bélyegkép|Varsó a 16. század végén a Frans Hogenberg képén (látható az első varsói híd) Varsó történelme a 12. vagy 13. századig nyúlik vissza, amikor a Mazóviai Fejedelemség területén megalapították Jazdów városát (ma Ujazdów néven Varsó belvárosának egy részét képezi). A mai Varsó területén található Bródnowski erdő helyén korábban fából és földből épült falakkal körülvett települést (Bródno) hiba lenne Varsó elődjének tekinteni, hiszen maradványai csak 1916 óta tartoznak a városhoz. Varsó ma Lengyelország fővárosa és egyben legnagyobb városa is. Évszázadok alatt dicsőséges napjai mellett néhány alkalommal a teljes megsemmisülés is fenyegette. A város mai arculatát a második világháború rombolása utáni újjáépítés határozza meg.
thumb|Varsó 2009-ben A mazóviai fejedelemségek kora bélyegkép|Szent János-főszékesegyház Az első megerősített helység a mai Varsó területén Bródno (ejtsd: brudno) volt a 9–11. században. Ez a városka a mai Varsó északnyugati részén terült el. A régi Bródnót felégették egy felkelés során, amelyet egy mazóviai nagyúr, Miecław robbantott ki 1040 körül. 1065 körül megalapították Kamiont (ma Kamionek, lakótelep a Keleti pályaudvarhoz közel) a 12. században pedig Jazdówot (ma a Szejm épületéhez közel). 1262-ben Jazdówot felégették a litvánok, 1281-ben pedig II. Bolesław, Płock fejedelme lerohanta és hasonló települést alapított egy kis halászfalu területén, melyet Warszowának neveztek el. Ez Jazdówtól kb. 3 km-re északra volt. Itt Konrád, II. Bolesław bátyja építtetett egy favárat, melyet a litvánok szintén felégettek. Ezen a helyen a fejedelem felépíttetett egy téglatemplomot, amely azután a Szent János-főszékesegyház lett. A 14. század elején Warszowa lett a mazóviai fejedelem székhelye.
A legbiztosabb ismereteink Varsóról ezekből az időkből a perből származnak, amely 1339-ben zajlott a pápai képviselők részvétélével a Lengyel Királyság meg a Német Lovagrend között Kelet-Pomeránia és Chełmnói föld törvénytelen elfoglalásáról. A lengyelek nyerték a pert, de a keresztes lovagok nem tartották magukat az ítélethez.
A 14. században a Varsó gazdasága kézműiparon és kereskedelmen alapult. 1413-ban I. Janusz varsói fejedelem Varsóba tette át Mazóvia székhelyét. Népessége ekkor kb. 4500 lakos volt. Ebben az időben elkezdték újjáépíteni a várat, a városfalakat és a városházát. Kicsivel korábban megkezdődött a város terjeszkedése is – a fal északi oldalán megalakult a városrész, amelyet Újvárosnak neveztek, az eddigi várost pedig Óvárosnak kezdték nevezni. Ennek a két résznek a saját városi joga és saját vezetése volt. Az új város megalapításának célja az volt, hogy szabályozzák a letelepülését azoknak az új lakosoknak, akiknek nem volt szabad a régi városban lakni (főként zsidók).[Norman Davies Boże Igrzysko, 1994, Wydawnictwo Znak, , lengyelül]
Varsó polgárai, bár e időben azonos nemzetiségű voltak, gazdasági helyzetük tekintetében nagyon különböztek egymástól. Ezek a különbségek okozták 1525-ben az első felkelést, amelyet a szegények robbantottak ki a gazdagok ellen.
1526–1700-as évek thumb|Szabad választás Wolában thumb|Palota Wilanówban 1770-ben 1526-ban meghalt az utolsó mazóviai herceg, III. Janusz (az akkori közvélemény szerint, megmérgezte őt Sforza Bona lengyel királyné, I. Zsigmond felesége). Ekkor az utolsó „szabad” mazóviai területet visszacsatolhatták a lengyel koronához, ami még ebben az évben megtörtént. 1529-ben először ülésezett a szejm Varsóban, 1569-től pedig (a lublini unió után) Varsó lett a szejm állandó helye. Varsó inkorporációja a Lengyel Királyságba gyors gazdasági fejlődést jelentett, amint azt a népesség növekedése is mutatja: ebben az időben 20 000 ember élt itt, 4500-zal több, mint 100 évvel korábban. Giovanni Battista di Quadro olasz építész reneszánsz stílusban építette át a várost.
1572-ben meghalt az utolsó király a Jagelló-házból, II. Zsigmond. A 1573-évi szejmen úgy döntöttek, hogy ettől fogva a nemesség választani fogja a királyt. Ugyanazon a szejmen döntöttek a Varsói Konföderációról, azaz a lengyel nemesség által kötött egyezségről, mely szentesítette a Lengyel Királyságban a vallásszabadságot; ez volt a vallási tolerancia első példája egész Európában. Az első „szabad választás” (lengyelül wolna elekcja) 1573 áprilisában és májusában zajlott Varsó külvárosban, Kamień falúban (ma Kamionek lakótelep, a Keleti pályaudvarhoz közel); a következők pedig (már 1575-től fogva, amikor Báthory István lengyel királlyá lett) egy másik külvárosi faluban mentek végbe – Wolában (most ez a Wola kerület központja).
A „szabad választásokkor” a wolai földön még 100 ezer felfegyverzett nemes is összegyűlt. Ez sok pénzt jelentett a varsóiaknak, de egyben azt is, hogy megnövekedett a bűnözés és vigyázni kellett lakóhelyeikre. Szintén 1573-ban elkészült az első állandó híd a Visztulán túl. Az építés 3 évig tartott. A hidat 1603-ban jégzajlás tette tönkre. 1602-ben légörvény tette tönkre a Székesegyház tornyát, 1607-ben pedig a tűzvészben leégtek a házak az Óvárosi piactér körül.
Tekintettel Varsó központi helyzetére – arra, hogy a Lengyel-Litván Államszövetség két fővárosa, Vilnius és Krakkó között található, Gdańsk viszonylagos közelségében (amit veszélyeztettek a svédek) – Varsó 1596-ban főváros és királyi székhely lett, III. Vasa Zsigmond király áttette ide székhelyét Krakkóból. A király döntését a krakkói Wawel tűzvésze is sürgette. A királyi építész, Santi Gucci elkezdte a varsói vár átépítését barokk stílusban. A munkálatok alatt a király időzött még Wawelben, de 1611-ben véglegesen átköltözött Varsóba – annak ellenére, hogy a munkálatok még 20 évig tartottak.
A következő években Varsó körül sok település alakult ki, ezek főurak, gazdag nemesek és kolostorok tulajdonai voltak, saját törvényhozással (azaz nem tartoztak a városi hatalom és bírók alá). A kerületeket jurydykának nevezték, kézművesek és kereskedők éltek itt. 1648-ban Praga (ma Varsó jobb parti része) megkapta a városi jogot.
A 17. század nagyon nehéz volt Varsónak. Bár a század első felében a város elég gyorsan fejlődött – pestisjárványai ellenére, melyekből a legnagyobbak az 1624–1625 és az 1652–1653 éviek – 1655-ben a svédjárással (lengyelül potop szwedzki, „svédözön”) ennek vége szakadt. 1655-ben és 1658-ban Varsót háromszor ostromolták meg, meghódították és tönkretették a külföldi hadseregek: svédek, brandenburgiak és erdélyiek (II. Rákóczi Györgyé). Sok értékes könyvet, képet, szobrot és más műalkotást raboltak el, főként a svédek (amiből sokat még nem adtak vissza). Jobb idők virradtak Varsóra, amikor III. Sobieski János 1674-ben királlyá lett. 1677-ben székhelyet kezdett építeni barokkos stílusban, ez nemsokára Wilanów néven lett híres.
1700–1795 bélyegkép|balra|300px|Varsói jurydykák (18. század második fele): 1. Óváros, 2. Újváros, 3. Szymanowska, 4. Wielądka, 5. Parysowska, 6. Świętojerska, 7. Nowolipie, 8. Kapitulna (Zadzikowska), 9. Dziekania, 10. Leszno, 11. Tłumackie (Tłomackie), 12. Mariensztadt, 13. Dziekanka, 14. Wielopole, 15. Grzybów, 16. and 24. Bielino, 17. Stanisławów, 18. Aleksandria, 19. Nowoświecka, 20. Ordynacka, 21. Tamka-Kałęczyn, 22. Bożydar-Kałęczyn, 23. Nowogrodzka, 24. and 16. Bielino, 25. Solec, 26. Golędzinów, 27. Praga, 28. Skaryszew-Kamion thumb|A Długa utca Canaletto képén (1770) thumb|Collegium Nobilium thumb|Kilátás Varsóra a Királyi Várból a Canaletto képén (1773) Több politikai tényezőnek köszönhetően Sobieski János halála után Lengyelország fokozatosan gyengülni kezdett. Az új király I. Frigyes Ágost szász választófejedelem lett, II. Ágost néven. Ő inkább szülőhazájával, Szászországgal foglalkozott, nem Lengyelországgal, a lengyel nemesség pedig egyre erősebben a saját érdekeiért harcolt, nem a királyságnak a múlt században elért erejének fenntartásáért. Oroszországban Nagy Péter, Svédországban XII. Károly bővítették saját államuk határait és törekedtek hatalmuk megerősítésére. 1700-ban kitört az ún. északi háború eközött a két állam között. II. Ágost meggondolatlanul beleavatkozott a háborúba, mint a cár szövetségese. A gyenge Lengyelország harctérré lett, ezért Varsót is elfoglalták néhányszor a külföldi hadseregek, először a svédek 1702 májusában. Befolyásuk alatt 1704 júliusában a lengyel nemesség megfosztotta II. Ágostot trónjától és a wolai földön Stanisław Leszczyński poznani vajdát – a svédek szövetségesét – választották királlyá. A svédek azonban nem hagytak sok katonát Varsóban és Ágostnak sikerült visszaszerezni a várost. Újra elveszítette, amikor 1705 júliusában elvesztette a csatát, amely a mai Nyugati pályaudvarhoz közel, Wola környékén zajlott és amelyben kétezer svéd legyőzte a tízezres lengyel–szász–litván hadsereget. Stanisław Leszczyńskit októberben királlyá koronázták. 1709-ig uralkodott, amikor is az oroszok legyőzték a svédeket a poltavai csatában és a svédeknek menekülniük kellett Lengyelországból. Ekkor ismét II. Ágost lett a lengyel király. A megszálláson kívül Varsót pestisjárvány (1708), árvíz (1713) és rossz termés is kínozta. 1713-tól a városban az orosz és szász hadsereg állomásozott, ami nagyon kifárasztotta a lakosokat.
II. Ágost 1733-ban meghalt. Szeptemberben Stanisław Leszczyńskit megint királlyá választották meg, de ez nem tetszett Ausztriának és Oroszországnak, akik egy hónap múlva rákényszerítették a lengyeleket II. Ágost fia, III. Ágost megválasztására. A különféle politikai érdekek Leszczyński, III. Ágost, Oroszország, Ausztria, Szászország, Svédország és Franciaország között elvezettek az ún. lengyel örökösödési háborúhoz, amiben Lengyelország megint nem játszott szerepet, csak a harcföld volt; Varsót megint megviselték a hadseregek átvonulásai és megszállásai. A háború eredményeként III. Ágost királlyá lett. A politikai gyengeség ellenére a szász idők Varsónak fejlődést jelentették. A királlyal együtt sok német építész jött, akik átépítették Varsót Drezdához hasonló stílusban. 1740-ben egy pap – Stanisław Konarski – megalapította a Collegium Nobiliumot, egy egyetemet nemesi fiúknak. Ezt a mai Varsói Egyetem elődjének tartják. 1747-ben Załuski családja megnyitotta az első lengyel közkönyvtárat. 1742-ben a Városi Bizottság elkezdte a járdák és csatornarendszer építését. A város nagy részei azonban a városi szervek ellenőrzésén kívül maradtak. Csak az 1760-as evek végén került az egész város egy igazgatás alá, Jan Dekert elnök erőfeszítései révén (Lengyelországban a nagyvárosoknak polgármestereit elnöknek hívják). Ekkor Varsót hét kerületre osztották.
1764-ben Stanisław August Poniatowskit választották meg lengyel királlyá. Lengyelország orosz protektorátussá lett. 1772-ben történt meg Lengyelország első felosztása: a poroszok, oroszok és osztrákok indoklás nélkül részeket foglaltak el az államból. Ez a sokk okozta, hogy a nemesség nagy része „felébredt” és elkezdett a saját érdeke mellett az államéra is gondolni. Így a felvilágosodás könnyen elért az országba. A kultúrában és Varsó történelmében II. Szaniszló uralkodása a virágzás időszaka volt (bár az állam történelmére ez nem mondható el). Varsó az állam kulturális, politikai, gazdasági és kereskedelmi központjává lett. 1765-ben a király megalapította az első világi iskolát Varsóban, a Korpus Kadetówot (a név ellenére nem katonai iskola volt). 1773-ban megalakult a Nemzeti Oktatás Bizottsága (Komisja Edukacji Narodowej), az első oktatási minisztérium a világon. Virágzott a színházi élet, a politikai aktivitás, fejlődtek a haladó ideák, megszületett a kapitalizmus. Bankok, gyárak jöttek létre. Ez jó alapot adott a város átépítéséhez és a kísérletezéshez a városterv készítésére, amely nélkülözhetetlenné lett, mert majdnem 40 év alatt (1754–1792) a népesség száma ötszörösére növekedett (24 000-től 115 000-ig). Ezzel kapcsolatban új főúri és nemesi székhelyek alakultak, de kispolgári és munkási házak is épültek. 1775-ben megépítették a hidat a Visztulán.