Az 1998–1999-es magyar férfi vízilabda-bajnokság a kilencvenharmadik magyar vízilabda-bajnokság volt. A bajnokságban tizenkét csapat indult el, a csapatok két kört játszottak. Az alapszakasz után az 1-4. helyezettek play-off rendszerben játszottak a bajnoki címért. A párharcok (a döntő kivételével) az alapszakaszbeli eredményeket is beszámítva 8 pontig tartottak. A létszámcsökkentés miatt a 9-11. helyezettek a bentmaradásért játszottak play-off rendszerben.
A Bp. Spartacus vízilabda-szakosztályát a Bp. Honvéddal közösen indította, új neve Honvéd-Spartacus VE lett.
A Szolnoki MTE új neve Szolnoki VSC lett.
Alapszakasz #CsapatMGyDVG+G-P1.Ferencvárosi TC-Vitalin221831227116392.BVSC-Brendon221813264148373.Honvéd-Spartacus VE221633213144354.Vasas SC-Plaket221534188142335.Újpesti TE-Taxi2000221534233122336.ÚVMK Eger-Egervin229211176193207.Kontavill-Szentesi VK227411147185188.Szolnoki VSC227213168198169.ELTE-BEAC-Intruder2262141292141410.Tabán Trafik-Szegedi VE2242161311811011.OSC222119105231512.MAFC-P&P2212191202274
* M: Mérkőzés Gy: Győzelem D: Döntetlen V: Vereség G+: Dobott gól G-: Kapott gól P: Pont
Rájátszás Elődöntő: Ferencvárosi TC-Vitalin–Vasas SC-Plaket 8–4, 8–7, 7–8, 10–6 és BVSC-Brendon–Honvéd-Spartacus VE 11–6, 11–10
Döntő: Ferencvárosi TC-Vitalin–BVSC-Brendon 8–7, 6–7, 7–8, 8–10
Osztályozó Tabán Trafik-Szegedi VE–OSC 10–6, 3–7, 9–8, 4–6, 10–3
ELTE-BEAC-Intruder–Tabán Trafik-Szegedi VE 10–5, 8–4, 9–8
A góllövőlista élmezőnye Gól Játékos Csapat1.47Tóth ImreHonvéd-Spartacus2.46Varga II. ZsoltSzolnok3. 44Lehman IstvánEger4. 43Märcz TamásBVSC5. 41Tóth László (1967)Vasas6. 40Kiss GergelyÚjpesti TE7. 38Péter ImreFerencváros8. 36Kovács RóbertEger36Molnár TamásÚjpesti TE10. 35Szabó ZoltánÚjpesti TE 35Regős ÁronVasas
Források Gyarmati Dezső: Aranykor (Hérodotosz Könyvkiadó és Értékesítő Bt., Budapest, 2002.) Magyar sportévkönyv 2000
Kategória:Vízilabda-bajnokság évei Magyarferfivizilabdabajnoksag Magyarferfivizilabdabajnoksag