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La terza stagione della serie televisiva Bones è stata trasmessa in prima visione negli Stati Uniti d'America da Fox dal 25 settembre 2007 al 19 maggio 2008.

In Italia è stata trasmessa in prima visione satellitare da Fox Life dal 15 dicembre 2008 al 19 gennaio 2009, mentre in chiaro è stata trasmessa da Rete 4 dal 28 novembre 2009 al 9 gennaio 2010.

nº Titolo originale Titolo italiano Prima TV USAPrima TV Italia 1 Widow's Son in the Windshield Un collega insostituibile 25 settembre 2007 15 dicembre 2008 2 Soccer Mom in the Mini-Van Un mondo più giusto 2 ottobre 2007 3 Death In the Saddle Amore sbagliato 9 ottobre 2007 22 dicembre 2008 4 The Secret in the Soil Il segreto del suolo 23 ottobre 2007 5 Mummy in the Maze La mummia nel Labirinto 30 ottobre 2007 29 dicembre 2008 6 Intern in the Incinerator Chiunque ma non uno di noi 6 novembre 2007 7 Boy in the Time Capsule Il ragazzo nella Capsula del Tempo 13 novembre 2007 8 The Knight on the Grid I Cavalieri di Colombo 20 novembre 2007 5 gennaio 2009 9 The Santa in the Slush Un Babbo Natale insanguinato 27 novembre 2007 10 The Man in the Mud L'uomo nel fango 14 aprile 2008 11 Player Under Pressure Lo sport fa male 21 aprile 2008 12 gennaio 2009 12 Baby in the Bough Ricominciare da un ponte 28 aprile 2008 13 The Verdict in the Story L'uomo nero 5 maggio 2008 19 gennaio 2009 14 The Wannabe in the Weeds Voglia di cantare 12 maggio 2008 15 The Pain in the Heart L'ultimo discepolo 19 maggio 2008

Un collega insostituibile Titolo originale: Widow's Son in the Windshield Diretto da: Ian Toynton Scritto da: Hart Hanson Trama Un teschio viene lanciato da un cavalcavia e si schianta sul parabrezza di un'auto: Booth convince Bones a tornare a investigare sul campo con lui, visto che da tre mesi rimaneva chiusa in laboratorio per coprire i turni di Zack, partito per l'Iraq, che lei non riesce a sostituire. Cam e Bones scoprono che sul teschio ci sono tracce di denti, il che significa che l'assassino è un cannibale. Intanto Jack e Angela assumono un investigatore privato per scoprire chi è il marito di Angela, così che lei possa divorziare e sposarsi con Jack. A sorpresa di tutti Zack torna improvvisamente dall'Iraq, giusto in tempo per fornire una prova cruciale per la risoluzione del caso. Grazie alle teorie di Zack si scopre che il cannibale fa parte di un gruppo segreto fondato anni prima per combattere società segrete come la Massoneria e la Carboneria; la squadra però arriva solo all'assistente del cannibale.

Ascolti USA: telespettatori Ascolti Italia:Si riferiscono alla messa in onda in chiaro. telespettatori - share 5,39%

Un mondo più giusto Titolo originale: Soccer Mom in the Mini-Van Diretto da: Allan Kroeker Scritto da: Elizabeth Benjamin Trama Una donna di nome June salta in aria con il suo furgoncino e Bones e Booth vengono chiamati ad indagare: si scopre che la donna, apparentemente buona moglie e madre di famiglia, era in realtà una ricercata dell'FBI perché faceva parte di un gruppo estremista degli anni settanta e che il suo vero nome era Amy Nash. Le prove indicano che era intenzionata a costituirsi ma qualcuno voleva evitare che lo facesse. Intanto Bones va a trovare suo padre.

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Amore sbagliato Titolo originale: Death in the Saddle Diretto da: Craig Ross, Jr. Scritto da: Josh Berman Trama Dopo la scoperta in una foresta di un corpo decomposto con i piedi amputati e le braccia legate, il team è chiamato a svolgere le indagini sull'omicidio. Si scopre che l'uomo si recava in un ritrovo per feticisti con fantasie erotiche riguardanti i cavalli ed era stato ucciso con un coltello per la pulizia degli zoccoli. Sua moglie l'aveva scoperto con un'altra donna, la sua cavallerizza, appena prima che lui morisse ed entrambe diventano sospettate di omicidio, così come l'ex-marito dell'amante e un macellaio anch'egli frequentatore del ritrovo. Nel frattempo Angela tenta di ricordare, attraverso l'ipnosi, il nome di suo marito, di cui ricorda solo il soprannome Birambau. Angela deve ritrovarlo per divorziare e potersi finalmente sposare con Hodgins. Sebbene la seduta ipnotica non funzioni, alla fine Angela riesce a ricordare il nome: Grayson Barasa.

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Il segreto del suolo Titolo originale: The Secret in the Soil Diretto da: Steven DePaul Scritto da: Karine Rosenthal Trama Viene trovato il cadavere di un uomo bruciato e ancora caldo; Bones, Booth e Cam vengono chiamati sulla scena del crimine. La squadra identifica il cadavere come un famoso imprenditore che possedeva una famosa catena di supermercati che vendeva solo prodotti biologici. La vittima aveva molti nemici perché costringeva gli agricoltori locali a convertire i loro prodotti in biologici ricattandoli. Si scopre anche che la vittima, sposata e con una figlia, aveva avuto molte relazioni in passato e che al momento sembrava averne un'altra e viene trovato anche il cadavere di questa donna. Alla fine si scopre che questa donna, Emma, in realtà era un'altra figlia avuta da una precedente relazione, di cui la vittima si prendeva cura. Ad uccidere Emma è stata la figlia, perché pensava fosse l'amante e voleva proteggere la felicità della madre mentre a uccidere il padre della ragazza è stato il fidanzato della figlia, ritenendolo un idiota per avere fatto soffrire sua moglie e sua figlia.

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La mummia nel labirinto Titolo originale: Mummy in the Maze Diretto da: Marita Grabiak Scritto da: Scott Williams Trama Mentre al Jeffersonian tutti si preparano alla grande festa di Halloween, due corpi mummificati vengono ritrovati in due tipiche attrazioni di Halloween: i corpi si rivelano appartenere a due giovani ragazze rapite qualche tempo prima. La squadra si rende conto di avere a che fare con un assassino seriale che prima di uccidere le sue vittime usa le loro più grandi paure per spaventarle a morte e quando scoprono che un'altra ragazza è stata rapita inizia una corsa contro il tempo per salvarle la vita. Bones e Booth, travestiti da Scienziato Secchione e Wonder Woman, trovano la ragazza chiusa in una stanza piena di serpenti e per salvarla Bones è costretta ad affrontare la sua paura per questi animali. Booth segue il killer in una fogna e quando sta per sparare a Bones e alla ragazza Booth deve combattere la sua paura dei clown, visto che il killer è travestito così, per salvare la vita a Bones.

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Chiunque ma non uno di noi Titolo originale: Intern in the Incinerator Diretto da: Jeff Woolnough Scritto da: Christopher Ambrose Trama I resti di un'impiegata del Jeffersonian, figlia di un famoso scienziato ex insegnante di Bones, vengono ritrovati nell'inceneritore dell'edificio, costringendo la squadra a indagare sui colleghi del museo. All'inizio si pensa che la ragazza sia stata uccisa poiché lavorava nell'équipe che si occupa della autenticazione dei reperti dove si trovano anche i reperti ritrovati nel deposito dei Gormogon, Angela però sa che la ragazza aveva una relazione clandestina con un collega sposato. Intanto Booth fa un favore a Cam fingendo di essere ancora il suo fidanzato durante il compleanno del padre di lei, ma quando la sorella di Cam lo bacia le cose si complicano.

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Il ragazzo nella capsula del tempo Titolo originale: Boy in the Time Capsule Diretto da: Chad Lowe Scritto da: Janet Lin Trama Durante la cerimonia di apertura della "capsula del tempo" del 1987 presso un liceo, dove sono presenti gli ex studenti per la rimpatriata scolastica del loro anno, viene rinvenuto un cadavere sigillato nella capsula stessa. Bones e Booth scoprono che la vittima era un ragazzo di diciotto anni molto intelligente ma socialmente emarginato, il cui unico amico era un altro studente intelligente e bistrattato, ora bidello della scuola. Bones e Booth cercano nel passato del ragazzo, di cui i genitori non hanno mai denunciato la scomparsa, mentre Jack e Angela scoprono alcuni oggetti non censiti nella capsula: un floppy disk e un orologio d'argento, evidentemente della vittima (o dell'assassino). Il floppy disk contiene un videogioco ideato dalla vittima, decisamente all'avanguardia per l'epoca, con il quale negli anni ottanta avrebbe potuto fare un sacco di soldi, mentre l'orologio è un cimelio decisamente costoso in cui era occultata della droga. Si viene a sapere, inoltre, che il ragazzo dava ripetizioni di matematica ad una cheerleader e Bones intuisce che il figlio della donna non è del marito (fidanzato ufficiale della donna al liceo) ma della vittima, aggiungendo quindi un altro sospettato alla lista. La donna però afferma di non aver mai detto la verità al marito e l'uomo sembra davvero incredulo e arrabbiato alla rivelazione. Grazie all'aiuto dello psicologo dell'FBI, viene suggerito come possibile colpevole una persona che abbia deciso di auto punirsi rinunciando ai propri sogni professionali. I sospetti convergono quindi sull'amico di liceo della vittima, che durante l'interrogatorio confessa di aver ucciso Roger durante un litigio. Bones e Booth si confrontano sui rispettivi aneddoti del liceo e Bones sfida Booth, che era un giocatore di football molto in vista e pieno di ragazze, a trovare un ricordo realmente imbarazzante.

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I Cavalieri di Colombo Titolo originale: The Knight on the Grid Diretto da: Dwight H. Little Scritto da: Noah Hawley Trama Viene trovato un cadavere a cui mancano le rotule e Bones e Booth pensano subito ai Gormogon; le rotule vengono poi spedite a casa di Bones. Intanto al Jeffersonian si scopre che i Gormogon usano uno schema per scegliere le vittime, basato sulle carte dei tarocchi; la squadra arriva così a chi dovrebbe essere la prossima vittima, cioè un Cavaliere di Colombo, un'associazione segreta di corruttori politici. Con l'aiuto di Zack si scopre che una statua ritrovata nel deposito è in realtà una telecamera nascosta, quindi i Gormogon hanno potuto seguire tutte le mosse di Bones e di Booth. Sfruttando il fatto a loro vantaggio, Bones e Booth fanno credere ai Gormogon che stanno per trasferire lo scheletro d'argento, aspettando che vengano a riprenderselo. I due seguono una moto nera con un taxi ma è solo un tranello; il ragazzo sulla moto lancia uno zaino contenente una bomba, le cui schegge sono dei denti che esplodendo feriscono Bones e Booth. Il killer scappa un'altra volta ma grazie ai denti ritrovati si riesce a capire chi fosse il maestro dell'attuale Gormogon: un vecchio malato della malattia di Alzheimer. Il cavaliere di Colombo muore ucciso da uno sconosciuto.

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Un Babbo Natale insanguinato Titolo originale: The Santa in the Slush Diretto da: Jeff Woolnough Scritto da: Elizabeth Benjamin e Scott Williams Trama