Le dottrine, il comportamento e l'organizzazione dei testimoni di Geova hanno dato origine a numerose polemiche. Due sono gli aspetti maggiormente oggetto di critica: il ricorso a traduzioni della Bibbia ritenute infedeli e funzionali ad avallare le credenze dei testimoni e la struttura verticistica della loro congregazione, e il carattere settario della medesimaWilliam M. Ashcraft, Eugene V. Gallagher (a cura di). . 2006, Greenwood. pp.82-83. ISBN 978-0-275-98712-1., entro cui, come lamentano vari ex testimoni, i fedeli si troverebbero in una situazione di condizionamento mentaleI testimoni di Geova, ideologia religiosa e consenso sociale un'analisi storico-sociologica della "nuova" religiosità in Italia, Miriam Castiglione, 1981, Claudiana, Torino, p. 65.. Le critiche più aspre provengono da ex aderenti alla congregazione.. 8 luglio 2014. BBC News.

La congregazione dei testimoni di Geova ha risposto a talune di queste critiche, mentre altre non sono state nemmeno prese in considerazione poiché ritenute dicerie di disassociatiLa Torre di Guardia, 1º novembre 1984, "Diffondereste una diceria?"La Torre di Guardia, 15 aprile 1988, "Disciplina che può produrre un pacifico frutto"..

Controversie e questioni di carattere sociale Il carattere settario La congregazione dei testimoni di Geova è stata definita una setta: il Rapporto Guyard del 1995, un documento del Parlamento francese sulle sette, la definiva tale (tuttavia nel 2000 la Francia ha giuridicamente riconosciuto i testimoni di Geova come religione a tutti gli effetti) e la Relazione sulle sette nell'Unione europea del 1997, oltre a citare diverse volte i testimoni di Geova, ricordava come in Grecia i testimoni fossero lunica setta riconosciuta in quanto tale. Parimenti, autori come Anthony A. Hoekema, Ron Rhodes e Alan W. Gomes hanno espresso tale convinzione. Nel 2012 Hervé Machi, segretario generale della Missione interministeriale per la vigilanza e la lotta contro le derive settarie, ha affermato che in Francia, pur non esistendo sette, i testimoni di Geova presentano un certo numero di problemi che sono caratteristici di una deriva settaria.

Di settario nei testimoni di Geova i critici rilevano alcuni aspetti:

Il carattere di separazione che vivono gli aderenti rispetto al mondo esterno. Essi perseguono esplicitamente la separazione dal mondo, estraniandosi dalla società politica e dall'ambito economico pag. 51Diffusione e differenziazione dei modelli culturali in una metropoli mediterranea: indagine sui gruppi e i movimenti religiosi non cattolici presenti a Catania, Renato D'Amico (a cura di), collaboratore Centro di studi interdisciplinari del fenomeno religioso FrancoAngeli, 2004, ISBN 88-464-5908-3., considerati corrotti, nonché dalle altre organizzazioni religiose, giudicate erronee. È scoraggiato (nonché causa di perdita dei 'privilegi' nella congregazione) intraprendere profonde relazioni sociali con le persone del mondo, ovverosia i non testimoni, se non nei limiti del vivere quotidiano, in quanto solo i testimoni accederanno alla vita eterna, mentre tutti gli altri sono destinati alla distruzione. Viene sconsigliato loro di sposarsi o fidanzarsi con non testimoni; è vietato avere qualsiasi tipo di rapporto sociale con disassociati, cioè coloro che sono stati espulsi dalla congregazione. Gli interessi del Regno prevalgono su ogni altro interesse. Ogni aspetto della vita della persona, come ad esempio tutto ciò che attiene alla scelta universitaria, è assolutamente secondario rispetto all'avvento del Regno. Più in generale la vita del testimone di Geova appare condizionata dalla convinzione che il mondo attuale (inteso come società e non in senso fisico) è destinato ad avere termine, con conseguente rischio di fatalismoDaniel N. Wojcik. . 1997, New York University Press. pp.27,28,29,30. ISBN 978-0-8147-9283-4.. L'esistenza marginale del dissenso nei confronti della congregazione e degli insegnamenti che questa diffonde. Un eventuale dissenso può essere manifestato solo attraverso forme codificate e può portare alla disassociazione, cioè l'espulsione dai testimoni di Geova: il dissenso è oggetto di biasimo, sia che concerni questioni dottrinali, sia che riguardi l'organizzazione o il Corpo direttivo, anche perché all'atto del battesimo, sulla base della formula adottata nel 1985La Torre di Guardia, 1º ottobre 1985., il battezzando dichiara "pubblicamente di riconoscere l'Organizzazione diretta dallo spirito di cui Geova si serve, equivalendo ad un implicito riconoscimento "legale" dell'Organizzazione". Inoltre la Società Torre di Guardia sconsiglia ai testimoni di Geova di leggere pubblicazioni "apostate" ovvero critiche verso le dottrine della SocietàLa Torre di Guardia, 15 marzo 1986.. I testimoni di Geova devono attenersi alle indicazioni che vengono dal Corpo direttivo e diffuse attraverso le loro pubblicazioni, ivi compresi i divieti formulati sulla base dell'interpretazione che lo stesso Corpo direttivo fa e ha fatto della Bibbia. Non tutti peraltro sono espliciti. Secondo i testimoni, ci sono disposizioni biblicamente precise da seguire, e se qualcuno viene a conoscenza di un peccato grave commesso da un confratello, innanzitutto deve invitare chi l'ha commesso a confessarlo e, se l'invito viene disatteso, portare la questione dinnanzi agli anzianiLa Torre di Guardia, 15 ottobre 1999, pp.17-20.. I critici affermano che tale comportamento costituirebbe una vera e propria rete di controllo. Tra i divieti si enumerano: il divieto di festeggiare feste diverse dalla Commemorazione o Pasto serale del Signore, di partecipare alla vita politica (non debbono pertanto votare, né possono candidarsi o assumere incarichi politici; non possono rivolgere il saluto alla bandiera dalla biblioteca on line dei TdG) o militare di uno Stato (non possono prestare servizio militare, né impugnare armi), di accettare trasfusioni di sangue con l'eccezione degli emoderivati, di possedere oggetti che richiamino credenze occulte. L'essere testimone di Geova non può prescindere dall'appartenere alla Congregazione e dal sottostare ai suoi precetti, poiché non c'è salvezza fuori dall'Organizzazione. Non è sufficiente credere in Dio, nella Bibbia ed in Gesù Cristo, ma bisogna accettare tutte le dottrine [leggi, norme, interpretazioni] previste dall'OrganizzazioneLa Torre di Guardia, 1º aprile 1986, pp.30-31.. Chi non vi si conforma può esserne espulso mediante disassociazione o può, in caso di violazioni meno gravi, subire un'ammonizione. La pratica della disassociazione, ovverosia dell'espulsione dalla congregazione per grave violazione di uno dei precetti dottrinali. La pena per chi non si attiene alle norme dottrinali è, in ultima analisi (se uno non si pente) l'espulsione dalla congregazione, alla quale consegue l'impossibilità di avere alcun tipo di contatto sociale con gli altri aderenti, siano pure familiari (si ammettono eccezioni solo per quanto riguarda i familiari stretti conviventi, rimanendo tuttavia proibito avere rapporti di natura spirituale e religiosa con il disassociato), venendo di fatto isolato dalla comunità (non bisogna avere alcun tipo di rapporto - neanche un saluto - con chi si è allontanato dalla SocietàLa Torre di Guardia, 1º gennaio 1982.). Come ogni precetto, anche la disassociazione si ritiene derivi dal "volere di Dio". I critici, invece, sostengono che si tratti del tentativo di isolare dai testimoni di Geova il disassociato al fine di impedire che altri possano valutare attentamente le motivazioni per cui il "disassociato" o la "disassociata" sono diventati tali ed evitare così possibili influenze. La stessa Torre di Guardia nel 1988 scriveva: «eliminate il vecchio lievito, affinché siate una nuova massa, secondo che siete liberi da fermento». (1 Corinti 5:7) Evitando anche coloro che si sono volontariamente disassociati, i cristiani sono protetti da possibili idee critiche, indifferenti o persino apostate. - Ebrei 12:15, 16.La Torre di Guardia, 15 aprile 1988.. I testimoni, dal canto loro, affermano che l'espulsione è un mezzo per salvaguardare la purezza dottrinale e morale dell'organizzazione. L'esercizio di questo potere, secondo quanto affermano, è necessario per garantire l'esistenza stessa dell'organizzazione e che la disassociazione viene operata con amore e rispetto. Il provvedimento della disassociazione non comprometterebbe, secondo i testimoni, in alcun modo i diritti fondamentali della persona come la sua dignità e la sua riservatezza, inoltre la persona disassociata può presentare appello più volte.

Le accuse di condizionamento mentale

Autori di Di Steven Hassan, traduzione a cura di Simonetta Po come Raymond Franz, ex membro del Corpo direttivo, ritengono che i testimoni di Geova abbiano le caratteristiche proprie di quelle religioni che esercitano il controllo mentale e anche se all'interno della organizzazione non si pratica l'isolamento fisico, comunque si attua un isolamento mentale.

Analoga posizione hanno altri ex aderenti di Gordon Cook.

Autoritarismo, verticismo e diniego della libertà di parola La dottrina e l'interpretazione della Bibbia all'interno del movimento dei testimoni di Geova sono di competenza esclusiva del Corpo direttivo, il quale non è tenuto a consultare né a tenere in considerazione le opinioni dei fedeli o degli anzianiHolden, Andrew (2002). Jehovah's Witnesses: Portrait of a Contemporary Religious Movement. Routledge. p. 24. ISBN 0-415-26609-2.. La religione dei testimoni di Geova non tollera in nessun modo il dissenso, le critiche, le opinioni divergenti o la richiesta di chiarimenti né da parte dei membri della congregazione né da parte di coloro che non ne fanno parte, considerati apostati, riguardo alla dottrina e alle pratiche del movimento"Overseers of Jehovah's People", The Watchtower, 15 giugno 1957, "Let us now unmistakably identify Jehovah's channel of communication for our day, that we may continue in his favor... It is vital that we appreciate this fact and respond to the directions of the “slave” as we would to the voice of God, because it is His provision.""Following Faithful Shepherds with Life in View", The Watchtower, 1º ottobre 1967, p. 591, "Make haste to identify the visible theocratic organization of God that represents his king, Jesus Christ. It is essential for life. Doing so, be complete in accepting its every aspect... in submitting to Jehovah's visible theocratic organization, we must be in full and complete agreement with every feature of its apostolic procedure and requirements.""Loyal to Christ and His Faithful Slave", The Watchtower, 1º aprile 2007, p. 24, "When we loyally submit to the direction of the faithful slave and its Governing Body, we are submitting to Christ, the slave's Master.Beckford, James A. (1975). The Trumpet of Prophecy: A Sociological Study of Jehovah's Witnesses. Oxford: Basil Blackwell. ISBN 0-631-16310-7. pp. 89, 95, 103, 120, 204, 221.; i fedeli che si oppongono alle decisioni del Corpo direttivo, vengono disassociati dalla congregazione, e quindi espulsiOsamu Muramoto (agosto 1998). "". Journal of Medical Ethics 24 (4): 223–230. .

I disassociati Heather e Gary Botting hanno paragonato i paradigmi culturali della religione dei testimoni di Geova al romanzo distopico 1984 di George Orwell, dove viene descritta una dittatura nella quale vengono meccanicamente regolate l'informazione, il pensiero e la vita di tutti i membri della societàThe Orwellian World of Jehovah's Witnesses, Toronto: University of Toronto Press, 1984. ISBN 978-0-8020-6545-2..