podjela izvršena po županijama, što je bio povijesni hrvatski sustav, odnosno na velike župe, koje su nazvane prema imenima upravnih jedinica iz doba srednjovjekovne hrvatske i bosanske kraljevine. Na području BiH, to su: Vrhbosna sa sjedištem u Sarajevu, Hum u Mostaru, Usora i Soli u Tuzli, Sana i Luka u Banjoj Luci, Lašva i Glaž u Travniku, Krbava i Psat u Bihaću. Za glavni grad, bila je predviđena Banja Luka, u Bosni, kao zemljopisno središte čitave Nezavisne Države Hrvatske. Treba napomenuti da je upravna vlast Nezavisne Države Hrvatske također razbijala osmanske i austro-ugarske granice Bosne i Hercegovine, u podjeli na velike župe pa je povezivala i izjednačavala područje uže Hrvatske s bosanskohercegovačkim. Tako su, npr., Gora (Petrinja) prelazila Unu, Livač i Zapolje (Nova Gradiška) i Posavje (Brod) su prelazile Savu i imale više kotareva na bosanskoj strani.
Ideja hrvatske države, kojoj je stremio hrvatski narod i koja se očitovala u činu proglašenja NDH, imala je duboke korijene u žudnji za samostalnošću i slobodom, snažno ojačanom patnjom i progonima pod velikosrpskim režimom Kraljevine Jugoslavije. Ironijom sudbine, ta je ideja vrlo brzo izdana od samog Pavelića, izdajom i prodajom hrvatskih povijesnih zemalja u Dalmaciji Fašističkoj Italiji, kao i genocidnom politikom njegovog režima, koji je kao poslušnik Hitlerovog novoga poretka o kojem je bio ovisan, pristupio progonu Židova i Roma, a prigodu je iskoristio za obračun sa Srbima. U slučaju srpskog stanovništva, taj mu je zadatak bio "olakšan" sporadičnim pokoljima koje su grupe velikosrpskih rojalista-četnika i drugih terorističkih grupa, počinile nad hrvatskim stanovništvom u periodu bezvlašća uoči proglašenja NDH, kao i nakon proglašenja NDH.
Demarkacijska crta u NDH
mini|Demarkacijska linija između Nijemaca i Talijana u Nezavisnoj Državi Hrvatskoj
Hrvati katolici i muslimani u Bosni i Hercegovini su se ubrzo samoorganizirali i naoružali kako bi se zaštitili od četnickih nasilja. Vlasti Nezavisne Države Hrvatske su izvršile novačenje, počele ustrojavati redovitu vojsku i jačati dobrovoljačke (ustaške) jedinice i upućivati ih na ugrožena područja, poglavito u istočnu Bosnu (Podrinje). Četnički istupi izazvali su nepovjerenje i progone Srba uopće pa je znatan dio pobjegao u Srbiju ili se povukao u planine, a neki su internirani u logore. U njih su upućeni zarobljeni četnici i hrvatski komunisti, kao politički protivnici nove države, ali i mnogi nedužni ljudi samo zato što su pripadali židovskom, romskom ili srpskom etnicitetu.
Nacistička Njemačka i fašistička Italija su tretirale Nezavisnu Državu Hrvatsku, kao svoju satelitsku državu, pa su je podijelili na dvije interesne zone. Italija je u svoju zonu uzela 100–120 km teritorija od obale Jadranskog mora u dubinu, a ostalo otuda do Drine, Drave i Dunava je bilo u njemačkoj ovlasti. Demarkacijska crta te podjele išla je južno od Samobora do Jajca, Bugojna i Goražda na Drini. Dakle, Bosna i Hercegovina je bila podijeljena tako da je zapadni dio Bosne i čitava Hercegovina bio pod talijanskom, a ostala Bosna pod njemačkom indirektnom okupacijom.
Pripreme KPJ za ustanak
Organizacija Komunističke partije Jugoslavije u BiH počela je intenzivne pripreme za oružanu oslobodilačku borbu nakon Svibanjskog savjetovanja CK KPJ 1941. godine. U prvoj polovici svibnja, bio je formiran pri Pokrajinskom komitetu KPJ za BiH, Vojni odbor, a zatim i vojni odbori pri oblasnim i nižim rukovodstvima KPJ, koji su organizirali prikupljanje oružja, pripremali ljudstvo za oružanu borbu, organizirali obavještajnu službu, sanitetske tečajeve i ostalo. U to vrijeme, pokrajinska organizacija KPJ u BiH imala je oko 830 članova, a SKOJ oko 4.000 njih. Osnovni dio članstva KPJ i SKOJ-a bio je u Sarajevu, Tuzli, Mostaru, Banjoj Luci, Zenici i Drvaru.
Odluke Centralnog komiteta KPJ od 4. srpnja 1941. godine o pokretanju oružane oslobodilačke borbe prenio je Pokrajinskom komitetu KPJ za BiH delegat CK KPJ Svetozar Vukmanović – Tempo. Zaključeno je da je progonjeno srpsko stanovništvo spremno prihvatiti poziv KPJ na ustanak, ali je riješeno i da se poduzme sve da se u borbu uključe i Hrvati. Odlučeno je da se pri dotadašnjim partijskim oblasnim rukovodstvima (Banja Luka - Bosanska krajina i srednja Bosna, Tuzla - istočna Bosna, Mostar - Hercegovina, Sarajevo - šira okolina) formiraju oblasni vojni stožeri kao rukovodeći centri ustanka. U središte, u Sarajevu poslan je tajnik PK KPJ za BiH Isa Jovanović, u Banju Luku Đuro Pucar, u Tuzlu Uglješa Danilović, a u Mostar Avdo Humo.
Ustanak Srba u istočnoj Hercegovini
mini|Nedostatak mehanizacije bio je jedan od ključnih problema Domobranstva u NDH.
Glavna uloga hrvatske regularne vojske u prvim ratnim mjesecima bila je uspostava vlasti u svim krajevima NDH i osiguravanje neometanog javnog i privatnog života u novoj državi zajedno s Oružništvom. S vremenom se na području istočne Bosne raširio četnički, a kasnije i partizanski pokret koji je zahvatio i šire prostore. Zadaća Hrvatskog domobranstva bila je obračunati se s pobunjenicima, oduzeti sve oružje koje je bilo u ilegalnom posjedu i uspostaviti javni poredak u tim krajevima. Nova i razmjerno neiskusna vojska slomila je pobunu Srba u istočnoj Hercegovini u lipnju, a već u srpnju borila se u istočnoj i zapadnoj Bosni.
Prema nekim povjesničarima, ustanak protiv NDH u istočnoj Hercegovini je izazvan upravo terorom "divljih ustaša" pod vodstvom ustaša povratnika. Zbog teškog stanja izazvanog ustankom, Ministarstvo domobranstva poslalo je u Hercegovinu generale Vladimira Laxu i Ivana Prpića s ovlaštenjem za ugušiti ustanak i uvesti red, uključujući i discipliniranje "divljih ustaša". Drugi pak smatraju da je ustanak u istočnoj Hercegovini 1941. posljedica djelovanja četničkog pokreta koji su podupirale talijanske vojne vlasti, te da je pojava "divljih ustaša" reakcija na takvo stanje. Do kraja 1941. godine Hrvatsko domobranstvo bilo je već prilično dobro naoružana i organizirana vojna sila.
Četnički pokolji nad Hrvatima
Zbog velikosrpskog pritiska za Kraljevine Jugoslavije, ali i zbog tadašnjeg osjećaja pripadnosti hrvatskom narodu, određen broj muslimana u početku je podržao nastajanje Nezavisne Države Hrvatske, uključio se u njene organe vlasti, u ministarstva, u zapovjedni kadar redovite, ali i dobrovoljačke vojske. Budući da su u Bosni i Hercegovini, kao i u Hrvatskoj postojale jake četničke organizacije, potpomagane iz Beograda, oni su osnivanje Banovine Hrvatske, a jos više proglas Nezavisne Države Hrvatske, dočekali s pozivom: "Srbi na okup!" Dok se još nova država nije konsolidirala, počeli su progoni i pokolji Hrvata i muslimana u Hercegovini i Podrinju.
Područje Bosanske krajine je 27. srpnja 1941. godine zahvatio oružani ustanak, u doba socijalističke Jugoslavije svečano obilježavan kao Dan ustanka naroda Bosne i Hercegovine. Sjedište ustaničkog područja je bilo u Drvaru. Po pitanju odnosa, kojeg su imali srpski ustanici prema Hrvatima, bilo da su bili katoličke ili islamske vjere, nije bilo razlike, bez obzira jesu li srpske ustanike vodili četnici ili partizani. Napadi su planirani tako da slučajni preživjeli nakon pokolja u Drvaru ne mogu upozoriti susjede, odnosno da grahovski Hrvati ne mogu pobjeći nakon što doznaju što se dogodilo drvarskim Hrvatima.Banjalučka biskupija Drvarski mučenici
Tog 27. srpnja 1941. godine, ubijen je drvarski župnik Waldemar Maksimilijan Nestor i veća skupina pripadnika njegove župe koji su se vraćali s hodočašća svetoj Ani u Kninskom polju. Hodočasnički vlak je pri povratku zaustavljen nekih 18 km od Drvara. Svi hodočasnici su okrutno poubijani, a tijela su im bačena u jamu Golubnjaču.