A Bréma Szabad Hanza-város tartomány területén, Bremerhaven és Bréma városokban fekvő kikötők együttesen brémai kikötők néven váltak ismertté. Az egymástól 60 kilométernyire működő brémai és bremerhaveni terminálok egységes igazgatás, fejlesztési koncepció és díjrendszer szerint működnek. A brémai kikötők összteljesítményüket tekintve Németországon belül a hamburgi kikötő mögötti második helyet vívták ki. Bremerhaven a Föld konténerkikötői között a 20. helyen áll, míg a gépjárműterminál Európa legnagyobb autórakodó kikötője. Bréma város kikötője az ásványi anyagok és a túlméretes gépek mellett a hagyományos, nem konténeresíthető termékek egyik legfontosabb átrakóhelye Európában és Hamburgot is megelőzve az első Németországban. A városállam egyike az Európa északi felében legrégebben létrejött állandó kikötőknek. Már a 11. században Bréma központjában rakodták ki hajóikat az Északi-tengeri kereskedők, a középkor végén pedig a Hanza-szövetség egyik fontos bázisa alakult ki a városban. Az újkor kezdetére a brémai kikötő a Weser medrének elfajulása miatt ellehetetlenült, ezért a városállam kifejezetten kikötőépítés céljából vásárolta meg 1827-ben a mai Bremerhaven területét. A 20. század elején a kor legnagyobb szabású kikötőépítése zajlott le a Weser partjain. Napjainkra az infrastrukturális fejlesztések és a működés súlypontja áttolódott Bremerhavenbe.
Változó földrajzi adottságok thumb|right|150px|A Weser torkolatának változásai a középkorban Bréma kikötője az Északi-tenger wattos partjaitól délre 65 kilométernyire, a nyílt tengertől 120 kilométernyire délre fekszik a Weser-folyam alsó folyása mentén. A Germán-Lengyel síkság északnyugati vidékén a Weser ősfolyamvölgyeket követve, néhol a geestek magasabb térszíneinek pereméhez simulva tart a tenger felé. A táj síksági jellegű, a folyam esése igen kicsi. Főként a partvonalát több alkalommal is változtató Északi-tenger, de az éghajlat ingadozásai is időről időre eltérő környezeti feltételeket teremtettek a kikötők üzemeltetéséhez. Természeti környezet a középkorban A kikötő alapításának idején a Weser a mai Bremerhavennél érkezett a tengerhez. Az 1334-ben bekövetkező Kelemen-ár után keletkezett egy egyre tekintélyesebb átjárás a Weser és a Butjadingen-félsziget délnyugati oldalán fekvő Jade-öböl között. Így a folyam a mainál 40 kilométerrel rövidebb utat tett meg a várostól a tengerig. Az 1362-es Marcell-ár után az újonnan kialakult folyóág lett a Weser fő torkolata. Bréma mellett néhány apróbb folyóág, lefűződött mellékág (németül: Werder) ágazott ki a Weserből. A város alatti szakaszon több nagyobb sziget között kanyargott a Weser. A folyó vizének mélységéről ebből az időből nincsenek adatok, de mindenképpen elégséges volt a tengerről érkező, akkoriban igen kis merülésű hajóknak. A városban érzékelhető volt az árapály jelenség, de ennél fontosabb szerepet játszottak a tavaszi árvizek. A középkor hideg telei miatt a folyam szinte minden évben befagyott.
Természeti környezet a korai újkorban thumb|180px|right|A Weser teljesen elfajult medrét mutató térkép 1806-ból A folyam viselkedése a középkor alkonyán megváltozott. A verdeni Dietrich püspök Krónikájának 1399-es bejegyzéséből arról értesülhetünk, hogy a tavaszi árvíz különösen sok iszapot és homokot hagyott hátra a partokon.
A 15. század végén megszakadt a kapcsolat a Weser és a Jade-öböl között. A folyam fő torkolata ismét a mai Bremerhaven vidékére helyeződött. A Weser alsó folyásának szakaszjellege megváltozott, az árapály erőteljes medertisztító hatása jelentősen mérséklődött. Az geestek közé szorult Weser egyre jobban feltöltötte hordalékával saját medrét. A folyam előbb hatalmas homokpadokat hozott létre, majd több ágra szakadva egy szétterülő ún. fonatos mederben haladt tovább észak felé.Cornelius Danckerts térképe Hamburg és Bréma vidékéről - 1680;Nicolaas Visscher térképe Hamburg és Bréma vidékéről - 1680 körülJoannes Janssonius Weser-térképe - 1700 körül; A Garwood-Voigt térképház honlapja; Elérés: 2008. május 7. A víz sebessége egyre lassabb lett, ami további hordaléklerakódást és a vízmélység csökkenését eredményezte. Az elfajult folyómedrek változtatták a helyüket, vándorló zátonyok, homoknyelvek jellemezték az Alsó-Wesert.Der Hafen von Vegesack ; A Vegesacki kikötő története; Elérés: 2008. május 7. Ebben az időszakban alakultak helyiek által platenak (magyarul kb. „lapos”) és sandnak (magyarul: homokfelület) nevezett területek. A téli időszak közepére-végére a mederben jégtorlaszok alakultak ki, amelyek magasabbá és pusztítóbbá tették a tavaszi árvizeket.Ludwig Franzius élete ; A Wasser- und Schifffahrtsamt (WSA) cikke; Elérés: 2008. május 7.
Mesterségesen kialakított környezet thumb|right|180px|A mesterséges, kőszórásokkal megerősített meder, háttérben a rodenkircheni atomerőművel
A 19. század végén kezdődtek azok a nagyszabású vízrendezési munkálatok, amelyek teljesen átformálták az Alsó-Wesert, de megváltoztatták a Külső-Wesert is. A folyó természetes jellege a Bréma környéki szakaszon teljesen megszűnt, külső szemlélő számára mesterséges csatornának tűnik. A brémai ipari tevékenység téli időszakban több mint 1 °C-kal emeli a folyam hőmérsékletét, így az már télen sem fagy be.Unterweser - Status quo; Elérés: 2008. május 8. A szigetek és a mellékágak eltűntek. A medert napjainkra leszűkítették, hogy a víz áramlásának meggyorsításával akadályozzák meg a homokpadok képződését, a folyó nagy kanyarulatait pedig levágták. A mesterséges medernek köszönhetően az árapály ma minden eddiginél erősebb Brémában, az apály és dagályszint közötti különbség 4 méter körüli, míg Bremerhavennél 3,6 méter.Die Unterweser - Ein Überblick über Hydrographie und Gewässergüte ; Az Alsó-Weser - Hidrográfiai és hordaléktani áttekintés; Bréma város környezetvédelmi honlapja; Elérés: 2008. május 8. (1890-ben Brémában mindössze 45 cm volt a különbség a két vízszint között.) Megváltozott a dagály lezajlása is. 1887-ben még 3 óra 52 perc kellett a dagályhullámnak, hogy a Bremerhaven és Bréma közötti 65 kilométeres utat megtegye, ma ez az idő mindössze 1 óra 50 perc. A növekvő vízszint (dagály) időtartama is megnőtt, a századforduló idején 2 óra 50 percen át nőtt a vízszint, ma 4 óra 55 perc telik el a teljes apály és a dagály tetőzése között.Die Unterweser - Gestern und Heute ; Az Alsó-Weser egykor és ma; Bréma város környezetvédelmi honlapja; Elérés: 2008. május 8. Míg korábban egyáltalán nem volt jellemző az ún. torlóár-jelenség, addig ma már Vegesackig megfigyelhető a hirtelen emelkedő vízszint.
Az árapály miatt azonban a Weser vize oda-vissza áramlik a mederben. Átlagos vízhozam idején egy víztest 24 nap alatt jut el Brémából Bremerhavenig. Ez idő alatt 48-szor fordul meg a vízáramlás iránya. Az oda-vissza áramlás miatt a környezetszennyezés különösen nagy veszélyt jelent, hiszen a szennyezett vizet a Weser nem szállítja el azonnal. Az apály és a dagály pillanatában a víz megáll, így hordalékszállítási képessége megszűnik. Emiatt a hajózóúttá történt kiépítés ellenére az Alsó-Weser Bréma és Brake között napjainkban is zátonyépítő folyam maradt, a vízmélységet állandó mederkotrással tudják csak fenntartani. A meder állandó bolygatása, a vízszennyezés, a partvédő létesítmények és a folyóba akadálytalanul betörő téli vihardagályok a 20. század közepére nagyrészt tönkretették a Weser egykor gazdag élővilágát. Az Alsó-Weser ma inkább tekinthető az Északi-tenger egy hosszú tengeröblének, mint önálló folyamnak.
A kikötők története Bréma első kikötője: a Balge thumb|right|180px|Bréma az 1200-as években. A város közepén húzódó sötét vonal a Balge Brémát a 700-as évek végén hozták létre, hogy az észak-európai népek keresztény hitre térésének bázisául szolgáljon. Az úttalan vidéken már ekkor is a folyók jelentették a közlekedés fő színterét. A tengerpartok mentén és a folyókon hajózó fríz kereskedők a 800-as években jelentek meg a Weseren. A kezdeti időkben a kikötő pusztán egy állomás volt a kereskedők számára az Északi-tengertől a Weser felsőbb vidékén fekvő városok felé vezető útjukon. A kikötő lendületet adott a város fejlődésének. Az egyre jelentősebbé váló Brémát Karintiai Arnulf keleti frank király 888. június 9-én vásártartási joggal és vámmentességgel ruházta fel, hivatalosan is megalapítván ezzel a város kereskedelmi kikötőjét.A Müncheni Digitális Archívum honlapja ; Elérés: 2008. május 13. A hajókat a mai brémai főtér helyén húzódó Balge-n kötötték ki. A Balge mindössze 100 méter hosszú belvárosi szakasza lett Bréma első kikötője. Partját mindkét oldalon kőszórásokkal megerősítették, északi végénél alakult ki a város üzleti központját jelentő piactér.17pxA Német Wikipedia Balge cikkének ez a változata hivatkozza: Ulrich Weidinger: Mit Koggen zum Marktplatz – Bremens Hafenstrukturen vom frühen Mittelalter bis zum Beginn der Industrialisierung. Verlag Hauschild, Bremen 1997, S. 110–117 A Balge eredetileg 30-50 méter széles lehetett, de a középkor folyamán mélysége és szélessége is csökkent, az 1200-as évek végére megszűnt partjain a tengerjáró hajók forgalma.
A Schlachte thumb|right|300px|A Schlachte az 1600-as évek elején A 12. és a 13. század fordulóján új hajótípus tűnt fel az Északi-tenger vidékén. A hansekooge képes volt a partoktól eltávolodva is jelentős mennyiségű rakományt szállítani. A hansekooge azonban mélyebb merülésű volt minden addigi hajótípusnál, így a Weser felsőbb szakasza melletti városokig már nem tudott feljutni. Az árapály-jelenség határán fekvő Bréma ideális helynek mutatkozott arra, hogy a nagyobb méretű tengeri hajókról az árut a Weser felsőbb folyásán is hajózni képes belvízi bárkákra rakodják át. A tengeri és a folyami hajózást ettől kezdve egyre élesebb határ választotta el egymástól.Die bremischen Bürger, so sich der Schiffahrt auf dem Allerstrom gebrauchen. Dr. Ulrich Weidinger cikke a Brémai Egyetem honlapján; Elérés: 2008. május 13. A hajózás két típusának elkülönülését hamarosan fizikai határ is jelezte: az 1241-ben megnyílt Weser-híd alatt már nem fértek át a tengerjáró hajók. Az hansekooge már túl nagy merülésű volt, a Balge sekély vizében nem tudott kikötni. A kereskedelem fellendülésével elvált egymástól a vásározó és kereskedelmi hajózó szakma is, többé nem volt szükség arra, hogy az áruval megrakott hajók a piactér mellé fussanak be. A kereskedők ezért a 13. század elején a város Schlachte nevű Weser-partjára telepítették ki a kikötői létesítményeket. A Schlachte 600 éven keresztül volt Bréma fő kikötője. Kezdetben a hajók a Schlachte lapos homokos partjára futottak ki. A 15. században a távolsági kereskedelem fejlődésével újabb hajótípus, a holk jelent meg. Kezdetben a holkok nem tudtak a Schlachte partján kikötni, ezért a Weser közepén vetettek horgonyt és ott rakták át az árut kisebb merülésű hajókra. A későbbiek folyamán a holkok kikötését lehetővé tevő rakpartokat emeltek a Weser partjain.Die Schlachte Bremens Hafen im Wandel der Zeit; Bréma idegenforgalmi hivatalának kiadványa; Elérés: 2008. május 13. A kor színvonalán modernnek mondható infrastruktúra szolgálta a kikötői tevékenységet. A szállítmányt gémeskútra emlékeztető darukkal rakodták a partra, majd kézzel és szekereken hordták a kereskedők környékbeli utcákban álló raktáraiba. A sötétedés után a városfalakon kívül rekedt hajósok számára a Schlachte déli végénél álló Szent Márton templom szolgált éjjeli menedékül. A Schlachten átrakodott árukról a Schlachtschreiber (német; Schlachte írnoka) vezetett statisztikát. A Schlachteval szemben álló parton hajóépítő műhelyek sorakoztak.