Il termine effetto isotopico viene utilizzato in chimica e in fisica per indicare la variabilità di una proprietà misurabile in funzione del variare della composizione isotopica del sistema. In chimica, un esempio è costituito dal variare dell'equilibrio chimico sostituendo un atomo presente in un composto con un suo altro isotopo.
Effetto isotopico cinetico, si riferisce alla variazione della velocità di una reazione chimica. Effetto isotopico (superconduttore), si riferisce alla variazione della temperatura critica di un superconduttore.