È stato professore all'Università imperiale di Tokyo fra il 1908 e 1928.
Kishinouye fu uno studioso di pesci e cnidari, autore di numerosi testi di riferimento sugli Scombridae, sui coralli e sulle meduse. Kishinouye morì a Chengdu a causa di una malattia improvvisa durante una spedizione in Cina nella quale era impegnato a raccogliere esemplari di pesci lungo lo Yang Tze Kiang.
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