Migliaia di anni prima dell'arrivo degli europei, gran parte del sud-est della Florida, compresa l'area in cui oggi esiste Miami, era abitata dai nativi americani Tequesta. I nativi, avevano contatti rari con gli europei ed erano in gran parte emigrati fuori dalla Florida entro la metà del XVIII secolo. Miami prende il nome dal suo fiume, il quale nome a sua volta deriva dai Mayaimi, una tribù di nativi americani che visse intorno al lago Okeechobee fino al XVII o XVIII secolo.
Gli spagnoli stabilirono una missione ed una piccola guarnigione tra i Tequesta presso la Baia di Biscayne nel 1567, che furono poi ritirate un paio di anni dopo. Nel 1743 il governatore di Cuba stabilì un'altra missione ed un'altra guarnigione nella baia di Biscayne, ma poiché la missione non era stata approvata dal Consiglio delle Indie, la missione e il presidio furono ritirati l'anno successivo. Gli spagnoli registrarono che gli abitanti del sito della missione del 1743 erano sopravvissuti nativi dei Cayos, Caloosa e Boca Raton, che erano soggetti a periodiche incursioni da parte degli Uchis (alleati nativi degli inglesi nella Colonia della Carolina del Sud). Fort Dallas fu costruito nel 1836 e funzionò come base militare durante la Seconda Guerra Seminole.
L'area di Miami era meglio conosciuta come "Biscayne Bay Country" nei primi anni della sua crescita. I pochi resoconti pubblicati di quel periodo descrivono l'area come un deserto che conteneva molte promesse. L'area è stata anche caratterizzata come "uno dei migliori siti costruttivi in Florida". Dopo le grandi ondate di freddo del 1894 e del 1895, i raccolti dell'area di Miami furono gli unici sopravvissuti in Florida ciò fece prosperare l'insediamento e spinse Julia Tuttle, una proprietaria terriera di Cleveland, a convincere Henry Flagler, un magnate delle ferrovie, ad espandere la sua Florida East Coast Railway fino a Miami. Il 28 luglio 1896 Miami fu ufficialmente costituita come città con una popolazione di poco più di 300 abitanti.
Miami prosperò durante gli anni 20’, ma si indebolì quando scoppiò la bolla immobiliare del 1925, seguita a breve dall'uragano di Miami del 1926 e dalla Grande depressione negli anni 30’. Quando scoppiò la seconda guerra mondiale, Miami svolse un ruolo importante negli scontri contro i sottomarini tedeschi grazie alla sua posizione sulla costa meridionale della Florida. La guerra contribuì ad aumentare la popolazione di Miami a quasi mezzo milione di abitanti.
Dopo che Fidel Castro salì al potere nel 1959 molti cubani emigrarono a Miami, aumentando ulteriormente la popolazione. Negli anni 80’ e 90’ varie crisi hanno colpito il sud della Florida, tra cui il pestaggio di Arthur McDuffie e la successiva rivolta, le guerre del narcotraffico, l'uragano Andrew e le tensioni sociali dovute all’immigrazione irregolare cubana. Nonostante ciò, Miami rimase un importante centro internazionale, finanziario e culturale.
Sebbene sia scritto allo stesso modo in inglese, il nome della città della Florida non ha nulla a che fare con il popolo nativo dei Miami, i quali vivevano in una parte completamente diversa del Nord America.
Nativi e primi insediamenti I primi abitanti ed i Tequesta I primi insediamenti umani nella regione di Miami si datano tra l’XII ed il IX millennio a.C, relativi ai cosiddetti paleoamericani. Al tempo la regione era ricca di foreste di pini e ospitava una fauna variegata, tra cervi, orsi ed uccelli selvatici. Questi primi abitanti si stabilirono sulle rive del fiume Miami, stabilendo i villaggi principali sulla sponda settentrionale di esso. Di essi permangono ad oggi un’ampia varietà di armi ed utensili che sono stati ritrovati dagli scavi archeologici.
Quando i primi europei giunsero nella zona a metà del XVI secolo, gli abitanti dell'area di Miami erano i Tequesta, formatisi intorno al I millennio a.C., i quali discendevano dalle prime popolazioni e che controllavano un'area che copriva gran parte della Florida sud-orientale, compresa quelle che oggi sono la contea di Miami-Dade, la contea di Broward e la parte meridionale della contea di Palm Beach. I nativi Tequesta vivevano di caccia e raccolta e pesca, non praticando alcuna forma di agricoltura. Essi tumulavano le piccole ossa dei defunti, mentre le ossa più grandi venivano poste in dei recipienti affinché la gente del villaggio potesse vederle.
Ai Tequesta è attribuito il Miami Circle, un sito archeologico risalente alla prima metà del I millennio d.C. e rinvenuto nel 1998, consistente in 24 bacini e oltre 500 fori scavati nel terreno, disposti in maniera circolare. Gli archeologi hanno ipotizzato che tale reperto fungesse da fondazione per una grande struttura di legno.
XVI-XVIII secolo: arrivo degli europei Nel 1513, lo spagnolo Juan Ponce de León, fu il primo europeo a visitare l'area di Miami navigando nell’antistante baia di Biscayne. Egli scrisse nel suo diario di aver raggiunto il villaggio di Chequescha, il primo nome registrato di Miami, ma non é a noi noto si sa se sia sbarcato o meno, e se abbia stabilito contatto con i nativi. Furono invece l’esploratore Pedro Menéndez de Avilés ed i suoi uomini a compiere il primo sbarco accertato in quest'area, quando visitarono l'insediamento dei Tequesta nel 1566, mentre cercavano il figlio scomparso di Menéndez, naufragato un anno prima. Un anno dopo, i soldati spagnoli guidati da padre Francisco Villareal, costruirono una missione gesuita alla foce del fiume Miami, che ebbe però vita breve. Nel 1570 i gesuiti decisero allora di cercare nativi più disponibili alla conversione al di fuori della Florida, abbandonando il territorio. Dopo che gli spagnoli se ne andarono, gli indiani Tequesta furono tuttavia lasciati a combattere le malattie introdotte dagli europei, come il vaiolo, a ciò si aggiunsero le guerre con altre tribù che contribuirono a decimare ancor di più la loro popolazione, subendo in particolare numerose sconfitte dai Creek.
Nel 1711 i Tequesta inviarono dei capi locali all'Avana per chiedere agli spagnoli se potessero insediarsi a Cuba. Gli spagnoli inviarono allora due navi in loro soccorso, ma le malattie europee li colpirono nuovamente, sterminando la maggior parte della popolazione. Nel 1743 gli spagnoli, inviati dal governatore di Cuba Juan Francisco de Güemes y Horcasitas, fondarono un'altra missione nella baia di Biscayne, costruendovi anche un forte. I sacerdoti missionari proposero allora un insediamento permanente, ma la proposta fu respinta in quanto impraticabile e la missione fu ritirata prima della fine dell'anno.
XVIII-XIX secolo: I primi insediamenti stabili Nel 1763, dopo la guerra dei sette anni tra Gran Bretagna e Francia, tramite il Trattato di Parigi, gli spagnoli cedettero la Florida agli inglesi che la divisero in Florida occidentale ed orientale. Nel 1766 Samuel Touchett ricevette una concessione di terra dalla Corona inglese di 20.000 acri (81 km2) nell'area di Miami, i confini di tale concessione furono definiti da Bernard Romans nel 1772. Una condizione per rendere permanente la concessione era che almeno un colono dovesse vi vivere per ogni 100 acri (0,4 km2) di terreno. Tuttavia Touchett, pur cercando di realizzare una piantagione nella proprietà, ebbe problemi finanziari ed i suoi piani non si realizzarono mai.
Successivamente al Trattato di Parigi del 1783, la Spagna riottenne la Florida dalla Gran Bretagna, successivamente a ciò arrivarono i primi coloni europei permanenti nell'area di Miami. Pedro Fornells, un sopravvissuto della colonia di New Smyrna e originario di Minorca, si trasferì sull’isola di Key Biscayne per rispettare i termini della sua concessione reale per l'isola, tuttavia dopo 6 mesi si trasferì con la sua famiglia a St. Augustine lasciando un custode sull'isola. Durante un viaggio verso l'isola nel 1803, Fornells notò la presenza di occupanti abusivi sulla terraferma. Nel 1825, il maresciallo americano Waters Smith, visitò l'insediamento costiero di Cape Florida e conferì con gli occupanti abusivi che volevano ottenere il titolo sulla terra che stavano occupando, i quali, provenienti dalle Bahamas, si erano stabiliti lungo la costa già a partire dal 1790.
Nello stesso periodo arrivarono nel sud della Florida i cacciatori di tesori delle Bahamas e delle Florida Keys, in cerca dei tesori delle navi che navigavano sulla grande barriera corallina, alcuni di essi accettarono le offerte di concessioni terriere, da parte del governo spagnolo, lungo il fiume Miami. Più o meno nello stesso periodo, nel territorio giunsero i nativi Seminole, discendenti dei Creek e dei Chickasaw, insieme ad un gruppo di schiavi africani fuggiaschi.
Nel 1819, la Florida fu infine ceduta dalla Spagna agli Stati Uniti, tramite il Trattato Adams-Onís.
Nel 1825 fu costruito il faro di Cape Florida, sulla vicina Key Biscayne, per avvertire le navi di passaggio della pericolosa barriera corallina.
Nel 1830 Richard Fitzpatrick acquistò un terreno, lungo la riva nord del fiume Miami, dal colono bahamense James Egan, stabilendovi una piantagione dove si coltivavano canna da zucchero, banane, mais e frutta tropicale. Nel gennaio 1836, poco dopo l'inizio della Seconda Guerra Seminole, Fitzpatrick rimosse i suoi schiavi e chiuse la sua piantagione, motivo per cui, proprio nel terreno della piantagione, venne costruito Fort Dallas, i cui soldati costituivano la maggior parte della popolazione non nativa dell'area. La seconda guerra Seminole fu la guerra indiana più devastante nella storia americana, causando una perdita quasi totale della popolazione nativa Seminole nell'area. Il faro di Cape Florida fu inoltre incendiato dai nativi nel 1836 e non fu riparato fino al 1846.
Dopo la fine della guerra nel 1842, il nipote di Fitzpatrick, William English, ristabilì la piantagione nell’area. Egli tracciò il "Villaggio di Miami" sulla riva sud del fiume e vendette diversi appezzamenti di terreno. Tuttavia, quando English morì in California nel 1852, la sua piantagione morì con lui.
Il fiume Miami nel tempo diede il nome al fiorente insediamento, portando un'etimologia derivante dalla tribù nativa dei Mayaimi.
Nel 1844 Miami divenne il capoluogo della contea, contando, nel 1850, di 96 residenti nella zona. La Terza Guerra Seminole, durata dal 1855 al 1858, non fu distruttiva come la precedente, tuttavia rallentò chiaramente il tasso di insediamento nel sud-est della Florida. Alla fine della guerra alcuni soldati rimasero nella zona ed i Seminole si rifugiarono nelle Everglades.
Dal 1858 al 1896 solo una manciata di famiglie si stabilirono nell'area di Miami, sviluppando piccoli insediamenti lungo la baia di Biscayne, il primo dei quali si formò alla foce del fiume Miami e fu chiamato in vari modi, come Miamuh o Fort Dallas. I primi tra i coloni del fiume Miami furono i Brickell: Nel 1870 William Brickell e sua moglie Mary acquistarono un terreno sulla riva sud del fiume e ivi costruirono una stazione commerciale ed un ufficio postale che gestirono con i loro figli per il resto del XIX secolo.
Altri insediamenti all'interno dei confini della città di Miami erano Lemon City (ora Little Haiti) e Coconut Grove. Gli insediamenti al di fuori dei confini dell’attuale città erano Biscayne, nell'attuale Miami Shores, e Cutler, nell'attuale Palmetto Bay. Molti dei coloni erano attratti nell'area dalle offerte di 160 acri (0,6 km2) di terra da parte del governo federale degli Stati Uniti. .
Fondazione Nel 1891 una donna benestante di Cleveland, Julia Tuttle, decise di trasferirsi nel sud della Florida per ricominciare la sua vita dopo la morte di suo marito, Frederick Tuttle. Ella acquistò 640 acri sulla riva nord del fiume Miami nell'attuale Downtown Miami. Dopo aver notato le potenzialità del fiorente insediamento, ella cercò di persuadere il magnate ferroviario Henry Flagler ad espandere la sua linea ferroviaria, la Florida East Coast Railway, verso l'area, ma egli inizialmente rifiutò.