Hrvatska samouprava u Bosni i Hercegovini "nije nikava teritorijalna jedinica kako se to u javnosti doživljava, već, da ona predstavlja neuspio pokušaj Hrvata u BiH da izbore svoju ravnopravnost" (Ante Jelavić, 6. listopada 2001.). Nastala je kao odgovor na proces dekonstituiranja ili majorizacije Hrvata odnosno hrvatsko pitanje u Bosni i Hercegovini, koje je stvorila međunarodna zajednica.

Početkom listopada 2000. OESS-ovo Privremeno izborno povjerenstvo za provedbu općih izbora u BiH donosi nova pravila za izbor zastupnika u Dom naroda Federacije BiH koja, za razliku od dotadašnjih neomugućavaju da zastupnici jednog naroda u županijskim skupštinama sami biraju zastupnike tog naroda za spomenuti dom (Barryjevi amandmani). Nakon ove odluke, HDZ BiH, podržan većinom stranaka s hrvatskim predznakom u Novom Travniku utemeljuje Hrvatski narodni sabor (HNS) koji donosi Deklaraciju o pravima hrvatskog naroda u BiH, odnosno dokument kojim se trebalo riješiti pitanje ravnopravnosti hrvatskog naroda u BiH. HNS na tom zasjedanju donosi i odluku o raspisivanju referenduma koji zakazan na sam dan izbora.

Nakon izbora i uspjelog referenduma te formiranja nove vlasti Alijanse u kojoj nije bilo HDZ-ovih predstavnika, HNS je trebao dobiti na značenju. Iako je Jelavić kazao da je Federacija mrtva i da je HNS vrhovno tijelo za Hrvate u BiH, odluke ovog Sabora u konačnici su ostale bez nekih vidljivih posljedica. HNS je prema riječima čelnika HDZ BiH, trebao na teritoriju Federacije BiH obnašati zakonodavnu vlast umjesto Federalnog parlamenta, ali od toga nije bilo ništa. Na kraju je HNS, u biti, samo zauzimao političke stavove o aktulanim političkim prilikama i pitanjima i pretvorio se u upravo onakvo tijelo kakvim su ga okarakterizirali predstavnici međunarodne zajednice, postao je debatni klub.

Svoje neslaganje s novom vlašću u Federaciji BiH i BiH, HDZ je demonstrirao i napuštanjem institucija. Proglasivši Samoupravu 3. ožujka 2001., HNS je formirao i Međužupanijsko-međuopćinsko vijeće koje je trebalo funkcionirati kao Vlada samouprave. Za predsjednika Samouprave izabran je Marko Tokić, a spomenutog vijeća Martin Raguž. Vijeće je kategorički najavilo da će preuzeti na teritoriju Samouprave sve ovlasti Federacije BiH. Ono ipak nije donijelo niti jednu bitnu odluku. Prvobitna ambicija bila je i da Vijeće preuzme i carine i poreze, a bilo je pokušaja da se uspostavi i posebni platni promet na području Samouprave. Od toga nije bilo ništa tako da je Vijeće funkcioniralo kao nekakav koordinacijski tim bez ikakavog utjecaja.

Nakon, ofanzivnih akcija u vojsci (Pritisak i Samoraspuštanje HVO-a), policiji i carinskim službama, međunarodna zajednica kreće u protuofanzivu, a prvi cilj bio je Hercegovačka banka, kojoj je u samoupravi bila namijenja funkcija središnje finanacijske institucije. Prilikom blokade Hercegovačke banke izbio je pravi fizički sukob s predstavnicima OHR-a, koji su uveli privremenu upravu u banku. Vojnici SFOR-a su pretučeni, a mostarski je Ured visokog predstavnika privremeno evakuiran iz zapadnog dijela grada. Toga 6. travnja, izgledalo je da je HDZ spreman učiniti sve pa i fizički se boriti za Samoupravu. Nakon što je izgubio Hercegovačku banku akcijom OHR-a, HDZ vrlo brzo je izgubio i upravu nad javnim poduzećima, koja su bila značajan izvor prihoda Samoupravi.

Iako je većina relevantnih političkih faktora formiranje samouprave označilo svojevrsnim separatističkim pokušajem, o samoj njezinoj prirodi iz HDZ su stalno stitzale oprečne ocjene. Dok su je jedni smatrali samo privremenim sredstvom da hrvatski narod dođe do svojih prava, drugi nisu isključivali ni mogućnost da ona postane treći entitet. Domaći analitičari političkih zbivanja u Samoupravi su prepoznali pokušaj oživljavanja Hrvatske Republike Herceg-Bosne, a neki i završni pokušaj razbijanja BiH. Kada se, po nekim napisima u medijima očekivalo i moguće raspisivanje referenduma o prerastanju Samouprave u hrvatsku republiku, Jelavić je objavio njezin kraj 6. listopada 2001.

Za Hrvate u BiH posebno su bili pogubni Petritschevi amandmani od 19. travnja 2002. godine koji su u međunarodnoj zajednici poznati pod ciničnim nazivom "airport decision" tj. "odluka iz zračne luke" jer ih je visoki predstavnik Wolfgang Petritsch potpisao doslovno u zračnoj luci, neposredno prije svog odlaska iz BiH. Nametnuti amandmani, u potpunosti utemeljeni na odredbama Sarajevskoga sporazuma o ustavnim promjenama, de iure su dodali sva tri naroda kao konstitutivne u ustave oba entiteta, ali de facto, Republika Srpska je ostala srpski entitet, a Federacija BiH je od bošnjačko-hrvatske federacije, koja je po Washingtonskom sporazumu trebala ući u konfederaciju s Republikom Hrvatskom, postala bošnjački entitet. Mogućom kontrolom oba doma Parlamenta FBiH, stranke koje predstavljaju bošnjačku izbornu volju imaju mogućnost samostalno formirati izvršnu vlast na razini FBiH (Predsjednik FBiH i dva dopredsjednika te Vlada FBiH).

Promjena vlasti u Hrvatskoj mini|440px|Promjena etničke slike Bosne i Hercegovine nakon rata.

Hrvati su najmalobrojniji od tri konstitutivna naroda u BiH s otprilike 17% od ukupnog stanovništva (popis 1991.). Oni su razbacani od sjeverne preko središnje Bosne, ali najveći broj se nalazi u zapadnoj Hercegovini, području zemlje koji se naslanja na dalmatinsku obalu. Grad Mostar, središte Hercegovine, gdje rijeka Neretva dijeli bošnjačku od hrvatske zajednice, bio je središte žestokih borbi između dviju strana tijekom rata 1993. i 1994. godine. Vojska Hrvata u BiH, Hrvatsko vijeće obrane, zadobilo je reputaciju opakosti, a hrvatska je strana gotovo jednostrano okrivljavana za sirovi nacionalizam i ratno profiterstvo kao i za to da su nasljednici bezobzirnog ratnog ustaškog režima. Sedam godina nakon prestanka ratovanja, grad je na obje strane rijeke još uvijek nosio ožiljke rata, što daje za pravo nepopularnom gledištu da su u konfliktu sudjelovale dvije strane.BHHRG 2001., str. 3.

Hrvati Hercegovine su također bili nepopularni u svijetu zbog potpore vlasti Franje Tuđmana u Hrvatskoj. Smatralo se da su bogati Hercegovci u dijaspori dali nesebičnu pomoć novoj hrvatskoj državi čiji je ministar obrane tijekom rata bio Gojko Šušak, hercegovački Hrvat iz Kanade. Izborna pravila u Hrvatskoj su dopuštala (i još uvijek dopuštaju) Hrvatima koji žive izvan zemlje da glasuju na domaćim izborima, a Tuđmanov HDZ je uvijek mogao računati na većinsku potporu Hrvata iz Hercegovine. Hrvatska država je također osigurala jako potrebna financijska sredstva i bilo je opće prihvaćeno da bi se, ako bude izvedivo, Hercegovci željeli pripojiti Hrvatskoj. Bosanskohercegovački Srbi su željeli isto rješenje - pripajanje Srbiji.

Ovo stanje stvari naprasno je prekinuto 2000. godine Predsjednik Tuđman je umro u studenom 1999. godine, a na parlamentarnim izborima održanim u siječnju 2000. godine HDZ je izgubio vlast u korist koalicije stranaka predvođene SDP-om pod vodstvom Ivice Račana. Predsjednički izbori održani u ožujku rezultirali su izborom Stipe Mesića, nekadašnjeg saveznika koji je postao neprijatelj Tuđmanu i HDZ-u, na mjesto predsjednika. Novi odnos snaga u Zagrebu odmah je započeo distanciranjem od Hrvata u BiH, uskraćujući i financijsku i moralnu pomoć. Ante Jelavić je izjavio da će biti sretan ako smanjenje sredstava namijenjenih HVO-u pomogne gospodarstvu Hrvatske.Jutarnji list - 12. prosinca 2000. - Ante Jelavić - Bit ću sretan ako smanjenje sredstava namijenjenih HVO-u pomogne gospodarstvu Hrvatske pristupljeno 21. prosinca 2018. Na kraju je iznos pomoći Hrvatima u BiH bio jednak onome od programa zaštite vukova.Slobodna Dalmacija - 21. prosinca 2000. Pomoć Hrvatima u BiH jednaka kao i program zaštite vukova! pristupljeno 21. prosinca 2018.

Dok je međunarodna zajednica kritizirala Tuđmana zbog njegovog angažmana s hercegovačkim Hrvatima, ona je konzistentno ohrabrivala Račana i Mesića da se pobliže zainteresiraju za BiH, ali samo kao za jedinstvenu, multinacionalnu državu.OHR - 5. siječnja 2000. - Izbori u Hrvatskoj pristupljeno 13. prosinca 2018. OHR - 11. veljače 2000. - Zajednička izjava Ministra vanjskih poslova Republike Hrvatske Tonina Picule i Visokog predstavnika Wolfganga Petritscha pristupljeno 5. prosinca 2018. Oni su također željeli da HDZ u samoj Hrvatskoj ostane marginaliziran. To je bilo potpuno oprečno situaciji sa Srbima u BiH, kojima je u vremenu poslije Miloševića dopušteno da se bliskije povežu s Beogradom. Visoki predstavnik za BiH (OHR) je odobrio Sporazum o posebnim i paralelnim odnosima između SR Jugoslavije i RS-a.Tanjug, 6. lipnja 2001.

Odluka o konstitutivnosti

Alija Izetbegović, u to doba predsjedatelj Predsjedništva Bosne i Hercegovine, je zahtjevom od 12. veljače 1998. godine pokrenuo postupak pred Ustavnim sudom Bosne i Hercegovine radi ocjenjivanja suglasnosti Ustava Republike Srpske i Ustava Federacije Bosne i Hercegovine s Ustavom Bosne i Hercegovine.Ustavni sud Bosne i Hercegovine: U-5/98 djelimična odluka 1. srpnja 2000. U odluci Ustavnoga suda BiH U-5/98 od 1. srpnja 2000. (Odluka o konstitutivnosti naroda u Bosni i Hercegovini) eksplicitno je navedeno kako je konstitutivnost (ustavotvornost) tri naroda "natkrovljujuće načelo" Ustava BiH.

Visoki predstavnik za Bosnu i Hercegovinu, Vijeće Europe i nekoliko zapadnih prijestolnica su od siječnja 2001. godine entitete gurkali u pravcu razmatranja i utvrđivanja ustavnih promjena neophodnih za provedbu odluke Suda. Ovaj proces uključivao je formiranje multietničkih ustavnih komisija pri entitetskim zakonodavnim tijelima, rad političkih stranaka na izradi njihovih vlastitih prijedloga, konzultacije s međunarodnim ustavnim ekspertima, period u kome se vodila javna debata, međustranačke pregovore, te, na kraju, mjesec dana intenzivnog pregovaranja u Uredu Visokog predstavnika (OHR).Međunarodna krizna grupa (ICG): Provedba jednakopravnosti: Odluka o konstitutivnosti naroda u Bosni i Hercegovini 16. travnja 2002. Pregovori su službeno za cilj imali provedbu odluke U-5/98 Ustavnog suda BiH iz 2000. godine. Prije ove odluke u RS su samo Srbi bili konstitutivni, a samo Bošnjaci i Hrvati u FBiH.

Barryjevi amandmani

Unutar Federacije BiH, Parlament ima dva doma, Zastupnički dom i Dom naroda. Federalni Dom naroda se bira u županijskim skupštinama i u to vrijeme se sastojao od 30 bošnjačkih, 30 hrvatskih i 12 delegata, koji su predstavljali Ostale. Cilj Doma naroda je izjednačiti predstavnike brojčano slabijih Hrvata unutar bošnjačko-hrvatske federacije, što uporabu veta čini prirodnom. Hrvati su uspješno surađivali s Uredom Visokog predstavnika i bili su hvaljeni zbog svoje kooperativnosti u pitanjima poput povratka izbjeglica. Hercegovina je prihvatila mnogo više izbjeglica nego druga područja. Iznimke su bile: progon Hrvata iz Drvara, Glamoča i Grahova i televizija Erotel, a Hrvati su imali i drugih političkih problema poput povratka hrvatskih prognanika u Republiku Srpsku i neproporcionalno velikog broja Hrvata optuženih za ratne zločine od strane Haaškog suda. Međutim, odnosi između međunarodne zajednice i Hrvata su se počeli pogoršavati kada su hrvatske stranke, osobito HDZ BiH, pokazale spremnost koristiti svoje pravo na veto u Domu naroda Federacije.BHHRG 2001., str. 4.Herceg-Bosna.org Međunarodna zajednica i bosanskohercegovački Hrvati