Biografia Non si sa con certezza della nascita di Samuel de Champlain: sarebbe nato nel 1567 o nel 1570 o forse anche dopo. Non si sa nemmeno se fosse stato battezzato nella religione cattolica o in quella protestante. Dopo il suo contratto di matrimonio si sa che era figlio di Antoine de Champlain e di Merguerite Le Roy.
Prima del 1603 Champlain faceva il disegnatore e il cartografo, prese parte alle guerre di religione contro la Lega Cattolica, accompagnò lo zio a Cadice a bordo della nave Saint-Julien e, sempre a bordo della Saint-Julien, intraprese un viaggio nei Caraibi.
Primo viaggio (1603) Nel 1603 Champlain venne invitato da Aymar de Chaste, titolare del monopolio commerciale della Nuova Francia, a seguire François Gravé Du Pont. Quindi il 15 marzo 1603 Champlain salì a bordo della nave Bonne-Renommée a Honfleur come semplice passeggero. Il 26 maggio dello stesso anno le navi di Gravé Du Pont arrivarono a Tadoussac (nelle vicinanze dell'attuale città di Québec). Champlain assistette a una festa degli algonchini nella quale le donne danzavano nude e gli uomini facevano gare di corsa. Champlain prese nota delle tradizioni amerindiane; diede anche qualche lezione di religione ai nativi. Champlain si fece descrivere dagli indiani il bacino idrografico e venne a sapere dell'esistenza di un mare salato a nord, pensando che fosse il cosiddetto "mare asiatico". Il 18 giugno le navi di Grave Du Pont iniziarono a risalire il fiume San Lorenzo. Champlain non scoprì niente di nuovo, poiché un altro cartografo aveva dato alla zona già una buona descrizione. Passando a Québec, Champlain mostrò poco interesse, notando solamente che se la terra fosse coltivata, sarebbe stata buona come quella francese. A Trois-Rivières vide un posto adatto per una "habitation", soprattutto come protezione per il commercio delle pellicce. Risalì il fiume Richelieu fino alle rapide di Saint-Ours e ottenne dagli indiani una descrizione dettagliata della parte alta del fiume. Non più fortunato di Jacques Cartier, venne bloccato nelle rapide di Hochelaga. Interrogando gli indiani, Champlain ricostruì in modo sorprendente la descrizione geografica dei Grandi Laghi, comprese le cascate del Niagara, con misure che si avvicinavano alla realtà, ma era ancora convinto che il "mare d'Asia" non fosse stato lontano. Ritornato a Tadoussac l'11 luglio, si imbarcò con Grave Du Pont verso la penisola Gaspé dove soggiorno dal 15 al 19 luglio - giorni di tranquillità con i quali riuscì ad ottenere una nozione generale della regione. Sentì parlare dell'Acadia dove sperava di trovare la via per l'Asia e delle miniere che Jean Sarcel de Prévert stava cercando. Champlain fu affascinato da queste due possibilità, cioè la via per l'Asia e le miniere, molto di più dell'esplorazione del San Lorenzo. Le navi di Gravé Du Pont ritornarono in Francia a settembre.
Secondo viaggio (1604-1607) Tornato in Francia, venne a sapere che Chaste era morto. Presentò a re Enrico IV una carta dettagliata del San Lorenzo. Parlò al re di cosa aveva visto e pubblicò la sua relazione Des Sauvages. Invitato dal protestante Pierre Dugua de Mons, il successore di Chaste, e autorizzato da Enrico IV, Champlain si imbarcò nuovamente nel marzo 1604. Arrivò a Port-au-Mouton, nel litorale est dell'Acadia, agli inizi di maggio. De Mons incaricò Champlain di scegliere una base temporanea per la colonia, fino a quando non si fosse trovato un sito con le migliori condizioni. Dunque Champlain partì il 19 maggio, girò il Cap de Sable, entrò nella baia Sainte-Marie dove scelse un posto per la nave principale, notò alcune miniere e aggiunse nuovi toponimi. Rientrò a Port-au-Mouton dopo tre settimane di viaggio. De Mons mise al sicuro le sue navi nella Baie Sainte-Marie e partirono in barca per esplorare la Baie Française (oggi conosciuta come Baia di Fundy). Visitarono anche una baia a cui Champlain diede il nome di Port Royal (oggi Annapolis Royal) andarono fino in fondo alla Baia di Fundy per cercare le miniere di Prévert ed esaminarono le foci del fiume Saint John, poi si fermarono temporaneamente all'isola Saint-Croix (oggi Dochet island). De Mons scelse di fare casette separate; Champlain dimorò insieme a d'Orville e a Pierre Angibault detto Champdoré.
Prima dell'inverno, Champlain si diede nuovamente all'esplorazione. Dopo aver cercato le miniere nella Baia di Fundy, ridiscese il litorale acadiano per cercare una dimora permanente. Entrò nel fiume Penobscot e tentò di raggiungere il Kennebec senza poter passare il Pemaquid. In questo viaggio di un mese percorse circa 150 miglia e penetrò per circa 50 miglia dentro il Penobscot. Non fu il primo europeo a penetrare in questa regione, ma ne diede una descrizione precisa. Al ritorno era piuttosto deluso di ciò che aveva visto.
La sosta a Sainte-Croix nell'inverno 1604-05 fu disastrosa a causa dello scorbuto e dell'eccezionale rigore dell'inverno. In primavera, dopo aver ricevuto nuovi rifornimenti da Grave Du Pont, de Mons si mise alla ricerca di una regione con clima migliore e con lui, il 17 giugno 1605, Champlain riprese la via del sud. Il 1º luglio riuscirono a penetrare nella regione del fiume Kennebec e continuarono verso sud, passando per diverse località del litorale, come baie des Sept-Îles (Casco Bay), baie de Chouacouët (Saco Bay), Cap-aux-Îles (Cape Ann), baie des Îles (Boston Bay), port Saint-Louis (Plymouth Bay) e cap Blanc (Cape Cod). De Mons si fermò a Mallebarre (Nauset Harbour). De Mons volle far ritorno a Sainte-Croix senza aver trovato uno sito ideale per la colonia dopo un viaggio di oltre quattrocento miglia, tuttavia Champlain diede un'accurata descrizione di questi territori che pochi decenni dopo verranno conosciuti come Nuova Inghilterra.
Aspettando di trovare un posto più favorevole, de Mons portò la sua colonia a Port-Royal. A Port-Royal il ruolo di Champlain era ancora quello di semplice osservatore. Prima dell'inverno, Champlain ripartì, senza successo, alla ricerca di miniere. L'inverno del 1605-06 fu un pochino meno duro per la colonia, benché si diffuse ancora lo scorbuto. Durante l'estate 1606 Jean de Biencourt de Poutrincourt portò un nuovo contingente di coloni, tra cui l'avvocato Marc Lescarbot e il farmacista Louis Hébert e rimpiazzò al comando Gravé Du Pont (nel frattempo de Monts era tornato in Francia). Nel settembre 1606 Poutrincourt tentò di cercare un nuovo sito per la colonia. Champlain accompagnò Poutrincourt, ma la spedizione fu fallimentare.
Champlain passò il terzo inverno in Canada. L'inverno 1606-07 fu positivo per la colonia. Nel maggio 1607 arrivò la notizia che il privilegio era revocato, così de Mons ordinò alla colonia di ritornare in Francia. Prima di partire, Champlain tornò alla Baia di Fundy per cercare le miniere, ma non trova alcuna pepita. L'11 agosto 1607 Champlain si imbarcò per Canseau e ne approfittò per fare una mappa dettagliata della costa. Alla fine del 1607, grazie a Champlain, tutta la costa nordorientale fu mappata con toponimi francesi. Gli inglesi, che stavano esplorando questi territori, non fecero nulla di comparabile a Champlain.
Terzo viaggio (1608-1609) Ritornato per un breve periodo in Francia, il 13 aprile 1608 Champlain partì per la terza volta in direzione del Nordamerica. Questa volta non partì come semplice cartografo, ma con l'incarico di luogotenente per conto di de Mons. Arrivò il 3 giugno a Tadoussac. A bordo di una barca risalì il San Lorenzo per fondare un abitato alla pointe de Québec. Québec iniziava allora la sua storia.
Qualche giorno dopo Champlain riuscì a scappare a un complotto ordito da Jean Duval. Per provare la terra, Champlain seminò del grano e della segale, piantò delle vigne e fece del giardinaggio. Come il primo inverno in Acadia, il primo inverno a Québec ben 16 coloni su 25 morirono di scorbuto tra cui anche il chirurgo Bonnerme. Nella primavera del 1609 Champlain ricevette nuovi rifornimenti da Gravé Du Pont. Il 28 giugno 1609 partì per scoprire il Pays des Iroquois. Insieme a Champlain partirono due francesi e alcuni nativi delle nazioni Huroni, Montagnais e Algonchini.
La sera del 29 luglio 1609 a Ticonderoga (attuale Crown Point) il gruppo si trovò di fronte agli Irochesi. Il giorno dopo iniziò la battaglia: Champlain uccise due capi nemici con il suo archibugio. Un altro sparo nel bosco provocò il panico tra gli Irochesi. Champlain prese parte a delle operazioni militari, seppur modeste, in Nuova Francia. Sebbene non fosse responsabile del lungo conflitto franco-irochese che nei decenni successivi dilaniò Québec, consolidò il prestigio dei francesi. Con il suo viaggio di esplorazione, Champlain allargò la mappa della Nuova Francia e aprì una via che divenne strategica per gli europei nei successivi due secoli. A settembre discese verso sud e incontrò Henry Hudson.
Dopo la sua vittoria, Champlain lasciò il comando a Pierre Chauvin de La Pierre e rientrò in Francia con Gravé du Pont. Il 13 ottobre 1609 era a Honfleur dove fece rapporto a de Mons e al re. Senza riuscire a rinnovare il suo monopolio, de Monts si mise in società con alcuni mercanti di Rouen i quali furono convinti di sostenere la colonia di Québec, ma a condizione che servisse da emporio per la tratta delle pellicce.
Quarto viaggio (1610) L'8 aprile 1610 Champlain si imbarcò nuovamente per il Canada insieme ad alcuni mercanti. Arrivò a Québec il 28 aprile. Gli alleati amerindiani stavano aspettando un'altra spedizione militare contro gli Irochesi. Champlain diresse l'attacco, ma venne ferito all'orecchio da una freccia. Gli Irochesi fuggirono e la battaglia fu vinta. Dopo il combattimento, Champlain affidò al capo algonchino un giovane francese, Étienne Brûlé, per apprendere la lingua. Come controparte, Champlain accettò come ostaggio l'indiano Savignon, il quale voleva vedere la Francia. Quell'anno Champlain venne a sapere che la tratta delle pellicce era stata rovinosa per gli investitori e che il re venne assassinato. In questa triste congiuntura Champlain lascio Québec l'8 agosto 1610 e si imbarcò verso la Francia. Il 27 settembre dello stesso anno era a Honfleur.
Il 27 dicembre 1610 Champlain firmò un contratto di matrimonio con Hélène Boullé, una ragazzina di appena dodici anni. A causa della giovanissima età della ragazza, il matrimonio sarebbe diventato effettivo solo dopo due anni. La cerimonia nuziale avvenne nella chiesa parigina di Saint-Germain-l’Auxerrois il 30 dicembre 1610. La dote della giovane moglie, 4500 livres, servì a Champlain per continuare le sue imprese.
Quinto viaggio (1611) Il 1º marzo 1611 Champlain riprese il mare e arrivò a Québec il 21 maggio. Obbligato di abbandonare l'esplorazione del fiume San Maurizio, si recò alle cascate Lachine. Aspettando i nativi con le pellicce, sbarcò nel luogo dove trentuno anni dopo sorse la città di Montréal. Il 13 giugno arrivarono alcuni indiani provenienti dalle regioni interne. Insieme a loro affrontò le rapide in canoa. Brûlé era l'unico europeo ad aver fatto questa impresa prima di Champlain. Ritornò poi a Québec per fare alcune riparazioni e si imbarcò nuovamente per la Francia. Arrivò a La Rochelle il 10 settembre 1611.
Intanto i soci di de Mons non volevano più sostenere l'impresa. Champlain redasse delle memorie, pubblicò una mappa e supplicò aiuto al re di intervenire. L'8 ottobre 1612 Luigi XIII nominò Charles de Bourbon luogotenente generale, il quale scelse a sua volta Champlain come luogotenente per continuare l'opera a Québec. Champlain ricevette il potere di comandare al posto del luogotenente generale e aveva ampi poteri. Poco dopo morì Charles de Bourbon, il re trasmise l'incarico a Henri de Bourbon, il quale confermò nuovamente Champlain nelle sue funzioni. Champlain diventò in sostanza il luogotenente del viceré; si era fatto dei nemici, ma questa opposizione venne fermata grazie all'intervento del re. Poco dopo fece pubblicare i suoi Voyages tra il 1604 e il 1612. Il privilegio è datato il 9 gennaio 1613.