Biografia Nacque a Utrecht e studiò a Lovanio e Parigi. Si recò quindi in Italia per studiare medicina all'Università di Padova, sotto la guida di Girolamo Fabrici d'Acquapendente e Girolamo Mercuriale, laureandosi nel 1566.Mathematics Genealogy page. Genealogy.math.ndsu.nodak.edu. Retrieved on 2012-04-16.
Scrisse della Grande Cometa del 1577; a quel tempo esercitava la professione di medico nella città a Utrecht. Nel 1581 divenne professore di medicina all'Università di Leida.Tabitta van Nouhuys, The Age of Two-Faced Janus: the comets of 1577 and 1618 and the decline of the Aristotelian world view in the Netherlands (1998), pp. 189–200; Google Books. Aveva già fama e buoni contatti con studiosi umanisti; fu quindi nominato ordinario nella cattedra che era stata di Gerardus Bontius, un precedente medico della facoltà.
Fu un pioniere dell'insegnamento clinico della medicina e ciò gli venne riconosciuto come merito.The growth of medicine from the earliest times to about 1800. Archive.org. Retrieved on 2012-04-16. Da Padova portò nei Paesi Bassi non solo l'anatomia di Vesalio, ma anche tutta una serie di dimostrazioni anatomiche e una pratica di lavoro clinico.George Newman, Interpreters of Nature (1968), pp. 79–80;Google Books. Non è chiaro, tuttavia, se la proposta del 1591 di Heurnius e Bontius di implementare l'insegnamento pratico sulle linee guida padovane sia stata accettata ufficialmente.Kathryn Murphy and Richard Todd, "A man very well studyed": new contexts for Thomas Browne (2008), pp. 54–5; Google Books. Le idee di Heurnius sull'insegnamento della medicina furono ampiamente trasmesse attraverso il figlio Otto, anch'egli medico, e da Franciscus Sylvius, Govert Bidloo e Herman Boerhaave. Dopo la morte del padre, Otto raccolse le sue lezioni, pubblicate nell'Opera Omnia, riguardanti la medicina sia in teoria che come disciplina pratica.
Johannes Heurnius morì a Leida, nei Paesi Bassi. Suo figlio, Justus Heurnius (1587-1653?) fu medico, missionario e botanico ed il primo europeo a raccogliere, documentare e registrare molte delle piante del Capo sudafricano
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