La stagione 1999-2000 dei San Antonio Spurs fu la 24ª nella NBA per la franchigia.
I San Antonio Spurs arrivarono secondi nella Midwest Division della Western Conference con un record di 53-29. Nei play-off persero al primo turno con i Phoenix Suns (3-1).
Risultati + Midwest Division Squadra V P PCT GB Utah Jazz 55 27 67,1 - San Antonio Spurs 53 29 64,6 2 Minnesota Timberwolves 50 32 61,0 5 Dallas Mavericks 40 42 48,8 15 Denver Nuggets 35 47 42,7 20 Houston Rockets 34 48 41,5 21 Vancouver Grizzlies 22 60 26,8 33
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