Origini Secondo la tradizione, la città di Nerìton fu fondata da un gruppo di cretesi-micenei. Come tutte le città antiche, anche Nardò avrebbe origini leggendarie. Una leggenda narra che la città fu fondata nell'anno 3559 a.C. del calendario ebraico dal mitologico Nereo, proveniente dall'isola greca di Leucade. Un'altra leggenda racconta che a fondare Nardò furono gli Egizi, sulla base dello stemma civico della città, che per alcuni era il Dio Sole, da essi adorato. La terza leggenda vuole che, durante il governo italico di Enotro, un gruppo di abitanti dell'Epiro chiamati "Chones" giunse nella Iapigia e fondò Gallipoli e Nardò. Si dice, inoltre, che la città fu edificata là dove un toro, raspando il terreno con lo zoccolo, fece zampillare acqua, facendo risalire l'etimologia del nome all'illirico "NAR" che vuol dire proprio acqua. La città ha radici antichissime e forti testimonianze di ogni epoca, dalla preistoria in poi. Numerosissimi i reperti e le testimonianze ritrovate su tutto il territorio, in particolare nella Baia di Uluzzo, nelle diverse grotte, soprattutto in quella di "Uluzzu" e del "Cavallo". Gli elementi archeologici rinvenuti in queste due grotte sono considerati come le prime manifestazioni di arti figurative esistenti in Europa, catalogati nel Paleolitico Medio e Superiore. L'unicità di tali ritrovamenti ha determinato il nome del periodo preistorico definito, appunto, Uluzziano.
Antichità
Si ipotizza che la nascita di Nardò come centro abitato risalga al VII secolo a.C. con la presenza di un insediamento messapico. Nel 460 a.C. i salentini-messapi di "Neriton" si allearono con Atene nella lotta contro Siracusa. Nel III secolo a.C., la città divenne alleata di Pirro e dei Tarantini nella guerra contro i Romani. Nel 266 a.C., però, la città fu completamente occupata dai Romani, che la saccheggiarono e la distrussero. Nel 216 a.C., in seguito alla vittoria di Annibale sui Romani a Canne, tutta l'Apulia, col Salento e Nardò, passò sotto il controllo dei cartaginesi. Tra il 90 e l'88 a.C. la guerra sociale vide il Salento diviso tra le città latine e italiote, fedeli a Roma, e quelle ribelli dei Peucezi e Messapi, in seguito duramente punite. La sconfitta subita nella cosiddetta Guerra Sociale dagli alleati italici contro Roma portò Nardò alla rovina in cui giacque per tutta la durata della Repubblica. Nel 26 a.C., abbandonata per decenni, Nardò è stata riedificata sotto l'impero di Ottaviano Augusto con il nome di "Neretum". In meno di un secolo, Neretum prosperò e si riappropriò dell'antica importanza, tanto che gli imperatori Traiano e Adriano la inclusero in un programma di ampliamento della rete viaria dell'Impero. La nuova strada, che doveva creare un'alternativa alla via Appia, era la "Traiana Salentina" e doveva collegare le città di Taranto, Manduria, Nardò, Alezio, Ugento e Vereto. Alcune iscrizioni rendono noto che la città, già nel III secolo d.C., era ascesa a municipium romanum con un "emporium nauna", da essa dipendente. Questo Emporium è probabilmente identificabile con una grossa borgata di pescatori e mercanti situata sulla costa e dipendente da Nardò: Santa Maria al Bagno.
Alto Medioevo In seguito alla caduta dell'Impero romano d'Occidente (476) e alle battaglie tra Bizantini e Goti (544), a Nardò si stabilì la dominazione bizantina (552-554), e solo per un breve periodo che va dal 662 al 690, quella dei Longobardi di cui rimase qualche traccia nel linguaggio e nei contratti nuziali eseguiti secondo lo "Jure Longobardorum".
Nel 761, alcuni monaci basiliani provenienti da Oriente, spinti da un forte vento di scirocco, approdarono sulla costa neretina. Accolti dalla cittadinanza, secondo la leggenda riportata dallo storico neretino Giovan Bernardino Tafuri, i monaci donarono al paese le reliquie di San Gregorio Armeno, evangelizzatore dell'Armenia e fondatore dell'omonima chiesa, le reliquie di e il Simulacro del Crocifisso Nero. I monaci diffusero il rito e il culto orientale e svilupparono un sistema di diritto privato ed agrario derivato dai loro paesi d'origine. Nel centro abitato i monaci fondarono l'Abbazia di Santa Maria di Nerito. In seguito alla dominazione bizantina e alla fondazione dell'abbazia basiliana, la lingua greca divenne la principale lingua di Nardò e tale abbazia, divenne l'elemento di congiunzione giurisdizionale con la Chiesa greca e con l'Impero d'Oriente, e resse la città per più di due secoli, non solo spiritualmente, ma anche socialmente e culturalmente. Alle dipendenze dell'abbazia fu creata la "Scholae Scriptoriae" e le grafie greche, allora molto decadute, furono corrette, migliorate e perfezionate al punto che si parlò di "litterae Neretinae" come di un nuovo stile di grafia ellenica. Nardò si inserì saldamente nel tessuto storico-politico della società e della civiltà ellenico-orientale-bizantina con la quale condivideva ormai, lingua, religione e civiltà. Tra il 901 e il 924 Nardò fu attaccata e saccheggiata dai Saraceni provenienti dalla Sicilia. Nelle cronache dello storico arabo Ibn al-Athir si legge che il principe aglabita Abd Allah, fautore della guerra santa e figlio del feroce Ibrahim ibn Ahmad, si recò a "Naritinu" il 20 luglio 901, e se ne insignorì, dando esempi di giustizia e buona condotta nei confronti dei sudditi.
Dall'XI al XIV secolo Nel 1058 Goffredo normanno, nipote di Roberto il Guiscardo, si impadronì di Nardò e Lecce. Tra il 1088 e il 1092, per ordine dello stesso Goffredo, si ricostruirono le mura della città e fu edificato un castello (non più visibile), mentre ai monaci benedettini fu concesso di insediarsi al posto dei basiliani nell'Abbazia di Santa Maria di Nerito. Nel 1133 re Ruggero II di Sicilia riportò l'ordine nella città che insieme ad altre si era ribellata al potere regio centraleIn quel tempo il geografo arabo Edrisi compilò la mappa e il libro con la descrizione delle città del Regno di Sicilia, e in esso comprendeva Nardò.. Fra il 1148 e il 1212 la contea di Nardò fu assegnata al Regio Demanio, venendo a dipendere direttamente dalla corona.
Dopo l'avvento degli Svevi, nel 1212, fu ripristinata la contea di Nardò e infeudata dall'imperatore Federico II di Svevia al vassallo Simone della nobile famiglia dei Gentile. Emerse in città una nuova aristocrazia fedele agli Svevi: per la prima volta la parte ghibellina assumeva la guida della città. Nel 1220 la contea fu nuovamente abolita ma i Gentile continuarono ad mantenere i propri possedimenti baronali nel territorio nel feudo di Galatone nei casali minori di Parabito, Zullini, Cutrofiano, Formicano e altri rimanendo Nardò città demaniale appartenente alla regioa curia.
Dopo la morte di Federico II (1250), il popolo neretino rimase fedele a Manfredi, rifiutando ogni obbedienza alla Santa Sede e difendendo i vassalli, fra cui il conte Tommaso Gentile e i suoi familiari; le truppe papali radunarono un forte esercito e lo inviarono contro Manfredi, che però lo sconfisse. In seguito, lo stesso Manfredi inviò un esercito per riconquistare le città sottratte al proprio potere, fra cui Nardò. Non appena l'esercito di Manfredi lasciò la Terra d'Otranto, le città di Brindisi, Mesagne e Otranto, fedeli al pontefice, attaccarono nuovamente Nardò ma Manfredi, appena appresa la notizia, tornò immediatamente indietro, assediò e distrusse Brindisi, città a capo della rivolta, e liberò Nardò il 12 febbraio 1255, fece restaurare le mura diroccate in seguito agli attacchi subiti e probabilmente restituì la città ai Gentile probabilmente a Simone Gentile figlio di Tommaso che rimase barone degli altri feudi familiari nel territorio dell'ex contea.
Nel 1266, quando Carlo I d'Angiò, nominato re di Sicilia da papa Clemente IV, invase il Regno di Sicilia, Simone Gentile, feudatario della città, fu presente, insieme a tutti baroni del regno fedeli a Manfredi nella sfortunata Battaglia di Benevento dove il re perse la vita.
Poche notizie si hanno del periodo transitorio fra il 1266 e il 1268 quando con la discesa in Italia di Corradino di Svevia, molte città del regno si ribellano agli angioini e si schierano con il giovanissimo principe. Nardò e la famiglia Gentile sono fra i ribelli e insieme alla famiglia dei De Persona-De Matino, altra potentissima famiglia salentina, organizzano la resistenza all'invasore francese.
Dopo la sconfitta di Corradino nella Battaglia di Tagliacozzo e la decapitazione del principe svevo a Napoli, l'ultimo bastione di resistenza agli angioini rimase la piazzaforte di Gallipoli dove i Gentile si rifugiarono insieme a tutti i baroni filo-svevi di Terra d'Otranto e ad altri baroni provenienti da altre regioni del regno.
L'Assedio di Gallipoli (1268-1269), riportato dagli storici come un fulgido esempio della resistenza italiana all'invasione francese del regno, ebbe un epilogo tragico.
Dopo una resistenza durata 8 mesi la città fu conquistata e rasa al suolo e i tutti i difensori massacrati. Il Saba Malaspina, cronista dell'epoca, ci tramanda che 33 baroni fra i difensori, furono impiccati nella piazza d'arme del castello gallipolino, alcuni altri, come Simone Gentile, impiccati nella piazza principale del loro feudo, mentre il comandante militare fra i difensori, Glicerio de Matino, fu tratto prigioniero e condotto a Brindisi dove fu torturato, fatto trascinare da un cavallo per le strade della città e poi impiccato.
Lo stesso Malaspina scrive che fra i baroni e i loro familiari uccisi alla conquista di Gallipoli figuravano Tommaso Gentile, i suoi figli Simone, Berardo e Balduino, suo genero Rainaldo di Cirò.
Nel 1271 Carlo I d'Angiò assegnò il feudo neretino e altri territori alla signoria di Filippo de Toucziaco o Toucy, suo consanguineo, che resse la contea fino al 1283. Nel 1284 la reggenza della città passava a Guidone d'Alemagna che sostituiva Giovanni di Chantilly. L'anno dopo, alcuni abati e baroni neretini prestarono giuramento al nuovo re di Napoli, Carlo II d'Angiò, al parlamento di Melfi: tra questi, il reggente Filippo Cinard e il sindaco di Nardò Ruggero cavaliere de Ruggero. Nel 1289 la città passò dalla nobildonna Mobilia de Cotigny, moglie di Guglielmo Cinard, fratello di Filippo, e poi, di nuovo, al cavaliere Guidone d'Alemagna che dovette far fronte ad alcuni tafferugli tra la popolazione neretina e la comunità ebraica. In questo periodo, la città subì notevoli trasformazioni amministrative, sociali e politiche, e di conseguenza, anche urbanisticheDi questo periodo è la nascita del concetto di "Universitas", intesa come istituzione aristocratica a carattere consultivo, subordinato al reggente..
Nel 1369, alla morte di Filippo II di Taranto Nardò passò sotto la guida del nipote, Giacomo del Balzo, che oltre al titolo di conte di Nardò, ebbe quello di principe di Taranto e di pretendente al trono di Costantinopoli. Giovanna, regina di Napoli, gli aveva usurpato ogni diritto, sia sul principato di Taranto, sia sulla contea di Nardò, che dopo oltre due secoli tornò alla diretta dipendenza della sovranità regale. Durante lo scisma della chiesa cristiana, l'antipapa Clemente VII trasformò la sede abbaziale di Nardò in episcopato, nominando primo vescovo della città il neretino fra Matteo de Castello. La città parteggiava per l'antipapa e per la regina Giovanna che le concedeva molti privilegi. Tra il 1385 e il 1400, i conti Sanseverino, potenti patrizi salernitani, acquistarono la città.
Dal XV al XVI secolo Nel 1400 il vescovo de Castello fu cacciato, l'episcopato tornò ad essere sede abbaziale e la città demaniale.
Nel 1406, alla morte di Raimondo Orsini del Balzo, la vedova contessa Maria d'Enghien sposò Ladislao I d'Angiò Re di Napoli, portando in dote il principato di Taranto con la contea di Nardò. Il matrimonio riportò la pace nella città, oltre che una serie di privilegi tra cui l'indulto generale e la riconferma dei privilegi di cui godeva in precedenza. Nel 1413 l'antipapa Giovanni XXIII elevò l'abbazia neretina a sede episcopale.