Austro-Ugarska Monarhija započela je svoju vlast nad Bosnom i Hercegovinom zaposjedanjem zemlje 1878. godine. Sljedeće četiri godine zemljom je upravljala vojna uprava, da bi 1882. bila zamijenjena civilnom vlasti. Godine 1908. Austro-Ugarska je odlučila pripojiti BiH, izazvavši takozvanu aneksijsku krizu. Napetosti zbog pretenzija Srbije na BiH zbog velikog udjela Srba u stanovništvu dovele su do sukoba dvaju blokova – njemačko-austrougarskog i rusko-srpskog. Godine 1910. u zemlju je uveden normalan politički život i rad Sabora Bosne i Hercegovine, no Sarajevski atentat 28. lipnja 1914. bio je povod Prvom svjetskom ratu. Bojišnica između Austro-Ugarske i Srbije protezala se istočnom Bosnom i dolinom Drine. Prilikom raspada Austro-Ugarske, u studenom 1918. BiH pristupa Državi SHS.
Austrougarsko zaposjedanje
U lipnju 1878. na Berlinskom kongresu velike europske sile su dale mandat Austro-Ugarskoj da uđe s vojskom u Bosnu i Hercegovinu pod izgovorom uspostave reda i mira. Austrougarska vojska je na čelu s generalom Josipom Filipovićem potkraj srpnja iste godine prešla granicu. U Beču su 1878. očekivali da će ući u Bosnu i Hercegovinu uz vojničku glazbu. Skupili su nekoliko desetaka tisuća vojnika, uglavnom susjednih Hrvata, Slovenaca i drugih slavenskih naroda kako bi se pokazali srodnom i bliskom državom. Austrougarskim postrojbama, jačine 82.000 ljudi, suprotstavila se slabo organizirana muslimanska milicija od 40.000 vojnika, koju je vodio sarajevski agitator Hadži Lojo, uz određen broj pridruženih pravoslavnih harambaša. Glavne Austrougarske snage od 9.400 vojnika pod zapovjedništvom Hrvata baruna Josipa Filipovića, brzo su prodrle kroz sjevernu Bosnu osvojivši Banju Luku, Maglaj i Jajce. Nakon bitke kod Viteza u srednjoj Bosni, u kojoj su presudno porazile vojsku bosanskih muslimana, Filipovićeve postrojbe zauzele su Sarajevo, u kojemu je pružen žestok otpor domaćeg muslimanskog stanovništva, te napredovanjem kroz Hercegovinu i Novopazarski sandžak zauzele cijelu Bosnu i Hercegovinu.
Nakon tri mjeseca borbi, Austro-Ugarske je uspostavila vojnu okupaciju na čitavom prostoru Bosanskog pašaluka, uključujući i Sandžak. Zbog dogovora na Berlinskom kongresu o zadržavanju vrhovne sultanove vlasti, ali i zbog dualističkog ustroja Monarhije, Bosna i Hercegovina nije pripojena ni austrijskom ni ugarskom dijelu, nego je nad njom uspostavljena zajednička vlast, kondominij. Nova vlast je pretvorila Bosnu i Hercegovinu u protektorat. U Sarajevo, Tuzlu, Banju Luku i Mostar poslani su stručnjaci uglavnom iz Hrvatske, Česke, Poljske, Slovenije i drugih slavenskih zemalja, koji su znali jezik. Na čelu svega bio je hrvatski general u austrijskoj vojsci Josip Filipović, ali je uskoro smijenjen po nalogu iz Budimpešte, a Bosna i Hercegovina je podijeljena između Austrije i Ugarske kao kondominij. U austrougarskim planovima Novopazarski je sandžak bio tretiran kao dio Bosne i Hercegovine,Górak-Sosnowska, Katarzyna (2011). Muslims in Poland and Eastern Europe: Widening the European Discourse on Islam. Warszaw: Faculty of Oriental Studies, University of Warszaw. . str. 329 no poslije ga je Austro-Ugarska napustila i nije ga pripojila.
Modernizacija tijekom protektorata mini|150px|lijevo|Benjamin Kallay, zajednički ministar financija - upravitelj BiH mini|Gradska vijećnica u Sarajevu, 2006. mini|Mostarska gimnazija (2014.) mini|Mostarska gimnazija, 1902.
Od 1878. do 1918. godine traje austrijska uprava u Bosni i Hercegovini. Tijekom toga perioda, najznačajni procesi koji su oblikovali društvo bili su: ponovno uključivanje Bosne i Hercegovine u kulturni i politički prostor Europe (od 1878. BiH i njeni narodi su dio europskog poretka, i njena sudbina je povezana s europskim ideologijama, sukobima i geopolitičkim planovima) i konačna kristalizacija bosanskohercegovačkih Hrvata i Srba od etničko-vjerskih u moderne političke subjekte, ili, od naroda u nacije, integrirane u nacionalni korpus zajedno sa svojim sunarodnjacima izvan BiH. Bosanskohercegovački Muslimani, koji su teško primili odvajanje od Osmanskog Carstva, i prvi puta se našli pod vlašću stranog, kršćanskog i zapadnog imperija, reagirali su dvojako: jedan dio (po nekim procjenama, od 100.000 do 200.000 ljudi) se iselio u Osmansko Carstvo, a drugi su nevoljko prihvatili austrijsku vlast, i pokušali se prilagoditi, bilo inzistiranjem na održanju zatečenog stanja, bilo modernizacijom u zapadnom stilu. Reorganizirana je upravna podjela.
Usprkos određenim pokušajima osmanskih vlasti da se gospodarstvo i državna uprava osuvremene, modernizacija je u Bosni i Hercegovini bila i dalje u samim početcima. Nerazvijeno gospodarstvo, loše i malobrojne prometnice te zastarjela osmanska državna uprava stavili su pred austrougarske vlasti 1878. godine velik zadatak. Posebice je velik bio nedostatak školovanog činovništva i stručnih osoba. Zato je nova vlast od prvih godina uspostavljanja protektorata započela u Bosnu i Hercegovinu dovoditi stručni kadar koji je trebao organizirati državnu upravu i pokrenuti gospodarstvo. Među stručnjacima i obrazovanim ljudima koji su tada došli u Bosnu i Hercegovinu bilo je mnogo Hrvata, ali i ljudi iz drugih krajeva Monarhije. Posebice su se u velikom broju doseljavali Slovenci, Česi, Slovaci i Poljaci, kojima se nije bilo teško snaći u novoj sredini zbog bliskosti slavenskih jezika. U početku je na čelu Bosne i Hercegovine bio general Josip Filipović, ali je 1882. uvedena civilna uprava pa je za prvog civilnog upravitelja postavljen Mađar Benjamin Kállay, tadašnji austrougarski ministar financija.
Kállay je od početka u svojem vođenju Bosne i Hercegovine radio na obrani mađarskih interesa. Mađari su u to vrijeme najveću opasnost vidjeli u ujedinjenju austrougarskih Slavena protiv mađarskog interesa. Zato je i Kállay nastojao u Bosni i Hercegovini voditi takvu politiku koja bi spriječila jačanje ujedinjavanja južnoslavenskih naroda. Prirodnog saveznika za svoje planove našao je u agama i begovima, koji su i dalje bili gospodarski najsnažniji sloj bosanskohercegovačkog stanovništva. Oni su na gospodarskom planu nastojali zadržati svoje posjede, a na nacionalnom i vjerskom planu su se zalagali za bošnjaštvo, odnosno za stvaranje bosanskog nacionalnog identiteta utemeljenog na islamskoj kulturi. Kállay je u bošnjaštvu vidio prigodu i za ostvarenje mađarskih interesa, pa je pokušao Hrvate i Srbe u Bosni i Hercegovini prisiliti da se odreknu vlastitog nacionalnog identiteta i postanu Bosanci katoličke i pravoslavne vjeroispovijesti. Svoju je politiku provodio na grub način zabranjujući hrvatske i srpske institucije i proganjajući isticanje njihovih nacionalnih imena, a pokušavao je stvoriti i umjetni zajednički bosanski jezik. U svojim nakanama Kállay je ipak veću opasnost vidio i Hrvatima nego u Srbima, što je bilo povezano i s vladavinom Khuena Héderváryja u Banskoj Hrvatskoj, kao i s odnosom Obrenovićeve Srbije prema Austro-Ugarskoj.
mini|Podjela BiH na okruge: Bihać, Banja Luka, Tuzla, Travnik, Sarajevo, Mostar. Kállayevo savezništvo s bosanskohercegovačkim plemstvom imalo je ozbiljne posljedice na socijalne odnose. Glavno modernizacijsko pitanje na selu bilo je pitanje agrarne reforme, odnosno oduzimanja vlastelinskom plemstvu i davanje iste seljacima, što bi riješilo egzistenciju velikog dijela stanovništva. No austrougarske se vlasti tu reformu nisu usudile provesti, što je znatno utjecalo na gospodarsko i društveno zaostajanje zemlje. Tako su feudalni zemljoposjednički-kmetski odnosi iz osmanskog razdoblja ostali na snazi još dugo nakon uspostave autrougarske vlasti.
Austrougarsko razdoblje je doba umjerene modernizacije Bosne i Hercegovine (početci industrijalizacije, reforme u školstvu i društvenim odnosima), koja je imala za cilj zadržati BiH kao posebnu, samo-održivu upravnu jedinicu u okviru Austro-Ugarske Monarhije, ali bez radikalnih poteza koji bi mogli poremetiti ravnotežu odnosa u Habsburškom Carstvu. Opća zaostalost (manje od 15 % gradskog stanovnistva, socijalno-nacionalni antagonizmi, od približno 85.000 kmetovskih obitelji, srpskih je bilo oko 60.000, a hrvatskih 25.000. Broj bosanskohercegovačkih Muslimana kmetova bio je zanemariv) kočila je provedbu i umjerenih reformi. U Bosnu i Hercegovinu se do 1914. godine doselilo oko 180 do 200 tisuća Hrvata, Slovenaca, Čeha, Nijemaca i drugih.
Bosna i Hercegovina je u Kállayevo vrijeme doživjela vidljiv napredak na području gospodarstva i kulture. 1884. je započela izgradnja katedrale koja je dovršena 1889. Godine 1888. u Sarajevu je otvoren Zemaljski muzej, a 1896. Gradska Vijećnica. Širom zemlje otvarale su se škole i izgrađivale prometnice. Posebice je značajna bila izgradnja uskotračne pruge Bosanski Brod-Sarajevo-Mostar-Metković. Željeznica je bila važna za izvoz glavnih proizvodnih grana: drvne industrije, proizvodnje duhana, željeza te eksploataciju ugljena i kamene soli. U to su vrijeme u Sarajevu izgrađene neke od najreprezentativnijih javnih zgrada koje su u bosanskohercegovački urbani prostor počele unositi europske graditeljske stilove.
Između 1879. i 1913. oko 40 % od oko 89 000 kmetovskih kućanstava otkupilo je zemlju na kojoj je živjelo. Međutim, situacija oko posjedovanja zemlje neznatno se promijenila. Godine 1910. 91 % zemljoposjednika koji su posjedovali i kmetove bili su muslimani. 68 % srpskoga, 57 % hrvatskoga i samo 7 % muslimanskog poljoprivrednog stanovništva bili su kmetovi ili djelomično kmetovi. Bilo je još oko 50 000 seljaka zakupnika, pretežno pravoslavaca, čiji je gospodarski položaj bio osjetno teži od položaja kmetova.Jozo Tomasevich, "Rat i revolucija u Jugoslaviji 1941.-1945.", poglavlje XI "NDH: Bosanskohercegovački muslimani" Kad je Habsburška Monarhija zaposjela Bosnu i Hercegovinu muslimani koji nisu željeli prihvatiti novu vlast selili su u Tursku. Udio u stanovništvu stoga im se smanjio s 38,7 % godine 1879. na 32,3 % godine 1910. Udio pravoslavaca ostao je gotovo nepromijenjen (43,5 %), a katolika se malo povećao zbog useljavanja državnih službenika s 18,1 % na 22,9 %.
Obnova crkvene hijerarhije mini|lijevo|120px|Sarajevska katedrala, 1887. mini|150px|desno|Josip Stadler, vrhbosanski nadbiskup Znajući koliki utjecaj na narod u Bosni i Hercegovini ima Crkva, austrougarske su vlasti već nakon prvih godina svoje vladavine nastojale pod svoju kontrolu staviti sve vjerske i crkvene zajednice u BiH. Godine 1881. Austro-Ugarska je potpisala Konkordat s Vatikanom o uvođenju svjetovne katoličke hijerarhije u Bosni i Hercegovini. Njime su franjevci, koje austrijske vlasti nisu držale pouzdanim političkim elementom, izgubili pozicije u Bosni i Hercegovini koje su godinama držali, te su se morali podvrgnuti novoj svjetnovnoj hijerarhiji. Nova je Austro-Ugarska vlast koristila sva sredstva kako bi učvrstila svoju vladavinu u Bosni i Hercegovini, pa je tako računala i na značajan utjecaj katoličkog svećenstva među hrvatskim pučanstvom. Stoga je, 2. veljače 1882. godine iz Carske kancelarije u Beču upućeno pismo zahvale biskupu fra Paškalu Buconjiću u kojem se ističe održavanje katoličkog stanovništva u Hercegovini i obećaje dalja carska naklonost prema tom stanovništvu.
U Bosni i Hercegovini je 1881. godine uspostavljena redovna crkvena organizacija. Za nadbiskupa vrhbosanskog postavljen je Josip Stadler. Ukinuta su oba apostolska vikarijata: bosanski i hercegovački, kao i misijski oblici djelovanja, umjesto kojih su uspostavljene tri biskupije: Vrhbosanska nadbiskupija sa sjedištem u Sarajevu, te Banjalučka i Mostarska biskupija. Stadlerovim dolaskom za nadbiskupa pokrenute su novine "Vrhbosna" i "Hrvatski dnevnik". Nadbiskup je podupirao rad brojnih dobrotvornih institucija, među kojima i sirotišta, te izgradio biskupijski dvor i katedralu u Sarajevu.
Hrvatski narodni preporod
mini|200px|lijevo|Napretkov Hrvatski narodni kalendar za godinu 1907. desno|mini|Prva hrvatska tiskara u Mostaru desno|mini|Hrvatsko kulturno društvo Hrvoje u Mostaru