Il Genoa Open Challenger 2006 è stato un torneo di tennis facente parte della categoria ATP Challenger Series nell'ambito dell'ATP Challenger Series 2006. Il torneo si è giocato a Genova in Italia dal 4 al 10 settembre 2006 su campi in terra rossa.
Vincitori Singolare
Gorka Fraile ha battuto in finale Potito Starace con il punteggio di 6–4, 3–6, 6–4.
Doppio
Adriano Biasella / Marcelo Charpentier hanno battuto in finale Jamie Delgado / Jamie Murray con il punteggio di 6–4, 4–6, [13–11].
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