Figlio dell'omonimo medico, anch'egli, come suo padre, lavorò al Bellevue Hospital Medical College, dove ottenne una cattedra al Dipartimento di Fisiologia e Microbiologia dal 1861 al 1897. Nello stato di New York fece anche il chirurgo generale.
A Flint II sono associati l'arcata di Flint, un arco arterovenoso alla base della piramide renale, e la seconda legge di Flint, riguardante l'ontogenesi e la filogenesi degli organi.
Suo figlio si chiamò Austin Flint III (1868-1955), anch'egli professore di medicina e chirurgia presso il Bellevue Hospital Medical College di New York e fu anche ostetrico.
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