Kora újkori magyar történelem alatt a 16–18. századi magyar történelmet értjük.
Az 1526-ban vívott mohácsi csatát követő kettős királyválasztás után az ország területe két részre szakadt. Az oszmán hadsereg 1541. augusztus 29-én birtokba vette Budát. Ezzel az ország három részre szakadt: a Habsburgok uralta királyi Magyarországra, a Szapolyai országrészéből kialakuló Erdélyi Fejedelemségre, valamint a török hódoltságra.
Ez az állapot több mint másfél évszázadig, a korai újkor legnagyobb része alatt állandósult, ezen a török kiűzésre indított háborúk, mint a magyarlakta térségeket elnéptelenítő tizenöt éves háború sem változtattak. A Kárpát-medence területének újraegyesítésére csak a 17–18. század fordulóján került sor, a Habsburg-ház vezetése alatt. Azonban Erdélyt nem egyesítették Magyarországgal, hanem külön kormányozták. Hazánk a Habsburgok dunai birodalmának részét képezte annak 1918-ban bekövetkezett összeomlásig.
A tragikus pusztítások ellenére a kora újkorban jelentősen fejlődött a magyar kultúra: elterjedtté vált a magyar nyelvű szépirodalom, megnőtt az írni-olvasni tudók száma, és ekkor alapították az első, napjainkig fennmaradt magyar egyetemet is.
A három részre szakadt ország
Az 1526-os mohácsi csata során életét veszítette II. Lajos király, fiúutód híján uralkodó nélkül maradt az ország. Még ebben az évben kettős királyválasztásra került sor: 1526. novemberében a saját hadsereggel rendelkező Szapolyai János (csak neki volt ütőképes serege az országban) szerezte meg a koronát (az 1505-ös rákosi végzésre hivatkozva). Az ausztriai Habsburg-ház a Jagellókkal kötött házassági szerződés értelmében formált igényt a magyar trónra. A magyar nemesség többsége Szapolyaival tartott, Ferdinánd mellett kezdetben csak a horvátok és néhány magyar főnemes állt. Azonban Ferdinándot a bátyja, V. Károly német-római császár segítette, a tőle kapott német zsoldossereggel 1527–1528-ban elfoglalta Magyarországot és Lengyelországig űzte ellenfelét. Szapolyainak jobb híján a töröktől kellett segítséget kérnie, akik beleegyeztek ebbe, mivel így fenntarthatták az ország megosztottságát (ezt kihasználva véglegesen elfoglalták a Szerémséget és a Dráva–Száva közötti területet).
I. Szulejmánnak nem kedvezett a Habsburg-ház közép-európai megerősödése, ezért 1529-ben hadjáratot indított Ferdinánd ellen. Bár Budát sikerült elfoglalnia, Bécset sikertelenül ostromolta. Ráadásul a szultáni sereg kivonulását követően a Habsburg hadak Budáig nyomultak előre. A szultán 1532-ben újabb hadjáratot indított, azonban offenzívája a Jurisics Miklós által védett Kőszeg alatt elakadt. Bécs előterében erős birodalmi, cseh, magyar, olasz, spanyol hadak várták a törököket, azonban a szultán elkerülte az ütközetet. A törökök visszavonulását ezúttal is Habsburg ellentámadás követte, a Magyar Királyság északi és felső területeit Ferdinánd uralta, míg a középső és keleti területek Szapolyai pártján maradtak.
Az állandósult harcokat befejezendő, Ferdinánd és Szapolyai 1538-ban megkötötte a váradi békét. Ebben elismerte egymást a két uralkodó, ráadásul Szapolyai azt is megfogadta, hogy halála után a keleti országrész a Habsburgokhoz kerül, hogy így egyesülhessen az ország. A megállapodás titokban történt, hiszen a török ellenezte Magyarország egyesítését. Azonban Szapolyainak született egy fia, János Zsigmond, és az egyezményt felrúgva megeskette híveit, hogy a fiút válasszák királlyá. Ferdinánd a szerződésre hivatkozva sereget küldött Buda elfoglalására, de a Szapolyai-párt török segítséggel megvédte azt. Ennek ellenére Szulejmán nem bízott abban, hogy a csecsemő király, gyámja Fráter György és hívei képesek lennének megtartani a várat, így 1541. augusztus 29-én birtokba vette Budát. Ezzel az ország három részre szakadt: a Habsburg-kézen lévő királyi Magyarországra, a Szapolyai királyságából kialakuló Erdélyi Fejedelemségre, valamint a török által kialakított hódoltságra.
A török hódoltság létrejötte
jobbra|300px|bélyegkép|A Magyar Királyság 1550 körül bélyegkép|jobbra|300px|Közép-Európa 1572-ben Miután Szulejmán elfoglalta Budát, Erdélyt vazallus területként Izabella özvegy királyné és János Zsigmond kezén hagyta, míg János Zsigmond gyámja Fráter György lett. Ő abban bízott, hogy a Habsburgokkal szövetkezve visszaállíthatja az ország egységét. Így még 1541-ben megkötötte a gyalui egyezményt, mely szerint ha Ferdinánd vissza tudja foglalni Budát, Fráter átadja a keleti országrészt. A Habsburg uralkodónak ez nem sikerült, de egy évtizeddel később, 1551-ben Fráter mégis megkezdte az átadást. Mivel Ferdinánd még ekkor sem rendelkezett megfelelő erejű sereggel, így Fráter, hogy időt nyerjen, tárgyalásokat kezdett a délvidéki pasákkal. A Ferdinánd által kinevezett katonai parancsnok, Castaldo császári tábornok ezt árulásnak értelmezte és meggyilkoltatta Frátert.
Miután a Joachim brandenburgi őrgróf által vezetett, Buda visszafoglalását célzó német birodalmi vállalkozás 1542-ben kudarccal végződött, Szulejmán 1543-ban egy újabb hadjáratban elfoglalta Pécset, Székesfehérvárt és Esztergomot, a hódoltság területét Magyarország dunántúli részére is kiterjesztve. Távozása után pedig pasái Visegrádot, Hatvant és Nógrádot is elfoglalták. Ilyen módon Szulejmán biztosította a felvonulási útvonalát és védőgyűrűt vont Buda köré.R. Várkonyi Ágnes: A királyi Magyarország. Budapest, Vince Kiadó, 1999. 18. o.
Szulejmán 1547-ben öt évi fegyverszünetre lépett Ferdinánddal, aki 30 000 arany évi ajándék (tulajdonképpen adó, mely az uralmának az elismeréséért fizetett) fizetésére kötelezte magát. Amikor Ferdinánd király 1551-ben Fráter György megöletése után Erdélyt birtokába vette, Szulejmán 1552-ben újrakezdte a háborút, ennek során vezérei a török hódoltság területét újra számottevően növelték. Ebben az évben, augusztus 10-11-én zajlott a palásti csata1552. augusztus 11. - A palásti csata második napja , rubicon.hu és ebben a hadjáratban esett el Temesvár (Losonci István), Veszprém, az összes nógrádi vár (pl. a Szondy György által védett Drégely) és Szolnok vára is. Azonban az egri vár védői Dobó István várkapitány vezetésével szerencsésen visszaverték az ostromot.Bánlaky József: A magyar nemzet hadtörténelme. Eger ostroma Dobó Istvánék hősies védelme folytán kudarcot vall. Online hozzáférés Eger védelme sikeresen megakadályozta a szultánt abban, hogy Felső-Magyarországot is elfoglalja, vagy hogy egy szélesebb területsávval elszigetelje a királyi Magyarországot Erdélytől.
1566-ban Szulejmán szultán utolsó hadjáratára indult, az 1564-ben trónra lépett Miksa király ellen személyesen vezetett hadat és Szigetvárt vette ostrom alá. A Zrínyi Miklós által páratlan hősiességgel védelmezett vár bevételét Szulejmán már nem élhette meg. 1566. szeptember 6-án az akkor még ostromlott vár falai alatt halt meg.1566. szeptember 6. Szulejmán szultán halála, vA "Pallas" szeptember 5-t ír. Ugyanekkor Szulejmán alvezére, Pertaf pasa véres ostrom után bevette Gyulát, ahol a kapitulált védősereget legyilkolták.
A két új uralkodó, Miksa és II. Szelim belátták, hogy nem képes egymást legyőzni a két hatalom, így 1568-ban megkötötték a drinápolyi békét, melyben a Habsburgok elismerték az új határokat.
1556-ra hosszú távon rendeződött Erdély sorsa is. Öt évnyi Habsburg-uralmat követően az erdélyi rendek visszahívták Szapolyai özvegyét, Jagelló Izabellát Lengyelországból. Izabella október 22-én vonult be Kolozsvárra, és fia, János Zsigmond nevében átvette az uralmat. Az 1570-es speyeri szerződésben foglaltak szerint János ZsigmondJános Zsigmond Szapolyai János magyar királynak és I. Zsigmond lengyel király leányának, Jagelló Izabellának volt a fia. lemondott a választott királyi címéről (rex electus) és elismerte, hogy Erdély a Magyar Korona elidegeníthetetlen része. Cserébe megkapta az Erdély és a Partium fejedelme címet (princeps).
A Magyar Királyság kontinuitása Az ország két, majd három szakadása főként az utókor retrospektív felfogásában létezik. A 16. századi magyar kortársak egyetlen Magyar Királyságot ismertek, aminek 1526-tól kezdve két uralkodója volt. Politikai és államjogi értelemben a királyi Magyarország a Magyar Királyság közvetlen folytatója volt: Buda eleste (1541) után Pozsonyban tartották a rendi országgyűléseket, itt helyezkedtek el a királyság központi hivatalai is, mint a Magyar Kancellária és a Magyar Kamara. Pozsonyban tartózkodott a nádor, az országbíró, még a Nagyszombatra költözött esztergomi érsek is fenntartott itt egy rezidenciát. balra|bélyegkép|265px|Magyar jogigényeket jelző térkép a török korban (Augsburg, 1656–60)
A mohácsi csatavesztés, Buda, Székesfehérvár és Esztergom török elfoglalása még nem jelentette Magyarország végét: a korabeli magyarság a török fennhatóságot átmenetinek tartotta, az oszmán kézre került területeket a Magyar Királyság elidegeníthetetlen részének tekintette,Katolikusok a török hódoltságban ezt az állapotot fejezték ki a kora újkorban készült térképek is.
A török kézen lévő alföldi és dunántúli megyék nemessége a királyi Magyarországon is megtartotta vármegyei közgyűléseit. Ráadásul a magyar nemesség a végvári katonaság segítségével a török által elfoglalt országrészen továbbra behajtotta a birtokosoknak, illetve a magyar államnak járó az adókat („kettős hódoltság”, korabeli nevén condominium). A királyi Magyarországra húzódott nemesség erejéből arra is tellett, hogy megtiltsák jobbágyaiknak, hogy ügyeikben a török hatóságokhoz forduljanak, így részben fenntartották a magyar közigazgatást és joghatóságot.
A Habsburg uralom alatti országrész
bélyegkép|jobbra|400px|Győr ostroma 1598-ban, a fehérvári kapu berobbantásaA petárda A királyi Magyarország a Ferdinánd pártjára állt és az oszmán hódításnak ellenálló „Nyugati Magyar Királyságból” alakult ki, időben változó területe az Adriai-tengertől Felső-Magyarországig terjedt.
Már I. Ferdinánd osztrák főherceg (1556-tól német-római császár) keresztülvitte a Habsburg Birodalom hadügyi és pénzügyi rendszerének központosítását. A tragikus területi veszteséget elkönyvelő Magyar Királyságot ezentúl a Bécsben székelő Udvari Kamara (Hofkammer), Udvari Kancellária (Hofkanzlei), Udvari Haditanács (Hofkriegsrath) és Titkos Tanács igazgatta. A pozsonyi, illetve szepesi kamara mindvégig a bécsi központi szervek irányítása alatt állt. Az Udvari Kamarának ráadásul fennállása alatt egy magyar tagja sem volt.
Noha a magyar elit rendszeresen sürgette a török elleni felszabadító háború megindítását, a dinasztia több alkalommal a nyugati, német hadszíntéren vetette be a magyar csapatokat, mint a schmalkaldeni háborúban (1546–1547) vagy a harmincéves háború idején.
II. Miksa császár és Habsburg Rudolf alatt még inkább erősödtek a Habsburg-ház központosító törekvései. Jelzésértékű, hogy Nádasdy Tamás 1562-ben bekövetkezett halála után egészen 1608-ig betöltetlen maradt a nádori szék. A magyar rendek belpolitikai súlya és törvényhozó szerepe megmaradt, tőlük függött az adómegajánlás is, de diplomáciai és hadügyi kérdésekben nem voltak illetékesek. Mivel a királyi Magyarország török elleni védelmi vonala csak nyugati segítséggel volt tartható,A közvélemény a Habsburgoknak tulajdonítja a végvárrendszer fenntartását. A védelmi vonal költségeit az osztrák tartományok, a krajnai, karintiai, stájer, cseh és morva rendek állták, továbbá a Német-római Császárságból és a pápai államból is érkezett segély. a magyar nemesség tudomásul vette, hogy az országot külföldi központból, Bécsből (illetve Prágából) kormányozzák.