Povijest FC Bayern Münchena seže do 1900. godine, kada je klub osnovan u Münchenu, Njemačka. Klub je od tada postao najjači njemački nogometni klub, te jedan od najuspješnijih u svijetu.
Povijest do Drugog svjetskog rata (1900. – 1945.) Rane godine mini|250px|Jedna od Bayernovih prvih utakmica, protiv Nürnberga (0:6), 1901. godine Nogometni klub Bayern München osnovan je 1900. godine, kada se nekoliko ljubitelja nogometa odvojilo od Münchner TurnVerein-a 1879 i utjecaja njegovih gimnastičara, koji nisu bili veliki entuzijasti, što je u to vrijeme i bilo normalno. Gotovo od prvog dana, Bayern je postao vrlo jak lokalni klub, ali je imao slab utjecaj tada.
Zbog financijskih razloga, te dostizanja većih terena i potrebnih objekata, klub se dva puta spajao s drugim klubovim. 1906. godine, ujedinili su se s klubom Münchner Sport Club. Kao dio dogovora, nogometaši su morali nositi crne dresove, a crvene, koje i danas nose, dobili su spajanjem s drugom momčadi. Bayern je svoj prvi trofej osvojio 1909. godine, kada su osvojili Bavarsku nogometnu ligu. 1919. godine, kratko nakon Prvog svjetskog rata, Bayern je napustio MSC odjel, koji se više usredotočavao na hokej na travi i tenis, sportove kojim se i danas bave. Bayern je tada ujedinio snage s klubom Turn-und Sportverein 1890 Jahn München dok ga 1923. godine nije napustio, te su od tada neovisni.
U tim ranim danima, Bavarski nogomet je bio slabiji od onog iz Frankonije na sjeveru države, najpoznatiji klub je bio 1. FC Nürnberg i njegov susjed SpVgg Fürth. 1914. godine, Fürth je postao prva momčad iz Bavarske koja je potala nacionalni prvak, a do 1930. godine, ove dvije momčadi su ukupno osvojili osam naslova. Predsjednik FC Bayerna Kurt Landauer, koji je tu dužnost obnašao od 1913. do 1951. s čestim prekidima, imao je strategiju za nadogradnju momčadi da bi pobijedio dominaciju Frankonije. Uzeo je engleza Williama Townleyja za trenera, prvog profesionalnog u povjesti Bayerna. Townley je bio najtraženiji u Njemačkoj, najviše zbog osvajanja prvenstva s Karlsruherom FV, 1910. godine.
1926. godine, Bayern je osvojio južnonjemačko nogometno prvenstvo, ali su uvijek bili slabiji od gradskog rivala 1860 Münchena, koji je 1931. godine postao Münchenski klub koji je stigao do finala nacionalnog prvenstva. Bayern je sljedeće godine odgovorio pobijedivši u državnom prvenstvu. U finalu je s trenerom Richardom Dombijem rezultatom 2:0 pobijedio Eintracht Frankfurt.
Drugi svjetski rat No, povijest je bila protiv Bayerna. S dolaskom Hitlera na vlast, iz kluba je otišao predsjednik, židov, a ekipa ga je posjećivala u izgnanstvu u Švicarskoj iako im to nije pomoglo. Trener Dombi, također židov, preselio se u Nizozemsku, gdje je zauzeo trenersku poziciju u SC Feijenoordu u Rotterdamu, i osnovao je udruge za bolju budućnost kluba. Sljedećih godina, klub se "rasuo" zbog bespredmetnosti.
Zanimljiva povijesna bilješka je ta da je zadnja utakmica za vrijeme Trećeg Reicha bila gradski derbi Bayern – 1860 München. Utakmica je odigrana 23. travnja 1945., a Bayern je pobijedio rezultatom 3:2. Manje od tri tjedna kasnije, Njemačka je kapitulirala.
Prijelazne godine (1945. – 1963.) Nakon Drugog svjetskog rata, Bayern je nastupao u Oberligi Süd, koja je bila jedna od pet Oberliga, osnovane na zapadu zemlje. U razdoblju od osnutka Oberlige (1947.) do osnutka Bundeslige (1963.), igrali su kao momčad srednje klase. Najbolji rezultati koje su mogli postići su treće i četvrto mjesto na ljestvici. Čak su ispali u 2. Oberligu Süd u sezoni 1956., jedini put u povijesti.
Bayern je ostvario nekoliko pobjeda u ostalim natjecanjima osim lige. Osvojili su kup 1957., po drugi put, i to golom Rudi Jobsta u 78. minuti protiv Fortune iz Düsseldorfa. 16. listopada 1962., klub je debitirao na europskoj sceni. Na početku Kupa velesajamskih gradova 1962./63. sezone, pobijedili su FC Basel 3:0), ali ih je u četvrtfinalu zaustavio kasnije finalist NK Dinamo Zagreb, rezultatima 1:4 i 0:0.
Rani uspjesi u Bundesligi (1963. – 1972.) Osnivanje Bundeslige i dolazak Čajkovskog S početkom 1963./1964. sezone, prva njemačka nogometna liga, koja je do tada bila podijeljena u pet manjih, ujedinila se u jednu ligu – Bundesligu.
S početkom nove lige, došlo je i novo razočarenje za Bayern. Kako je TSV 1860 München pobijedio u posljednjoj Oberligi, a samo jedan klub iz određenog grada smije igrati, Bayern, kao treći u Oberligi, nije prošao iako je trebao (prvih pet je išlo u Bundesligu). Bayerov novovizabrani predsjednik Wilhelm Neudecker, otac modernog FC Bayerna, doveo je trenera Zlatka "Čik" Čajkovskog, bivšeg jugoslavenskog nogometaša, tada već poznatog zbog treniranja FC Kölna u 1962. sezoni. Dolazak se isplatio, Čajkovski je složio obećavajuću momčad punu mladih talenata, kasnije zvanih "osovine": vratar Sepp Maier, branič Franz Beckenbauer i napadač Gerd Müller. Nakon što nisu prošli u Bundesligu 1964. godine, Bayern je osvojio Regionalligu Süd (II.), 1965. godine i prošao je u prvu ligu, uz Borussiju Mönchengladbach.
Bayernova momčad, s igračima s prosječno 22 godine, odmah je dospjela do trećeg mjesta u ligi, u sezoni koju je blistavi 1860 München osvojio svoj prvi i jedini naslov prvaka Bindeslige. Još važnija za Bayern je bila pobjeda u finalu kupa protiv MSV Duisburga, rezultatom 4:2, što ih je vodilo u Kup pobjednika kupova.
Zvijezda momčadi je bio dvadesetogodišnji Franz Beckenbauer, koji nije igrao krajem sezone zbog nastupa na Svjetskom nogometnom prvenstvu 1966. u Engleskoj, gdje je postao poznat diljem svijeta. Njegovu sjajnu igru je nagradila publika, dobio je najviše glasova za najboljeg europskog igrača godine.
Sljedeće sezone, Bayern postaje treća njemačka momčad koja je obranila naslov prvaka kupa, lako pobijedivši Hamburg u finalu s rezultatom 4:0. Pobijedivši kup, ponovo su nastupili u Kupu pobjednika kupova u Nürnbergu, gdje je mlada momčad pobijedila Rangers u dramatičnom finalu, rezultatom 1:0. Pogodak u produžetcima je postigao Franz "Bik" Roth, koji je kasnije bio zaslužan za mnoga Bayernova osvajanja.
Novi trener Zbog slabijeg razvitka u 1967./1968. sezoni, doveden je novi trener, opet Jugoslaven, Branko Zebec koji je nasljedio Čajkovskog. Učvrstio je napad i disciplinu, što se isplatilo kad je Bayern osvojio Bundesligu i DFB Pokal 1968./69., što ga čini prvim klubom u Bundesligu kojemu je to pošlo za rukom. Tijekom cijele te sezone, Bayern je imao samo trinaestoricu igrača.
Borussia Mönchengladbach, koja je u Bundesligu prošla iste godine kad i Bayern, postala je veliki rival Bayernu. Osvojili su sljedeća dva prvenstva, pa je predsjednik Bayerna Neudecker, na preporuku Beckenbauera, pozvao Uda Latteka iz stručnog stožera njemačke reprezentacije da trenira Bayern. U svojoj prvoj godini, Lattek je uspio vratiti kup u München, s mladim igračima poput Paul Breitnera i Uli Hoeneßa, a stvorio je momčad koja je postigla prvi prvenstveni hat-trick u povijesti njemačkog nogometa.
Veliki uspjesi u Ligi prvaka i pad (1972. – 1974.) Novi stadion i novi igrači 400px|mini|Olimpijski stadion u Münchenu U zadnjoj utakmici sezone 1971./1972., Bayern je potvrdio povratak na vrh Njemačke s velikom 5:1 pobjedom protiv Schalkea 04. Schalke je trebao pobijediti za osvajanje Bundeslige, no postali su najbolja drugoplasirana momčad u povijesti Bundeslige. To je ujedno bila i prva Bayernova utakmica na novom Olimpijskom stadionu. Zarada od prodaje ulaznica za 80.000 navijača je dosegla do 1.000.000 DEM.
Do tada, njihovo domaće igralište je bio Grünwalder Stadion, obično zvan Grünwalder ili Sechz'ger, a prije rata ga je posjedovao TSV 1860. Stadion je bio u lošem stanju, a imao je kapacitet od oko 40.000, većinom stajaćih mjesta. Uistinu, bilo je čudno da München, treći grad u Njemačkoj, nije ugostio nijednu utakmicu reprezentacije od 1940. godine.
Olimpijski stadion ili Olympiastadion na svom je vrhuncu bio jedan od najljepših i najudobnijih stadiona, što je značilo ogromno povećanje Bayernovog prihoda, ne samo zbog kapaciteta, već i zbog velikog broja nagradno-plaćenih sjedala. Olimpijske igre 1972. u Münchenu su značile veliki dobitak klubu, i osigurale su mu financijsku potporu najmanje do Svjetskog nogometnog prvenstva 1974. u SR Njemačkoj, kada su se masovno počeli graditi novi stadioni diljem zemlje. Uzastopno uspješne sezone u europi, punile su Olympiastadion, što je i davalo najveći prihod klubu. Sponzori i TV prava su također donosili prihode, ali male u odnosu na prodaju ulaznica, a ukupan prihod je bio oko pet milijuna eura. Transferi igrača su doprinosili zaradi, ali su značili gubitak kvalitete momčadi.
Pored kvalitetnog vodstva, posjedovanje kvalitetnih igrača koji su "nastali" u određenoj momčadi kao mladi talenti bilo je puno jeftinije, i to uz činjenicu da u ondašnje vrijeme Italija i Španjolska nisu mogle imati stranih igrača u ligama; zato je vrijeme dovršetka izgradnje stadiona bilo savršeno i ključno u Bayernovoj prvoj poziciji u državi i europi. Omogućavalo je Bayernu, za razliku od rivala Mönchengladbacha, da zadrži najveće igrače.
Kad je 1973. godine Španjolska dopustila stranim igračima da igraju u njenim ligama, FC Barcelona je ponudila ogromnih 1.5 milijuna € za kupnju Gerda Müllera, no Bayern je odbio pa je Barça kupila nizozemca Johana Cruijffa. Bayernov rival s Rajne, Mönchengladbach, morao je pustiti svoju superzvijezdu Güntera Netzera u Real Madrid. Malo poslije toga, Bayern je kupio Jupp Kapellmanna iz 1. FC Kölna za 400.000 eura, tada rekordnih u Njemačkoj.
Trostruka europska kruna
1972. godine, okrunjen s prvenstvom koje je oborilo sve rekorde, a većina njih nisu ni danas srušena, bila je godina i kojoj je Bayern postao globalno poznat. Uz to, šestorica Bayernovih nogometaša je igralo za njemačku reprezentaciju, jednu od najsjajnijih u povijesti, koja je osvojila Europsko prvenstvo, što je stavilo točku na i sjajne sezone. Bayern je obranio naslov sljedeće godine.
Treće prvenstvo, 1974. godine, podudaralo se s Bayernovim osvajanjem Kupa prvaka, prvim njemačkim u povijesti. U zadnjoj minuti produžetaka na stadionu Heysel, Georg Schwarzenbeck je iznenadio sve (i sebe) kad je zabio izjednačujući pogodak s 35 metara. Prva uzvratna utakmica finala Kupa/Lige prvaka ikad, dva dana kasnije, donijela je pobijedu Bayernu s dva gola Uli Hoeneßa i Gerd Müllera, čime je FC Bayern München postao prvi njemački nogometni klub koji je osvojio Kup/Ligu prvaka.
Šestorica Bayernovih igrača iz reprezentacije su doživjeli još jedan veliki uspjeh, kada su osvojili SP 1974., pobijedivši u finalu Nizozemsku. Sljedeće sezone, motivacija zbog reprezentacije se nije korisila, no, za vrijeme trenera Dettmara Cramera opet su ostvarivali velike rezultate. 1975. godine, Bayern je pobijedio engleski Leeds United u finalu Kupa prvaka u Parizu, kada su "Bik" Roth i Müller osigurali obranu naslova. Tada je Bayern postigao još nekoliko rekorda: jedini pobjednik Kupa prvaka s negativnim rezultatom u domaćem prvenstvu iste sezone. Za dvanaest mjeseci, u Glasgow, AS Saint-Étienne je izgubio od Bayerna, opet golom Franza Rotha, pa je Bayern postao treći, i do danas zadnji klub koji je osvojio Kup/Ligu prvaka tri godine zaredom.
Kraj velikog razdoblja Finale Interkontinentalnog kupa u prosincu 1976. obilježio je kraj ovog velikog razdoblja. Bayern je samo još jednom preovladao, na smrznutom Olympiastadionu, razigrani brazilci Cruzeiro Belo Horizonte su izgubili od Bayerna golovima Juppa Kapellmanna i Müllera. U Brazilu, Cruzeiro je uspio "izvući" remi pred 117.000 svojih navijača. Sljedećih par godina, Beckenbauer i Müllera su otiši u SAD, a Maier je završio karijeru s automobilskom nesrećom, nakon što je 13 sezona zaredom bio u prvoj momčadi, što je i svjetski rekord. Bayern je trebao novi početak.
Novi uspjesi 1980-ih FC Breitnigge 250px|mini|Utakmica: Bayern-Hamburg, 1981.