Fitzinger studiò botanica all'Università di Vienna con Nikolaus Joseph von Jacquin. Tra 1817 e 1861 lavorò al Naturhistorisches Museum, per diventare poi direttore degli zoo di Monaco di Baviera e Budapest.
Nel 1826 pubblicò la Neue Classification der Reptilien, basata in parte sul lavoro degli amici Friedrich Wilhelm Hemprich e Heinrich Boie. Nel 1843 pubblicò Systema Reptilium, sui gechi, camaleonti e iguana.
Opere Fitzinger LJFJ. 1826. Neue classification der reptilien nach ihren natürlichen verwandtschaften. Nebst einer verwandtschafts-tafel und einem verzeichnisse der reptilien-sammlung des K. K. zoologischen museum's zu Wien. J.G. Hübner, Wien. vii, 66 pp. Fitzinger LJFJ. 1843. Systema Reptilium. Fasciculus primus. Amblyglossae. Braumüller et Seidel, Wien: 106 pp.
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