È divenuto noto in seguito all'avvelenamento dell'ex agente segreto russo Aleksandr Litvinenko avvenuto nel 2006, vicenda collegata alle indagini della commissione parlamentare d'inchiesta concernente il Dossier Mitrochin e l'attività d'intelligence italianaIstituita con legge dello stato 7 maggio 2002, n. 90 - La legge istitutiva.

Risultato in contatto con numerosi enti e istituzioni italiani e di altri paesi, Scaramella è stato implicato in diverse questioni di rilevanza penale - Evidenze istruttorie esposte al Senato in occasione di richiesta di autorizzazione all'utilizzo di intercettazioni telefoniche riguardanti parlamentare italiano] e nell'inchiesta britannica sulla morte di Alexander Litvinenko presideduta dal giudice dell'Alta Corte Sir Robert Owen.

Attività giovanili Le prime pubbliche evidenze di Scaramella risalgono al marzo 1989 quando, a 19 anni, fonda un gruppo ambientalista che secondo alcuni media sarebbe stato legato ad ambienti istituzionali , noto come i Nuclei agenti di sicurezza civile (noti come Nasc, organizzazioni di stay-behind). I Nasc firmarono poco tempo dopo un protocollo di intesa con la Prefettura di Napoli. Tramite l'interessamento di un dirigente del ministero dell'Interno, il prefetto autorizzò la concessione del porto d'armi ai membri del gruppo.

Scaramella ottenne l'assistenza della polizia giudiziaria in una serie di attività di sequestro probatorio presentandosi a due sostituti procuratori di Santa Maria Capua Vetere cui avrebbe mostrato (stando ad un articolo inchiesta de Il Sole 24 Ore) le proprie credenziali di guardia ittico-venatoria rilasciate dalla provincia. Tali sequestri riguardarono edifici abusivi, bar, ristoranti, alberghi, un caseificio e persino un ippodromo clandestino. Le sue incursioni terminarono quando nell'ottobre del 1990, dopo aver messo i sigilli a Capri a due bar, un albergo e ai servizi igienici del porto, un brigadiere dei Carabinieri di Sorrento, notando che i verbali non venivano mai firmati da Scaramella, fece un esposto alla procura per usurpazione di titolo (quello di "commissario").

Il quotidiano L'Unità riferì che il prefetto di Salerno dell'epoca, Corrado Catenacci, sciolse d'autorità il corpo paramilitare, che la stessa testata definì una «Gladio verde». Scaramella fu condannato in primo grado dal Pretore di Santa Maria Capua Vetere ad una multa per l'uso dell'appellativo "commissario", ma in seguito la condanna fu ribaltata in appello e Scaramella assolto con formula piena, in quanto la corte ritenne che il titolo di "commissario" di cui si fregiava poteva riferirsi al fatto che era presidente di una commissione interna dei Nasc. Successivamente a queste inchieste giudiziarie il gruppo dei Nasc venne sciolto.

Le mine nucleari russe nel Golfo di Napoli Scaramella ottenne ampia visibilità pubblicando un memorandum, asseritamente fondato su informazioni dell'agenzia internazionale per l'energia atomica, secondo il quale il sottomarino sovietico K-8 (classe NovemberUn sottomarino denominato K-8 è entrato in servizio nel 1960 nella Flotta del Nord; ebbe un incidente al reattore il 13 ottobre 1960, ed affondò poi per incidente nel Golfo di Biscaglia il 4 novembre 1970.) avrebbe depositato 20 mine nucleari nel Golfo di Napoli nel 1970. Il memorandum sarebbe stato consegnato a Guido Bertolaso (responsabile della Protezione civile), al SISMI ed alla prefettura.

La marina militare russa smentì nel 2005 queste ipotesi; intervistato dalla Pravda, il portavoce Igor Dygalo suppose che queste illazioni fossero volte ad inasprire le tensioni fra Italia e Russia, e lo stesso quotidiano riportò affermazioni di un non nominato ammiraglio in pensione che proponeva di consegnare alle autorità italiane i manuali operativi segreti della marina russa affinché si potesse verificare che quelle unità della classe 627 (cui asseritamente apparteneva il sommergibile) non erano in grado di effettuare operazioni di posa di mine.

La Protezione Civile avrebbe comunque dato incarico a suoi funzionari di calcolare le percentuali di rischio, e secondo il giornale Il Denaro Bertolaso avrebbe affermato che "la popolazione non corre pericoli".

Attività di libera docenza Secondo dichiarazioni dello stesso interessato, tra il 1996 e il 2000 Scaramella avrebbe avuto un incarico di professore di diritto ambientale presso la Externado University e l'Università del Rosario a Bogotà, in Colombia. Notizie contrastanti con relative smentite affermano che avrebbe avuto un ruolo accademico presso l'Università degli Studi di Napoli Federico II, ma alcuni dipartimenti dell'ateneo, pur ammettendo di aver stilato in un primo momento degli accordi con Scaramella e i suoi gruppi, hanno negato di avere poi avuto rapporti effettivi con questi. Il quotidiano italiano Il Sole 24 Ore, in un'inchiesta giornalistica sul passato del consulente, ha sostenuto la parziale inattendibilità del curriculum accademico di Scaramella.

Secondo il deputato Walter Bielli (DS), ex-membro della Commissione Mitrochin, Scaramella avrebbe anche fornito differenti referenze universitarie in diverse occasioni e di questo comportamento Bielli avrebbe chiesto informazioni a Guzzanti, il quale avrebbe fornito alcuni mesi dopo un curriculum ancora differente. Scaramella ha annunciato una querela nei confronti dell'esponente DS, accusandolo di aver riferito falsità sul suo conto riportata da uonna.it. Fu anche nominato giudice onorario del Tribunale di Napoli, presso la sezione distaccata di Ischia.

Prevenzione del crimine ambientale Tra il 2002 e il 2006 Scaramella è stato segretario generale di un organismo denominato Environmental Crime Prevention Programme (ECPP - secondo Radio Radicale traducibile in Programma intergovernativo per la sicurezza ambientale), una struttura che, stando a quanto riportato dai media che si sono interessati del caso, non avrebbe avuto nessuna sede propria. Una sua apparizione pubblica in questa veste risale al 2002, quando il 17 maggio intervenne a Priverno ad un convegno sul terrorismoConvegno "THE GLOCAL STRATEGY", Priverno, Castello di San Martino, 15-18 maggio 2002 - organizzato dal CEAS (Centro Altri Studi per la Lotta al Terrorismo e alla Violenza Politica - presidente Maurizio Calvi) con il patrocinio della Presidenza del Consiglio dei Ministri, della Presidenza del Senato della Repubblica, della Presidenza della Camera dei Deputati e del Ministro degli Interni presentando una relazione dal titolo Tecnologie spaziali contro il terrorismo.

La Commissione Mitrokhin In tale occasione sarebbe emerso che l'uomo avesse stretti rapporti con importanti esuli russi. La consulenza sarebbe stata prestata come mossa difensiva, poiché il presidente della Commissione Paolo Guzzanti era giunto al "ragionevole sospetto" che i servizi segreti russi sapevano troppo della commissione e stessero tramando contro di essaPaolo Guzzanti Il mio agente Sasha. Pag 14-16. Secondo le informazioni raccolte da Mario Scaramella e dalle presunte dichiarazioni di ex ufficiali dei servizi russi (in particolare da Aleksandr Litvinenko), tra i politici italiani che sarebbero stati in contatto con il KGB vi sarebbe stato l'ex primo ministro italiano Romano Prodi. Tali informazioni tuttavia non furono confermate, ed anzi vennero successivamente messe in dubbio da altri ex-agenti e da una precedente intervista a Litvinenko pubblicata postuma.

Dalle intercettazioni telefoniche tra Scaramella e Guzzanti pubblicate il 30 novembre 2006 dal Corriere della Sera emergerebbe che le indagini di Guzzanti erano volte a dimostrare che Romano Prodi e il leader dei Verdi Alfonso Pecoraro Scanio sarebbero agenti del Kgb e che il presidente della Regione Campania Antonio Bassolino avrebbe assegnato appalti a presunte "cooperative rosse" legate alla camorra.

Dal 2003 al 2006 ha lavorato per la Commissione Mitrokhin, investigando sulle attività del KGB in Italia durante la Guerra fredda. Secondo le ricostruzioni effettuate dal Sole 24 ore, Scaramella sarebbe stato proposto alla commissione da un magistrato che collaborava con questa, Lorenzo Matassa, che lo aveva conosciuto nel 2002 durante un incontro organizzato dal consulente presso il Centro Italiano Ricerche Aerospaziali. Matassa ricordava di aver appreso in quell'occasione di possibili contatti tra Scaramella e membri delle istituzioni russe e di aver quindi pensato a lui quando, durante i lavori della commissione, si era reso necessario ottenere la sentenza di condanna per tradimento prodotta dalle autorità sovietiche relativa a Mitrokin. Matassa ha comunque confermato che la decisione di affidare l'incarico a Scaramella fu data all'unanimità da tutti i membri della commissione.

Nel 2006 diversi giornali italiani hanno pubblicato delle intercettazioni telefoniche tra il presidente della commissione, il senatore di Forza Italia Paolo Guzzanti, e Mario Scaramella (il 30 novembre 2006 sul Corriere della Sera e il 1º dicembre sul quotidiano l'Unità). Nelle intercettazioni Guzzanti lasciava intendere che il vero intento della Commissione Mitrokhin era sostenere l'ipotesi per cui Prodi sarebbe stato un "agente" finanziato (o comunque manipolato) da Mosca e dal KGB. Secondo l'opposizione (che ha presentato una propria relazione di minoranza) tale ipotesi era falsa, e lo scopo della commissione sarebbe stato quindi quello di screditarlo. Scaramella, sempre secondo le intercettazioni, aveva il compito di raccogliere testimonianze tra alcuni ex-agenti del servizio segreto sovietico rifugiati in Europa per supportare queste accuse.

La Commissione Mitrokhin è stata chiusa nel 2006 con una relazione di maggioranza ed una di minoranza, senza giungere a conclusioni condivise. Il colonnello ex-agente del KGB Oleg Gordievskij, "fonte" di Scaramella, ha confermato, in una intervista rilasciata al programma televisivo La storia siamo noi del dicembre 2006, le accuse rivolte a Scaramella circa la produzione di falso materiale relativo a Romano Prodi ed agli altri politici italiani e ne ha sottolineato la scarsa attendibilità.

Nel 2008, in occasione della presentazione di un dossier al ministro della Giustizia, il deputato Enzo Raisi (PDL) dichiarò che Scaramella era consulente del presidente Guzzanti e non della Commissione.

Inchieste e procedimenti giudiziari Alla vigilia di Natale del 2006, Scaramella è stato arrestato dalla DIGOS a Napoli con l'accusa di traffico internazionale d'armi e violazione del segreto d'ufficio. Il 27 dicembre 2006 Scaramella è stato sottoposto per sei ore ad interrogatorio di garanzia dal sostituto procuratore di Roma, Pietro Saviotti. È stato scarcerato nel febbraio 2008, dopo aver patteggiato una condanna a 4 anni di carcere, parzialmente coperta dall'indulto.

È stato indagato da parte della procura di Roma per traffico illegale di armi.Replica di Scaramella nell'intervista Inoltre, per l'uso fatto delle informazioni raccolte su Prodi e sugli altri esponenti del centro-sinistra (tra cui Alfonso Pecoraro Scanio e Antonio Bassolino), nel novembre 2006 la stessa Procura di Roma ha deciso di indagare Scaramella anche per violazione del segreto d'ufficio e calunnia.

Mario Scaramella è poi indagato anche nell'ambito di un'inchiesta condotta dalla Procura di Napoli per reati ambientali, legata ad irregolare smaltimento di rifiuti, per la quale ha ricevuto una informazione di garanzia. Nell'ambito di tale inchiesta e su disposizione della Procura del capoluogo partenopeo il 5 dicembre 2006, sono stati apposti dalla Polizia Provinciale sigilli alla ECPP ed effettuate perquisizioni nell'abitazione e negli uffici dell'ex consulente della Commissione Mitrokhin.