thumb|300px|Područje pod nadzorom Srba (1991. – 1995.) Srpska pravoslavna crkva (SPC) tijekom velikosrpske agresije imala je vrlo kontroverznu ulogu.O čemu crkva (ne)može da se pita: SPC, država i društvo u Srbiji (2000-2005) Iako je u početku rata bilo poziva na pomirenje i prestanak sukoba, kako je rat odmicao, SPC izdaje niz priopćenja kojima ohrabruje nastavak rata i zadražvanje okupiranih teritorija.
U razdoblju 1990-ih SPC postiže značajnu ulogu u javnom životu.Političke aspiracije Srpske pravoslavne crkve Tijekom velikosrpske agresije 1990-ih godina brojni su se sudionici pozivali na Srpsku pravoslavnu crkvu, tražili njenu podršku i često je dobivali.Zašto se u crkvi šapuće, II. deo Mnogi predstavnici SPC su javno podržavali srpske vojne i paravojne postrojbe.Mirko Đorđević, O sprezi pravoslavne crkve sa strukturama političke moći Čak je i patrijarh Pavle blagoslivljao Radovana Karadžića, Ratka Mladića i Željka Ražnatovića Arkana.Zašto Tadić sedi u Sinodu SPC?
Tijekom 1990-ih SPC je kao institucija bila preokupirana "nacionalnim pitanjem", a nacionalizam (nazivan i "svetosavski nacionalizam") je postao dominantna struja unutar crkve. Kao glasnogovornike nacionalizma unutar Crkve, kritičari navode četiri Justinova učenika: Amfilohija Radovića, Artemija Radosavljevića, Atanasija Jevtića i Irineja Bulovića. Do 1991. godine, sva četvorica justinovaca su se našli u vrhu SPC, kao episkopi. Njih četvorica, uz patrijarha Pavla, predstavljali su "idejni sinod" SPC. Suočen s nacionalizmom svojih episkopa, srpski patrijarh Pavle je pozivao na poštovanje ljudskih vrijednosti poznatim riječima: "Budimo ljudi, iako smo Srbi". Jedan od protivnika nacionalizma u crkvi u ovom razdoblja bio je zagrebački mitropolit Jovan. Na teološkom polju, ovo razdoblje karakterizira jačanje protu-ekumenskih tendencija.
Srpska pravoslavna crkva je tijekom ratova u bivšoj Jugoslaviji odbacila gotovo sve ponuđene mirovne planove, uključujući Vanceov plan, Vance-Owenov plan, Plan Kontakt skupine i Daytonski mirovni sporazum. Čak i kad su poslanici Republike Srpske bili spremni na povlačenje, SPC je zastupala "jedan puno militantniji stav".
Pozadina thumb|175px|Tijekom razdoblja 1990-ih na čelu SPC je bio patrijarh Pavle.
1989. godine se komunizam urušio u globalnim razmjerima, a Crkva se vratila na društvenu scenu u vidu ideološke snage koja u nekim slučajevima postaje dio vlasti. Crkve su, posebno na pravoslavnom Istoku, svoju vjersku djelatnost zamijenile nastojanjima klerikalizacije.
Nakon sekularnog razdoblja SFRJ, početkom raspada SFRJ Srpska pravoslavna crkva dobiva sve veći prostor na političkoj sceni Srbije.Zoran Petakov, Od desekularizacije ka klerikalizaciji (u zborniku Kritika klerikalizacije Srbije) Trojstvo svetosavskog nacionalizma, Bog na nebu, kralj u državi, domaćin u obitelji, postaje vrlo frekventna u govorima nacionalističkih prvaka. Srpska pravoslavna crkva je pružila bitnu podršku Miloševićevom usponu na vlast. Unutar crkve se sve otvorenije govori o podjeli Jugoslavije, s posebno surovim osvrtom na predstojeće milijunsko raseljavanje stanovništva:
1990. uoči prvih višestranačkih izbora u Bosni, crkvena glasila intenziviraju retoriku o srpskim žrtvama genocida, iskopavanju kostiju žrtava i ponovnom sahranjivanju. Vađenje iz jama kostiju žrtava Drugog svjetskog rata je bilo okruženo kamerama, reflektorima, novinarima. Ljudi su na televizijskim ekranima mogli vidjeti stravične slike sa stotinama lubanja i kostiju poredanih po šatorskim krilima. Prilikom vađenja kostiju iz jame Golubinka, u nju su se spustili čak i predsjednik SDS-a Radovan Karadžić i član Predsjedništva BiH Nikola Koljević. Karadžić i Koljević silazak u jame koriste kao svojevrstan politički marketing, a na izbore izlaze uz blagoslov SPC. Srpska crkva je u politiku Bosne i Hercegovine ušla na velika vrata, vezujući crkvene i narodne interese za određenu političku opciju. Na političkim skupovima Srpske demokratske stranke su svećenici sjedili u prvim redovima pored političara. U Sarajevu, crkvene manifestacije su služile za promociju stranačkih vođa SDS-a. Do toga je dolazilo na inicijativu same Crkve, o čemu najbolje svjedoči izjava Radovana Karadžića:
Govoreći protiv rata u Hrvatskoj na skupu Srba iz Hrvatske u beogradskom Centru "Sava", 29. lipnja 1990. godine, narodni heroj Jugoslavije dr Gojko Nikoliš je rekao:
1. prosinca 1990. Pavle je izabran za patrijarha Srpske pravoslavne crkve. Izbor je obavljen za života prethodnog patrijarha, Germana. Relikvije vladike Nikolaja dopremljene su iz Amerike u Srbiju u svibnju 1991. godine, u danima kada je započinjao rat na području bivše Jugoslavije. Nacionalistička struja u Srpskoj pravoslavnoj crkvi, koja je u ovom razdoblju postala dominanta, je smatrala Velimirovićevu rehabilitaciju načinom da se srpsko nacionalno biće "pročisti od sablasti komunizma".
1991.: Početak rata u Hrvatskoj
Uoči Domovinskog rata u Hrvatskoj, službenici SPC su zastupali velikosrpsku platformu inzistirajući da područje na kojima žive Srbi ne mogu ostati u sastavu Hrvatske, već se moraju naći u istoj državi sa Srbijom i "svim srpskim krajinama". U jeku jugoslavenske krize, Atanasije Jevtić i Amfilohije Radović javno traže spajanje "svih srpskih krajeva" u Ujedinjene srpske zemlje. Predstavnici srpske crkve su novu hrvatsku državu odmah usporedili s ustaškom Nezavisnom Državom Hrvatskom. Od početka rata u Hrvatskoj, svi episkopi čije su se eparhije nalazile u Hrvatskoj prelaze u Beograd, ili na područja pod srpskim nadzorom. U "Pravoslavlju" je 15. ožujka 1991. godine objavljen tekst vladike Lukijana slavonskog pod naslovom "Protusrpsko nastupanje ustaške države". Crkveni tisak je mnogo uradio na uvjeravanju srpskog naroda u ustaštvo novih hrvatskih vlasti. Tih godina mnogi iz SPC spominju kolektivnu odgovornost Hrvata za genocid u NDH.Milorad Tomanić, Srpska crkva u ratu i ratovi u njoj Početkom travnja, episkop Nikanor javno istupa navodno promovirajući velikosrpsku ideologiju krvi i tla:
U svibnju 1991. godine, prilikom svog ustoličenja za episkopa, koje je bilo glavni medijski događaj tih mjeseci, Atanasije Jevtić govori o "zlobnim i agresivnim muslimanima" koji su stoljećima surađivali s polumjesecom protiv "srpskog krsta sa tri prsta":
Mitropolit crnogorsko-primorski Amfilohije je lipnju 1991. pustio Željka Ražnatovića Arkana i njegovu paravojnu postrojbu "Tigrovi" da naoružani borave u Cetinjskom manastiru, zbog čega se pričalo da je od manastira "napravio vojarnu". Arkanovci su blagoslovima i zdravicama ispraćeni na ratište, a Amfilohije Radović je potom i sam krenuo na dubrovačko ratište, gdje je tijekom jeseni 1991. hrabrio crnogorske rezerviste i srpske paravojnike koji su vršili opsadu Dubrovnika. Vođa paravojnih snaga koji su opsjedali Dubrovnik je u to vrijeme izjavljivao da mu je "vrhovni zapovjednik" patrijarh Pavle:
alt=Episkop Srpske pravoslavne crkve Filaret Mićević na slici sa mitraljezom|mini|Episkop Srpske pravoslavne crkve Filaret Mićević na slici s mitraljezom tijekom rata, manastir Komogovina (između Kostajnice i Gline) Dalmatinski episkop Longin je također blagoslivljao srpske vojne i paravojne postrojbe koje su ratovale po Hrvatskoj.Episkop Longin i cetnici Tadašnji arhimandrit Filaret Mićević je putem medija pozivao na rat i išao na ratom zahvaćene prostore hrabreći srpske dobrovoljce. Kolovoza 1991. godine tadašnji protosinđel Filaret je uslikan kod manastira Komogovina, između Kostajnice i Gline, s grupom srpskih "boraca" na oklopnom vozilu. Njegova fotografija u mantiji s puškomitraljezom ispred tenka, koja je obišla svijet, do danas izaziva kritike. Povodom te fotografije vladika bački Irinej Bulović je reagirao:
Bilo je i pokušaja zaustavljanja sukoba. Godine 1991., kada se rat u Hrvatskoj već rasplamsao, patrijarh Pavle se u dva navrata susreo s kardinalom Kuharićem. S druge strane, Pavle je tražio odvajanje "srpskih oblasti" iz Hrvatske. 1. studenog 1991. srpski patrijarh je poslao otvoreno pismo britanskom lordu Carringtonu, predsjedniku Međunarodne mirovne konferencije o Jugoslaviji, kojim ga uvjerava kako Srbi ne mogu živjeti s Hrvatima i da imaju pravo na ujedinjenje sa Srbijom.
Pavle je objašnjavao britanskom lordu da su u Jugoslaviji "Srbi bili prisiljeni živjeti zajedno sa Hrvatima", ali da više ne mogu živjeti zajedno i da "dijelovi Hrvatske moraju biti pripojeni matici srpskog naroda, Republici Srbiji". U pismu patrijarh Pavle otvoreno govori da se velik dio područja Hrvatske mora "naći pod zajedničkim državnim krovom sa današnjom Srbijom i svim srpskim krajinama". Također kaže da svoju braću "iste vjere i krvi" koja žive u Hrvatskoj "srpska država i srpski narod moraju zaštititi svim legitimnim sredstvima, uključujući i oružanu samoobranu".
Nakon pada Vukovara 18. studenog 1991. "Pravoslavlje" je objavilo da djeca Vukovara dišu radošću i srećom jer su oslobođena. Krajem studenog 1991. godine srbijansko rukovodstvo se založilo za prihvaćanje Vanceovog plana, po kojem bi u Hrvatsku bile poslane snage UN, što je bio uzrok konačnog razlaza Babića i Miloševića. Gornjokarlovački Episkop SPC Nikanor je osuđivao one mirotvorce koji bi mirili Srbe i Hrvate, "te vjekovne neprijatelje".Dokumentarni film "Komšije" Kada je prvi put potpisano primirje u Hrvatskoj, episkopi SPC su objavili da nijedna vlada u ime srpskog naroda nema pravo potpisivati nikakva primirja bez blagoslova svoje crkve.
1992.: Početak rata u Bosni i Hercegovini
U siječnju 1992. godine sazvan je izvanredan Arhijerejski sabor Srpske pravoslavne crkve zbog prihvaćanja Vanceovog mirovnog plana od strane Miloševića. Glavna tema crkvenog sabora održanog 16. i 17. siječnja su bile državne granice na jugoslavenskim prostorima. Sa Sabora je izdano službeno priopćenje u kome se kaže da SPC ne priznaje granice jugoslavenskih republika:
Krivica za političku izdjeljenost srpskog "živog organizma" pripisana je komunistima i "izrazito antisrpskom" AVNOJ-u, koji je zapravo ponovno ujedinio Jugoslaviju, razdijeljenu nakon fašističke okupacije. Episkopi su s istog zasjedanja poručili da se mimo njih ne mogu donositi nikakve obvezujuće političke odluke koje se tiču Srba:
Vanceov plan je i pored svega ipak prihvaćen, što je značilo praktično priznanje postojećih granica Hrvatske. Episkop Atanasije Jevtić na televiziji Studio B, 12. ožujka 1992. godine predsjednika Srbije Slobodana Miloševića proglašava izdajnikom. 27. travnja 1992. godine proglašena je Savezna Republika Jugoslavija, čime su definitivno prihvaćene "avnojevske" granice. U travnju 1992. mitropolit Amfilohije Radović izjavljuje kako se zalaže za ujedinjenje svih srpskih zemalja, ali se plaši da će ta šansa ponovo biti propuštena, "kao što je bila propuštena i 1918."
Nakon referenduma za nezavisnost BiH, glavni urednik "Pravoslavlja" Dragan Terzić je ožujku 1992. pisao da bi Srbi u BiH imali isti status koji imaju kršćani u islamskim zemljama, tj. "bili bi robovi", što su već iskusili tokom islamske okupacije. Uoči prvih sukoba u Bosni, "Pravoslavlje" 15. ožujka 1992. piše da rat ne mora nužno biti loš, i da mir ne mora nužno biti dobar:
Godine 1992. sve tri glavne vjerske zajednice u Bosni i Hercegovini (SPC, Rimokatolička crkva i Islamska zajednica) su izdale zajednički poziv na pomirenje. Neki strani analitičari su ocjenjivali kako je to pozitivan primjer bez presedana, odnosno da nema puno primjera da su tijekom ratnih sukoba čelnici vjerskih zajednica uopće stupali u kontakt, a kamoli službeno pozivali vjernike na pomirenje i praštanje. S druge strane, početkom rata u Bosni i Hercegovini zvorničko-tuzlanski episkop Vasilije Kačavenda je u Bijeljini držao ratnohuškačke govore i javno podržavao politiku Radovana Karadžića. U to vrijeme se već počelo izvještavati o srpskim ratnim zločinima, o čemu Atanasije na parastosu u manastiru Vavedenje 5. svibnja 1992. kaže: