Le conformazioni di DNA a doppia elica fino ad ora evidenziate sono almeno una dozzina. Tre di queste sono ritenute essere presenti in natura: A-DNA, B-DNA e Z-DNA. La forma B è quella originariamente descritta da James Dewey Watson e Francis Crick ed è ritenuta essere quella predominante nelle cellule. Essa è larga 23.7 Å e si estende per 34 Å ogni 10 bp. Questa doppia elica compie un giro completo attorno all'asse ogni 10.4-10.5 paia di basi. Questa frequenza di rotazione, nota come passo dell'elica dipende largamente dalle forze di stacking che ogni base esercita su quelle adiacenti.
A-, B- e Z-DNA A-DNA e Z-DNA differiscono in modo significativo nella geometria e nelle dimensioni dal B-DNA, sebbene presentino una struttura a doppia elica. La conformazione A si presenta più frequentemente in campioni di DNA anidro, come negli esperimenti di cristallografia, e negli eteroduplex (eliche ibride da appaiamento di DNA ed RNA). La conformazione Z è invece tipica delle regioni metilate del DNA, nelle quali i filamenti si avvolgono in senso opposto attorno all'asse. Anche il DNA complessato con proteine si conforma spesso in forma Z anche se la sua presenza non è stata ancora dimostrata in vivo.
+ Caratteristiche delle principali forme di DNA A-DNA B-DNA Z-DNA Senso dell'elica destrorso destrorso sinistrorso Unità ripetuta 1 bp 1 bp 2 bp Rotazione/bp 32.7° 34.3° 60°/2bp bp medie/giro 11 10.5 12 Inclinazione delle bp rispetto all'asse +19° -1.2° -9° Passo/bp lungo l'asse 2.3 Å 3.32 Å 3.8 Å Passo/giro d'elica 24.6 Å 33.2 Å 45.6 Å Propeller twist medio +18° +16° 0° Diametro23 Å (2.3 nm)20 Å (2.0 nm)18 Å (1.8 nm)
Altre conformazioni Oltre ad A-, B- e Z-DNA, sono possibili anche altre conformazioni. Sono state finora evidenziate C-DNA, D-DNA, E-DNA, H-DNA, L-DNA S-DNA e P-DNA. Note
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