Jonski ustanak (499. – 493. pr. Kr.) podrazumijeva seriju vojnih pobuna u Joniji, Eoliji, Doriji, Kariji i Cipru protiv perzijske vlasti. Jedan od glavnih uzroka pobune bilo je nezadovoljstvo grčkih gradova u Maloj Aziji s vladajućim namjesnicima koje su postavili Perzijanci, što se posebno odnosi na miletske vladare Histieja i Aristagoru. Gradovi Jonije pali su pod perzijsku vlast još 540. pr. Kr. kada ih je pokorio Kir Veliki, nakon čega su polisima vladali domaći tiranini koje je imenovao perzijski satrap iz Sarda. Godine 499. pr. Kr. miletski tiranin Aristagora je u pokušaju da učvrsti svoju vladarsku poziciju zajedno s perzijskim satrapom Artafernom krenuo u pohod protiv dobro utvrđenog Naksosa, no ekspedicija završava debaklom. Osjećajući kako će izgubiti vladarsko mjesto, Aristagora podiže cijelu Joniju na ustanak protiv perzijskog kralja Darija Velikog.
Godine 498. pr. Kr. Jonjani su uz pomoć Atene i Eretrije krenuli u pohod na lidijski grad Sard, te ga osvojili i razorili. Ipak, na povratku prema Joniji sustigla ih je perzijska vojska i teško porazila u bitci kod grada Efeza. Ovaj pohod predstavljao je jedinu jonsku ofenzivu tokom ustanka, koji se narednih godina zasnivao na defenzivi protiv perzijske vojske. Perzijanci su odgovorili 497. pr. Kr. s tri paralelna napada na vanjska područja pobune koja ponovno zauzimaju, no pobuna se proširuje i na Kariju što otežava perzijske planove. Unatoč početnim uspjesima u gušenju pobune u Kariji, perzijski general Dauris u bitci kod Pedasa upada u zasjedu i biva poražen, nakon čega je pobuna tokom 496. do 495. pr. Kr. bila u pat poziciji.
Godine 494. pr. Kr. perzijska vojska i mornarica se pregrupiraju, i kreću u odlučno suzbijanje pobune u Miletu. Jonska mornarica pokušava im se suprotstaviti no u bitci kod Lade bivaju katastrofalno poraženi nakon što je Samos prešao na perzijsku stranu. Milet je tada opkoljen i zauzet, a njegovo stanovništvo zarobljeno. Ovaj dvostruki jonski poraz označio je kraj pobune, nakon čega su se predali i susjedni Karijci. Perzijanci su 493. pr. Kr. čistili ostatke pobune u grčkim gradovima uz egejsku obalu, a zatim su Jonjanima nametnuli mir koji se smatrao pravednim i poštenim.
Jonski ustanak predstavlja prvi veći sukob između Grka i Perzijskog Carstva, te općenito početak grčko-perzijskih ratova. Iako je Mala Azija vraćena pod perzijsku kontrolu, Darije Veliki odlučio je kazniti Atenu i Eretriju zbog njihove potpore jonskom ustanku, i time oslabiti svoje neprijatelje koji su ugrožavali stabilnost njegovog zapadnog dijela carstva. Godine 492. pr. Kr. Perzija pokreće prvu ekspediciju protiv kopnene Grčke koja se smatra izravnom posljedicom jonskog ustanka.
Povijesni izvori
Praktički jedini izvor o Jonskom ustanku je grčki povjesničar HerodotJohn V. A. Fine: „Antički Grci“ (The Ancient Greeks) kojeg se često naziva „ocem povijesti“.Ciceron: De Legibus I, 5 Herodot je rođen 484. pr. Kr. u Halikarnasu, glavnom gradu tadašnje perzijske satrapije Karije. Između 440. i 430. pr. Kr. napisao je djelo „Povijesti“ (grč. Historia, eng. The Histories) koje prati korijene grčko-perzijskog sukoba, koji su završili 449. pr. Kr.Holland, str. 16.-17. Herodotovo djelo predstavlja svojevrsni roman i ima sasvim novi pristup, no u zapadnom svijetu prihvaćen je kao tvorac povijesti kakvu danas poznajemo.
Mnogi kasniji antički povjesničari unatoč tome što su slijedili njegov način rada ismijavali su Herodota, posebno Tukidid.Tukidid: Povijest Peloponeskog rata, 1.22.1Finley, str. 15. Ipak, Tukidid je odlučio započeti svoj rad tamo gdje je Herdot stao (opsada Sesta), što je značilo kako je morao pomno proučiti Herodotov rad. Plutarh je navelike kritizirao Herodota u svome eseju „Na pakost Herodotu“ u kojem je tvrdio kako je Herodot barbarofil i kako nije dovoljno progrčki nastrojen, što se pripisuje Plutarhovoj pristranosti odnosno grčkom nacionalizmu. Negativan pogled na Herodota nastavio se i u doba europske renesanse, no njegova djela i dalje su bila vrlo popularna. Unatoč tome, od 19. stoljeća Herodotova reputacija dramatično se popravila budući kako su brojna arheološka nalazišta potvrdila mnoge njegove priče.Holland, str. 377. Moderni pogled na Herodota jest kako je napravio izuzetan posao u svome djelu „Povijesti“, no njegovu kronologiju i numeriku gleda se sa skepticizmom. Ipak, postoje brojni povjesničari koji vjeruju kako je Herodot izmislio vlastite verzije događaja u brojnim svojim pričama.Fehling, str. 1.-277.
Pozadina sukoba mini|250px|desno|Darije I. Veliki, perzijski vladar u doba Jonskog ustanka (grčka vaza, 4. stoljeće pr. Kr.)
Tijekom mračnog doba nakon raspada mikenske kulture, znatan broj Grka naselio se u Maloj Aziji. Te doseljenike činili su Grci iz tri plemenske skupine: Eoljana, Jonjana i Dorana.Herodot, 1.141.1 Jonjani su se naselili uz obale Lidije i Karije, te su podigli dvanaest gradova koji su kasnije postali Jonijom. Ti gradovi bili su Milet (glavni grad), Priena i Myus u Kariji; Efez, Kolofon, Lebed, Teo, Klazomena, Fokeja i Eritrija u Lidiji; te otoci Samos i Hios.Herodot, 1.143.1 Iako su jonski gradovi bili međusobno nezavisni, dijelili su isto podrijetlo i kulturu, te su imali slične hramove i mjesta okupljanja; tzv. panionione. Zbog velikih sličnosti gradovi su osnovali „kulturni savez“ kojem nisu mogli pristupiti drugi gradovi, pa čak ni ostala jonska plemena.Herodot, 1.143Herodot, 1.148 Gradovi u Joniji ostali su nezavisni sve dok ih nisu pokorili Lidijci iz zapadne Male Azije predvođeni slavnim lidijskim kraljem Krezom.Herodot, 1.27.1 Jonski polisi ostali su pod lidijskom kontrolom sve dok Lidijsko kraljevstvo nije palo pod vlast novostvorenog Ahemenidskog Perzijskog Carstva predvođenim perzijskim vladarom Kirom Velikim.Herodot, 1.140.1
Za vrijeme borbi protiv Lidijaca, Kir Veliki poslao je poruku Jonjanima i zatražio od njih da se pobune protiv lidijske vladavine, što su oni odbili. Nakon što je Kir Veliki završio osvajanje Lidije, jonski gradovi ponudili su mu isti status koji je imao i svrgnuti lidijski kralj Krez, no Kir ih odbija jer mu prethodno nisu htjeli pomoći. Jonjani su se tada pripremali za obranu, a Kir je poslao medijskog generala Harpaga da osvoji Joniju.Herodot, 1.162.1 Perzijski vojskovođe Mazar i Harpag osvajaju cijelu Malu Aziju; Liciju, Ciliciju i Feniciju, uključujući grčke polise pomoću opsadnih tehnika koje su bile nepoznate Grcima. Harpag je prvo napao Fokeju, čiji su stanovnici odlučili napustiti grad i pobjeći na Siciliju, no mnogi su se kasnije vratili. Dio stanovnika grada Tea također je emigrirao prilikom Harpagovih napada, dok su ostali Jonjani odlučili ostati u svojim gradovima ali su ubrzo pokoreni.Herodot, 1.168.1
Neposredno nakon pokoravanja Jonije, Perzijanci su shvatili kako je uprava nad Jonjanima vrlo komplicirana. Diljem Perzijskog Carstva Kir Veliki imao je saveznike koji su mu pomagali u upravljanju carstvom (npr. židovsko svećenstvo u JudejiHolland, str. 147.-151.), no takvih u Joniji nije bilo već je gradovima vlada svojevrsna aristokracija. Perzijanci su stoga u Joniji koristili metodu „podijeli pa vladaj“; sponzorirali su razne jonske tiranine koji su često međusobno ratovali. Vladari jonskih polisa imali su težak zadatak udovoljavanja perzijskim zahtjevima i željama svojih stanovnika.Holland, str. 155.-157.
Oko 40 godina nakon perzijskog osvajanja Jonije, u doba vladavine četvrtog ahemenidskog velikog kralja, trenutni miletski tiranin Aristigora našao se u nezgodnoj poziciji.Holland, str. 153.–154. Aristigorin stric Histiej je 513. pr. Kr. pomogao Dariju u njegovim europskim ekspedicijama, a kada mu je ponuđena nagrada zatražio je kontrolu nad dijelom pokorene Trakije. Iako je ta nagrada odobrena, Histiejove ambicije uznemirile su Darijeve savjetnike, pa je Histiej pozvan da služi na perzijskom kraljevskom dvoru u Suzi. Kada je Aristagora naslijedio Histieja na miletskom tronu, u gradu je došlo do općeg nezadovoljstva. Godine 500. pr. Kr. u Milet su pristigle aristokratske izbjeglice s otoka Naksosa, te su zatražile od Aristagore da preuzme kontrolu nad otokom.Herodot, 5.31.1 Našavši se u prilici da osvajanjem Naksosa ojača svoju vladarsku poziciju u Miletu, Aristagora se obraća lidijskom satrapu Artafernu i predlaže mu takvu vojnu ekspediciju. Uz Artafernovu vojnu pomoć Aristagora je mogao osvojiti otok i proširiti granice Darijevog carstva, a od osvojenog plijena mogao je isplatiti Artaferna za troškove podizanja vojske.Herodot, 5.30.1 Artafern je pristao na Aristagorin plan, te je zatražio od Darija Velikog dopuštenje za pokretanje takve ofenzive. Darije je odobrio operaciju, pa su miletski vladar Aristagora i lidijski satrap Artafern okupili 200 trirema za napad na Naksos iduće godine.Herodot, 5.31.1
Pohod protiv Naksosa (499. pr. Kr.) 300px|mini|desno|Otok Naksos (u otočju Cikladima)
U proljeće 499. pr. Kr. Artafern je pripremio trupe za pohod i imenovao svog rođaka Megabata njihovim zapovjednikom. Nakon toga poslao je flotu u Milet gdje su mu se pridružile jonske trupe, te su zaplovili prema Naksosu.
Lidijsko-jonski pohod se ubrzo pretvorio u debakl. Aristagora i Megabat su se tijekom plovidbe prema Naksosu posvađali, a Herodot tvrdi kako je Megabat poslao glasnike na Naksos i upozorio ih kako se sprema invazija. Postoji mogućnost kako je ovu priču kasnije raširio sam Aristagora, s ciljem da opravda vlastiti poraz. U svakom slučaju, sigurno je kako su stanovnici Naksosa bili dobro pripremljeni za nadolazeću opsadu. Aristagorine snage držale su grad pod opsadom četiri mjeseca, nakon čega su ostali bez novca, pa su se razočarani vratili na kopno.Herodot, 5.33.1
Početak Jonskog ustanka (499. pr. Kr.)
Aristagora se nakon poraza protiv Naksosa našao u teškoj situaciji; nije mogao isplatiti Artaferna za njegovu vojnu potporu, a neuspjehom se još više udaljio od perzijske kraljevske obitelji. Zbog toga je potpuno očekivao kako će ga njegov pretpostavljeni (satrap Artafern) smijeniti s pozicije vladara grada Mileta. U očajničkom pokušaju da spasi svoju poziciju, Aristagora odlučuje potaknuti miletske građane na pobunu protiv vladajućeg Perzijskog Carstva, čime je započeo Jonski ustanak.Herodot, 5.34.1
U jesen 499. pr. Kr. Aristagora je održao vijeće sa svojim miletskim pristalicama na kojem je predložio pobunu, s čime se slažu svi osim Hekateja.Herodot, 5.35.1 Istovremeno, u grad Milet je stigla i Histiejova poruka koja je nalagala podizanje pobune protiv perzijske vlasti. Herodot tvrdi da je razlog tome Histiejova očajnička želja za povratkom u Joniju, jer je navodno očekivao kako će ga u slučaju ustanka Darije Veliki tamo i poslati. Aristagora je potom otvoreno proglasio pobunu protiv perzijske vlasti, te se zbog potpore građana pretvarao kako odstupa s pozcije miletskog tiranina,Herodot, 5.38.1 iako je i dalje držao sve političke konce u svojim rukama.Holland, str. 155.–157. Satrapska vojska koju je podigao Artafern i dalje je bila okupljena u karijskom Myusu, a uključivala je i trupe iz grčkih gradova Male Azije (Eoljani i Dorani), uključujući Mitilenu, Milas, Tameru i Kymi. Aristagora je poslao svoje glasnike koji su pokrenuli svrgavanje svih grčkih tiranina pa je vlast došla u ruke građana što je pak uzrokovalo suradnju tih gradova. Neki tiranini pogubljeni su u navedenim gradovima, dok su neki jednostavno prognani.Herodot, 5.37.1 Pretpostavlja se kako je Aristagora poticao cijelu vojsku na pobunu, te je zauzeo perzijsku flotu kojom je pristiglo Artafernovo pojačanje. Preuzimanje perzijske mornarice jedan je od glavnih uzroka početkog uspjeha ustanka, budući kako su Perzijanci morali izgraditi novu flotu.Holland, str. 160.–162.