Insignito dell'Ordine dell'Impero Britannico (KBE), nominato Fellow della Royal Society (FRS), Polkinghorne era specializzato in fisica teorica e teologia. È stato scrittore di fama e pastore anglicano. È stato professore di fisica matematica alla University of Cambridge dal 1968 al 1979, poi dimessosi dalla cattedra per studiare ed essere ordinato pastore anglicano nel 1982. È stato presidente del Queens' College (Cambridge) dal 1988 al 1996; nel 2002 gli è stato assegnato il Premio Templeton (del valore di un milione di sterline) per contributi eccezionali nell'affermare la dimensione spirituale della vita.

Biografia Polkinghorne ha affermato in un'intervista di credere che il suo passaggio dalla scienza alla religione gli abbia dato una visione binoculare, anche se capisce di aver suscitato quel tipo di sospetto "che potrebbe generare la pretesa di essere un macellaio vegetariano."Reisz, Matthew. On the side of the angels, Times Higher Education, 19/02/2009. Descrive la sua posizione come realismo critico e ritiene che scienza e religione considerino aspetti di una stessa realtà. È un fatto consistente del suo lavoro che quando "si è girato il colletto" non ha però smesso di cercare la veritàSi veda, ad esempio, Egli ritiene che il filosofo della scienza che ha trovato il maggior equilibrio tra gli aspetti "critici" e di "realismo" in questo campo, è Michael Polanyi. Polkinghorne sostiene che ci sono cinque punti di confronto tra i modi in cui la scienza e la teologia perseguono la verità: momenti di forzata revisione radicale, un periodo di confusione irrisolta, una sintesi nuova e una comprensione, la lotta continua con problemi irrisolti, implicazioni più profonde.Quantum Physics & Theology, pp. 15-22.

Poiché gli esperimenti scientifici cercano di eliminare le influenze estranee, Polkinghorne crede che essi siano atipici di ciò che accade in natura. Suggerisce che le spiegazioni meccanicistiche del mondo che sono state proposte, a partire da Laplace fino a Richard Dawkins, dovrebbero essere sostituite da una convinzione che la maggior parte della natura è come una nuvola piuttosto che come un orologio. Polkinghorne considera la mente, l'anima e il corpo come aspetti diversi della stessa realtà basilare – il "monismo dal duplice aspetto" – e scrive che "vi è una sola cosa nel mondo (non due, il materiale e il mentale), ma questa può verificarsi in due stati contrastanti (fasi materiali e fasi mentali, potrebbe dire un fisico) che spiegano la nostra percezione della differenza tra mente e materia" Ritiene che la causalità fisica standard non può descrivere adeguatamente i molteplici modi in cui le cose e le persone interagiscono, e usa la frase "informazione attiva", per descrivere come, quando diversi risultati sono possibili, ci possono essere più elevati livelli di causalità che scelgono quale si verifichi.

A volte gli sembra che il Cristianesimo sia troppo bello per essere vero, ma quando gli sorge questo tipo di dubbio, Polkinghorne si dice, "Va bene, allora negalo” e afferma di non poterlo mai fare.From Physicist to Priest, p. 107.

Sull'esistenza di Dio Polkinghorne ritiene che "la questione dell'esistenza di Dio sia la domanda più importante che dobbiamo affrontare circa la natura della realtà"Questo e (se non indicato diversamente) tutte le citazioni successive sono dal capitolo 3 di Science & Christian Belief, noto anche come The Faith of a Physicist e cita con approvazione Anthony Kenny: "Dopotutto, se non c'è Dio, allora Dio è indubbiamente la più grande singola creazione dell'immaginazione umana." Affronta le questioni "La nozione di Dio ha senso? Se sì, abbiamo ragione di crederci?" Polkinghorne è "cauto in merito alle nostre facoltà di valutare la coerenza", sottolineando che nel 1900, un "competente laureando avrebbe potuto dimostrare l'incoerenza" delle idee quantistiche. Indica che "l'analogia più vicina [a Dio] nel mondo fisico sarebbe ... il Quantum Vacuum."

Polkinghorne suggerisce che Dio è la risposta definitiva alla grande domanda di Leibniz "perché c'è qualcosa piuttosto che niente?" La "semplice affermazione dell'esistenza del mondo" dell'ateo è una "visione gravemente impoverita della realtà", dice, sostenendo che "il teismo spiega molto di più di quanto non spieghi un ateismo riduzionista." Dubita molto dell'argomento ontologico di Sant'Anselmo. Facendo riferimento alla teoria dell'incompletezza di Gödel, ha detto: "Se non riusciamo dimostrare la coerenza dell'aritmetica, mi sembra un po' troppo sperare che l'esistenza di Dio sia più facile da affrontare", concludendo che Dio è "ontologicamente necessario, ma non logicamente necessario." Polkinghorne "non asserisce che l'esistenza di Dio possa essere dimostrata in modo logicamente coercitivo (non più di quanto la sua non-esistenza lo possa), ma che il teismo fa più senso del mondo e dell'esperienza umana, di quanto non faccia l'ateismo".Science and Theology, pp. 71-83 Egli cita in particolare:

L'intelligibilità dell'universo: Si potrebbe prevedere che la selezione evolutiva produca menti ominidi idonee a far fronte all'esperienza quotidiana, ma che queste menti dovrebbero essere anche in grado di comprendere il mondo subatomico e la relatività generale va ben oltre qualsiasi cosa che riguardi la sopravvivenza del più adattato. Il mistero si infittisce quando si riconosce la utilità comprovata della bellezza matematica come guida alla scelta di una teoria giusta.Science and Theology, p. 72. L'antropica messa a punto dell'universo: Polkinghorne cita con approvazione Freeman Dyson, che ha detto "più esamino l'universo ed i dettagli della sua architettura, e più trovo evidenza che l'universo in un certo senso deve aver saputo che stavamo arrivando"Science & Christian Belief, p. 76. e dice che c'è un ampio consenso tra i fisici che o c'è un numero molto elevato di altri universi nel Multiverso o che "c'è un solo universo che è quello che è, nella sua fecondità antropica, perché è l'espressione del disegno intenzionale di un Creatore, che l'ha dotata della potenzialità di essere finemente sintonizzato alla vita.Science and Theology, p. 75. Una realtà umana più ampia: Polkinghorne ritiene che il teismo offra un resoconto più convincente delle percezioni etiche ed estetiche. Sostiene che è difficile accettare l'idea che "abbiamo una reale conoscenza morale" e che dichiarazioni come 'torturare i bambini è sbagliato' siano nient'altro che "semplici convenzioni sociali delle società entro le quali sono enunciate" con una visione atea o naturalistica del mondo. Ritiene inoltre che una tale visione del mondo stenti a spiegare come "si intraveda qualcosa di perennemente significante nella bellezza del mondo naturale e nella bellezza dei frutti della creatività umana."Science and Theology, pp. 81–82.

Sul libero arbitrio Polkinghorne ritiene il problema del male come l'obiezione intellettuale più seria all'esistenza di Dio. Ritiene che "la ben nota difesa del libero arbitrio in relazione al male morale, affermi che un mondo con la possibilità di persone peccatrici sia meglio di uno con automi perfettamente programmati. La storia del male umano è tale che non si può fare questa affermazione senza un brivido, ma credo che però sia vero. Ho aggiunto ad essa il libero processo di difesa, che un mondo libero di farsi è meglio di un teatro di marionette con un Tiranno Cosmico. Penso che queste due difese siano lati opposti della stessa medaglia, che la nostra natura è inestricabilmente legata a quella del mondo fisico, che ci ha generato".

Sul creazionismo In seguito alle dimissioni di Michael Reiss, direttore della formazione presso la Royal Society, che aveva polemicamente sostenuto che gli alunni delle scuole che credono nel creazionismo dovrebbero essere utilizzati dagli insegnanti di materie scientifiche per avviare le discussioni, piuttosto che respingerli tout court'Creationism' biologist quits job, BBC News, 16/09/2008.— Polkinghorne ha sostenuto su The Times che vi è una distinzione tra il credere nella mente e scopo di un creatore divino, e ciò che egli chiama creazionismo "in quel curioso senso nordamericano", con una interpretazione letterale della "Genesi 1" e la convinzione che l'evoluzione sia sbagliata, posizione che rifiuta.Polkinghorne, John. "Shining a light where science and theology meet" , The Times, 19 September 2008.

Ricezione critica Nancy Frankenberry, Professore di Religione a Dartmouth College, ha descritto Polkinghorne come il "miglior teologo/scienziato britannico del nostro tempo", citando il suo lavoro sulla possibile relazione tra teoria del caos e teologia naturale.Nancy K. Frankenberry (ed.), The Faith of Scientists in Their Own Words (Princeton: Princeton University Press, 2008) p. 340 Owen Gingerich, astronomo ed ex professore di Harvard, lo ha chiamato una voce importante sul rapporto tra scienza e religione.Owen Gingrich, "review of Science and the Trinity", Science and Theology News, quoted by the Yale University Press

Il filosofo inglese Simon Blackburn ha criticato Polkinghorne per l'utilizzo di ragionamenti primitivi e accorgimenti retorici, invece di impegnarsi in filosofia. Quando Polkinghorne sostiene che le regolazioni minime di costanti cosmologiche di vita puntino verso una spiegazione al di là dell'ambito scientifico, Blackburn sostiene che ciò si basa su una naturale preferenza per la spiegazione in termini di agenzia. Blackburn scrive di aver letto i libri di Polkinghorne "disperandosi per la capacità dell'umanità di auto-ingannarsi".Blackburn, Simon. An Unbeautiful Mind , recensione del libro di John Polkinghorne The God of Hope and the End of the World, su The New Republic, 01/08/2002. Contro questa opinione, Freeman Dyson ha chiamato gli argomenti di Polkinghorne in teologia e scienza naturale "lucidi e logicamente coerenti".Freeman Dyson, "Is God in the Lab?", The New York Review of Books, 28/05/1998 Il romanziere Simon Ings, scrivendo su New Scientist, ha detto che l'argomento di Polkinghorne per la proposizione che Dio sia reale, è convincente e la sua testimonianza elegante.Simon Ings, "God Only Knows", New Scientist, 04/07/1998.

Richard Dawkins, ex professore dell'University of Oxford, scrive che gli stessi tre nomi di scienziati britannici che sono anche sinceramente religiosi saltano fuori con la "simpatica familiarità di soci anziani di uno studio di avvocati dickensiani": Arthur Peacocke, Russell Stannard, e John Polkinghorne, i quali hanno entrambi vinto il Premio Templeton o sono nel suo consiglio di amministrazione. Dawkins scrive che non è tanto sconcertato dalla loro fede in un legislatore cosmico, ma dalle loro credenze nelle minuzie del cristianesimo, come la risurrezione e il perdono dei peccati, e che tali scienziati, in Gran Bretagna e negli Stati Uniti, sono oggetto di meravigliata perplessità tra i loro pari.Dawkins, Richard. The God Delusion (L'illusione di Dio), Houghton Mifflin Co, 2006, p. 99. Polkinghorne ha risposto che "non c'è speranza a discutere con Dawkins, perché non permette opposizione e non concede spazio alla ribattuta. Non ti dà un centimetro. Dice solo no quando tu dici sì". e scrive in Questions of Truth che spera Dawkins diventi un po' meno sconcertato dopo la lettura di questo suo libro.