Il Gran Premio Miguel Indurain 2000, quarantaquattresima edizione della corsa e seconda con questa denominazione, si svolse il 1º aprile su un percorso di 198 km, con partenza e arrivo a Estella. Fu vinto dallo spagnolo Miguel Ángel Martín Perdiguero della Vitalicio Seguros-Grupo Generali davanti al francese Laurent Jalabert e allo spagnolo Ángel Vicioso.
Ordine d'arrivo (Top 10) +CorridoreSquadraTempo1 Miguel Ángel Martín Perdiguero Vitalicio Seguros 5h30'24"2 Laurent Jalabert ONCE-Deutsche Bank s.t.3 Ángel Vicioso Kelme s.t.4 Uroš Murn Krka-Telekom Slovenije s.t.5 David Etxebarria ONCE-Deutsche Bank s.t.6 Stefano Garzelli Mercatone Uno s.t.7 Lance Armstrong US Postal Service s.t.8 Igor Flores Euskaltel-Euskadi s.t.9 Alessandro Spezialetti Liquigas-Pata s.t.10 Unai Etxebarria Euskaltel-Euskadi s.t.
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