La stagione 2003-04 dei Charleston Lowgators fu la 3ª nella NBA D-League per la franchigia.
I Charleston Lowgators arrivarono secondi nella NBA D-League con un record di 27-19. Nei play-off persero la semifinale con gli Huntsville Flight (1-0).
Roster
Staff tecnico Allenatore: Doug Marty Vice-allenatore: Kelvin Upshaw Preparatore atletico: Rob Roth
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