Dopo gli inizi in vari club francesi, emerse nel dove divenne un elemento chiave della squadra che vinse la Coupe de la Ligue nell'edizione 2012-2013. Nel 2013 passò al , dove, sotto la guida del tecnico Jürgen Klopp, da ala fu trasformato in attaccante puro: nel quinquennio a Dortmund vinse due DFL-Supercup consecutive (2013 e 2014) e una DFB-Pokal (2016-2017), affermandosi tra gli attaccanti più prolifici in Europa fino a laurearsi capocannoniere della Bundesliga nell'edizione 2016-2017. Dal 2018 al 2022 ha militato nell', vincendo una FA Cup (2019-2020) e un Community Shield (2020). Nel 2023 fa ritorno in Francia, all'; dopo una sola stagione si trasferisce agli arabi dell'.
A livello internazionale, nel 2009 ha esordito con la nazionale gabonese, di cui è il miglior marcatore in assoluto e con cui ha preso parte a cinque fasi finali di Coppa d'Africa, della quale è stato capocannoniere nel 2012, e al torneo olimpico di . Nel 2015 è stato eletto Calciatore africano dell'anno dalla CAF, primo gabonese ad aggiudicarsi tale riconoscimento.
Assieme a Cristiano Ronaldo ed Edin Džeko, è uno dei tre giocatori ad essere stati capaci di siglare almeno 50 reti in tre dei cinque principali campionati europei; nel suo caso, tedesco, inglese e francese con le maglie di Borussia Dortmund, Arsenal, Chelsea, Lilla, Monaco, Saint-Étienne e Olympique Marsiglia.
Biografia Nasce in Francia da madre spagnola e padre gabonese, l'ex calciatore Pierre Aubameyang; Pierre-Emerick è fratello minore di Catilina (1983) e Willy (1987), a loro volta divenuti calciatori.
Caratteristiche tecniche È un centravanti veloce e abile dal punto di vista tecnico, capace di adattarsi anche al ruolo di esterno offensivo. Forte nei calci di rigore, si distingue inoltre per la capacità di dribbling e la vena realizzativa, attacca affidandosi al proprio estro, una delle sue specialità è il gioco nella profondità, è un buon colpitore di testa, possiede potenza di tiro e calcia bene con entrambi i piedi.
Carriera Club Gli inizi Di madre spagnola e padre gabonese, Aubameyang ha iniziato a giocare nei vivai di alcune società minori francesi. Nel 2002 è entrato nel settore giovanile della Pro Patria, in Italia, dove rimarrà per un triennio. Ha poi destato le attenzioni dei corregionali del , che lo hanno portato nella loro squadra Primavera; nell'agosto seguente ha fatto parte della squadra che ha partecipato alla prima edizione della Champions Youth Cup svoltasi in Malaysia, della quale è stato capocannoniere con 7 gol in 6 partite, aggiudicandosi così il "Trofeo Roberto Bettega". Secondo Filippo Galli, suo allenatore dell'epoca, «Aubameyang aveva dei numeri di spessore, anche se nel mio Milan schierato con 4-2-3-1 giocava nel tridente offensivo largo a destra. Eventualmente poteva anche fare da seconda punta. Era sempre molto disponibile, desideroso di imparare, Pierre leggeva molto bene tutte le fasi di gioco della partita. Insieme a Darmian era l’elemento tatticamente di spicco della mia squadra.»
Aggregato - pur se non stabilmente - alla formazione rossonera nell'estate del 2007, dopo zero presenze il 21 giugno 2008 è stato dato in prestito al , per poter giocare continuamente in prima squadra. Ha esordito in Ligue 2 il 1º agosto in -Digione 3-1 e ha segnato il primo gol tra i professionisti il 22 agosto, sbloccando il punteggio nel 2-1 al .
Il 23 maggio 2009, dopo la fine della stagione al Digione, è passato in prestito per un anno con diritto di riscatto al . Con il Lilla ha esordito nelle competizioni UEFA per club il 6 agosto 2009 nella partita di Europa League contro il , subentrando al 64' a Touré, e in Ligue 1 il 9 agosto 2009 conto il Lorient, subentrando al 59' a Béria. Il 13 dicembre 2009 ha segnato la prima rete con la maglia del Lilla nella partita di campionato contro il , realizzando il gol del definitivo 4-0.
Terminata la stagione il Lilla ha deciso di non esercitare il diritto di riscatto e il giocatore è ritornato al Milan, il club proprietario del suo cartellino. Il 7 luglio 2010 è stato ceduto al in prestito per una stagione con diritto di riscatto. Aubameyang ha esordito con il Monaco il 7 agosto 2010 nella prima giornata della Ligue 1 2010-2011 contro l' (0-0) e nei sei mesi con la maglia della squadra monegasca ha disputato in totale 23 partite e segnato 2 reti, entrambe in campionato.
Saint-Étienne
Il 31 gennaio 2011 è stato ufficializzato il suo passaggio al , fino al termine della stagione 2010-2011, in prestito con diritto di riscatto. Ha esordito con il Saint-Étienne il 5 febbraio 2011 contro il , subentrando al 62' ad Alonso.
Il 9 aprile 2011 contro l' ha segnato la prima rete con la maglia del Saint-Étienne. A fine stagione, conclusa con all'attivo 14 presenze e 2 gol, Milan e Saint-Étienne si sono accordati per prolungare il prestito del giocatore alla squadra francese per un ulteriore anno. Il 22 dicembre 2011 la società francese ha annunciato di aver riscattato dal Milan al prezzo di un milione di euro il cartellino del giocatore franco-gabonese.
Il 22 febbraio 2012, nel recupero della 22ª giornata della Ligue 1 2011-2012 vinto per 4-2 contro il , ha segnato la prima tripletta in carriera. Alla fine della stagione 2011-2012 ha totalizzato 18 reti in 38 partite, delle quali 16 in Ligue 1 che gli hanno valso il primato di reti segnate in una sola stagione del massimo campionato francese da un giocatore del Saint-Étienne, a pari merito con Gomis.
Nella stagione seguente ha migliorato tale primato riuscendo a segnare 19 gol in 37 partite (secondo miglior marcatore della Ligue 1 2012-2013 alle spalle di Ibrahimović) alle quali se ne sono aggiunte altre 4 realizzate in Coppa di Francia; inoltre ha anche vinto la Coppa di Lega francese 2012-2013, la prima della storia della squadra della Loira.
In totale nelle due stagioni e mezza trascorse con la maglia del Saint-Étienne ha disputato 97 partite e segnato 41 gol.
Borussia Dortmund
Il 4 luglio 2013 il ha ufficializzato l'acquisto di Aubameyang: il giocatore è costato al club tedesco 13 milioni di euro più 2 di bonus legati al rendimento.
Ha esordito con la maglia giallonera il 27 luglio seguente nella partita di Supercoppa di Germania, vinta dal Borussia Dortmund contro il , subentrando a Błaszczykowski nel corso della ripresa e realizzando l'assist per il gol del definitivo 4-2 di Reus. Il 10 agosto 2013, all'esordio in Bundesliga, ha realizzato le prime reti per il Borussia Dortmund segnando una tripletta nella vittoria per 4-0 in casa dell'. È diventato così il primo calciatore gabonese a giocare nel massimo campionato tedesco e il sesto giocatore che è riuscito a segnare 3 gol all'esordio in Bundesliga.In precedenza vi erano riusciti Kraus (1963-1964), Ohlicher (1973-1974), Marschall (1993-1994), Adhemar (2000-2001) e Fenin (2007-2008): Il 26 novembre 2013, nella gara casalinga contro il , ha segnato il suo primo gol in una competizione europea, nonché il suo primo gol stagionale in Champions League con la maglia del Borussia, realizzando la rete del definitivo 3-1.
Il 13 agosto 2014 vince la Supercoppa di Germania battendo il e segnando il goal del definitivo 2-0. È il secondo trofeo con i gialloneri per il giocatore gabonese.
Il 5 novembre 2016 realizza la sua prima quaterna in carriera, nello spazio di quarantotto minuti, nel match contro l'. Al termine della stagione si laurea con 31 gol capocannoniere della Bundesliga 2016-2017 e vince la Coppa di Germania contribuendo alla causa con 2 reti e 2 assist in 4 presenze. Lascia il Borussia Dortmund dopo 4 stagioni e mezza condite da 213 presenze, 141 gol e 36 assist.
Arsenal Il 31 gennaio 2018 l' comunica l'ingaggio del calciatore gabonese per una cifra record nella storia del club, che secondo le fonti specializzate sarebbe pari a circa 64 milioni di euro. Esordisce con la maglia dei Gunners il 4 febbraio successivo, nella vittoria in campionato contro l' (5-1); nella circostanza, realizza anche la prima rete col nuovo club. Il 1 aprile seguente mette a segno la sua prima doppietta con la maglia dell'Arsenal ai danni dello . Chiude la sua prima stagione con i londinesi con 10 gol in 14 partite.
Il 20 settembre 2018 Aubameyang sigla le sue prime reti europee con i Gunners, nel match di Europa League contro il . Dopo 10 giornate si ritrova già capocannoniere con 7 reti segnate. Il 9 maggio 2019, in occasione della semifinale di ritorno di Europa League contro il (2-4), sigla la sua prima tripletta con la maglia dell'Arsenal. È il tra gli artefici della risalita dell'Arsenal sino al quinto posto finale in campionato, grazie a 22 reti che ne fanno il capocannoniere della Premier League, ex aequo con Mohamed Salah e Sadio Mané del .
Il 5 novembre 2019 gli viene consegnata la fascia di capitano della squadra dall'allenatore Unai Emery, a seguito dei conflitti tra la tifoseria londinese e il calciatore svizzero Granit Xhaka. Nella stagione 2019-2020, segnata dalla sospensione provocata dalla pandemia di COVID-19, raggiunge, andando in gol nella partita vinta per 4-0 contro il il 1º luglio 2020, quota 50 gol in campionato con l'Arsenal e lo fa in 79 partite, il minore numero di incontri per un calciatore dei Gunners che abbia segnato almeno 50 reti in Premier League con il club londinese. Chiude la stagione con 22 reti in campionato, una in meno del capocannoniere Jamie Vardy e a pari merito con Danny Ings. Il 18 luglio successivo, nella semifinale di FA Cup, segna i due gol che consentono ai Gunners di eliminare il ; il 1º agosto, nella finale contro il , realizza la doppietta che permette all'Arsenal di vincere per 2-1 e di aggiudicarsi il trofeo: Aubameyang è il primo africano a vincere la FA Cup da capitano. Chiude la stagione con 44 partite in tutte le competizione e 29 reti.
Il 29 agosto 2020 inizia la nuova stagione segnando un gol e trasformando in rete il quinto e decisivo tiro della serie di rigori contro il , permettendo all'Arsenal di vincere la Supercoppa d'Inghilterra dopo l'1-1 dei tempi regolamentari. Nella stagione 2020-2021 non mantiene il rendimento delle precedenti annate, sia perché contrae la malaria durante una trasferta in Africa con la sua nazionale, sia perché colpito da numerosi infortuni per diversi mesi; gioca comunque 39 partite e segna 15 reti.
Nel corso della stagione seguente, non viene convocato per la gara del 15 dicembre 2021 contro il e si vede privato della fascia di capitano per essere tornato in ritardo da un viaggio all’estero autorizzato dalla società londinese. Si svincola dall'Arsenal il 1º febbraio 2022.
Barcellona e Chelsea Dopo essersi svincolato dall'Arsenal, a partire dal 1º febbraio 2022 inizia ad allenarsi con il in attesa del via libera al tesseramento: il giorno dopo viene ufficializzato il suo trasferimento ai catalani. Il 6 febbraio, in occasione dellOtro Clásico contro il , debutta con la maglia blaugrana subentrando a gara in corso ad Adama Traoré. Il successivo 20 febbraio sigla la sua prima doppietta per Barcellona, in occasione del gara di campionato contro il ; quattro giorni dopo mette a segno la sua prima rete in UEFA Europa League, in occasione della vittoria esterna 4-2 contro il . Va a segno anche nella gara casalinga vinta per 4-0 contro l'. Termina la stagione con 13 reti in 21 gare.
Dopo un semestre in Spagna, il 2 settembre 2022 fa ritorno a Londra, stavolta sponda , per la cifra di 12 milioni di euro. Dopo un ruolino di sole 3 reti coi Blues tra campionato e coppe, il 21 luglio 2023 scioglie il contratto con la società inglese.
Olympique Marsiglia e Al Qadisiya Si trasferisce in Francia, accasandosi all'. Mette a segno 30 reti in 51 partite stagionali tra Ligue 1 e coppe laureandosi capocannoniere della UEFA Europa League 2023-2024 con 10 gol. Al termine della stagione lascia il club francese.
Il 18 luglio 2024, Aubameyang viene ingaggiato a titolo definitivo dall', squadra neopromossa in Saudi Professional League.