Professionista dal 1994 al 2005, vinse due tappe al Giro d'Italia 1998, aggiudicandosi anche la classifica intergiro della corsa.
Carriera Da dilettante vinse alcune importanti gare di categoria (Firenze-Viareggio, Coppa Cicogna, Ruota d'Oro) e, nel 1993, la medaglia d'oro nella prova su strada ai Giochi del Mediterraneo in Francia.
Passato professionista nel 1994 con la Mercatone Uno, dimostrò subito buone doti da velocista riuscendo già a vincere una corsa, una tappa alla Euskal Bizikleta. L'anno successivo si aggiudicò due tappe alla Vuelta Ciclista a Costa Rica e sfiora il ben più prestigioso successo nell'ultima tappa del Tour de France, dove giunse secondo alle spalle di Djamolidine Abdoujaparov. Nello stesso anno corse per la prima volta con Mario Cipollini, che per il 1996 lo volle nel treno delle sue volate alla Saeco.
Per Fagnini fu la svolta: nacque e si perfezionò in quegli anni il "treno rosso" della Saeco e il velocista lecchese fu designato come ultimo uomo (ossia colui che deve lanciare la volata al velocista principale fino agli ultimi 200 metri). Diventando dunque principalmente un gregario, non ebbe più molte occasioni per cercare vittorie personali. Tuttavia le poche che ebbe, riuscì a sfruttarle al meglio: nel 1997 vinse una tappa della Volta a la Comunitat Valenciana e durante il Giro d'Italia 1998 riuscì ad imporsi in due tappe. Cipollini non riuscì a concludere la corsa a causa della durezza del percorso, si ritirò e la squadra decise così di dare via libera a Fagnini, che riuscì a ripagare la fiducia con due vittorie di tappa, nella ventesima frazione, che si concludeva in territorio svizzero a Mendrisio, e nell'ultima con il tradizionale arrivo a Milano. Inoltre, grazie anche ai punti conquistati nelle volate ai traguardi intermedi, Fagnini si aggiudicò anche la maglia azzurra dell'intergiro.
Nel 1999 si piazzò secondo e terzo in due tappe della Tirreno-Adriatico e al Giro d'Italia fu secondo nella volata alle Terme Luigiane alle spalle di Laurent Jalabert. A fine anno Fagnini lasciò la Saeco per trasferirsi nella tedesca Team Deutsche Telekom, per aiutare a vincere il tedesco Erik Zabel che, grazie al suo lavoro, riuscì a tornare competitivo, con vittorie di tappa al Tour de France e alla Milano-Sanremo (in quest'ultima riuscirà a portare a quattro i suoi successi). Negli anni alla Telekom Fagnini riuscì a vincere anche il Giro di Colonia e una tappa alla Vuelta a Asturias, poi, una volta lasciata la squadra tedesca, decise di mettere la sua esperienza soprattutto al servizio dei giovani nella Domina Vacanze nel 2004 e nella Naturino-Sapore di Mare nel 2005. Proprio al termine del 2005 Fagnini decise di chiudere l'attività agonistica.
Nelle grandi corse a tappe vanta tre partecipazioni al Giro d'Italia, che concluse due volte, con due vittorie di tappa nel 1998, otto partecipazioni al Tour de France (concluso in quattro occasioni) e una sola partecipazione alla Vuelta a España che, però, non riuscì a portare a termine.
Palmarès
1989 (Dilettanti) Circuito di Mede
1990 (Dilettanti) Coppa d'Inverno 8ª tappa Vuelta Ciclista a Costa Rica (Quesada) 9ª tappa Vuelta Ciclista a Costa Rica (Cañas)
1991 (Dilettanti) Firenze-Viareggio Coppa Cicogna
1992 (Dilettanti) 2ª tappa An Post Rás (Oughterard) Ruota d'Oro
1993 (Dilettanti) Montecarlo-Alassio Giochi del Mediterraneo, Prova in linea 2ª tappa Grand Prix Tell
1994 (Mercatone Uno, una vittoria) 2ª tappa Euskal Bizikleta (Sondika > Villabona)
1997 (Saeco, una vittoria) 5ª tappa, 1ª semitappa Volta a la Comunitat Valenciana (Castellón > Valencia)
1998 (Saeco, due vittorie) 20ª tappa Giro d'Italia (Boario Terme > Mendrisio) 22ª tappa Giro d'Italia (Lugano >Milano)
2001 (Deutsche Telekom, una vittoria) Rund um Köln
2003 (Deutsche Telekom, una vittoria) 2ª tappa Vuelta a Asturias (Llanes > Gijón)
Altri successi 1998 (Saeco) Classifica intergiro Giro d'Italia
2000 7ª prova Coca-Cola Trophy (Ulma) Classifica generale Coca-Cola Trophy
2001 (Deutsche Telekom, una vittoria) Böblingen (gara individuale)
Piazzamenti Grandi giri
Giro d'Italia 1997: squalificato (4ª tappa) 1998: 77º 1999: 86º
Tour de France 1995: 107º 1996: non partito (6ª tappa) 1997: 103º 1998: ritirato (10ª tappa) 1999: ritirato (9ª tappa) 2000: 104º 2002: 101º 2004: ritirato (2ª tappa)
Vuelta a España 1994: non partito (10ª tappa)
Classiche
Milano-Sanremo 1995: ritirato 1997: 111º 1998: 77º 1999: 68º 2000: 29º 2001: 14º 2003: 72º 2004: 139º 2005: 103º
Giro delle Fiandre 1995: ritirato 1996: ritirato 1997: ritirato 1999: 24º 2000: ritirato 2001: 68º 2004: ritirato
Parigi-Roubaix 1994: ritirato 1996: ritirato 1997: ritirato
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