Az Európai Bioinformatikai Intézet (EMBL-EBI) az Európai Molekuláris Biológiai Laboratórium (EMBL) részeként bioinformatikai kutatásokra és szolgáltatásokra összpontosító kormányközi szervezet (IGO). A Cambridge melletti Hinxtonban lévő Wellcome Genome Campusban van a székhelye, és több mint 600 teljes munkaidős dolgozója van. Az intézet vezetői, például Rolf Apweiler, Alex Bateman, Ewan Birney és Guy Cochrane, a Nemzeti Genomikai Adatközpont Tudományos Tanácsadó Testületének részeként a Pekingi Genomikai Intézet BIG Adatközpontjának nemzetközi kutatóhálózatában dolgoznak.

Ezenkívül az EMBL-EBI tréningeket is szervez a biológiai adatokkal való munka alapjainak és a kutatáshoz használható bioinformatikai EMBL-EBI- és nem EMBL-EBI-alapú eszközök alkalmazásának megtanításához is.

Bioinformatikai szolgáltatások Az EMBL-EBI fontos szerepe több adatbázisban is a biológiai adatok indexelése és kezelése, beleértve a teljes genomok adatait tartalmazó Ensemblt, a fehérjeszekvenciákat és -jelöléseket tartalmazó UniProtot és a fehérje- és nukleinsavharmadlagosszerkezet-adatbázis Protein Data Banket. Számos internetes szolgáltatást és eszközt biztosít, például a Basic Local Alignment Search Toolt (BLAST) vagy a Clustal Omega szekvenciarendező eszközt, további elemzést lehetővé téve.

BLAST A BLAST biomakromolekulák elsődleges szerkezetét, gyakran DNS/RNS- és fehérjeszekvenciákat hasonlítja össze, melyek a bioinformatikai adatbázisokban találhatók a lekérdezett szekvenciával. Az algoritmus az elérhető szekvenciákat értékeli értékelő mátrixszal, például BLOSUM 62-vel. A legmagasabb értékelést kapó szekvenciák a lekérdezett legközelebbi rokonai funkciós és evolúciós hasonlóság terén.

A BLAST általi adatbázis-keresés megfelelő formátumú (például FASTA, GenBank, PIR vagy EMBL) adatot igényel. Kijelölhetők a keresni kívánt adatbázisok, a használni kívánt értékelő mátrixok és más paraméterek a futtatás előtt. A legjobb találatokat a számított E-érték (a hasonlóan vagy jobban értékelt találatok valószínűsége) szerint rendezi.

Clustal Omega A Clustal Omega többszekvenciás elrendezéses (MSA) eszköz, mely lehetővé teszi legalább 3, legfeljebb 4000 bevitt DNS- és fehérjeszakasz optimális elrendezését. Ez kétprofilú rejtett Markov-modelleket (HMM) használ a szekvenciák elrendezésének számításához. A kimenet faszerkezetben (a legjobban összeillő szekvenciák filogenetikai kapcsolataival) vagy a lekérdezések szekvenciahasonlósága szerint is rendezhető. Fő előnye más MSA-eszközökkel (például a Muscle-lel vagy a ProbConszal) szemben a nagy pontosság melletti hatékonysága.

Ensembl Az EMBL-EBI által üzemeltetett Ensembl az Ensembl Projekt által fenntartott genomadatbázis. A modellszervezetek genomjainak folytonos jelölésével az Ensembl az egyes genomokról jelentős forrást biztosít. A tárolt referenciagenomok jelölése automatikus és szekvenciaalapú. Az Ensembl nyilvánosan, böngészőből elérhető genomadatbázis. A tárolt adat grafikusan megtekinthető és vizsgálható, segítve az adatmegjelenítést több felbontásban – kariotípus, egyes gének vagy nukleotidszekvencia szintjén.

Eredetileg gerincesekre összpontosított, 2009-től azonban az Ensembl Genomesban növények, gombák, gerinctelenek, baktériumok és más fajok genomjait is tartalmazza. 2020-ban az egyes Ensembl-adatbázisok több mint referenciagenomot tartalmaztak.

PDB A PDB biológiai makromolekulák, például fehérjék és nukleinsavak háromdimenziós szerkezeteinek adatbázisa. Ezt elsősorban röntgenkrisztallográfia vagy NMR-spektroszkópia útján kapják, és szerkezeti biológusok küldik a PDB tagszervezetein (PDBe, RCSB, PDBj, BMRB) át. Az adatbázis a tagok, így az EMBL-EBI által fenntartott PDBe weblapján hozzáférhető. A wwPDB konzorcium tagjaként a PDBe segíti a makromolekulák szerkezeti adatainak megőrzését és fenntartását.

UniProt A UniProt a UniProt Tudásbázisban (UniProt-KB), a UniProt Referenciacsoportokban (UniRef) és a UniProt Archívumban (UniParc) hozzáférhető internetes fehérjeszekvencia- és -jelölés-adatbázis. Eredetileg az EMBL-EBI, a Svájci Bioinformatikai Intézet (SIB) (együtt működtették a Swiss-Protot és a TrEMBL-t) és a Protein Sequence Database-t működtető Protein Information Resource önálló projektjei voltak, a fehérjeadatok keletkezésének gyorsulása együttműködésükhöz vezetett a UniProtban 2002-ben.

A UniProtban tárolt fehérjerekordok önálló UniProt-azonosítóval rendelkeznek. Az ezekhez gyűjtött adatok logikai szakaszokban (például fehérjefunkció, szerkezet, expresszió, szekvencia, releváns publikációk) vannak, lehetővé téve a koordinált áttekintést a vizsgált fehérjéről. A külső adatbázisok hivatkozásai és az eredeti adatforrások is megtalálhatók. A fehérjenév/azonosító szerinti keresés mellett a UniProt a BLAST-tal való kereséshez, a szekvenciaelrendezéshez és bizonyos szakaszokat tartalmazó fehérjék kereséséhez is tartalmaz eszközöket.

További bioinformatikai szervezetek Biotechnológiai Információk Nemzeti Központja (NCBI), United States National Library of Medicine Nemzeti Genetikai Intézet (DNA Data Bank of Japan) Svájci Bioinformatikai Intézet (SIB: Expasy) Ausztrál Bioinformatikai Forrás BIG Adatközpont (Nemzeti Genomikai Adatközpont), Pekingi Genomikai Intézet, Kínai Tudományos Akadémia bélyegkép|jobbra|Az Európai Bioinformatikai Intézet, Hinxton, Cambridge, UK

Jegyzetek

Fordítás

Kategória:Tudományos kutatóintézetek Kategória:Bioinformatika