A jezsuiták megtelepedése Erdélyben Báthory Istvánnak köszönhető, aki erdélyi fejedelemmé választását (1571) követően a hátrányosan megkülönböztetett katolikusok helyzetét katolikus papok behívásával, illetve a jezsuita rend megtelepítésével próbálta javítani. Az ausztriai jezsuita rendtartomány több éven keresztül sem tett eleget a fejedelem kérésének, félve a vállalkozás kockázataitól, részben a távolság, részben a nagyszombati kedvezőtlen tapasztalatok miatt. Miután Báthory lengyel királlyá lett (1576), ismét sürgette az erdélyi katolikusok megtámogatását. Az erdélyi misszió megszervezését kezdetben Alfonso Pisa vezette; ő maga nem járt Erdélyben, de ő készítette fel a misszionáriusokat a hitvitákra, valószínűleg az ő irányítása alatt állították össze az úgynevezett kolozsvári disputa tételeit. Az első jezsuiták 1579-ben Lengyelország felől érkeztek Erdélybe, és Kolozsmonostoron, az egykori bencés apátságban kaptak helyet. 1581-ben beköltözhettek Kolozsvárra, ahol a ferences kolostort kapták meg iskola céljára. 1583-ban Antonio Possevino papneveldét létesített, 1585-ben pedig beindult a felsőfokú képzés. Emellett Gyulafehérváron is működött egy rendház, Nagyváradon pedig alsóbb iskolát létesíthettek.Molnár 2009: 23–25.ErdTört: 517.
Az 1586-os pestis során a 45 erdélyi rendtag több mind fele meghalt, helyükre Lengyelországból érkeztek új szerzetesek. Ugyanebben az évben meghalt Báthory István, és a rend fejedelmi pártfogó nélkül maradt. 1588-ban az erdélyi protestáns főurak rávették a fejedelemségre pályázó fiatal Báthory Zsigmondot (akit egyébként a jezsuiták neveltek, és első gyóntatója a jezsuita Leleszi János volt), hogy tiltsa ki a jezsuitákat az országból. V. Szixtusz pápa közbelépésére a rend tagjai 1591-ben ismét bejöhettek Erdélybe.Sas 2010: 59.
Miután az 1595. évi gyulafehérvári országgyűlés ismét engedélyezte a jezsuita rend erdélyi működését Kolozsmonostoron, Kolozsváron és Gyulafehérváron, rövid időn belül megint lehetetlenné vált működésük. A tizenöt éves háború idején, amikor 1603-ban az unitárius Székely Mózes csapatai bevonultak Kolozsvárra, a prédikátorok által felbujtott unitárius tömeg lerombolta a jezsuita kollégiumot. Bocskai István, Rákóczi Zsigmond és Báthory Gábor alatt az erdélyi országgyűlés száműzte a jezsuitákat (1606, 1607, illetve 1610). Az 1606-os bécsi békekötés után megindult azonban a nemesség rekatolizációja, amelyben a jezsuitáknak komoly szerepük volt, így kialakult egy olyan katolikus elit, amely támogatni tudta a rend újbóli bejövetelét. A jezsuiták helyzete Bethlen Gábor uralkodása alatt fordult kedvezőre, aki Pázmány Péter közvetítésével kérte jezsuita szerzetesek küldését Muzio Vitelleschi rendfőnöktől; így érkezett Vásárhelyi Gergely a gyulafehérvári fejedelmi udvarba. A református fejedelem 1618-ban nemcsak megengedte Szini Istvánnak, hogy Fogarason, később Gyulafehérváron iskolát és templomot tartson fenn, hanem anyagilag is támogatta; rajta kívül Kolozsmonostorra is behívott két jezsuitát, így újra megnyithatták iskolájukat. Engedélyt adott a karánsebesi misszió megalapítására, amely elsősorban a románok között folytatott térítő munkát. Bethlen Gábor korában Kolozsvár és Gyulafehérvár mellett a jezsuiták templommal rendelkeztek Csíksomlyón és Székelyudvarhelyen is. A jezsuiták számára kedvező korszak II. Rákóczi György alatt ért véget az 1653-as újabb kiutasítással; a kitiltás ellenére az oktatást tovább folytatták Kolozsmonostoron. 1665-ben I. Apafi Mihály a Katolikus Státus nyomására engedélyezte, hogy az iskola beköltözzön Kolozsvárra.Bíró 1986.Molnár 2009: 25–28.Varga 2007.
A Habsburgok uralma alá került Erdélyben a jezsuiták fontos szerepet játszottak a rekatolizációban, de mivel a központi hatalom politikai szövetségesének tekintették őket, tevékenységüket gyanakvás övezte. 1698-ban megnyitották kolozsvári akadémiájukat, amely 1712-től kezdve teológiai tagozattal bővült. Kolozsváron nagyszabású építkezésekbe kezdtek: felépült az új templomuk, a szeminárium és a nemesi konviktus. Az akadémia papírmalommal (1718–19), saját nyomdával (1726) és gyógyszertárral (1731–32) is rendelkezett. A nyomda fennállása alatt 353 művet adott ki latin, magyar, német és román nyelven. A székelyudvarhelyi jezsuita gimnázium 1740-ben új épülettel bővült, Marosvásárhelyen 1702-től misszió létesült; jezsuita iskola működött Gyulafehérváron, Nagyszebenben és Brassóban is. 1773. július 21-én XIV. Kelemen pápa feloszlatta a szerzetesrendet; a rendeletet Mária Terézia szeptember 18-án tette közzé. A rendnek ekkor hat rendháza volt Erdélyben (Kolozsvár, Gyulafehérvár, Székelyudvarhely, Nagyszeben, Brassó és Marosvásárhely) mintegy nyolcvan rendtaggal. A rend feloszlatásakor a szerzetesek részben más szerzetesrendekhez csatlakoztak, részben a világi papság soraiba léptek.Varga 2007.Temesváry 1935.
A 16–18. században az alábbi jezsuita szerzetesek tevékenykedtek Erdélyben:
Apostol György Arator (Szántó) István (Devecser, 1540 vagy 1541 – Olmütz, 1612) 1579-től a kolozsmonostori apátságban telepedett jezsuitákhoz csatlakozva, hirdette a katolikus vallást a közeli kolozsvári szószékből és tanított a gimnáziumban. 1582-ben Nagyváradon találjuk őt, ahol négy éven át tartózkodott, iskolát nyitott, és polémiát folytatott Beregszászival. 1585-ben Gyulafehérvárra helyezték át. Ágoston Péter (Szentlélek, Csíkszék, 1617. június 29. – Nagyszombat, 1689. április 23.) Több ízben elöljáróskodott Erdélyben. (Beketfa, 1659 – Erdély, 1698. március 12.) 1678-ban lett jezsuita. Bécsben bölcseletet tanult; kevés idő múlva Kassára küldték. Miután Nagyszombatban négy évig tanárkodott, Erdélybe ment és ott tanított és prédikált egészen addig, amíg a katonák, akiket jobb erkölcsökre intett, ellene fordultak és fegyverrel úgy megsebesítették, hogy néhány nap alatt sebeibe belehalt. Műve: Leopoldus I. pietate in Deum, clementia in subditos, arte et marte, in toga et sago, tot gloriosissimorum corona. Carmine heroico, lyrico, anagrammatico. Tyrnaviae, 1687 (Giovanni Argenti) (Modena, 1561 k. – Modena, 1629. november 26.) 1603-tól vett részt az erdélyi misszióban; megírta Erdély történetét 1603–1607 között. A medgyesi és a kolozsvári országgyűlésre beadott két latin védiratának címe: Defensio societatis Jesu (Kolozsvár, 1607) illetve Actio pro restituenda societate Jesu in Transylvania habita (Kolozsvár, 1607)György 1994: 20. (? – 1713. augusztus 9.) Kolozsváron volt tanár. Fundatores academiae Transsilvaniae Claudiopoli című munkáját tanítványai adták ki halála után. (Székelyudvarhely, 1677. szeptember 27. – Siek, 1710. augusztus 14.) 1690-ben lett bölcseletdoktor Nagyszombatban, ahol a rendbe lépett; tanított Kassán, Gyöngyösön; majd Bécsben hallgatta a teológiát. Tábori lelkészként működött Erdélyben, ahol Siek [?] várában a beteg katonákat ápolta; ő is pestist kapott és meghalt. Műve: Opus selectis controversiis… (Tirnaviae, 1710) Balogh József (Radnót, 1701. július 31. – Marosvásárhely, 1756. március 10.) Balogh József (Szombathely, 1715. október 14. – Kőszeg, 1771. május 26.) Kolozsváron is tanított. Baranyi Pál (Jászberény, 1657. január 25. – Nagyszombat, 1719. december 8.) Miután tanulmányait befejezte, világi ruhába öltözködve hatolt be Erdélybe és Barany László névvel Kolozsvárott a gimnáziumban négy évig tanított. Öt év elteltével ismét visszament Erdélybe és ott 13 évig hirdette a katolikus hitet. A románok egy részét megnyerte a katolikus egyháznak. Barna János (Lázi (Liptó vm.), 1684. február 24.– Szatmárnémeti, 1731. március 2.) Élete utolsó éveiben Szatmáron tevékenykedett. Baróti Szabó Dávid (Barót, 1739. április 10. – Virt, 1819. november 22.) költő és nyelvújító. 1763–64-ben, Kolozsvárott a gimnázium második osztályában tanított és a papnevelő intézet (szeminárium) felügyelője volt. Martin Bauda 1623-tól részt vett a kolozsmonostori kollégium újjászervezésében. Bellecius Péter (Pozsony, 1602 – Pozsony, 1649. május 10.) Hitszónokként bejárta Magyarországot és Erdélyt. Bellusi István (Nagyszombat, 1668. július 29. – Nagyszombat, 1708. november 29.) Hét évet töltött Erdélyben. Benkő Miklós (1724. október 27. – 1801. november 9.) Matematikát tanított Kolozsváron. Berzeviczy János (Berzevice, 1692. január 4. – Kolozsvár, 1750. július 11.) Nagyváradon a grammatika osztályt tanította. Több évig volt hittérítő; azután 16 évig hitszónok Magyarországon és Erdélyben. 1735–38 között a rozsnyói, 1743–44 között a székelyudvarhelyi rendház főnöke, 1745–50 között a kolozsvári szeminárium rektora volt. Bethleni Antal Bíró György (Kézdipolyán, 1707. október 8. – Kolozsvár, 1785. április 22.) 1761-től a kolozsvári jezsuita akadémián tanított, mellette a nemesek konviktusának régense, a nyomda prefektusa, illetve 1766–1770 között könyvtáros volt.György 1994. Bíró István (Kolozsvár, 1724. április 15. – Kolozsvár, 1782) Kolozsvárott prédikált és tanított. A rend föloszlatása után az utóbbi helyen maradt, az 1777-ig tartó átmeneti korszakban ő kezelte a kolozsvári tanintézet könyvtárát. , erdélyi származású; 1754-ben Ungváron tanított a grammatikai osztályban. Miután elvégezte harmad évi tanulmányait, fölvették a rendbe, s Erdélybe küldték, ahol 1769-től a rend eltörléséig működött, különösen az unitáriusok térítgetésében. Lefordította Hevenesi Gábor Ars bonae mortis, sive quotidiana erga sanctissimam Dei matrem Mariam pietas című művét. Boross József (Csíkszék, 1699. február 24. – Kolozsvár, 1757. július 14.) Életének legnagyobb részét Kolozsvárott töltötte, ahol 1731-től a jezsuita akadémián a bölcseleti és teológiai tantárgyakat oktatta, egyúttal a Szent József-szemináriumot kormányozta; a nyomda prefektusa és 1745–1750 között könyvtáros is volt. (1706. április 18. – Bozók, 1761. június 15.) székely származású. 1728-ban Budán végezte a filozófiát és Trencsénben a három próbaévet, utána Kassán a negyediket. Az ifjúságot a középiskolában több évig oktatta, azután magyar hitszónokká lett. Sárospatakon a plébániát látta el, és az ottani rendház főnöke volt. Innét Turócba ment ugyanazon minőségben, végül Bozókra került. Művei: Epistolae Bidermanni (Claudiopoli, 1733) illetve Idea perfecti belli imperatoris oratorie adumbrata (Claudiopoli, 1734) Botár Gergely Botár György Hitszónok volt Székelyudvarhelyen, Marosvásárhelyen és 1770-ben Kolozsváron, ezután áldozó pap lett Marosvásárhelyen. Eredetileg latin nyelven írt művei, melyeket utóbb magyarra fordított: Magyar nyelvtudomány (Marosvásárhely, 1790) illetve A nemes magyar nyelv írásának és szólásának tudománya (Marosvásárhely, 1794) Brumovszki Ferenc (Neutitschein, 1691. október 28. – Gyulafehérvár, 1735. április 14.) A jezsuita rendbe 1708-ban lépett be Nagyszombatban, ahol a bölcseletet tanította. A gyulafehérvári rendház főnökeként halt meg. Művei: Fatales Ottomanicae Prtae lunae ecclipses (Cassoviae, 1717); Imago primi saeculi martyrum Cassoviensium (Cassoviae, 1718) illetve Gloria filiorum parentes eorum sive maior Dei gloria in Virgine sine labe concepta, sermone panegyrico defensa (Tyrnaviae, 1721) bölcsészdoktor. Nagyváradon született, Bucsy Mihály bihari alispán fia, családjának utolsó férfi sarja volt. Művei: Selecta heroum Daciae spectacula (Claudiopoli, 1731) illetve Laus posthuma J. J. Gubernatoris Daciae Sigismundi e com. Kornis (Claudiopoli, 1732) George Buitul (Karánsebes, ?1589. április – Karánsebes, 1635. szeptember 10.) 1617–1618-ban Gyulafehérváron volt tanító. Élete utolsó tíz évét a karánsebesi katolikus románság lelkigondozásának szentelte.Molnár 1999. Rudolf Bzenský (Szakolca, 1651. október 27. – Kolozsvár, 1715. június 13.) 1693-ban került Karánsebesre, majd 1694-től 1701-ig Brassóba. 1708-ban saját kérésére visszahelyezték Brassóba, majd 1711-től haláláig Kolozsvárra. Sírja a kolozsvári piarista templomban található.Molnár 2009. Campani János PálJakó 1997: 270–271. / Capecius Ferdinánd (Nápoly, 1546 – Kolozsvár, 1586. július 31.) 1584-től a kolozsvári kollégium rektora volt. Pestisben halt meg, amelyet az általa ápolt betegektől kapott el.