A Segunda División 1998–99-es szezonja volt a bajnokság hatvannyolcadik kiírása. A bajnokságban 22 csapat vett részt, a győztes a Málaga CF lett.
Végeredmény
Jelmagyarázat:FeljutottRájátszásKiesett
# Klub M P Gy D V RG KG GK1Málaga CF4279221377247+252Atlético de Madrid BAz Atlético de Madrid tartalékcsapataként nem juthatott fel.42742111107351+223CD Numancia42732110116840+284Sevilla FC42712011116650+165Rayo Vallecano4271191496449+156UD Las Palmas4268171785738+197CD Toledo42651811135449+58SD Compostela42611613136053+79Sporting de Gijón42591611154747010CP Mérida42591514134841+711UE Lleida42591514135250+212Recreativo de Huelva42581416124035+513CA Osasuna42571512154451-714CD Badajoz42511215153539-415Albacete42501214163843-516CD Logroñés42481212184857-917CD Leganés42471017153644-818SD Eibar4247138214256-1419Mallorca B42461210205264-1220Barcelona B4244135245168-1721Hércules CF42401010223866-2822CD Ourense422776293582-47
Rájátszás
Odavágók:CF Extremadura0-2Rayo Vallecano Villarreal CF0-2Sevilla FC
Visszavágók: Rayo Vallecano2-0CF Extremadura Össz.:4-0Sevilla FC1-0Villarreal CF Össz.:3-0
Megjegyzések
Kategória:Segunda División szezonok Spanyol 2