Bosznia-Hercegovina történelme visszanyúlik az újkőkorra, hiszen ekkor már illír törzsek éltek itt. A kereszténység az 1. évszázad végén való megjelenését követően, a Római Birodalom kettészakadása következtében a terület a Nyugatrómai Birodalom része lett, majd a 7. században Justinianus császár meghódította a területet Bizánc számára. 160px|jobbra A mai délszláv népek ősei a 6–9. század között érkeztek. A 12. században megalakult a Boszniai Bánság, mint az első független boszniai állam. Fokozatosan fejlődött és terjeszkedett a Boszniai Királysággá, amely a 14. századra a Nyugat-Balkán leghatalmasabb államává vált.
A 15. században a bosnyák állam a török nyomás alatt széthullott, majd az Oszmán-Török Birodalom részévé vált és egészen a terület Osztrák-Magyar Monarchia általi 1878-as megszállásáig török terület is maradt. Az első világháború után a vesztes Monarchia kénytelen volt lemondani az 1908-ban annektált területről a szerb-horvát-szlovének javára, majd Jugoszlávia széthullásával az ország mai területe a Független Horvát Állam részévé vált. Jugoszlávia második megalapítását követően a szocialista föderáció tagköztársasága lett, majd egy 1989 és 1995 között folytatott, először csak fegyvertelen, később véres háborúba torkolló harc következtében az 1995-ben megkötött daytoni békének köszönhetően Bosznia-Hercegovina független, szuverén állam lett, de még rengeteg megoldandó problémája van, melyek közül a legjelentősebb az ország területén élő három nemzetiség (bosnyákok, horvátok és szerbek) közötti viták rendezése, valamint a gazdaság fejlesztése és egy nyugati színvonalú társadalom létrehozása.
A szlávok megjelenése előtt thumb|Daorszóni illír falmaradvány a Kr. e. 3. századból A bronzkor korai részében az újkőkori (idegen nevén neolitikus) lakosságot a viszonylag harciasabb – utódaik, leszármazottaik révén – napjainkban is az ország és Európa legtöbb országa területén élő indoeurópai törzsek váltották fel, őket nevezzük illíreknek, akik egyes elméletek szerint a délszlávok elődei. A Kr. e. 4–3. századi kelta vándorlás következtében a kelták részben keveredtek az illírekkel, ugyanakkor az illír törzsek egy részét elűzték. Biztos, tehát megbízható történelmi emlék ebből a korból alig maradt fent, de az biztos, hogy a térségben már ekkor is különböző nyelveken beszélő emberek éltek - akárcsak napjainkban.
Az illírek és rómaiak közötti viszálykodások az első római–illír háborúval ) kezdődtek el. A Római Birodalom azonban csak i. sz. 9 körül tudta az egész régiót elfoglalni. A Római Birodalom uralma alatt a birodalom minden provinciájából érkeztek latin nyelvű emberek, valamint a Római Birodalmat kiszolgáló, a rómaiak szuverenitását biztosító katonák települtek le az ország mai területén.
Középkor
Kora középkor
Egyes vélemények szerint az itt élők már az 1. század vége felé felvették a kereszténységet, de erről megbízható, biztos forrás nem maradt fent.
A római megszállás alatt ez a terület Illyricum része volt.
Amikor bekövetkezett a Római Birodalom kettészakadása 337 és 395 között, a Nyugatrómai Birodalom része lett.
Egyes kutatók szerint az osztrogótok 455-ben meghódították a mai Boszniát. A következőkben alán és hun kézen volt.
A 7. században II. Iustinianus császár meghódította a térséget a Bizánci Birodalom számára. E század környékén az avarokkal együtt délszlávokok érkeztek ide.
Késő középkor Az első bosnyák állam, a Boszniai bánság a 12. század első felében alakult meg, Borić bán (1154–1164) vezetésével.Bringa, Tone (1995). Being Muslim the Bosnian Way. Princeton University Press. s. 15.
Az első nevezetes bosnyák uralkodó Kulin bán (1180–1204) volt. Közel három évtizeden át békét és stabilitást hozott, megerősítette az ország gazdaságát Raguzával és Velencével kötött szerződésekkel. Uralma alatt indult a bosnyák egyház – a bogumilok – körüli harc. Ez belső eredetű vallási irányzat volt, amelyet eretnek szektának tartott a római katolikus és a keleti ortodox egyház egyaránt. Jóllehet ez az irányzat az őskereszténység szegénységéhez való visszatérést hirdette, ám az ezt követő főurak továbbra is vagyonosak maradtak és fennmaradt a feudális rendszer az országban. Magyarország és apostoli királyának törekvésére – hogy beavatkozzon egyházi ügyekbe és így korlátozza a bosnyák szuverenitást – Kulin válaszul gyűlésbe hívta a helyi egyházi vezetőket, elutasították az eretnekség vádját és kinyilvánították hűségüket a római katolikus egyházhoz 1203-ban.
A 12. században Bosznia-Hercegovina mai területének északi területeit Magyarország szerezte meg. 1138-ban Vak Béla magyar király Ráma néven a magyar király fennhatósága alá tartozó államok egyikévé tette Boszniát. Bár 1160-ban a Bizánci Császárság elcsatolta, Bosznia az elkövetkező néhány évtizedben továbbra is magyar befolyás alatt maradt.
A déli területeken továbbra is kis, független vazallus hercegségek működtek. Bosznia fénykorát Kotromanić Tvrtko irányítása alatt élte, aki egy viszonylagosan független államot volt képes itt létrehozni, amely később Dalmáciára és Horvátországra is kiterjesztette hatalmát.
A 15. században a török nyomás miatt a bosnyák állam széthullott. A Magyar Királyság végvárrendszer kiépítésébe kezdett Boszniában is, amely végül azonban nem szolgálhatta a védekezést. Legismertebb csata a térségben a jajcai vár eleste. 1482-re Bosznia-Hercegovina teljes területe oszmán kézre kerül.
Az oszmán-török uralom évszázadai (1482–1878) bélyegkép|jobbra|200px|Az 1500-as évek végén épült Szokoli Mehmed pasa hídja Višegrad mellett A török hódítással új korszak kezdődött az ország történetében és alapos változásokat hozott a régió politikai és kulturális arculatában. Miután a királyság összeomlott és a főnemesség életét vagy hatalmát vesztette, a törökök példátlan módon úgy tették az török birodalom integráns részévé Boszniát, hogy megőrizhette nevét és területi integritását. Ez módot adott a bosnyák identitás megőrzésére. A boszniai szandzsákon (később vilajet) belül a törökök kulcsfontosságú változásokat hajtottak végre a terület politikai-társadalmi adminisztrációjában; beleértve új földbirtoklási rendszert, az igazgatási egységek újjászervezését, és a társadalom komplex rendszerét.
A társadalmi rendszert pedig alapjaiban szervezték át. Ez - valamint a törökök négyszáz éves uralma - mély nyomot hagyott Boszniában. A délszlávok közül talán egyedül a bosnyákok vették fel a muszlim vallást a legnagyobb számban, melynek következtében a Balkán és Európa egyik legnépesebb iszlám közössége alakult ki. Ugyanakkor az állam területén rengeteg zsidó is letelepedett. Bosznia ortodox közössége, amely eredetileg Hercegovinában és a Drina mellékén élt, a török időkben széttelepült az egész országban, így szórványban élő közösségé vált.
Helyi szláv nyelvű muszlim közösség alakult ki méghozzá a bogumil és kathar hívők áttérésével és idővel a legnagyobb etnikai-vallási csoporttá vált (leginkább a fokozatosan növekvő iszlámra áttérés miatt).
A 15. század végén, amikor a zsidókat elűzték Spanyolországból, jelentős számú szefárd zsidó telepedett le Boszniában. A bosnyák ferenceseket (és általában a katolikus lakosságot) hivatalos szultáni dekrétum védte. Bosznia ortodox közössége, amely eredetileg Hercegovinában és a Drina mellékén élt, a török időkben széttelepült az egész országban és a 19. századig viszonylagos prosperitásban élt. Időközben a katar bosnyák egyház teljesen eltűnt, hívei szinte mind áttértek az iszlámra, a maradék pedig idővel kihalt.
Az Oszmán Birodalom a 16. század végén kiterjedt Közép-Európáig. Bosznia-Hercegovina mai területén egy virágzó, általános jólétben élő társadalom jött létre, amelynek nem kellett végigszenvednie az 1500-as évek végétől kezdődő közép-kelet-európai török háborúzásokat. Mostar és a mai főváros, Szarajevó a térség kereskedelmi és kulturális központjává váltak. A szultánok támogatták a nagyobb városok kulturális életét – ld.: a Gázi Huszrev bég mecset, a mostari Öreg híd, a višegradi híd a Drinán, Szarajevó több jelentős, a török korban épült palotája stb. A bosnyákok fontos szereplőivé váltak az Oszmán Birodalom kulturális, honvédelmi és politikai életének és több kiváló katona is kikerült a bosnyák népből. A magyarok, valamint a horvátok ellen rengeteg bosnyák harcolt a törökök oldalán a 16.-17. századi magyarországi harcokban, ezen csaták többségét a törökök meg is nyerték. Sok bosnyák került feljebb a török birodalom politikai vagy katonai ranglétrájában. Magas rangú katonák, politikusok kerültek ki a bosnyákok közül, tengerészek és értelmiségiek százai voltak ekkoriban bosnyákok az Oszmán Birodalomban. Sok bosnyák került más kontinensekre – elsősorban Afrikába és Ázsiába – ahol jelentős politikai vagy katonai (tengerészeti) szerepet töltöttek be. A bosnyák diaszpóra napjainkban is jelentős az egykor török uralom alatt álló területeken, a diaszpóra tagjaiban pedig aktívan él a bosnyák nemzeti öntudat.
A kései 17. század hadászati felsülései – a törökök által elvesztett egyre több csata - igencsak nagy mértékben kihatottak Bosznia helyzetére. Magyarország elveszítése, valamint az 1699-es karlócai békemegállapodás következtében a mai Bosznia-Hercegovina területén lévő török vilajet lett az Oszmán Birodalom legnyugatabban fekvő tartománya. Az egyre több katonai balsiker, a pestisjárványok és a bosnyákok lázadásai mind-mind a Török Birodalmat gyengítették. A szultánság vezetése által végrehajtott modernizációt, a Porta korszerűsítő szándékait Boszniában támogatták, bár a helyi nemesség elutasította az ajánlott reformokat. 1831-től a Portának egyre több boszniai felkeléssel kellett szembenéznie, melyeket végül 1850-re sikerült véglegesen felszámolni. 1875-ben Hercegovinában parasztlázadás robbant ki. A török-bosnyák konfliktus okozta válság elmélyült. Több balkáni állam, valamint a nagyhatalmak – főleg Németország és az Osztrák-Magyar Monarchia – beleavatkozott a boszniai helyzet rendezésébe. A berlini kongresszus 1878-ban az Osztrák-Magyar Monarchiának ítélte a terület igazgatását. A Monarchia így 1878-ban okkupálta – katonailag igazgatása alá helyezte – Boszniát és Hercegovinát, a törököket pedig kiűzték.
Az osztrák-magyar fennhatóság (1878–1918) thumb|Bosznia
Bár az osztrák–magyar megszálló erők gyorsan legyűrték a kezdeti fegyveres ellenállást, a feszültség fennmaradt az ország különböző részein, különösen Hercegovinában, és a muszlimok tömeges emigrálását váltotta ki. A helyzet viszonylag stabil maradt, ami az osztrák–magyar hatóságokat képessé tette társadalmi és igazgatási reformok keresztülvitelére. A tartomány stabil politikai helyzetében, amit az egyébként emelkedőben lévő délszláv nacionalizmus tehetetlensége okozott, lehetővé vált a törvényalkotás, új politikai módszerek bevezetése, és általában a modernizálás. Ausztria–Magyarország három római katolikus templomot épített Szarajevóban, de ezekkel együtt is csak 20 katolikus templom volt Boszniában. Gazdasági sikerei ellenére az osztrák-magyar politikát, amelynek ideálja egy plurális és többvallású bosnyák nemzet volt (ezt a muszlimok nagy része is támogatta), végül a nacionalizmus emelkedő hulláma zátonyra futtatta.
Bosznia és Hercegovina katolikus és ortodox lakosságának körében a 19. század közepén a szomszédos Szerbiából és Horvátországból indulva elterjedt a szerb és horvát nemzeteszme. Hasonló ideát alakítottak ki maguknak a bosnyákok is. Az 1900-as években a nacionalizmus a bosnyák politika integráns része lett, a nacionalista pártok három tömbbe csoportosultak, és ők dominálták a választásokat. Az egységes délszláv állam eszméje (amit a független Szerbia is terjesztett) ebben az időben népszerű politikai ideológiává vált az egész régióban.
Az Osztrák–Magyar Monarchia katonái néhány hónap alatt elfojtották a bosnyákok fegyveres ellenállását. Hercegovinában és több más országrészben is konfliktusok alakultak ki az osztrák-magyar megszálló erők és a helyi lakosság között. Muszlimok kisebb tömegei vándoroltak el az országból ebben az időben, főleg az Oszmán Birodalomba.