Una ricombinasi è un enzima in grado di coordinare una ricombinazione genetica, ovvero uno scambio di regioni di DNA a partire da segmenti distinti e separati tra loro. Le ricombinasi più note per attività biologica ed utilizzo nelle tecniche di ingegneria genetica figurano: Cre ricombinasi, topoisomerasi di tipo I proveniente dal batteriofago P1, molto utilizzata in applicazioni di biologia molecolare; Flp ricombinasi è anch'essa molto usato nelle ricombinazioni in vitro; RecA, responsabile delle ricombinazioni in Escherichia coli; Hin ricombinasi, responsabile delle ricombinazioni in Salmonella; RAD51, responsabile delle ricombinazioni in diversi organismi eucarioti.
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