A PubMed Central (PMC) biológiai és élettudományi folyóiratokban kiadott nyílt hozzáférésű teljes szöveges cikkeket archiváló digitális repozitórium. A Biotechnológiai Információk Nemzeti Központja üzemelteti, és nemcsak dokumentumtárként működik. A PMC-be küldött tanulmányokat indexelik és formázzák metaadatok javításával, orvosi ontológiával és egyedi azonosítókkal, melyek a cikkek rendezett XML-adatait bővítik. A PMC-ben lévő tartalom más NCBI-adatbázisokban is hivatkozható és elérhető Entrez-kereső- és -gyűjtőrendszerekkel, növelve a felfedezés, az olvasás és az orvostudományi ismeretekre való építkezés lehetőségét.
A PubMed Central nem azonos a PubMeddel. A PubMed Central szabad digitális teljescikk-archívum, mely bárkinek elérhető böngészővel (eltérő újrafelhasználási feltételekkel). Ezzel szemben bár a PubMed orvostudományi idézetek és ismertetők kereshető adatbázisa, a teljes szöveg máshol van (nyomtatásban vagy online, lehet ingyenes vagy fizetéssel elérhető).
2018 decemberében a PMC archívum több mint 5,2 millió cikket tartalmazott, ezek lehettek kiadók által ide feltöltött cikkek vagy szerzői kéziratok a NIH nyilvános elérési irányelv értelmében. Korábbi adatok szerint 2013-ban a szerzők több mint írást közöltek. A PMC mintegy 4000 folyóirattal működik együtt bizonyos mértékben a közzétett tartalom repozitóriumba való hozzáadásával. Egyes kiadók késleltetik cikkeik kiadását a PubMed Centralon a kiadás után egy meghatározott ideig („embargó”), mely néhány hónaptól néhány évig terjedhet folyóirattól függően (ezek általában 6–12 hónaposak). A PubMed Central „a harmadik fél általi szisztematikus külső elosztás” fontos példája, melyet sok kiadó közreműködői szerződése tilt.
Története A PubMed Central eredeti neve E-biomed volt, melyet 1999 májusában javasolt Harold Varmus, a NIH igazgatója. Az ötlet „hirtelen” jött 1998 decemberében, melyet az arXiv preprinttárolásra való használata inspirált a Stanford Egyetemen dolgozó Pat Brown és az NCBI igazgatója, David Lipman által:
Az E-biomed célja az orvostudományi kutatások szabad hozzáférhetőségének biztosítása. Az ide küldött tanulmányok kétféleképp jelenhetnek meg: vagy azonnal preprintként közölhetik, vagy átmehet egy hagyományos referáláson. A referálási folyamat az akkori másodlagos folyóiratokhoz hasonlóan történik, ahol egy külső szerkesztőbizottság irányítja az értékelést, az ellenőrzést és az egyébként a központi E-biomed-szerveren elérhető tanulmányok listázását. Varmus az új lehetőségeket digitális kiadással kívánta elérni, folytonos beszélgetéssel a közölt munkáról, a verzióval ellátott dokumentumokról és a több részletszintet lehetővé tevő „réteges” formátumokról.
Az orvostudományi kutatások központi indexe a korábbi kiadási normáktól jelentősen eltért. Az internet előtt a publikációs indexek nagyrészt az ISBN hez hasonlóan működtek: regisztrációs szervezetek rendelték másodlagos kiadókhoz. Az az ötlet, hogy bárki saját címteret kaphat doménnévvel és saját indexelő rendszert hozhat létre, új volt. Nagy kereskedelmi kiadók kísérleteztek a kiadók közt megosztott tudományos tanulmányokkal már 1993-ban is, és az E-biomed tervezete után cselekedtek. Az STM 1999. októberi éves frankfurti konferenciáján egyes kiadók, például a Springer-Verlag gyorsan megegyeztek egy másik prototípus elindításában:
A nyereségvesztéstől félő kereskedelmi kiadók és tudományos társaságok lobbitevékenységének nyomása alatt a NIH új PubMed Central-javaslatot dolgozott ki 1999 augusztusában. Ez az E-biomeddel szemben a kiadóktól, nem a szerzőktől kapta a beküldéseket. A publikációknak legfeljebb 1 éves időembargós fizetési falakat engedett meg. A PMC csak lektorált munkát fogadott be, preprinteket nem. A kiadók vezette, ekkor még névtelen hivatkozási rendszer kevéssel később a CrossRef és a nagyobb DOI rendszer lett. Varmus, Brown és mások, például Michael Eisen 2001-ben létrehozták a Public Library of Science-t (PLoS), mivel „ha meg akarják változtatni a tudományos eredmények kiadását, nekik kell kiadniuk”.
Megjelenés A 2000 februárjában indult repozitórium gyorsan növekedett, mivel a NIH nyilvános elérési irányelv minden, Nemzeti Egészségügyi Intézet által támogatott kutatást bárki számára szabadon hozzáférhetővé tesz, továbbá sok kiadó együttműködik a NIH-tel a munkák nyilvános elérése felé. 2007 végén a Consolidated Appropriations Act of 2008 (H.R. 2764) törvénnyé vált, és a NIH irányelv-módosítását és a NIH által támogatott lektorált kutatás és eredmények PMC-be kerülését tette szükségessé. Ezek a kiadástól számított 12 hónapon belül feltöltendők. Ez az első alkalom volt, hogy az amerikai kormány nyílt hozzáférést tett kötelezővé, és a 2005-ös irányelvhez képest előrelépés volt, ahol a NIH a kutatókat eredményeik önkéntes hozzáadására kérte.
A UK PubMed Central (UKPMC) a Wellcome Trust és a Brit Királyi Könyvtár által indult egyesült királyságbeli kutatástámogatók 9 tagú csoportjaként 2007 januárjában. 2012. november 1-én Europe PubMed Central lett a neve. A PubMed Central nemzetközi hálózatának kanadai tagja, a PubMed Central Canada 2009 októberében indult.
A Nemzeti Orvostudományi Könyvtár „NLM Journal Publishing Tag Set” cikkjelölőnyelve szabadon elérhető. Az Association of Learned and Professional Society Publishers szerint „valószínűleg szabvánnyá válik a tudományos tartalom előkészítéséhez könyvek és folyóiratok esetén is”. Hasonló DTD érhető el könyvekhez is. A Kongresszusi Könyvtár és a Brit Királyi Könyvtár is támogatják az NLM DTD-t. It has also been popular with journal service providers.
A nyilvános elérhetőségi tervek további kiadásával a PMC több cikk repozitóriumává válik. Ilyenek például a NASA tartalmai, ennek neve PubSpace.
Technológia A cikkeket a PubMed Centralban XML vagy SGML nyelven küldik különböző DTD-kkel. Régebbi és nagyobb kiadók saját DTD-kkel rendelkezhetnek, de sok kiadó az NLM Journal Publishing DTD-t használja.
A cikkeket XSLT-vel alakítja át a nagyon hasonló NLM Archiving and Interchange DTD-re. Ez bejelentett hibákat mutathat meg a kiadónak javításra. A grafikákat is szabványos formátumokra és méretekre alakítja. Az eredeti és átalakított változatok archiválódnak. Az átalakított változat kapcsolatos adatbázisba kerül a megfelelő grafikai, multimédiás vagy egyéb adatokat tartalmazó fájlokkal együtt. Sok kiadó ingyen elérhető PDF-változatot is közöl cikkeiből.
A bibliográfiai hivatkozásokat elemzi és automatikusan kapcsolja a PubMeden lévő megfelelő ismertetőhöz, a PubMed Centralon lévő megfelelő cikkhez és a kiadó oldalán lévő megfelelő erőforráshoz. PubMed-linkek is mutatnak a PubMed Centralra. A feloldhatatlan, például az ilyen forrásoknál nem elérhető folyóiratokra vagy cikkekre való hivatkozásokat az adatbázis követi, és a források elérhetővé válásakor automatikusan aktívvá válnak.
Belső indexelő rendszer biztosítja a keresési lehetőséget, ez felismeri a biológiai és gyógyszerészeti terminológiát, például a generikumok és eredeti gyógyszerek nevét vagy az élőlények, betegségek és anatómiai részek neveit.
Ha a felhasználó hozzáfér egy folyóiratszámhoz, a cikkek, levelek, szerkesztői írások stb. alapján automatikusan létrejön annak tartalomjegyzéke. Egy tényleges elem, például cikk elérésekor a PubMed Central az NLM-jelölőnyelvet HTML-lé alakítja, és hasonló adatobjektumok hozzáférhetőségét biztosítja. Ezt a bejövő adatok szabványos DTD-kre és grafikus formátumokra való átalakítása teszi lehetővé.
Külön beküldési folyamban a NIH által támogatott szerzők a PubMed Centralba a NIH kéziratküldés (NIHMS) használatával küldhetnek cikket. Az így küldött cikkek jellemzően XML jelölőnyelv után alakulnak NLM DTD-vé.
Fogadtatása A PubMed Centralra adott reakciók a tudományos kiadóközösségben egyesek lelkesedésétől mások elővigyázatosságáig terjed.
Bár a PMC a nyílt hozzáférést biztosító kiadóknak az orvosi tudás terjesztésének és felfedezésének könnyítésére való képessége miatt hasznos, mások épp emiatt aggódtak a forgalom elterelődése, a kevesebb olvasó és a kutatóközönség fenntartására gyakorolt hatása miatt a fejlett társadalmakban. Egy 2013-as elemzés erős bizonyítékot mutatott ki arra, hogy a kiadott cikkek nyilvános repozitóriumai sok olvasót vonnak el a folyóiratok weblapjaitól, és hogy a PMC hatása idővel nő.
Könyvtárak, egyetemek, a nyílt hozzáférés támogatói, fogyasztói egészségi csoportok és betegjogi szervezetek is üdvözölték a PubMed Centralt, és remélik, hogy más nemzeti támogató szervezetek is indítanak hasonló nyílt hozzáférésű repozitóriumokat az államilag támogatott tanulmányok szabad megosztásához.
A nyílt hozzáférésű kiadásról szóló Antelman-tanulmány kimutatta, hogy a filozófiai, politikatudományi, elektro- és elektronikus mérnökséggel foglalkozó és matematikai tanulmányok közül a nyílt hozzáférésűek gyakoribb források., összefoglaló: Egy randomizált kísérlet a nyílt hozzáférésű tanulmányok letöltésszámának növekedését mutatta ki a hivatkozásokban mutatott előny nélkül az előfizetésesekhez képest egy évvel a kiadás után.
A NIH irányelve és nyílt hozzáférésű tárhelyen történt munkája egy 2013-as elnöki direktívához vezetett, mely más országos szervezetekben is változást okozott.
2020 márciusában a PubMed Central felgyorsította a koronavírusról szóló teljes szövegek közlésének folyamatát. Az NLM ezt a Tudományos és Technológiai Minisztérium és több ország tudósainak kérésére tette a tudósok, orvosok, adatbányász innovátorok, AI-orvostudományi kutatók és a nyilvánosság általi hozzáférés javításához.
PMCID A PMC-azonosító bibliográfiai azonosító a PubMed Central nyílt hozzáférésű adatbázishoz, és hasonlít a PMID-hez, mely a PubMed adatbázis azonosítója. A két azonosító eltér: a PMCID a „PMC”-ből és ezt követő számokból áll. Formátuma:
PMCID: PMC1852221
A NIH-díjakra pályázó kutatóknak a PMC-azonosítót is be kell mutatniuk.
Jegyzetek
Fordítás
További információk
Kategória:Biológiai adatbázisok