La storia di Marino nel XIX secolo iniziò durante il breve periodo di governo provvisorio napoletano seguito alla fine dell'esperienza della Repubblica Romana (1798-1799), e si svolse attraverso la restaurazione dello Stato della Chiesa (1800-1809); il periodo napoleonico (1809-1814), durante il quale il paese fu capoluogo di cantone dell'Impero francese; la Restaurazione dello Stato Pontificio (1814-1870), durante il quale Marino fu sede di Governo; e l'annessione al Regno d'Italia (1870), durante il quale la cittadina fu capoluogo di mandamento.
In questo periodo Marino acquistò il titolo di Città (1835); lo sviluppo tecnologico consentì l'efficientamento della produzione agricola ed in particolare vitivinicola, e la realizzazione di infrastrutture come strade e ferrovie sul territorio posero le premesse per la crescita esponenziale della popolazione del territorio comunale che si verificherà nel secolo successivo.
Il periodo napoleonico
Papa Pio VII rientrò a Roma nel luglio 1800, ponendo fine al governo provvisorio dell'esercito napoletano, che aveva riconquistato la città ai francesi alla fine di settembre del 1799. Il pontefice adottò una politica di acquiescenza verso il Primo Console francese Napoleone Bonaparte, avviata dalla trattato di Lunéville (1801) e culminata con la partecipazione del papa all'incoronazione di Napoleone Imperatore dei francesi a Parigi, il 2 dicembre 1804. Alcuni anni dopo, nel clima della Restaurazione, la celebre statua parlante di Roma, Pasquino, avrebbe commentato: "Ma, Santo Padre, in cosa abbiam peccato? Voi l'avete unto, e noi l'abbiam leccato!" Tuttavia, di fronte al rifiuto papale di partecipare al blocco continentale, i francesi invasero lo Stato della Chiesa ed il 17 maggio 1809 Roma fu annessa all'Impero francese, il potere temporale dei papi dichiarato decaduto, ed il governo del Lazio affidato ad una Consulta straordinaria per gli Stati romani.
Marino venne costituita capoluogo di cantone, che contava 6941 abitanti e comprendeva anche i comuni di Rocca di Papa e Rocca Priora ed il villaggio di Grottaferrata. Il primo Maire di Marino fu Giuseppe Carnevali, in seguito gli successe Silvestro Hipp. Il governo francese introdusse nei territori annessi il servizio militare, una novità poco gradita dai nuovi sudditi imperiali. Inoltre, gli istituti dell'Antico Regime furono stravolti: il feudalesimo venne abolito, gli ordini religiosi soppressi, rimandati alle loro case frati e suore e messi in vendita i beni ecclesiastici (con la significativa eccezione dell'abbazia di Grottaferrata). Nei locali del convento dei padri Agostiniani presso la chiesa di Santa Maria delle Grazie, preso in affitto dal tipografo romano Paolo Salviucci, apprese l'arte dell'incisione il giovanissimo Paolo Mercuri, che visse a Marino dal 1809 al 1813.Luigi Aversano, Paolo Mercuri incisore, Marino 1955. I sacerdoti furono costretti a prestare un giuramento di fedeltà all'Imperatore. L'abate parroco di Marino, Antonio Galbani, e sei canonici (Costantino De' Paoli, Vincenzo Del Frate, Vincenzo Zafetti, Giovanni Battista Zucchi, Giuliano Iozzi, Pietro Del Frate) furono considerati "preti refrattari", ed inviati al confino a Piacenza; il parroco Galbani, inizialmente esonerato dal confino per ragioni di età, fu incarcerato a Marino, poi a Castel Sant'Angelo, Civitavecchia e Corneto, e poté tornare nella sua parrocchia soltanto nel febbraio 1814, dopo la fine dell'occupazione napoleonica.Ugo Onorati, L'abate Galbani resiste a Napoleone, in Castelli Romani. Vicende - uomini - folclore, LII (XX n.s.), 4 (2012), pp. 108-111.
Il 29 luglio 1812 si verificò una rivolta popolare,c che vide la partecipazione di almeno una ventina di paesani marinesi e di Grottaferrata; in conseguenza della rivolta, vennero eseguite undici condanne a morte mediante fucilazione nella piazza del Duomo di Marino. Nove persone furono fucilate il 1° dicembre 1812 (i marinesi Andrea Vittori, di 22 anni; Gioacchino Giani, di 23 anni; Francesco Vinciguerra, di 22 anni; Gaspare Armani, di 22 anni; Barnaba Croce, di 28 anni; ed i grottaferratesi Giuseppe Roncaccia, di 24 anni, Domenico Roncaccia, di 42 anni, Biagio Caravelli, di 48 anni, Antonio Franciani, di 47 anni). Una decima persona ritenuta responsabile della rivolta, Giuseppe Giani, si era reso inizialmente latitante, e venne fucilato il 20 maggio 1813; altri quindici imputati furono assolti o condananti a pene detentive.
Dopo la disastrosa campagna di Russia, Napoleone fu sconfitto dagli eserciti della Sesta coalizione nella battaglia di Lipsia; il re di Napoli, Gioacchino Murat, approfittò della debolezza del cognato per avanzare verso nord nel resto d'Italia. Il Maire di Marino segnalò al sottoprefetto napoleonico che aveva sentito cantare "una canzone nella quale si nominava Gioacchino, contro li Francesi". Il 20 gennaio 1814, nel circondario di Velletri si insediò il governo provvisorio murattiano, che scacciò le autorità napoleoniche. Le ambizioni di Murat si rivelarono velleitarie: venne fucilato dalla guarnigione borbonica a Pizzo, in Calabria, il 13 ottobre 1815. Mentre Napoleone, sconfitto, veniva esiliato e prendeva possesso del principato dell'Isola d'Elba (4 maggio 1814), a Roma e nel Lazio veniva ripristinato il governo pontificio.
Da Pio VII a Leone XII (1814-1831)
Le potenze europee della Sesta coalizione che avevano sconfitto Napoleone restituirono Roma, il Lazio e l'Umbria al potere temporale dei papi: questi territori vennero chiamati "di prima recupera". Il 24 maggio 1814 papa Pio VII rientrò a Roma. Nell'estate 1815, il segretario di Stato, cardinale Ercole Consalvi, ottenne dal Congresso di Vienna la restituzione dei restanti territori dello Stato della Chiesa, la Romagna, le Marche e Pontecorvo, che furono chiamati "territori di seconda recupera". Pio VII ed il cardinale Consalvi ebbero l'accortezza di conservare alcune delle riforme introdotte durante l'esperienza napoleonica, tra cui l'abolizione del feudalesimo. Il 6 luglio 1816 fu emanato il motu proprio "Quando per ammirabile disposizione" sull'organizzazione amministrativa dello Stato Pontificio: mentre nei territori "di seconda recupera" la feudalità venne confermata abolita, nei territori di "prima recupera" il feudalesimo venne mantenuto, ma ponendo in capo ai feudatari obblighi tali da scoraggiare gli aristocratici a conservare i diritti feudali. Fu così che molti feudatari rinunciarono al dominio feudale, conservando la proprietà dei terreni e degli immobili. I "luoghi baronali" in tutto lo Stato della Chiesa si ridussero in pochi anni da 263 a 72.Domenico Scacchi, Alla ricerca di una regione, in AA.VV., Atlante storico-politico del Lazio, p. 103. Il 5 settembre 1816, il principe Filippo Colonna, ultimo Connestabile del regno di Napoli, rinunciò ai diritti feudali della sua famiglia su ventisette feudi,Mario Tosi, La società romana dalla feudalità al patriziato (1816-1853), Roma 1968, p. 17. tra cui Marino. Cessò quindi il dominio feudale dei Colonna su Marino, che era iniziato nel 1417 all'epoca di papa Martino IV. Marino fu aggregata al Governo di Albano fino al 1832.
Nell'ottobre 1814, papa Pio VII poté di nuovo fare la villeggiatura a Castel Gandolfo, per la prima volta dal 1805;Emilio Bonomelli, I papi in campagna, Roma 1953, p. 184. il 22 ottobre 1815 il papa visitò Marino, e così fece pure nel 1816 e nel 1817.
Massimo d'Azeglio soggiornò a Marino tra il 1821 ed il 1822, lasciando una vivace descrizione del paese.
L'archeologo Giuseppe Tambroni, avvalendosi dell'aiuto del cavalier Vincenzo Colonna, nel 1823 avviò alcuni scavi archeologici presso le frazioni di Frattocchie e Due Santi, ed individuò i resti dell'area monumentale dell'antica città di Bovillae: il ritrovamento più clamoroso fu quello del circo, uno dei più vasti di RomaGirolamo Torquati, Studi storico-archeologici sulla città e sul territorio di Marino, vol. I, cap. XX p. 190.. Gli scavi andarono avanti con ottimi esiti fino al 1825.Raimondo Del Nero, Bovillae - Storia e mito di un grande crocevia, p. 75.Girolamo Torquati, Studi storico-archeologici sulla città e sul territorio di Marino, vol. I, cap. XX p. 175.
Il pontificato di Gregorio XVI (1831-1846)
Papa Gregorio XVI, durante le villeggiature estive ed autunnali a Castel Gandolfo, si recò spesso a Marino, per visitare il cardinale Mario Mattei, protettore della città, che risiedeva presso la seicentesca Villa Colonna di Belpoggio. La prima visita a Marino fatta da Papa di Gregorio XVI -già vi era stato in precedenza, sia da cardinale che da semplice monaco- avvenne l'8 ottobre 1831; l'ultima il 3 ottobre 1844, due anni prima della morte del pontefice che i marinesi compiansero sentitamente.Gaetano Moroni, Dizionario di erudizione storico-ecclesiastica, vol. XLII pp. 61-65.
Nel 1831 fu papa Gregorio XVI ad elevare nuovamente Marino a sede di GovernoGaetano Moroni, Dizionario di erudizione storico-ecclesiastica, vol. XLII p. 39., dietro richiesta della Comune stessa nella persona dell'allora priore in carica Cesareo Paiella.Registro dei Consigli comunali dal 1835 a tutto il 1844, vol. I, pp. 32-33. Il provvedimento più importante preso da Gregorio XVI in favore di Marino è senza dubbio l'elevazione al grado di Città avvenuto tramite il Breve apostolico In more institutoque Romanorum Pontificum dato in Roma il 3 luglio 1835Gaetano Moroni, Dizionario di erudizione storico-ecclesiastica, vol. XLII p. 40.: sono concessi tutti i privilegi connessi al titolo di Città, fermo restando l'obbedienza alla sede suburbicaria di Albano.Maurizio Canestri (a cura di), Marino è Città - Il simbolo della comunità marinese nella storia, pp. 18-19. Assieme al titolo di città, viene fondato a Marino un collegio di Padri della Dottrina Cristiana per l'educazione secondaria della gioventù, con sede presso la Chiesa della Santissima Trinità: tale collegio, sostenuto dalla Comune, rimase attivo fino al dicembre 1870.
Negli anni Trenta dell'Ottocento, per volere di papa Gregorio XVI, la Congregazione del Buono Governo realizzò una nuova strada d'accesso alla città provenendo da Castel Gandolfo, in sostituzione dell'antico tracciato che era in fortissima pendenza. La nuova strada dopo aver superato la marana delle Pietrare con un basso viadotto saliva verso l'attuale piazza Giacomo Matteotti con un grande terrapieno, addolcendo così il forte dislivello del terreno: venne chiamato dai marinesi "Ponte Gregoriano" -'u Ponte in dialetto marinese- in memoria del Papa regnante.
Il 14 luglio 1837 in seduta di Consiglio comunale venne stabilita la decisione di vietare il transito, per mezzo di una catena tesa in mezzo alla strada, ai carri provenienti da Rocca di Papa lungo l'attuale via di Capo d'Acqua, tra le località San Rocco e Capo Croce.Registro dei Consigli comunali dal 1835 a tutto il 1844, vol. I, p. 71. Questa deliberazione venne presa in seguito alla constatazione che la strada era stata molto rovinata dal continuo transito di carri pesanti provenienti in massima parte dalla confinante Rocca di Papa.