In chimica, in particolar modo in spettroscopia e spettrometria di massa, si definisce impronta digitale uno spettro caratteristico di un determinato composto o miscela che possa servire a identificarlo in modo univoco.

La ricerca dell'impronta digitale è un metodo veloce e potente di analisi qualitativa.

Le librerie spettrali sono collezioni di spettri che servono a questo scopo, per confrontare, con l'aiuto di opportuni programmi, questi spettri con quello del mio campione.

In uno spettro si cercano i segnali principali tipici di quel composto o di quella miscela che appunto costituiscono la sua impronta digitale.

Altri usi Si parla di impronta digitale anche nel caso di: rapporti isotopici caratteristici, tali da poter rivelare la provenienza di un materiale naturale: impronta digitale isotopica (isotopic fingerprint) metodo di identificazione delle proteine tramite frammentazione in peptidi impronta digitale proteica (protein fingerprint)

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