alt=Man kissing feet of another man with a hooked nose, dropping money on his head|bélyegkép|Egy szlovák propagandaplakát arra buzdítja az olvasókat, hogy "ne legyenek a zsidó szolgái”. A szlovákiai holokauszt a zsidók szisztematikus kifosztása, deportálása és meggyilkolása volt az 1939-ben Csehországtól a náci Németország segítségével függetlenné vált új köztársaságban, a második világháború alatt. Az 1940-ben az országban élő 89 000 zsidóból becslések szerint 69 000-et gyilkoltak meg a holokauszt során.
Az 1938. szeptemberi müncheni megállapodás után Szlovákia egyoldalúan kinyilvánította autonómiáját Csehszlovákián belül, de a novemberben aláírt első bécsi döntéssel jelentős magyarok lakta területet kellett visszaadnia Magyarország javára. 1939-ben a cseh területek német megszállását megelőzően, német ösztönzésre, az uralkodó etnonacionalista Szlovák Néppárt kikiáltotta a függetlenséget Csehszlovákiától. A szlovák kormány a zsidókat hibáztatta a területi veszteségekért, akiket a magyarok szövetségeseinek tartottak már évtizedek óta. A zsidókat diszkriminációval és zaklatással vegzálták, beleértve vagyonuk és üzleteik elkobzását is. A zsidók gazdaságból való kizárása elszegényítette a közösséget, ami arra ösztönözte a kormányt, hogy kényszermunkára hívja be őket. 1941. szeptember 9-én a szlovák kormány elfogadta a Zsidó Törvénykönyvet, amelyről azt állította, hogy Európa legszigorúbb zsidóellenes törvénye.
1941-ben a szlovák kormány tárgyalásokat folytatott a náci Németországgal a zsidók tömeges deportálásáról a németek által megszállt Lengyelországba. 1942 márciusa és októbere között 58 000 zsidót deportáltak az auschwitzi koncentrációs táborba és a Főkormányzóság lublini körzetébe ; közülük csak néhány százan élték túl a háború végét. A szlovák kormány megszervezte a szállításokat, és zsidónként 500 birodalmi márkát fizetett a feltételezett áttelepítési költségekre. A zsidók üldözése 1944 augusztusában folytatódott, amikor Németország megszállta a szovjet csapatok közeledése miatt bizonytalanná vált Szlovákiát és ez kirobbantotta a Szlovák Nemzeti Felkelést amit a németek 2 hónapon belül levertek. További 13 500 zsidót deportáltak, és több százat, sőt több ezer embert gyilkoltak meg Szlovákiában a H. számú Einsatzgruppe és a Hlinka Gárda Rendkívüli Hadosztályai.
A Vörös Hadsereg általi "felszabadítás" után a túlélők újból antiszemitizmussal és az ellopott vagyon visszaszerzésének nehézségeivel szembesültek; a legtöbben az 1948-as kommunista puccs után emigráltak. A háború utáni csehszlovák kommunista rezsim cenzúrázta a holokausztról szóló diskurzust. A szólásszabadságot pedig csak a rezsim 1989-es bukása után állították helyre. A szlovák kormány holokausztban való bűnrészességét a szélsőjobboldali nacionalisták továbbra is vitatják. alt=modern square building|balra|bélyegkép|A zsolnai új zsinagóga röviddel az elkészülte után, 1939 előtt Szlovákia soha nem volt független ország; területe ezer évig a Magyar Királyság része volt, majd a cseh csapatok foglalták el 1918-ban és Csehszlovákia része lett. Tizenhét középkori zsidó közösséget dokumentáltak a mai Szlovákia területén, de a jelentős zsidó jelenlétnek az 1526-os mohácsi csata vereségét követő kiutasítások vetettek véget(mivel a zsidókat a törökök ügynökeinek vélték). Sok zsidó vándorolt be a tizenhetedik és tizennyolcadik században. Morvaországból (észak-nyugatról) származó zsidók a Tátrától nyugatra telepedtek le, megalakítva az oberlandi zsidókat, míg Galíciából (észak-keletről)származó zsidók a hegyektől keletre telepedtek le, és egy külön közösséget (unterlandi zsidók) alkottak, amelyet a haszidizmus jellemzett. A magyar zsidóságban tapasztalható szakadások miatt a közösségek a tizenkilencedik század közepén ortodoxokra (többség), status quo-ra és asszimilálódottabb neológ frakciókra szakadtak. A zsidó emancipációt követően, amely 1896-ra befejeződött a Magyar Királyságban, sok zsidó átvette a magyar nyelvet és szokásokat a társadalmi előmenetel érdekében.
Bár nem voltak annyira integrálódva, mint a cseh és morvaországi zsidók, sok szlovák zsidó városokba költözött (1848 után már nem voltak zárva a városok kapui az idegenek pl. zsidók előtt), és mindenféle foglalkozást betöltött; mások vidéken maradtak, többnyire kézművesként, kereskedőként és boltosként dolgoztak. A zsidók voltak a 19. századi gazdasági változások élharcosai, amelyek a vidéki területeken a kereskedelem fellendüléséhez vezettek. A század végére a szlovák felföldön a bankárok és üzletemberek mintegy 70 százaléka zsidó volt. Bár néhány zsidó támogatta a szlovák nacionalizmust, a 19. század közepére az antiszemitizmus témává vált a szlovák nemzeti mozgalomban, a zsidókat pedig a " magyarosítás ügynökeinek" bélyegezték. A nyugati szlovák területeken az 1848-as forradalmak nyomán zsidóellenes zavargások törtek ki; további zavargások törtek ki a tiszaeszlári vérvád miatt 1882–1883-ban. A hagyományos vallási antiszemitizmushoz társult a zsidókat a szegény szlovákok kizsákmányolóiként pozicionáló sztereotip nézet (gazdasági antiszemitizmus), valamint a nemzeti-nacionalista antiszemitizmus: a zsidókat szorosan a magyar államhoz kötötték, és azzal vádolták őket, hogy a szlovák területi ambíciók rovására szimpatizálnak a magyarsággal. A holokauszt idején a szlovák kormány vezető tagjai a zsidók üldöztetésének és deportálásának okaként azt a meggyőződésüket említették, hogy a zsidók magyarok, vagy magyar érdekeket szolgálnak.
Az első világháború után Szlovákiát a megszálló cseh csapatok az új Csehszlovákiához csatolták. A zsidók 227 közösségben éltek (1918-ban), létszámukat pedig 135 918-ra tették (1921-ben). 1918–1920 között zsidóellenes zavargások törtek ki, bár az erőszak közel sem volt olyan súlyos, mint Ukrajnában vagy Lengyelországban. A szlovák szeparatista nacionalisták a zsidókat ezután a csehszlovák állammal hozták összefüggésbe, és azzal vádolták őket, hogy támogatják a csehszlovakizmust. Vérvádak merültek fel Trencsénben és Sajógömörben az 1920-as években. Az 1930-as években a nagy gazdasági világválság sújtotta a zsidó tulajdonú vállalkozásokat, és fokozta a gazdasági antiszemitizmust is. A gazdasági fejletlenség és a cseh diszkrimináció és beolvasztási kísérlet érzékelése Csehszlovákiában arra késztette a szlovákokat, hogy többségük (körülbelül egyharmaduk) a konzervatív, etnonacionalista Szlovák Néppártot (Hlinkova slovenská ľudová strana, röviden HSĽS) támogassa. A Szlovák Néppárt a kisebbségi csoportokat, mint például a cseheket, magyarokat, zsidókat és cigányokat a szlovák nemzetet romboló hatásúaknak tekintette, és a szlovák autonómiát Szlovákia problémáinak megoldásaként mutatta be. A párt az 1930-as évek végén kezdte hangsúlyosabban magáévá tenni az antiszemitizmust, miután 1938-ban Ausztriából zsidó menekültek özönlöttek, és Magyarország, Lengyelország és Románia zsidóellenes törvényeket fogadott el.
Szlovák függetlenség kivívása alt=Map of Slovakia reflecting southern losses to Hungary|bélyegkép|Szlovák területi veszteségek Magyarországgal szemben 1938-ban (2) és 1939 (3). Németország annektált helyszín (4)) és létrehozta a Védőzónát az (5) pontban). (1) a háború után Csehszlovákia annektálta. alt=Color-coded map of the Slovak Republic|bélyegkép|Szlovák Köztársaság (1939–1945)közigazgatási régiói Az 1938. szeptemberi müncheni megállapodás átengedte a Szudéta-vidéket, Csehország német ajkú régióját Németországnak. A Szlovák Néppárt kihasználta a kialakult politikai lehetőséget, és október 6-án kikiáltotta Szlovákia autonómiáját. Jozef Tiso katolikus pap és a Szlovák Néppárt vezetője lett a szlovák autonóm terület miniszterelnöke. A katolicizmus, az ország lakosságának 80 százalékának vallása, kulcsfontosságú volt a rezsim számára, amelynek számos vezetője püspök, pap vagy világi volt. Tiso vezetésével a szlovák kormány Komárnóban tárgyalásokat kezdett Magyarországgal a határukról. A vitát a náci Németország és a fasiszta Olaszország Bécsben választottbírósági eljárás alá helyezte. Magyarország november 2-án a többségében magyarok lakta Dél-Szlovákia nagy részét visszakapta, beleértve Szlovákia szántóterületének 40 százalékát és 270 000 szlovák nemzetiségű lakossággal.
Az 1938. szeptemberi müncheni megállapodás átengedte a Szudéta-vidéket, Csehország határ menti német ajkú régióit Németországnak. A Szlovák Néppárt kihasználta a kialakult politikai lehetőséget, és október 6-án kikiáltotta Szlovákia autonómiáját. Jozef Tiso katolikus pap és a Szlovák Néppárt vezetője lett a szlovák autonóm terület miniszterelnöke. A katolicizmus, az ország lakosságának 80 százalékának vallása, kulcsfontosságú volt a rezsim számára, amelynek számos vezetője püspök, pap vagy világi volt. Tiso vezetésével a szlovák kormány Komárnóban tárgyalásokat kezdett Magyarországgal a határukról. A vitát a náci Németország és a fasiszta Olaszország Bécsben választottbírósági eljárás alá helyezte. Magyarország november 2-án a többségében magyarok lakta Dél-Szlovákia nagy részét visszakapta, beleértve Szlovákia szántóterületének 40 százalékát és 270 000 szlovák etnikai lakossággal.A Magyarországhoz csatolt területek szlovákságának lélekszámáról eltérő adatok állnak rendelkezésre, mivel azok lélekszámát is csak befolyásolt népszámlálások (1910-1940) alapján lehet megbecsülni. Vö. Simon Attila 2010: Egy rövid esztendő krónikája. Somorja, 225. A Szlovák Néppárt megszilárdította hatalmát egy felhatalmazási törvény elfogadásával, az ellenzéki pártok betiltásával, független újságok bezárásával, antiszemita és csehellenes propaganda terjesztésével, valamint a félkatonai Hlinka Gárda megalapításával. A Szlovák Néppárt hegemóniája alatt csak a német és magyar kisebbségek pártjai működhettek, a Német Párt pedig megalakította a Freiwillige Schutzstaffel milíciát. A Szlovák Néppárt több ezer politikai ellenfelét bebörtönözte, de soha nem hajtott végre egy halálbüntetést sem. Az 1938 decemberi nem szabad választásokon a választók 95 százaléka a Szlovák Néppártra szavazott.
1939. március 14-én a Szlovák Állam német támogatással kikiáltotta függetlenségét Csehszlovákiától. Németország másnap annektálta és megszállta a maradék cseh államot, Magyarország pedig német beleegyezéssel visszafoglalta Kárpátalját. A március 23-án aláírt szerződésben Szlovákia lemondott külpolitikai és katonai autonómiájának nagy részéről Németországgal szemben határgaranciákért és gazdasági segítségért cserébe. Sem teljesen független, sem német bábállam nem volt teljesen, hanem egy köztes státuszt foglalt el. 1939 októberében Tiso, a Szlovák Néppárt konzervatív-klerikális ágának vezetője lett az elnök; Vojtech Tuka, a párt radikális fasiszta szárnyának vezetője pedig a miniszterelnök. A párt mindkét szárnya Németország kegyeiért küzdött. Míg párt radikális szárnya németbarát volt és a Hlinka-gárdára és a német támogatásra támaszkodtak, addig a konzervatívok a Németországtól való autonómiát támogatták; és Tiso népszerű volt a papság és a lakosság körében is. Közvetlenül azután, hogy 1938-ban hatalomra került, az autonóm kormány elkezdte elbocsátani a zsidó származású kormányzati alkalmazottakat. A Zsidókérdés Megoldásáért Felelős Bizottságot 1939. január 23-án alapították a zsidóellenes törvények megvitatására. Az állam által támogatott média a zsidókat az „állam és a szlovák nemzet ellenségeiként” démonizálta. Zsidó üzleteket raboltak ki, és a zsidók elleni fizikai támadások spontán módon, főleg a Hlinka-gárda és Freiwillige Schutzstaffel kezdeményezésére is történtek. A szlovák állam 1939-es megalakulását követő első rádióbeszédében Tiso hangsúlyozta a „zsidókérdés megoldására” irányuló vágyát; a zsidóellenes törvényhozás volt az egyetlen konkrét intézkedés, amelyet ígért a programjában. A zsidók üldözése az állam belpolitikájának kulcsfontosságú eleme volt. A diszkriminatív intézkedések az élet minden területét érintették, a zsidók elszigetelését és vagyonuktól való megfosztását szolgálták, mielőtt végleg deportálták volna őket.