L'Open de Franche Comté 1999 è stato un torneo di tennis facente parte della categoria ATP Challenger Series nell'ambito dell'ATP Challenger Series 1999. Il torneo si è giocato a Besançon in Francia dall'8 al 14 marzo 1999 su campi in cemento indoor.
Vincitori Singolare
Ivan Ljubičić ha battuto in finale Lionel Roux con il punteggio di 6–4, 6–2
Doppio
Juan Ignacio Carrasco / Jairo Velasco, Jr. hanno battuto in finale Martín García / Cristiano Testa con il punteggio di 6–1, 7–6
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