Il campionato italiano di calcio di Eccellenza regionale 1998-1999 è stato l'ottavo organizzato in Italia. Rappresenta il sesto livello del calcio italiano.
Questo è il campionato regionale della regione Puglia.
Aggiornamenti L'Unione Sportiva Pro Italia Galatina si è fusa con l'Unione Sportiva Aradeo (promossa nel precedente campionato in Serie D), acquisendo così il diritto a disputare la Serie D 1999-2000.
Squadre partecipanti Squadra Città A.C. Ars et Labor GrottaglieGrottaglie (TA) Brindisi CalcioBrindisi (BR) A.S. CastellanaCastellana Grotte (BA) A.S. CastellanetaCastellaneta (TA) U.S. CoratoCorato (BA) A.C. Filanto GallipoliGallipoli (LE) A.S. GinosaGinosa (TA) U.G. Manduria SportManduria (TA) S.S. Manfredonia CalcioManfredonia (FG) A.C. MassafraMassafra (TA) Ostuni SportOstuni (BR) A.S. RuvoRuvo di Puglia (BA) U.S. SquinzanoSquinzano (LE) U.S. TaurisanoTaurisano (LE) A.C. Virtus LocorotondoLocorotondo (BA) U.S.C. Virtus MartanoMartano (LE)
Classifica finale Squadra 1. 592817834419+25 2. 572816934619+27 3. Castellaneta562817564831+17 4. 4328111073527+8 5. 412811894143-2 6. 382891183226+6 7. Ruvo3528105133226+6 8. Ginosa3428810103032-2 9. 332889113035-5 10. 332889113241-9 11. 3228711102837-9 12. 312861393031-1 13. Virtus Martano282877142945-16 14. 2628511122034-14 15. 172838172758-31 ---. --------------0
Legenda: Promosso nel Serie D 1999-2000. Ammesso ai Play-Off nazionali. Retrocesso in Promozione Puglia 1999-2000. Squadra ritirata e/o esclusa dalla competizione. Promozione diretta. Retrocessione diretta. Ritirato dalla competizione a campionato in corso.
Note: Tre punti a vittoria, uno a pareggio, zero a sconfitta.
Filanto Gallipoli radiato dai ruoli FIGC per aver rinunciato a disputare tre partite e per motivi finanziari.
Puglia