Negli anni cinquanta progetta in Sardegna i villaggi di Masone Pardu, Olia Speciosa, Tottubella e Uccari.
Negli anni sessanta assume la direzione dell'Istituto di Architettura Tecnica (ora Dipartimento di Architettura e Pianificazione Territoriale) dell'Università di Bologna, succedendo al maestro Giovanni Michelucci.
Lavora ai piani regolatori di Pisa, Lucca, Sassari, Firenze e Bologna.
thumb|upright=1.4|Fernando Clemente: "Grattacielo Nuovo" (1960-5), Sassari
Tra il 1975 e il 1995 è prima Direttore dell'Istituto di Urbanistica della Facoltà di Ingegneria di Cagliari e successivamente Direttore del Dipartimento di Ingegneria del Territorio dell'Università di Cagliari.
Nel 2004 prende il suo nome la Biblioteca della Facoltà di Architettura di Alghero, dell'Università degli Studi di Sassari.
Nel 2010 la sezione sarda dell'Istituto Nazionale di Urbanistica (I.N.U.) gli intitola un premio per tesi di laurea in materia di pianificazione territoriale ed urbanistica della Sardegna.
Opere principali 1952-1965, Grattacielo vecchio e Grattacielo nuovo, Sassari Quartiere di Latte Dolce, Sassari, con Enrico Mandolesi e Mario Fiorentino 1965, Chiesa parrocchiale del Rione del Latte Dolce in collaborazione con l'Arch. Maria Geltrude Sirca 1965, Cliniche chirurgiche dell'Università di Sassari, comunemente chiamate Palazzo Clemente 1967, Facoltà di Agraria dell'Università di Sassari, Sassari, in collaborazione con l'Arch. Maria Geltrude Sirca 1966, Facoltà di Veterinaria di Parma 1969, Casa dello Studente di Parma, in collaborazione con l'Arch. Maria Geltrude Sirca 1976-1977, Chiesa parrocchiale del S.S. Crocifisso di Cagliari, in collaborazione con l'Arch. Maria Geltrude Sirca 1986-1990, Ristrutturazione del palazzo di Giustizia di Ancona, con Guido Canella e Alberto Sandroni 1990-1997, Restauro della Chiesa di San Michele di Alghero
Pubblicazioni principali Clemente Fernando, La pianificazione territoriale in Sardegna. Gallizzi, Sassari 1964. Clemente, Fernando, Un'esperienza di prefabbricazione pesante nell'edilizia. Gallizzi, Sassari 1965. Clemente Fernando (a cura di), Pianificazione del territorio e sistema informativo. Franco Angeli, Milano 1984. Clemente Fernando (a cura di), Cultura del paesaggio e metodi del territorio. Janus, Cagliari 1987.
Bibliografia Lucchini M., L'identità molteplice. Architettura contemporanea in Sardegna dal 1930 al 2008, Aìsara editore, Cagliari 2009. Zoppi C., Alcune riflessioni sull'opera di Fernando Clemente nel quadro recente della pianificazione del territorio in Sardegna, in Etica e pianificazione spaziale. Scritti in onore di Fernando Clemente, Franco Angeli, Milano 2000, pp. 364–382. Clemente F., “La pianificazione ambientale complessiva come funzione permanente del territorio” in Maciocco G., Deplano G., Marchi G. (a cura di), Etica e pianificazione spaziale – scritti in onore di Fernando Clemente, FrancoAngeli, Milano, 2000
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