La storia di Marino nel Medioevo inizia con l'esistenza del castello, che fu dominato a turno dai Conti di Tuscolo, dai Frangipane, dagli Orsini, dai Caetani, dalla Camera Apostolica e infine dai Colonna. Per tutto il periodo medioevale, il castello ebbe un'importanza strategica sempre crescente, grazie alla sua posizione sulla via postale per Napoli ed alla sua natura di avamposto sull'Agro Romano: così Marino in questo periodo storico fu teatro di numerosi assedi (1267, 1347, 1379, 1385, 1405, 1408, 1413, 1482), distruzioni (1501) e della battaglia di Marino (1379). Nel territorio gli unici insediamenti furono castelli e fortificazioni per il controllo del territorio, come Castel de' Paolis, Castelluccia, Palaverta, Torre Messer Paoli, Tor Leonardo: di contro scomparvero quasi senza lasciar traccia antichi insediamenti come Bovillae e Castrimoenium.

Il castello di Marino conobbe un certo sviluppo demografico ed economico: riscontrabile sia dall'andamento della crescita della cerchia muraria sia dalle tasse sul sale. Dal punto di vista artistico, nel Duecento la feudataria Giacoma de Settesoli finanziò la ricostruzione della chiesa di Santa Lucia, tra i rari esempi di architettura gotica sui Colli Albani: nello stesso periodo l'influenza francescana determinò la nascita della confraternita del Gonfalone di Marino, prima al mondo con questa denominazione. Nel periodo medioevale iniziò anche la venerazione del santuario di Santa Maria dell'Acquasanta.

L'alto Medioevo Dalla caduta dell'Impero romano al IX secolo

La caduta dell'Impero romano d'Occidente (476) trovò l'antico municipium latino di Bovillae, un tempo frequentata località di attraversamento lungo la via Appia Antica situata in prossimità delle attuali frazioni di Due Santi e Frattocchie, già in avanzato stato di decadenza: se già Marco Tullio Cicerone ebbe a dire che nel I secolo a.C. difficilmente si riusciva a trovare qualcuno che rappresentasse Bovillae alle riunioni della Lega Latina,. l'assenza di menzioni classiche del luogo posteriori al I secolo lascia supporre una decadenza abbastanza precoce della città. Inoltre l'abbandono della via Appia a causa dell'impaludamento costante nell'area dell'Agro Pontino, fenomeno contro il quale intervenne per l'ultima volta Teodorico il Grande nel VI secolo, segnò il pressoché totale abbandono della zona: nel 1024 una grotta o cripta di "Buella" era probabilmente l'unico ricordo dell'antica città latina ancora esistente..

Ormai è pacificamente accertato che l'evangelizzazione dell'area albana e tuscolana è stata molto antica ed è stata probabilmente condotta personalmente da san Pietro apostolo e san Paolo di Tarso... Se il passaggio nel territorio marinese dell'"apostolo delle genti" è attestato dagli Atti degli Apostoli, che descrivono l'itinerario del viaggio della prigionia paolino lungo la via Appia, per quanto riguarda la presenza del "principe degli apostoli" la tradizione afferma che nella vicina Ariccia si svolse l'episodio narrato dagli Atti degli Apostoli dello scontro tra san Pietro e Simon Mago.. Del resto, diversi toponimi medioevali nella zona facevano riferimento ai due apostoli: dalle "sella Petri" e "prata Pauli" menzionate nel VII secolo come dipendenze della "basilica Sancti Petri" situata presso l'attuale Grottaferrata al XII miglio della via Latina. ad una "massa Pauli ex corpore patrimonii Appiae" menzionata nell'VIII secolo lungo la via Castrimeniense, fino ad un "mons Paulelli" citato nel X secolo nel luogo dell'attuale Castel de' Paolis.

Una catacomba venne rinvenuta nel 1712. presso la frazione di Due Santi lungo la via Appia in prossimità del tratto iniziale dell'attuale strada statale 140 del Lago Albano, tuttavia venne immediatamente interrata. e ad oggi se ne è persa l'esatta ubicazione: è noto che vi fu rinvenuta un'epigrafe che faceva riferimento ad alcuni restauri intrapresi da un certo Crisogono, probabilmente il cardinale vescovo della diocesi suburbicaria di Albano all'inizio del VI secolo.. Altre memorie paleocristiane nel territorio marinese furono rinvenute nel 1787 presso Frattocchie, durante i lavori di allargamento e bonifica della via Appia Nuova: si trovarono resti di un oratorio cristiano, subito dispersi dal cantiere. Nello stesso sito nel 1869 furono rinvenuti altri resti dello stesso oratorio, riconducibili ai frammenti di un ciborio, ed anch'essi sono attualmente dati per dispersi. Alla fine degli anni novanta è stata rinvenuta al centro di Marino, sotto l'ex-chiesa di Santa Lucia, una cisterna romana riutilizzata in età cristiana come luogo di culto, come lasciano intendere i probabili gradini di un altare ed alcuni affreschi medioevali non databili..

La prima citazione di Marino potrebbe essere contenuta nel Liber Pontificalis: infatti una "possessio Marinas" del valore di 50 solidi risulta tra i numerosi beni nel territorio della diocesi albanense donati dall'imperatore Costantino I (306-337) alla basilica cattedrale di San Giovanni Battista in Albano Laziale sotto il pontificato di papa Silvestro I (314-335).

Comunque a partire dall'VIII secolo la Chiesa cattolica decise di prendere in mano il governo temporale del Lazio e, al fine di garantire l'approvvigionamento agricolo ed il controllo del territorio, istituì diversi patrimonia e domuscultae formati da massae e fundi: una massa era un "podere o insieme (più o meno unitariamente organizzato) di poderi appartenenti ad un signore feudale, ad un monastero, ad una chiesa o ad altra istituzione ecclesiastica o comunque ad un magnate"Salvatore Battaglia, Grande dizionario della lingua italiana, vol. IX (LIBE-MED), p. 885. o al limite "una tenuta con al più qualche casupola di contadini".. Nel territorio marinese si trovavano alcuni fondi distaccati appartenenti al patrimonium Appiae ed alle massae Marulis, il cui centro era situato probabilmente a Grottaferrata presso il XII miglio della via Latina, e Sulpiciana, che si estendeva lungo la via Nettunense da Frattocchie a Castel Savello presso Albano e che fu fondata da papa Adriano I..

IX, X ed XI secolo

Nell'agosto 846 l'Agro Romano fu devastato da un'incursione dei Saraceni, che arrivarono al punto di saccheggiare la basilica di San Pietro in Vaticano e la basilica di San Paolo fuori le mura, prima di ripiegare lungo la via Appia "tra indescrivibili guasti":. la distruzione di Albano. ed Ariccia. probabilmente spinse la popolazione a riparare in luoghi elevati più facilmente difendibili, come il sito dell'attuale centro storico di Marino. I papi reagirono alle incursioni saracene fortificando alcuni punti strategici della città e della campagna (la "città leonina" attorno al colle Vaticano, "Giovannipoli" attorno alla basilica di San Paolo fuori le mura e "Gregoriopoli" a Ostia Antica), anche perché i maomettani tornarono all'assalto nell'876. e si fortificarono presso Minturno sul fiume Garigliano saccheggiando le regioni circostanti ed installandosi in località appenniniche come Ciciliano e Saracinesco. finché non furono sconfitti ed espulsi da un'armata confederata cristiana nel 916..

Lo studioso Gaetano Moroni ipotizza origini marinesi per la famiglia baronale romana dei Crescenzi,. che esercitò un potere incontrastato e tirannico su Roma e sul papato tra il 965 ed il 1012, in un triste periodo segnato dalla pornocrazia e dal malcostume denominato non a caso "saeculum obscurum". Benché Ferdinand Gregorovius ammetta di non conoscere l'origine di questa famiglia,. il Moroni ricollega alla stessa un'epigrafe in lingua greca rinvenuta in località Monte Crescenzo riferita ad un certo Lucio Postumio Crescenzio, che avrebbe caso mai lasciato ancora oggi il proprio nome alla località..

Una bolla pontificia emanata da papa Agapito II nel 955 testimonia come la frazione di Castelluccia sulla via Nettunense fosse un possedimento agricolo dei monaci benedettini dell'abbazia di San Silvestro in Capite a Roma con il nome di "casalis Zizzinni", probabilmente derivante da un tale Sisinno fondatore del casale stesso... Tale stato di cose è confermato da un'altra bolla redatta da papa Giovanni XII del 962..

Nell'XI secolo Marino entrò nell'orbita della famiglia baronale romana dei Conti di Tuscolo,.. potente casata originaria che aveva la propria roccaforte presso la vicina Tusculum e che esercitò il proprio strapotere su Roma tra il 999 ed il 1179 attraverso il "papato di famiglia". L'egemonia tuscolana iniziò ad estendersi sui Colli Albani alla fine del X secolo, dato che nel 981 uno Stefano dei Conti di Tuscolo risulta già esercitare la propria signorìa su Ariccia e Velletri:. a Marino i tuscolani eressero probabilmente una prima rudimentale fortificazione, collocata nel sito dell'attuale Palazzo Colonna.Mara Montagnani, Il Palazzo Colonna di Marino, in Castelli Romani anno XL nº 2, pp. 43-44.

Papa Benedetto IX in una bolla del 1033 ratificò il possesso di numerosi fondi donati da suo padre Alberico dei Conti di Tuscolo contestualmente alla fondazione dell'abbazia di Santa Maria di Grottaferrata nel 1004:. tra questi fondi viene menzionato per la prima volta Castel de' Paolis..

Il basso Medioevo

La dominazione dei Frangipane (1090-1266)

Nel Chronicon Sublacense, la cronaca anonima del monastero benedettino del Sacro Speco di Subiaco, Marino viene citato nel 1090, e per la prima volta nella sua storia viene chiamato castello (castrum): nel passo si parla di un matrimonio tra le due figlie di Agapito dei Conti di Tuscolo e due esponenti della nuova nobiltà romana di estrazione borghese, Oddone Frangipane ed Annibaldo Annibaldi. Come dote, una figlia portò ai Frangipane i feudi di Marino, Rocca di Papa e Monte Compatri, l'altra invece diede agli Annibaldi i feudi di Rocca Priora, Monte Porzio Catone e Molara..Giuseppe Ciaffei, Profilo storico di Monte Compatri, p. 31.. A tutti gli effetti comunque questa informazione potrebbe essere falsa ed il passo del Chronicon interpolato successivamente, almeno secondo l'illustre opinione dello storico Giuseppe Tomassetti, allo scopo di dare una validità legale ad un'occupazione indebita dei predetti feudi eseguita manu militari dai Frangipane e dagli Annibaldi dopo la decadenza dei Conti di Tuscolo e la distruzione della loro roccaforte (1191)..

La prima citazione inattaccabilmente originale di Marino è contenuta in un atto notarile siglato a Roma il 16 maggio 1114 riguardante la vendita di un'abitazione al rione Trastevere di proprietà di un certo "Tedemarius abitatori territorii Campaniae in castro qui vocatur Marino". Nel 1122 papa Callisto II ordinò di captare a Roma in un canale a cielo aperto le acque provenienti da Squarciarelli attraverso la marana dell'Acqua Mariana, che confluisce con la marana delle Pietrare poco dopo la località Sassone: dopo gli interventi idraulici di età romana e prima degli interventi cinquecenteschi promossi da papa Paolo VVedi anche Acquedotti di Roma questo fu l'unico intervento di adduzione delle acque a Roma in età medioevale..